genome.fa.s40.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold40
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3440810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2767542--2767624	34	2.5	34	76	17	86	44	0	3	51	1.18
2767542--2767609	34	2.0	35	83	11	88	45	0	4	50	1.22
2768534--2768581	14	3.4	13	78	18	51	60	0	0	39	0.97
2770197--2770231	3	11.7	3	100	0	70	65	0	34	0	0.93
2773044--2773086	21	2.0	21	90	0	68	46	0	4	48	1.22
2774485--2774543	7	8.3	7	83	9	57	52	1	0	45	1.10
2774493--2774544	7	7.6	7	84	4	70	50	1	0	48	1.12
2774492--2774549	28	2.1	27	93	3	98	51	3	0	44	1.18
2774902--2774934	16	2.1	16	88	5	50	63	6	0	30	1.18
2774923--2774973	16	3.1	16	80	2	57	56	5	1	35	1.35
2776338--2776403	35	1.9	33	84	9	87	42	1	1	54	1.18
2777369--2777407	19	2.2	16	83	16	51	71	0	2	25	0.98
2778980--2779055	20	3.8	19	72	17	64	50	0	1	48	1.09
2778963--2779056	41	2.4	38	84	11	113	51	0	1	47	1.07
2779052--2779099	19	2.5	20	90	10	73	39	0	0	60	0.97
2779069--2779109	20	2.1	19	86	4	55	43	0	0	56	0.99
2779989--2780027	15	2.6	15	84	12	53	43	0	0	56	0.99
2780026--2780085	14	4.3	14	70	8	50	38	0	0	61	0.96
2780026--2780090	28	2.3	27	81	5	76	35	0	0	64	0.94
2780027--2780097	27	2.6	27	82	6	81	38	0	1	60	1.06
2780209--2780251	14	3.0	15	86	6	54	37	0	0	62	0.95
2781390--2781432	17	2.4	18	85	11	54	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2784116--2784143	14	2.0	14	100	0	56	7	21	57	14	1.61
2785372--2785411	19	2.0	21	85	9	57	37	7	5	50	1.53
2788536--2788573	11	3.5	11	85	7	51	63	2	0	34	1.09
2789386--2789412	13	2.1	13	100	0	54	44	0	7	48	1.31
2789391--2789427	19	1.9	19	88	0	56	54	0	5	40	1.24
2789998--2790024	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2790491--2790521	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2791351--2791375	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2795687--2795734	23	2.0	24	84	4	62	54	0	0	45	0.99
2803968--2804010	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2804153--2804218	22	2.8	22	74	22	62	46	0	0	53	1.00
2804161--2804213	26	2.0	26	85	7	72	49	0	0	50	1.00
2805064--2805122	23	2.5	23	80	17	68	52	1	0	45	1.10
2806288--2806317	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
2807082--2807119	19	2.0	19	85	10	51	44	2	0	52	1.14
2807462--2807557	47	2.0	49	82	13	121	42	2	0	55	1.11
2807472--2807555	16	5.2	17	74	18	74	42	1	0	55	1.07
2807500--2807579	33	2.4	34	78	13	87	42	1	0	56	1.07
2807560--2807607	24	1.9	24	83	8	60	29	4	0	66	1.10
2816003--2816054	25	2.0	25	82	10	61	40	0	3	55	1.18
2815982--2816192	85	2.4	87	83	7	248	44	0	4	50	1.28
2816227--2816264	5	8.0	5	88	11	62	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2816221--2816264	14	3.1	14	86	0	61	59	0	0	40	0.98
2816227--2816261	9	3.8	9	96	3	61	60	0	0	40	0.97
2816337--2816380	22	2.0	21	95	4	79	65	6	13	13	1.44
2816337--2816380	21	2.0	22	91	4	72	65	6	13	13	1.44
2816502--2816540	19	2.1	19	85	9	53	43	0	0	56	0.99
2816502--2816541	20	2.1	19	85	4	53	45	0	0	55	0.99
2816756--2816794	20	2.0	20	85	5	53	20	5	7	66	1.36
2816856--2816901	15	2.9	15	78	12	56	50	0	0	50	1.00
2816851--2816904	16	3.4	16	76	19	58	48	0	0	51	1.00
2817158--2817280	59	2.1	60	82	1	149	47	8	8	34	1.66
2817326--2817373	18	2.6	19	84	12	57	27	2	0	70	0.98
2817754--2817791	20	1.9	20	84	10	51	42	0	0	57	0.98
2820212--2820264	24	2.4	22	75	18	56	39	47	1	11	1.50
2820337--2820375	9	4.3	9	80	0	51	48	43	0	7	1.31
2822788--2822828	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
2823778--2823820	24	1.9	22	81	13	52	46	11	4	37	1.61
2824299--2824333	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2824408--2824432	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2824630--2824663	15	2.2	16	89	5	52	35	0	0	64	0.94
2824640--2824708	15	4.7	15	72	17	65	30	0	2	66	1.06
2824639--2824717	29	2.7	29	78	19	85	31	1	2	64	1.15
2824639--2824720	30	2.8	29	80	14	89	32	1	2	63	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2826408--2826433	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2836668--2836720	25	2.1	25	100	0	106	11	0	50	37	1.38
2836829--2836871	15	2.8	15	80	16	52	27	0	13	58	1.37
2836901--2836945	16	2.8	16	75	0	54	22	11	20	46	1.81
2837504--2837544	7	5.4	7	86	13	55	63	2	0	34	1.08
2837802--2837887	16	5.4	16	72	13	52	31	6	13	47	1.70
2837796--2837887	32	2.9	31	73	9	89	31	6	14	47	1.69
2837814--2837891	16	5.0	15	74	9	57	30	6	12	50	1.66
2837865--2837917	22	2.3	22	81	12	63	41	7	3	47	1.50
2838091--2838117	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2838338--2838413	40	1.9	40	83	5	100	57	0	0	42	0.98
2838403--2838478	14	5.7	13	76	11	64	40	0	1	57	1.07
2838450--2838475	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2839081--2839169	39	2.2	40	78	9	92	58	0	1	40	1.05
2841757--2842258	251	2.0	251	99	0	995	29	14	22	32	1.94
2845459--2845486	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2845728--2845762	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
2854859--2854904	19	2.3	20	85	3	58	39	0	0	60	0.97
2854869--2854899	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
2855353--2855442	32	2.8	31	80	11	94	54	0	2	43	1.12
2855417--2855478	29	2.3	25	86	13	79	51	0	0	48	1.00
2855399--2855478	26	2.9	27	78	17	85	51	0	1	47	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2855965--2856002	3	12.7	3	88	0	58	34	5	60	0	1.19
2861871--2861949	40	2.0	40	92	2	131	40	25	8	25	1.84
2867170--2867241	36	2.0	36	89	5	110	55	0	2	41	1.14
2879059--2879103	18	2.5	18	82	10	56	33	0	0	66	0.92
2881408--2881453	20	2.3	20	81	7	58	56	0	0	43	0.99
2881766--2881806	21	2.0	20	85	4	55	53	2	0	43	1.13
2882433--2882457	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
2882449--2882506	23	2.5	22	76	17	64	58	0	0	41	0.98
2882461--2882502	13	3.1	14	83	10	52	66	0	0	33	0.92
2882698--2882759	25	2.5	24	86	2	79	50	1	0	48	1.10
2888539--2888590	22	2.4	21	81	9	59	57	5	3	32	1.40
2888619--2888671	21	2.5	21	79	11	56	54	1	0	43	1.11
2889826--2889878	9	5.8	9	80	10	54	43	3	0	52	1.19
2890437--2890476	12	3.2	13	86	10	57	42	0	0	57	0.98
2891676--2891710	11	3.2	11	91	0	52	42	0	0	57	0.99
2893026--2893059	12	2.8	12	91	8	52	70	0	0	29	0.87
2893049--2893140	16	5.7	16	69	18	66	57	0	0	42	0.98
2893039--2893131	32	2.7	34	77	12	102	58	0	0	41	0.98
2893039--2893137	18	5.9	17	73	19	75	57	0	0	42	0.98
2893019--2893142	52	2.4	52	80	10	146	60	0	0	39	0.97
2894286--2894316	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2897267--2897305	20	2.0	21	85	14	57	46	2	0	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2898410--2898435	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
2898435--2898462	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2900138--2900179	21	2.0	21	86	9	59	33	0	0	66	0.92
2900290--2900525	50	4.7	50	86	2	287	28	17	19	34	1.95
2904899--2905144	50	4.9	50	80	2	251	32	17	16	33	1.92
2905809--2905876	32	2.1	32	86	10	95	52	1	0	45	1.09
2905820--2905870	16	3.2	16	73	18	52	52	0	0	47	1.00
2917791--2917822	12	2.7	12	100	0	64	34	0	15	50	1.45
2917778--2917821	14	3.3	13	81	12	54	36	2	11	50	1.51
2922210--2922247	2	20.0	2	89	10	62	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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