genome.fa.s40.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold40
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3440810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  16  of  24  ( 2833 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2078812--2078878	28	2.4	27	78	11	73	32	5	1	59	1.31
2079491--2079656	89	1.9	89	92	1	280	47	7	0	44	1.35
2083919--2083951	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2084263--2084299	18	2.2	18	85	9	51	37	10	2	48	1.52
2087440--2087507	29	2.3	31	80	17	81	44	0	0	55	0.99
2090798--2090828	16	2.0	16	93	6	55	58	6	3	32	1.40
2091870--2091925	27	2.1	27	96	0	103	44	10	14	30	1.79
2100810--2100881	21	3.3	21	70	12	56	54	0	2	43	1.15
2102417--2102632	34	6.4	33	87	3	254	25	7	25	41	1.81
2102441--2102629	101	1.9	102	89	3	301	26	8	24	40	1.83
2106998--2107214	34	6.4	34	83	2	251	27	7	23	41	1.81
2106998--2107215	101	2.2	101	89	2	330	27	7	24	41	1.81
2107941--2107965	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2109750--2109775	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
2110352--2110391	8	4.8	8	84	9	53	37	2	2	57	1.26
2110372--2110416	19	2.2	21	80	7	58	42	0	0	57	0.98
2110338--2110399	25	2.5	24	78	5	70	41	1	1	54	1.19
2110433--2110480	25	1.9	25	86	0	69	52	0	0	47	1.00
2110511--2110551	16	2.6	16	81	11	50	48	2	0	48	1.14
2111246--2111295	24	2.1	23	85	3	64	42	0	2	56	1.11
2111549--2111579	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
2112178--2112230	22	2.4	22	87	9	72	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2112178--2112236	23	2.6	23	84	10	77	59	0	0	40	0.97
2112178--2112236	22	2.6	22	81	10	66	59	0	0	40	0.97
2112636--2112695	30	2.1	28	81	12	68	41	15	1	41	1.56
2112927--2112970	22	2.0	22	82	8	54	40	2	4	52	1.34
2113163--2113204	18	2.3	19	87	4	59	38	2	2	57	1.25
2113686--2113735	23	2.3	21	75	21	57	80	8	0	12	0.92
2113685--2113736	24	2.2	24	93	6	88	78	9	0	11	0.95
2115530--2115573	22	2.0	23	86	4	63	47	2	2	47	1.27
2115756--2115844	38	2.4	37	78	14	94	61	2	3	32	1.24
2115811--2115911	8	11.9	8	72	13	60	54	0	2	41	1.22
2115915--2115971	22	2.8	20	79	12	64	66	5	0	28	1.13
2116091--2116184	25	3.9	24	70	14	68	50	0	0	50	1.00
2122649--2122705	27	2.1	27	90	0	87	31	1	21	45	1.62
2123415--2123453	20	2.0	20	84	0	51	38	5	43	12	1.65
2125491--2125536	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
2128089--2128180	28	3.4	27	75	8	82	45	19	7	27	1.77
2138825--2138864	2	20.0	2	89	0	62	45	0	5	50	1.23
2138826--2138868	10	4.3	10	96	0	77	41	0	6	51	1.29
2140206--2140268	6	10.3	6	86	10	56	50	9	0	39	1.35
2140233--2140266	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2141804--2141860	23	2.5	22	81	15	71	59	0	5	35	1.20
2141827--2141891	30	2.2	30	81	10	71	58	1	4	35	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2141819--2141866	23	2.0	24	88	11	73	52	0	6	41	1.27
2142359--2142407	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2143338--2143386	17	2.8	18	81	6	57	46	0	0	53	1.00
2143358--2143449	29	3.3	29	71	18	79	39	1	1	58	1.12
2143310--2143413	47	2.2	46	85	8	131	43	0	1	54	1.11
2144204--2144236	4	8.5	4	93	6	59	24	0	0	75	0.80
2144200--2144236	12	3.1	13	92	7	53	24	0	0	75	0.80
2144538--2144606	16	4.1	16	71	23	52	55	0	2	42	1.15
2144540--2144609	36	1.9	36	91	0	113	54	0	2	42	1.15
2144538--2144592	16	3.1	18	75	21	53	54	0	1	43	1.10
2147571--2147632	27	2.3	28	78	13	76	33	0	4	61	1.17
2147600--2147641	21	2.0	22	85	4	59	33	0	4	61	1.17
2150222--2150260	3	13.0	3	94	0	69	33	0	2	64	1.08
2150791--2150859	16	4.3	16	81	0	75	36	7	5	50	1.54
2150791--2150859	32	2.2	32	86	5	95	36	7	5	50	1.54
2150943--2150996	16	3.4	16	75	14	58	16	1	20	61	1.44
2150993--2151054	16	3.9	17	68	19	53	33	9	8	48	1.65
2151001--2151054	16	3.5	15	72	7	54	33	9	7	50	1.62
2153820--2153853	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2154316--2154346	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
2160088--2160165	39	2.0	39	100	0	156	25	23	25	25	2.00
2163213--2163266	22	2.5	21	78	3	63	50	1	1	46	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164266--2164306	17	2.3	18	87	4	57	41	0	0	58	0.98
2164285--2164335	16	3.4	16	80	17	56	45	0	0	54	0.99
2167071--2167117	4	11.8	4	100	0	94	51	23	0	25	1.49
2174380--2174420	6	6.8	6	88	0	64	48	17	31	2	1.60
2174868--2174917	23	2.2	22	85	3	64	40	0	2	58	1.10
2179884--2180256	189	2.0	189	95	1	676	35	18	13	32	1.89
2183607--2183648	18	2.3	18	88	8	59	35	0	0	64	0.94
2183969--2184013	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
2184376--2184406	2	15.5	2	93	0	53	45	3	0	51	1.17
2184952--2185005	6	9.8	6	79	16	55	35	0	1	62	1.06
2184955--2185032	32	2.5	31	87	4	102	33	0	5	61	1.18
2184962--2185031	26	2.7	27	82	4	72	32	0	5	61	1.20
2185137--2185178	19	2.2	20	86	4	59	54	0	2	42	1.13
2185450--2185500	17	3.1	17	79	20	63	37	7	1	52	1.42
2185718--2185764	25	1.9	24	87	12	69	48	2	0	48	1.13
2186806--2186835	6	5.0	6	95	0	51	80	0	16	3	0.85
2188028--2188095	33	2.0	36	82	8	88	48	0	0	51	1.00
2188665--2188707	11	3.9	11	78	0	50	65	2	0	32	1.06
2188917--2188974	17	3.2	17	75	13	62	31	0	0	68	0.89
2188911--2188976	10	7.0	10	73	20	54	30	0	0	69	0.88
2188913--2188988	37	2.1	35	88	7	109	35	0	0	64	0.94
2189745--2189783	15	2.6	15	83	0	51	69	2	0	28	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2190602--2190667	34	1.9	34	81	6	80	59	1	0	39	1.07
2190658--2190714	24	2.5	23	76	15	57	52	3	3	40	1.35
2190787--2190822	14	2.5	15	86	4	56	30	0	0	69	0.89
2191153--2191192	18	2.1	19	86	9	55	52	0	2	45	1.14
2191218--2191271	22	2.5	22	72	6	56	38	0	0	61	0.96
2192682--2192710	14	2.1	14	100	0	58	37	13	6	41	1.72
2192757--2192798	3	14.0	3	94	0	75	30	0	2	66	1.04
2194008--2194046	20	2.0	20	84	0	51	51	2	0	46	1.14
2194035--2194096	31	2.0	32	84	9	83	50	0	0	50	1.00
2194588--2194626	18	2.2	17	86	4	51	48	0	0	51	1.00
2197088--2197187	48	2.0	49	94	3	175	52	0	7	41	1.29
2197247--2197343	48	2.0	48	91	0	158	51	3	6	39	1.43
2197393--2197445	17	3.1	17	81	8	63	47	0	0	52	1.00
2197418--2197468	2	27.5	2	77	15	56	49	0	0	50	1.00
2197722--2197778	29	2.0	28	83	13	71	52	0	0	47	1.00
2197881--2197923	17	2.4	19	88	7	63	55	4	0	39	1.20
2198138--2198207	30	2.3	30	87	5	95	35	4	1	58	1.26
2198414--2198445	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2198569--2198608	20	2.0	20	90	0	62	37	0	12	50	1.41
2200016--2200040	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
2204064--2204107	23	1.9	23	85	0	61	43	18	6	31	1.76
2204200--2204227	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2204175--2204233	15	3.7	15	80	17	57	35	1	1	61	1.16
2204754--2204784	15	2.1	15	100	0	62	32	25	29	12	1.93
2210417--2210449	16	1.9	18	88	11	52	36	0	0	63	0.95
2211276--2211341	20	3.4	19	76	14	64	57	1	1	39	1.17
2213524--2213584	30	2.2	30	85	11	85	42	0	0	57	0.98
2213524--2213594	14	5.1	15	75	20	57	42	0	0	57	0.98
2213533--2213594	13	4.4	14	76	13	65	41	0	0	58	0.98
2213533--2213620	43	2.1	41	83	10	106	47	0	0	52	1.00
2213957--2213981	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2214594--2214629	16	2.3	16	90	4	56	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24