genome.fa.s41.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold41
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2798036

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242--291	13	4.0	13	75	19	52	52	0	0	48	1.00
6225--6263	19	2.1	19	90	9	62	48	0	0	51	1.00
6481--6521	19	2.1	20	90	4	66	39	0	0	60	0.96
6858--6914	2	29.5	2	86	13	84	50	1	0	47	1.11
6850--6914	24	3.0	22	89	10	98	50	3	0	46	1.17
6847--6910	16	4.1	16	86	11	89	50	4	0	45	1.22
7569--8143	132	4.4	131	90	3	757	20	28	23	27	1.99
7580--8071	66	7.5	66	91	3	758	20	28	23	26	1.99
7569--8143	66	8.7	66	87	3	429	20	28	23	27	1.99
7575--8203	198	3.2	198	84	5	661	20	28	23	26	1.99
8877--8931	22	2.5	24	74	14	64	43	0	0	56	0.99
9503--9539	20	1.9	19	89	10	58	45	0	5	48	1.25
9545--9611	21	3.0	22	77	18	68	58	0	0	41	0.98
9727--9793	18	3.7	17	73	19	55	62	1	0	35	1.04
9759--9816	17	3.5	17	72	25	61	55	0	0	44	0.99
9749--9846	32	2.8	37	76	17	109	56	0	0	43	0.99
9750--9834	32	2.7	32	84	10	113	55	0	0	44	0.99
9778--9834	20	3.1	18	72	22	55	50	0	0	49	1.00
10303--10344	22	2.0	21	86	13	59	42	0	0	57	0.99
10754--10848	16	6.2	16	77	8	74	52	4	1	42	1.27
10774--10848	30	2.4	31	80	13	91	53	4	1	41	1.28
11717--11749	10	3.1	11	86	8	50	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12005--12036	14	2.2	15	94	5	57	56	0	0	43	0.99
17001--17030	14	2.1	15	93	6	53	50	16	20	13	1.78
18144--18220	15	4.9	15	69	19	50	57	0	1	41	1.07
18142--18220	32	2.5	30	80	13	88	56	0	1	41	1.07
18143--18209	32	2.1	32	86	5	91	58	0	0	41	0.98
22627--22687	30	2.0	30	81	6	70	49	0	0	50	1.00
22635--22678	22	2.0	23	86	4	63	47	0	0	52	1.00
22865--22933	2	35.5	2	74	11	63	46	4	1	47	1.31
22884--22950	31	2.2	31	84	10	84	43	4	2	49	1.38
23707--23766	11	5.7	11	74	18	65	46	0	0	53	1.00
23706--23795	6	15.0	6	72	17	62	48	0	0	51	1.00
25414--25485	19	4.1	18	75	16	62	41	4	0	54	1.20
26347--26386	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
26685--26858	83	2.1	81	91	3	278	37	6	2	52	1.42
27738--27803	29	2.3	27	82	10	78	36	6	6	51	1.51
27959--27987	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
28229--28265	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
30470--30511	18	2.4	18	88	4	59	35	7	4	52	1.50
30480--30515	18	2.0	18	100	0	72	27	5	5	61	1.41
32225--32276	18	3.0	17	75	10	52	59	0	0	40	0.97
32240--32276	15	2.3	17	81	13	51	64	0	0	35	0.94
32269--32328	28	2.1	30	84	12	81	35	0	3	61	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33207--33246	20	2.0	20	86	13	57	35	0	0	65	0.93
34836--34911	39	1.9	40	81	2	91	44	1	2	51	1.23
37000--37044	17	2.6	17	79	10	56	40	0	0	60	0.97
37020--37061	22	1.9	22	90	0	66	47	0	0	52	1.00
37012--37072	14	4.0	16	67	25	51	44	0	0	55	0.99
37012--37083	23	3.2	24	71	15	64	44	0	0	55	0.99
37013--37088	13	5.4	13	70	29	50	46	0	0	53	1.00
37191--37249	30	2.0	30	86	6	84	52	0	5	42	1.23
38584--38617	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
40048--40094	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
40160--40186	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
40988--41030	16	2.6	16	85	7	50	37	2	2	58	1.24
41919--42101	91	2.0	91	95	0	330	44	8	2	43	1.49
42050--42097	13	3.8	12	83	8	60	50	2	2	45	1.25
43166--43190	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
45542--45586	23	2.0	23	86	4	65	24	8	8	57	1.57
49330--49364	17	2.1	17	94	0	61	48	0	0	51	1.00
49392--49431	19	2.2	19	91	8	66	55	0	0	45	0.99
52820--52855	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
53289--53361	26	2.9	24	77	16	76	47	0	0	52	1.00
53311--53348	18	2.2	18	85	4	51	50	0	0	50	1.00
53294--53373	24	3.2	24	75	20	76	48	1	0	50	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53279--53380	50	2.1	48	82	14	120	49	0	0	50	1.07
53277--53382	24	4.5	23	72	17	67	48	0	0	50	1.07
53775--53927	18	8.4	17	67	21	71	64	1	0	33	1.06
53861--53936	17	4.6	17	72	21	63	57	0	0	42	0.98
54911--54958	22	2.2	22	92	0	78	4	16	20	58	1.55
55450--55484	18	1.9	18	88	0	52	31	2	11	54	1.51
55692--55726	18	1.9	18	88	0	52	34	0	0	65	0.93
56256--56293	11	3.2	12	81	11	51	26	0	5	68	1.11
56262--56317	23	2.6	20	78	13	58	26	0	3	69	1.04
56896--56934	12	2.9	14	81	14	55	43	0	0	56	0.99
56959--57006	23	2.2	22	85	7	62	22	2	4	70	1.15
56113--57384	695	1.9	682	82	9	1601	43	3	6	46	1.47
57363--57402	20	2.0	20	85	0	53	62	0	0	37	0.95
59515--59560	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
60022--60052	15	2.1	15	93	0	53	45	22	0	32	1.53
60305--60335	15	2.1	15	100	0	62	45	22	19	12	1.84
64248--64301	27	2.0	27	86	10	76	53	0	0	46	1.00
64618--64680	27	2.5	26	74	20	62	34	1	0	63	1.04
64650--64693	19	2.4	18	82	17	56	40	4	0	54	1.21
65359--65414	23	2.3	25	85	11	73	67	0	0	32	0.91
65408--65445	20	1.9	20	84	10	51	52	2	0	44	1.14
68577--68616	15	2.7	15	84	3	55	57	2	0	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68595--68630	17	2.1	17	89	0	54	47	0	0	52	1.00
69891--69921	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
70888--70964	32	2.3	33	80	4	84	54	3	3	37	1.37
71549--71589	2	20.0	2	90	5	64	48	2	2	46	1.28
73834--73864	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
75079--75111	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
75604--75659	24	2.3	25	81	12	80	42	3	0	53	1.18
75995--76035	21	2.0	20	85	4	55	60	2	0	36	1.10
76542--76574	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
76735--76790	23	2.5	23	85	2	69	42	10	3	42	1.56
77328--77366	20	2.0	20	95	5	71	38	0	0	61	0.96
78073--78128	19	2.9	19	76	7	60	1	30	0	67	1.01
79627--79694	28	2.5	27	86	9	86	44	1	1	52	1.19
79827--79856	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
79955--80059	9	12.2	8	72	22	56	68	2	0	28	1.04
79958--80019	17	3.6	17	79	16	74	74	0	0	25	0.82
79982--80029	15	3.1	16	76	11	55	68	2	0	29	1.01
80017--80058	20	2.0	21	90	4	68	66	7	0	26	1.17
80530--80565	16	2.2	16	90	0	54	66	0	0	33	0.92
80547--80611	34	1.9	34	87	6	96	47	0	0	52	1.00
81004--81066	28	2.2	28	83	5	74	42	0	0	57	0.99
81232--81273	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83624--83655	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
84300--84483	102	1.8	102	80	2	226	41	7	5	45	1.56
85722--85759	19	2.1	19	90	5	60	28	0	5	65	1.14
85784--85831	20	2.4	20	82	6	62	43	2	0	54	1.12
85784--85830	19	2.4	19	80	16	51	44	2	0	53	1.12
85980--86024	9	5.0	9	86	8	65	37	0	0	62	0.96
85971--86024	18	3.1	17	82	10	65	38	0	0	61	0.96
86235--86278	14	3.2	14	80	6	54	56	0	0	43	0.99
86235--86307	27	2.8	26	79	12	78	56	1	0	42	1.08
86495--86524	15	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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