genome.fa.s41.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold41
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2798036

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189791--189911	33	3.8	32	71	18	90	40	0	0	59	0.97
189860--189914	19	2.9	21	71	20	57	40	0	0	60	0.97
190620--190658	19	2.0	20	85	5	53	46	5	5	43	1.48
191756--191803	23	2.0	23	84	11	62	52	0	0	47	1.00
191780--191843	12	4.8	14	75	23	50	51	0	0	48	1.00
191768--191825	12	4.9	12	75	20	52	53	0	0	46	1.00
194225--194693	117	4.0	116	82	2	515	30	15	15	37	1.89
194228--194685	234	1.9	236	84	3	600	31	14	15	37	1.88
198349--198405	27	2.2	26	83	3	69	50	0	5	43	1.24
198433--198462	7	4.3	7	95	0	51	33	0	10	56	1.32
198466--198509	22	2.0	22	82	8	54	47	0	4	47	1.22
198639--198666	9	3.1	9	100	0	56	42	0	0	57	0.99
199684--199726	13	3.3	13	81	9	52	44	0	0	55	0.99
201185--201246	10	6.3	10	72	9	56	27	4	1	66	1.21
201220--201268	13	3.8	13	79	12	57	34	2	0	63	1.06
201206--201264	30	1.9	30	86	10	84	32	1	0	66	1.02
201187--201250	19	3.4	19	86	0	83	29	4	1	64	1.23
201778--201824	23	2.0	24	83	4	60	36	0	10	53	1.36
204107--204131	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
204146--204184	20	2.0	20	84	0	51	35	5	0	58	1.20
204167--204211	14	3.3	14	81	6	56	40	2	2	55	1.24
204106--204196	35	2.7	32	78	17	103	36	2	2	59	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205089--205118	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
205348--205403	24	2.3	24	75	0	58	50	1	0	48	1.11
205548--205584	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
205913--205948	19	1.9	18	88	5	54	16	0	5	77	0.94
205913--205954	19	2.2	19	83	8	50	19	2	4	73	1.12
206935--206986	15	3.5	15	82	10	63	44	0	0	55	0.99
206953--206979	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
207315--207345	12	2.5	13	94	5	55	9	9	0	80	0.90
207704--207758	18	3.1	18	78	0	56	60	0	0	40	0.97
208004--208043	2	20.0	2	94	0	71	50	0	2	47	1.14
208306--208344	20	2.0	20	85	5	53	84	7	5	2	0.84
212198--212228	12	2.6	12	94	0	53	32	9	6	51	1.60
213864--213937	6	12.8	6	68	18	50	59	4	0	36	1.16
213895--213937	11	3.8	11	84	6	50	60	0	0	39	0.97
213903--213942	19	2.2	18	95	4	71	62	0	0	37	0.95
213938--213971	14	2.4	14	90	0	50	47	0	0	52	1.00
214316--214345	4	7.5	4	92	0	51	73	0	23	3	0.98
214316--214350	12	3.0	12	87	4	54	71	0	22	5	1.07
215169--215196	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
215712--215762	16	3.1	17	75	16	54	50	0	0	49	1.00
216377--216423	16	2.9	16	87	0	67	61	8	2	27	1.36
221420--221466	25	1.9	25	82	4	60	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221448--221501	21	2.5	23	80	17	62	51	0	0	48	1.00
221462--221495	15	2.3	15	90	5	52	52	0	0	47	1.00
221892--221970	32	2.4	34	79	10	92	46	1	0	51	1.08
223066--223105	21	1.9	21	90	10	64	32	7	2	57	1.40
224535--224578	21	2.1	21	91	0	70	36	2	2	59	1.23
225801--225901	48	2.1	48	83	3	123	47	0	1	49	1.19
227200--227243	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
227460--227534	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
227460--227537	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
234591--234633	15	2.7	17	79	17	56	65	11	18	4	1.42
234614--234665	23	2.3	23	83	9	63	75	7	9	7	1.21
235942--237143	27	44.0	27	93	2	1981	23	35	14	26	1.93
235942--237143	82	14.7	81	93	1	1981	23	35	14	26	1.93
235942--237143	109	11.0	108	93	1	1981	23	35	14	26	1.93
237126--237716	32	18.8	32	88	5	707	29	32	18	19	1.96
238230--238304	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
238230--238307	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
244670--244701	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
245041--245102	19	3.2	19	79	9	72	51	0	1	46	1.10
245290--245319	5	6.0	5	96	0	51	63	0	0	36	0.95
245263--245334	35	2.1	35	86	5	101	54	0	0	45	0.99
246119--246186	10	6.7	10	71	15	50	51	2	0	45	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246246--246270	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
246422--246520	37	2.7	37	74	12	105	56	1	2	40	1.17
247997--248057	24	2.6	24	85	10	74	50	0	0	49	1.00
248504--248554	14	3.6	14	76	10	50	62	1	0	35	1.06
248718--248777	23	2.7	21	76	19	59	48	1	1	48	1.21
249680--249709	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
250173--250217	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
252808--252859	15	3.7	14	78	14	54	46	0	1	51	1.12
252864--252931	19	3.9	17	72	16	59	42	0	0	57	0.98
252889--252964	23	3.5	22	77	10	68	44	1	0	53	1.08
255364--255441	23	3.3	23	68	12	61	42	0	0	57	0.98
256543--256581	15	2.7	15	88	4	53	89	0	10	0	0.48
256542--256589	4	10.8	5	91	8	54	85	0	14	0	0.60
256707--256734	11	2.5	11	100	0	56	17	0	7	75	1.03
258506--258536	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
261845--261874	13	2.3	13	94	0	51	60	0	3	36	1.14
262043--262071	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
268382--268420	15	2.5	15	83	4	51	53	2	7	35	1.43
273761--273793	14	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
274144--274193	13	4.0	12	82	7	64	54	0	2	44	1.11
274170--274199	13	2.3	13	94	0	51	56	3	6	33	1.42
275727--275761	17	1.9	19	88	11	56	34	2	0	62	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276043--276071	13	2.1	14	93	6	51	24	24	0	51	1.48
279208--279263	1	56.0	1	81	0	58	0	5	5	89	0.60
279209--279265	28	2.0	29	93	3	98	0	8	5	85	0.72
287958--287995	2	19.5	2	86	5	51	50	2	0	47	1.15
290430--290476	17	2.8	16	87	9	67	25	2	8	63	1.34
290974--291007	13	2.5	14	90	4	52	58	0	0	41	0.98
291337--291380	18	2.4	19	80	3	54	54	0	0	45	0.99
293151--293177	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
293340--293389	22	2.4	21	81	12	59	46	2	2	50	1.24
293275--293366	39	2.4	40	74	20	97	53	0	2	44	1.12
293275--293373	37	2.6	39	77	16	100	52	0	3	44	1.16
298898--298952	6	9.2	6	80	7	67	27	1	3	67	1.17
298898--298952	25	2.3	23	87	6	74	27	1	3	67	1.17
299766--299800	4	8.8	4	100	0	70	74	0	0	25	0.82
299941--299994	18	3.0	18	76	15	58	72	1	1	24	1.05
299933--299984	18	3.1	17	83	10	54	69	1	1	26	1.10
301104--301151	21	2.3	21	78	7	53	52	0	0	47	1.00
301506--301562	18	3.3	18	66	14	57	59	3	22	14	1.50
301507--301577	33	2.2	33	97	2	135	63	2	22	11	1.40
301663--301725	10	5.8	11	77	17	53	65	0	1	33	1.03
302899--302932	15	2.1	17	89	10	54	44	5	0	50	1.26
303103--303194	41	2.2	43	82	7	118	43	1	4	51	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304377--304424	25	1.9	25	83	8	62	43	0	0	56	0.99
304624--304659	16	2.2	16	90	0	54	36	0	11	52	1.37
305518--305581	23	2.9	22	73	24	62	45	0	0	54	0.99
305723--305831	59	1.9	58	81	5	132	55	1	0	42	1.17
306719--306796	36	2.2	35	79	11	86	47	0	3	48	1.20
307281--307323	14	3.1	14	86	6	61	37	0	0	62	0.95
307259--307340	22	3.7	24	78	12	77	37	1	0	60	1.04
311541--311639	32	3.1	32	91	4	146	39	6	2	52	1.38
312490--312566	38	2.0	38	97	0	145	37	12	14	35	1.84
315219--315262	21	2.1	21	91	0	70	59	0	2	38	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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