genome.fa.s41.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold41
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2798036

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2398419--2398485	10	6.7	10	79	16	50	56	0	1	41	1.08
2398569--2398597	14	2.1	14	100	0	58	58	6	0	34	1.25
2398737--2398776	16	2.4	16	87	4	53	75	5	12	7	1.18
2399960--2400013	22	2.5	22	84	6	65	5	14	1	77	1.03
2399974--2400020	22	2.1	22	84	7	60	8	21	2	68	1.27
2400372--2400415	18	2.4	19	81	11	56	65	0	0	34	0.93
2400371--2400464	49	2.0	47	83	12	120	64	1	1	32	1.07
2400479--2400535	8	6.9	8	79	16	55	0	22	0	77	0.77
2400488--2400549	9	6.6	10	75	18	62	0	20	0	79	0.74
2402264--2402295	2	16.5	2	93	6	57	50	0	50	0	1.00
2405209--2405238	7	4.3	7	100	0	60	13	26	13	46	1.80
2406339--2406404	33	2.0	33	100	0	132	33	24	12	30	1.91
2412819--2412855	2	19.0	2	94	5	67	48	0	51	0	1.00
2413069--2413097	11	2.5	12	88	11	51	13	17	10	58	1.62
2413727--2413766	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
2413728--2413778	21	2.3	21	83	12	59	43	0	0	56	0.99
2419229--2419280	21	2.4	21	78	18	54	55	1	23	19	1.53
2424251--2424303	20	2.6	21	84	6	72	43	13	13	30	1.82
2424338--2424457	52	2.3	52	81	1	152	31	13	10	44	1.78
2427064--2427098	18	1.9	18	94	0	61	34	17	5	42	1.73
2434120--2434150	16	1.9	16	93	0	53	29	3	0	67	1.06
2435024--2435056	13	2.6	13	90	4	50	3	21	0	75	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2435610--2436172	167	3.4	164	79	8	570	49	8	11	30	1.69
2435611--2436285	335	2.0	330	78	7	688	50	8	11	29	1.68
2438962--2439207	123	2.0	123	95	0	438	45	17	8	28	1.78
2441476--2441581	44	2.3	45	81	12	110	56	2	0	39	1.20
2441499--2441560	18	3.3	18	77	4	61	64	3	0	32	1.09
2441525--2441568	19	2.3	19	80	11	54	61	4	0	34	1.16
2441514--2441580	22	3.0	23	67	20	61	59	4	0	35	1.18
2442055--2442081	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2447423--2447469	21	2.2	21	88	0	67	34	34	2	29	1.70
2448461--2448509	2	26.0	2	78	12	50	51	0	0	48	1.00
2448474--2448507	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
2448509--2448533	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
2449034--2449094	32	1.9	32	100	0	122	42	13	16	27	1.85
2452111--2452142	15	2.1	15	94	0	55	53	18	3	25	1.59
2457255--2457289	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2457913--2457987	25	3.1	23	74	14	71	53	0	0	46	1.00
2458004--2458045	15	2.8	16	82	14	61	54	0	0	45	0.99
2460541--2460583	15	2.9	15	83	16	54	32	2	2	62	1.20
2460966--2461076	34	3.1	35	72	22	97	48	0	0	51	1.00
2461554--2461609	25	2.1	27	83	6	71	50	0	5	44	1.25
2461629--2461763	15	9.5	14	70	16	66	48	5	1	44	1.34
2461678--2461766	48	1.9	45	81	6	106	49	5	0	44	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2461694--2461797	45	2.2	48	80	10	117	48	4	0	47	1.23
2461694--2461788	48	2.0	48	82	12	115	48	5	0	46	1.24
2468530--2468582	27	2.0	27	84	0	70	24	13	11	50	1.73
2469414--2469460	21	2.2	21	78	14	53	53	0	8	38	1.32
2471544--2471764	83	2.7	82	81	6	261	46	1	11	40	1.49
2471544--2471781	81	2.9	81	80	7	259	47	1	10	39	1.49
2476936--2477157	79	2.8	78	84	2	282	29	26	13	31	1.93
2477093--2477259	51	3.3	51	92	1	264	31	25	11	31	1.91
2477629--2477687	20	2.9	21	82	5	84	45	11	13	28	1.79
2477739--2477763	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2477719--2477786	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
2484060--2484100	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
2485493--2485520	9	3.1	9	100	0	56	21	10	32	35	1.88
2485743--2485780	19	2.0	19	100	0	76	42	0	36	21	1.53
2485810--2485849	21	1.9	21	84	0	53	32	2	35	30	1.71
2486398--2486453	20	2.8	20	80	0	76	44	14	14	26	1.83
2486505--2486529	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2486480--2486552	33	2.2	33	87	4	103	35	19	13	31	1.91
2487390--2487460	28	2.5	28	84	11	92	25	28	19	26	1.99
2487414--2487598	79	2.3	79	81	5	205	27	25	14	32	1.94
2487339--2487534	107	1.8	107	82	2	250	27	25	14	32	1.95
2490314--2490355	18	2.4	18	84	11	52	2	23	0	73	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490724--2491101	165	2.3	165	86	4	505	52	8	6	31	1.58
2493833--2493875	21	2.0	22	90	4	70	76	4	2	16	1.05
2495469--2495783	80	4.0	80	82	3	359	30	15	27	26	1.96
2495716--2495886	51	3.3	50	80	12	184	31	13	25	29	1.94
2495716--2495886	52	3.3	49	78	14	175	31	13	25	29	1.94
2495860--2495942	27	3.0	29	81	12	102	28	21	28	20	1.98
2498421--2498446	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2498400--2498466	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2498486--2498553	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2498508--2498532	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2498489--2498551	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2499219--2499841	55	11.3	55	92	3	972	20	20	30	28	1.97
2499293--2499823	28	19.2	28	60	17	121	20	19	31	28	1.97
2500808--2500901	1	94.0	1	78	0	98	0	3	7	89	0.58
2515714--2515762	16	3.3	15	80	5	55	83	6	8	2	0.87
2515713--2515764	27	1.9	27	84	7	70	80	7	9	1	0.97
2516708--2516792	30	2.8	31	83	3	109	24	25	17	31	1.97
2516769--2517138	34	10.9	35	83	10	403	20	33	12	34	1.90
2516769--2517138	71	5.4	70	82	11	414	20	33	12	34	1.90
2516822--2517070	131	1.9	131	88	7	380	18	34	13	32	1.90
2516849--2517133	97	2.9	95	81	10	279	19	35	13	31	1.90
2517149--2517275	32	3.9	33	87	8	199	28	36	18	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2517140--2517282	63	2.2	62	85	8	207	27	37	17	17	1.92
2517275--2517971	49	14.8	47	82	10	795	25	25	18	31	1.97
2517373--2517927	43	12.1	43	82	11	633	25	25	18	30	1.98
2517324--2517980	92	7.0	92	91	3	1012	24	25	18	31	1.97
2518787--2518853	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2518807--2518831	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2518894--2518918	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2518927--2519054	52	2.5	52	93	3	215	33	18	17	30	1.94
2520365--2520437	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2520383--2520458	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2520365--2520458	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2520497--2520522	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2520980--2521046	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2523510--2523534	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2524203--2524227	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2525978--2526050	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2525996--2526071	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2525978--2526071	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2526110--2526135	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2532404--2532606	78	2.6	79	82	0	219	28	17	30	24	1.97
2532561--2532632	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2532482--2532716	107	2.2	110	82	4	275	28	16	28	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2532593--2532769	81	2.2	81	86	3	259	29	13	27	28	1.94
2532700--2532870	52	3.3	50	78	12	184	31	14	24	29	1.94
2532857--2532927	27	2.6	27	86	2	88	23	21	30	23	1.99
2532704--2533034	51	6.3	53	68	16	150	32	13	24	29	1.93
2535405--2535430	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2535384--2535450	33	2.0	32	86	11	91	44	16	13	25	1.84
2535470--2535537	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2535492--2535516	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2535473--2535535	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2539383--2539511	62	2.1	62	92	0	213	30	22	13	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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