genome.fa.s41.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold41
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2798036

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2539711--2540247	28	19.0	28	81	2	455	29	31	17	21	1.96
2539712--2540247	254	2.1	255	85	2	720	29	31	17	21	1.96
2540226--2540292	29	2.3	30	81	5	91	28	29	20	20	1.98
2540950--2541095	62	2.4	62	85	0	184	28	25	15	30	1.96
2541135--2541371	103	2.3	104	84	1	296	24	24	14	36	1.93
2541097--2541371	52	5.3	52	76	2	239	23	24	15	36	1.93
2555638--2555664	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2558404--2558476	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2558383--2558476	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2558383--2558458	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2559113--2559159	23	2.0	23	95	0	85	48	12	6	31	1.66
2560944--2560982	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2560968--2561046	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
2567154--2567179	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2567239--2567311	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2567218--2567311	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2567218--2567293	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2571077--2571225	52	2.9	51	88	4	226	30	18	18	32	1.95
2571303--2571327	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2578241--2578276	18	2.0	18	100	0	72	44	11	22	22	1.84
2579507--2579574	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2579528--2579552	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2579509--2579571	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2579614--2579639	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2579594--2579660	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2582112--2582187	27	2.8	28	87	2	100	23	32	21	22	1.98
2582170--2582339	52	3.3	51	81	2	205	30	25	12	31	1.92
2582324--2582403	28	2.9	28	79	7	83	25	35	16	23	1.95
2582008--2582397	211	1.8	211	88	3	597	28	27	13	30	1.94
2586874--2586939	23	2.9	22	72	20	55	30	4	6	59	1.42
2595292--2595339	22	2.2	22	92	0	78	39	6	0	54	1.26
2604109--2604191	23	3.7	23	90	4	116	37	26	9	26	1.87
2604210--2604240	12	2.6	12	94	0	53	32	25	0	41	1.56
2604619--2604683	32	2.0	32	100	0	130	47	9	15	27	1.76
2605808--2605835	13	2.2	13	100	0	56	28	7	32	32	1.84
2611503--2611593	42	2.1	42	83	2	110	29	16	31	21	1.95
2615168--2615192	13	1.9	13	100	0	50	28	16	0	56	1.41
2616733--2616810	38	2.1	38	100	0	156	50	12	7	29	1.68
2616747--2616878	38	3.5	38	85	4	151	46	16	6	31	1.71
2618473--2618507	17	2.1	17	100	0	70	45	5	31	17	1.71
2626330--2626428	38	2.6	38	91	0	144	44	18	3	34	1.65
2628648--2628713	33	1.9	35	87	9	100	39	7	9	43	1.65
2630635--2630736	53	1.9	53	89	0	159	42	5	25	26	1.78
2636616--2636665	25	2.0	25	92	0	82	38	4	28	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2643035--2643084	20	2.5	20	87	3	66	32	14	18	36	1.90
2643116--2643176	30	2.0	30	84	6	79	36	14	11	37	1.83
2643336--2643383	21	2.3	21	92	0	78	33	10	14	41	1.80
2651692--2651764	19	3.8	19	85	1	83	32	15	15	36	1.88
2652644--2652702	31	1.9	31	82	6	75	35	15	5	44	1.68
2653147--2653218	31	2.3	31	82	0	81	31	15	20	31	1.94
2655399--2655496	42	2.3	43	80	7	110	30	13	15	40	1.85
2655779--2655897	45	2.7	44	89	6	177	34	4	3	57	1.34
2658713--2659692	481	2.0	474	79	10	1048	43	6	6	43	1.56
2660265--2660310	18	2.6	18	80	16	51	73	0	21	4	1.00
2661523--2661599	20	3.8	20	85	0	118	31	14	12	41	1.83
2667101--2667224	58	2.2	57	92	1	203	33	1	15	50	1.54
2667114--2667244	58	2.3	58	90	5	203	32	3	15	48	1.60
2667355--2667476	57	2.2	56	84	12	164	36	4	10	47	1.60
2667561--2668123	215	2.6	215	91	1	878	36	6	8	47	1.60
2676615--2676660	22	2.1	22	100	0	92	17	34	8	39	1.80
2681274--2681311	14	2.8	14	88	4	51	81	18	0	0	0.69
2682580--2683469	31	28.2	31	82	8	962	21	29	15	33	1.95
2682588--2683480	95	9.4	95	88	3	1209	21	29	16	32	1.95
2683528--2683587	27	2.2	27	93	0	102	21	35	11	31	1.90
2683467--2683622	60	2.5	62	82	5	190	23	33	13	29	1.93
2683501--2683670	35	5.2	33	76	14	129	20	35	12	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2683664--2683759	28	3.3	29	81	7	97	36	30	14	18	1.91
2683779--2684620	49	17.8	49	74	13	574	25	26	18	28	1.98
2683786--2683958	88	2.0	88	87	0	247	27	26	17	28	1.98
2683776--2684566	153	5.7	136	77	14	507	25	27	18	28	1.98
2683926--2684566	173	3.4	176	79	12	581	25	27	19	28	1.98
2683926--2684266	87	3.9	86	86	3	468	25	26	20	27	1.99
2684179--2684620	52	8.8	50	81	5	455	24	26	18	29	1.98
2684179--2684725	101	5.4	101	81	6	491	24	26	17	30	1.97
2690321--2690631	105	3.0	104	86	1	410	39	15	16	27	1.89
2690730--2690785	23	2.3	26	85	14	75	66	0	8	25	1.21
2691275--2691410	72	1.9	71	89	1	209	53	6	16	22	1.66
2691585--2691626	20	2.1	20	90	0	66	45	16	2	35	1.61
2695858--2695898	12	3.3	13	90	6	59	63	4	4	26	1.35
2696664--2697115	150	3.0	150	94	0	780	45	9	18	26	1.80
2700500--2700629	37	3.5	37	79	11	115	39	20	15	25	1.91
2704675--2704722	14	3.6	14	72	16	57	66	0	2	31	1.03
2704685--2704744	12	5.0	11	77	16	57	65	3	3	28	1.25
2704675--2704732	13	4.5	13	80	6	64	67	1	1	29	1.11
2704678--2704733	25	2.2	26	87	6	87	66	1	1	30	1.12
2708725--2708796	37	1.9	37	88	0	108	54	5	20	19	1.64
2710338--2710374	17	2.2	16	95	4	65	21	10	10	56	1.64
2712447--2712517	20	3.6	19	75	7	61	40	16	12	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2712487--2712623	53	2.6	53	90	1	211	38	16	16	28	1.90
2712647--2712685	10	4.0	10	86	3	53	25	30	5	38	1.78
2712647--2712685	20	2.0	20	95	5	71	25	30	5	38	1.78
2712734--2712768	13	2.7	13	95	0	61	28	14	20	37	1.91
2713242--2713308	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2715966--2716145	97	1.9	97	80	1	218	35	14	23	26	1.94
2724242--2724267	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2724320--2724371	19	2.6	21	87	6	72	34	15	11	38	1.83
2724322--2724371	21	2.5	19	87	6	64	36	16	10	38	1.82
2724819--2724857	20	2.0	20	94	0	69	20	7	23	48	1.75
2724995--2725098	42	2.5	41	80	10	113	41	10	29	18	1.84
2725187--2725949	61	12.9	61	82	11	751	26	20	26	26	1.99
2725179--2725949	176	4.3	175	81	11	849	27	20	26	26	1.99
2725988--2726167	61	2.9	61	88	4	263	25	19	28	26	1.99
2725988--2726167	63	2.9	61	87	4	263	25	19	28	26	1.99
2725781--2726206	218	2.0	207	85	8	570	27	19	27	25	1.98
2736055--2736378	164	2.0	163	93	0	549	44	17	18	19	1.87
2741126--2741203	12	7.0	12	70	24	55	14	43	0	42	1.45
2741094--2741203	42	2.6	42	88	0	139	13	44	0	40	1.50
2741118--2741203	24	3.8	24	72	17	85	15	41	0	43	1.46
2742212--2742540	164	2.0	164	91	0	532	43	18	18	19	1.88
2743502--2744091	210	2.8	214	82	6	689	42	16	8	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2743502--2744077	217	2.7	212	82	6	680	43	15	9	31	1.79
2745078--2745199	42	2.9	42	100	0	244	17	18	18	45	1.86
2747889--2747914	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
2747918--2747943	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2747929--2748034	30	3.5	30	69	19	101	37	18	17	25	1.93
2747902--2748054	62	2.5	62	89	3	236	35	18	16	28	1.93
2748023--2748075	20	2.7	20	88	5	72	28	16	15	39	1.89
2754300--2754340	16	2.6	16	88	7	57	85	9	4	0	0.73
2755593--2755902	30	9.9	30	79	10	229	22	26	15	36	1.93
2755580--2755937	93	3.8	92	79	10	361	22	27	13	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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