genome.fa.s41.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold41
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2798036

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240773--2240834	25	2.3	27	81	15	76	33	1	1	62	1.14
2242836--2243016	90	2.0	90	91	0	290	33	14	24	26	1.95
2246384--2246614	119	1.9	119	95	0	417	26	22	16	35	1.94
2247760--2247838	36	2.2	35	84	2	95	22	11	30	35	1.90
2252550--2252589	16	2.5	16	88	8	55	57	5	10	27	1.52
2253104--2253139	17	2.1	18	89	5	56	22	0	0	77	0.76
2258293--2258362	36	1.9	36	82	0	86	37	14	12	35	1.84
2258392--2258676	59	4.9	59	74	11	241	35	24	11	27	1.91
2263291--2263358	19	3.9	19	74	21	76	33	13	14	38	1.85
2263312--2263336	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2263293--2263355	32	2.0	32	93	0	108	33	14	15	36	1.88
2263398--2263436	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
2265960--2266127	52	3.2	50	74	10	142	29	26	10	33	1.90
2266115--2266186	28	2.6	28	86	0	90	22	33	19	25	1.97
2265788--2266178	212	1.8	212	89	3	608	28	26	13	32	1.93
2276592--2276667	10	7.6	10	76	7	57	81	5	13	0	0.85
2277636--2278330	55	12.3	54	85	9	824	27	28	20	23	1.99
2277636--2278820	110	10.7	110	79	11	1210	27	28	20	24	1.99
2278355--2278820	55	8.3	55	83	9	532	27	28	21	23	1.99
2277861--2278862	490	2.0	491	94	1	1760	26	28	20	25	1.99
2277658--2278862	435	2.7	433	77	10	1317	26	28	20	24	1.99
2279568--2279592	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279635--2279660	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2279615--2279681	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2282156--2282324	52	3.3	51	77	10	157	29	27	11	31	1.92
2282307--2282363	28	2.0	29	93	3	98	24	31	14	29	1.94
2282012--2282355	185	1.9	184	87	5	516	29	26	12	32	1.93
2282309--2282378	28	2.5	27	86	9	88	25	30	18	25	1.98
2292794--2292827	17	1.9	17	88	5	50	82	0	14	2	0.79
2294657--2294690	16	2.2	15	89	5	50	76	0	11	11	1.02
2294990--2295025	2	17.5	2	88	5	54	0	44	2	52	1.15
2299213--2299254	10	4.2	10	84	0	57	2	11	19	66	1.34
2299498--2299546	19	2.5	19	83	3	62	36	18	16	28	1.92
2299647--2299690	23	2.0	22	90	4	70	38	6	6	47	1.57
2302050--2302087	20	1.9	20	89	10	60	44	5	18	31	1.72
2303291--2303358	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2303312--2303336	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2303293--2303355	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2303398--2303423	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2303378--2303444	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2305884--2305956	27	2.7	27	85	6	94	26	30	20	23	1.99
2305942--2306163	51	4.3	53	82	8	242	30	25	11	32	1.91
2306146--2306219	28	2.6	28	87	4	96	24	32	18	24	1.97
2305791--2306273	263	1.8	261	89	1	752	28	26	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318576--2318631	12	4.8	12	80	10	62	83	12	3	0	0.76
2318577--2318631	17	3.2	17	87	5	76	85	10	3	0	0.72
2318580--2318631	22	2.4	21	84	9	68	84	11	3	0	0.74
2319608--2320207	55	10.4	54	79	11	549	26	30	20	23	1.99
2319763--2319845	26	3.0	29	65	22	77	28	33	20	16	1.95
2319769--2319856	29	3.1	29	62	15	76	26	36	19	18	1.94
2319786--2319874	26	3.3	26	68	20	83	28	35	17	17	1.94
2319645--2320207	170	3.3	170	84	7	617	26	30	20	22	1.98
2319643--2320207	225	2.5	226	85	6	732	26	30	20	22	1.99
2320920--2320975	19	2.8	20	78	7	69	39	12	14	33	1.83
2321011--2321078	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2321013--2321075	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2321032--2321056	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2321098--2321164	33	2.0	33	85	0	89	23	14	17	43	1.87
2323517--2323889	51	7.1	52	70	11	201	30	26	11	31	1.91
2323610--2323684	27	2.7	27	89	6	107	24	33	20	22	1.97
2323872--2323948	28	2.8	28	86	4	93	23	35	19	22	1.96
2323500--2323999	263	1.9	262	89	2	781	29	27	13	30	1.93
2327269--2327838	79	7.2	79	86	2	718	32	14	25	27	1.95
2327269--2327838	236	2.4	236	84	3	727	32	14	25	27	1.95
2327794--2327869	27	2.8	27	88	6	100	22	19	32	25	1.97
2330288--2330312	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330993--2331190	42	4.7	41	76	15	172	37	14	27	20	1.92
2331164--2331630	55	8.4	55	89	3	679	23	20	28	27	1.99
2332704--2332774	1	71.0	1	77	0	70	0	2	8	88	0.60
2332704--2332774	17	4.4	16	87	7	99	0	2	8	88	0.60
2332692--2332771	26	2.9	26	83	9	88	0	6	7	86	0.71
2332704--2332774	32	2.3	31	90	7	108	0	2	8	88	0.60
2332692--2332774	30	2.7	31	83	10	100	0	6	7	86	0.70
2347214--2347268	20	2.8	20	88	5	76	40	12	14	32	1.84
2347298--2347350	21	2.7	19	77	8	61	33	15	11	39	1.83
2360186--2360226	22	1.9	21	85	14	57	51	2	0	46	1.14
2360186--2360226	21	1.9	22	85	14	59	51	2	0	46	1.14
2360188--2360250	32	2.0	32	83	0	81	46	1	0	52	1.10
2362724--2362756	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2363018--2363056	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
2363162--2363227	33	2.0	33	84	0	87	39	13	13	33	1.84
2366655--2366695	15	2.7	15	84	3	55	31	4	0	63	1.15
2367814--2367881	33	2.1	32	88	2	100	38	13	14	33	1.85
2374046--2374083	13	2.9	13	92	0	58	31	15	15	36	1.90
2375974--2376016	21	2.0	21	91	8	70	32	0	30	37	1.58
2376676--2376701	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2376656--2376723	33	2.1	33	89	8	104	35	14	16	33	1.89
2378464--2378511	6	8.0	6	85	0	60	35	16	0	47	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2379182--2379238	20	2.8	21	91	5	98	47	3	8	40	1.52
2380235--2380302	27	2.5	27	79	15	70	54	0	1	44	1.09
2380260--2380303	17	2.5	18	88	3	63	56	0	0	43	0.99
2380566--2380603	19	2.0	20	85	10	53	55	0	0	44	0.99
2381216--2381282	29	2.3	29	87	5	91	46	0	0	53	1.00
2381229--2381324	29	3.2	30	82	11	99	36	1	0	62	1.02
2381229--2381329	31	3.3	32	81	13	99	37	0	0	61	1.03
2381498--2381538	22	2.0	20	90	9	64	39	0	0	60	0.96
2381688--2381764	16	4.7	15	73	23	59	45	0	0	54	0.99
2381717--2381797	36	2.2	36	82	4	101	48	0	1	50	1.08
2387973--2388029	22	2.6	22	80	0	60	73	0	22	3	0.98
2389469--2389509	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2389549--2389619	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
2389602--2389687	34	2.5	34	92	0	145	33	16	20	29	1.95
2389748--2389803	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
2389788--2389816	14	2.1	14	100	0	58	31	27	6	34	1.83
2389794--2389839	23	2.0	23	86	0	65	28	30	6	34	1.82
2389893--2389918	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
2390397--2390463	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2393201--2393242	21	2.1	19	86	8	57	57	0	2	40	1.12
2394116--2394167	17	3.0	18	81	18	58	40	1	0	57	1.10
2394575--2394604	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2394658--2394700	16	2.6	17	82	10	54	53	0	0	46	1.00
2395601--2395661	19	3.2	19	72	9	61	59	4	1	34	1.29
2395715--2395795	25	3.4	24	73	21	64	65	1	1	32	1.08
2396247--2396287	12	3.4	12	83	12	57	26	4	0	68	1.10
2396243--2396287	24	1.9	24	86	4	65	28	4	0	66	1.11
2396765--2396805	17	2.5	17	84	7	59	43	0	0	56	0.99
2397047--2397120	25	2.9	26	80	9	73	59	4	2	33	1.30
2397169--2397211	4	10.8	4	85	14	54	0	23	0	76	0.78
2397169--2397213	16	2.8	17	83	16	60	0	22	0	77	0.76
2397176--2397221	24	1.9	24	95	0	83	0	21	0	78	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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