genome.fa.s41.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold41
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2798036

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059935--2059994	16	3.8	17	82	14	67	41	20	16	21	1.90
2061217--2061278	26	2.5	24	80	20	65	46	0	0	53	1.00
2061316--2061383	16	4.2	16	82	1	91	52	2	2	41	1.31
2062149--2062183	16	2.2	16	89	0	52	45	17	14	22	1.84
2062310--2062365	27	2.0	29	86	6	80	66	1	14	17	1.34
2062497--2062546	16	3.1	16	78	13	57	60	0	6	34	1.21
2062504--2062565	18	3.6	17	81	10	56	61	1	3	33	1.22
2062624--2062671	20	2.3	21	79	13	55	47	2	0	50	1.12
2062660--2062690	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2070891--2070933	22	1.9	22	85	4	59	53	6	13	25	1.65
2076083--2076136	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
2077355--2077468	52	2.2	52	87	6	162	32	8	25	33	1.87
2077563--2077636	28	2.7	27	89	8	105	22	18	33	24	1.97
2077438--2077756	109	2.9	108	87	3	451	33	15	25	26	1.95
2077674--2077747	28	2.7	27	85	8	87	28	20	29	21	1.98
2077694--2077748	28	2.0	28	92	0	92	30	20	29	20	1.97
2077732--2077899	51	3.3	51	82	2	187	30	15	26	27	1.96
2080203--2080326	20	5.8	20	73	19	81	41	15	16	25	1.88
2083040--2083066	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2086997--2087040	21	2.1	21	82	0	52	29	11	4	54	1.56
2089240--2089304	33	2.0	33	90	6	105	38	13	13	33	1.85
2089269--2089306	20	1.9	20	94	0	67	42	13	10	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2089333--2089388	19	2.9	19	89	2	76	33	17	17	30	1.94
2089373--2089399	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2091545--2091768	58	3.9	57	80	4	225	25	10	14	49	1.75
2098144--2098168	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2098231--2098255	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2099008--2099250	67	3.8	67	78	12	303	38	12	23	25	1.90
2099011--2099304	122	2.4	121	92	1	480	38	12	23	25	1.91
2099205--2099725	49	10.8	49	82	8	592	32	17	25	25	1.97
2099254--2099730	92	5.1	92	89	4	711	32	17	25	24	1.97
2099254--2099730	191	2.5	189	90	4	748	32	17	25	24	1.97
2099718--2099820	33	3.3	31	86	8	145	17	18	33	30	1.94
2099831--2100748	71	13.2	68	91	3	1378	35	11	32	19	1.88
2099831--2100748	105	8.8	102	91	4	1387	35	11	32	19	1.88
2099831--2100748	34	26.5	34	89	5	1378	35	11	32	19	1.88
2109000--2109024	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2109087--2109111	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2110985--2111024	19	2.1	19	100	0	80	20	25	10	45	1.81
2113090--2113114	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2117028--2117060	14	2.4	14	100	0	66	27	0	12	60	1.32
2121884--2121908	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2121863--2121930	33	2.1	31	86	5	91	32	19	16	32	1.93
2122003--2122028	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2121983--2122050	33	2.1	32	86	8	93	35	13	16	35	1.87
2123668--2123703	10	3.6	10	88	11	56	11	0	0	88	0.50
2123667--2123704	16	2.4	16	91	8	60	13	0	0	86	0.56
2123673--2123703	9	3.3	9	95	4	53	9	0	0	90	0.46
2124523--2124548	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2124503--2124566	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
2124503--2124573	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
2125225--2125268	21	2.1	21	83	8	54	25	29	6	38	1.81
2126591--2126633	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
2127066--2127090	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2130999--2131043	22	2.1	21	84	8	56	22	15	6	55	1.63
2130988--2131043	21	2.7	21	75	13	62	23	14	7	55	1.63
2133261--2133286	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2133241--2133304	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
2133241--2133311	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
2134775--2134813	16	2.4	16	86	0	60	25	23	15	35	1.94
2136317--2136342	12	2.2	12	100	0	52	26	23	26	23	2.00
2136558--2136624	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2136578--2136602	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2136665--2136689	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2136698--2136825	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
2140779--2140821	22	2.0	22	90	0	68	41	2	2	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2141071--2141102	14	2.3	14	94	0	55	21	0	9	68	1.17
2142045--2142108	23	2.8	23	79	6	69	39	0	1	59	1.07
2142043--2142104	22	2.7	23	78	9	65	37	0	1	61	1.06
2142436--2142517	16	5.1	16	85	8	114	42	0	0	57	0.98
2142436--2142517	31	2.5	33	86	3	114	42	0	0	57	0.98
2143764--2143806	18	2.3	18	96	4	77	41	4	0	53	1.21
2144581--2144684	49	2.1	49	84	7	140	45	15	8	30	1.76
2145501--2145570	16	4.4	16	77	13	56	61	8	0	30	1.26
2157608--2157633	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2157657--2157729	32	2.3	32	92	0	128	35	16	12	35	1.86
2157665--2157727	19	3.6	19	70	24	66	36	15	12	34	1.86
2159516--2159715	101	2.0	100	93	2	339	45	14	14	26	1.82
2159671--2159757	43	2.0	43	91	4	140	36	10	16	36	1.82
2162999--2163059	30	2.0	30	100	0	122	26	19	19	34	1.96
2165599--2165645	2	24.0	2	95	4	87	51	0	0	48	1.00
2166344--2166382	21	1.9	21	84	5	53	46	0	0	53	1.00
2166685--2166732	13	3.5	13	78	15	51	60	2	2	35	1.20
2166676--2166736	29	2.1	30	87	3	88	52	1	1	44	1.20
2167058--2167090	13	2.4	14	95	5	59	48	0	0	51	1.00
2167072--2167179	31	3.0	36	82	13	118	39	4	4	50	1.44
2167286--2167451	30	5.7	29	73	17	123	50	3	3	42	1.35
2169139--2169972	154	5.5	154	75	8	422	40	17	15	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172799--2173367	283	2.0	283	89	2	883	39	14	16	30	1.88
2178367--2178393	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2178377--2178430	19	2.8	19	85	2	72	31	14	16	37	1.89
2178463--2178515	20	2.7	20	88	5	72	33	13	18	33	1.90
2182749--2182775	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2185221--2185261	12	3.0	14	80	20	59	34	14	14	36	1.87
2186356--2186662	76	3.9	79	84	5	401	33	14	25	26	1.95
2186602--2186774	51	3.4	50	84	4	213	33	12	26	27	1.92
2189111--2189140	13	2.3	13	94	0	51	43	13	13	30	1.82
2199529--2199557	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2200488--2200545	26	2.2	25	80	14	64	34	8	6	50	1.60
2201152--2201219	27	2.5	26	80	2	73	47	7	5	39	1.56
2202027--2202083	18	3.3	18	69	28	52	54	7	15	22	1.65
2204043--2204142	28	3.6	27	74	8	85	24	17	34	25	1.96
2204131--2204356	52	4.4	52	86	4	305	33	10	25	30	1.89
2204130--2204355	103	2.2	104	92	0	382	33	10	25	30	1.89
2206723--2206748	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2206772--2206823	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2206780--2206842	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
2206772--2206844	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
2207694--2208053	55	6.3	58	84	6	404	23	20	27	27	1.99
2207821--2207905	28	3.1	28	68	21	88	28	24	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2221644--2221738	28	3.4	28	82	2	111	25	17	31	25	1.97
2221731--2221952	52	4.3	52	81	10	224	35	9	23	31	1.87
2221723--2221951	103	2.2	104	90	3	356	34	9	24	31	1.88
2224265--2224290	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2224247--2224310	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2225491--2225516	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2225548--2225610	19	3.7	18	72	24	64	36	15	14	33	1.88
2225535--2225612	32	2.4	32	93	0	129	34	15	15	34	1.89
2233432--2233528	51	1.9	51	82	0	122	43	11	9	36	1.73
2238988--2240405	721	2.0	721	99	0	2800	36	11	16	35	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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