genome.fa.s41.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold41
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2798036

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1879459--1879484	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
1879471--1879512	21	2.0	21	95	0	75	28	16	9	45	1.79
1879529--1879580	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
1879529--1879601	32	2.3	32	92	0	119	34	17	12	35	1.88
1880113--1880251	51	2.7	52	87	3	192	42	12	15	30	1.83
1880728--1881172	63	7.0	62	75	6	313	33	15	23	27	1.95
1880972--1881142	61	2.8	61	82	2	207	32	15	26	25	1.95
1880852--1881172	125	2.5	126	81	3	378	32	14	23	28	1.95
1882159--1882199	21	1.9	21	90	5	64	9	2	7	80	0.99
1890440--1890509	20	3.8	20	69	18	69	35	10	15	38	1.81
1890421--1890506	35	2.3	37	86	7	113	34	8	15	41	1.76
1895492--1895618	63	2.0	63	96	0	236	39	13	16	30	1.87
1899945--1900150	101	2.0	101	96	0	376	22	18	17	40	1.91
1900606--1900659	21	2.6	21	85	2	65	18	20	0	61	1.35
1900620--1900663	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35
1901010--1901036	14	1.9	14	100	0	54	14	22	18	44	1.86
1902437--1902554	20	5.7	20	66	15	78	37	14	13	34	1.85
1902451--1902567	42	2.8	42	100	0	234	37	12	15	34	1.86
1902555--1902585	10	3.1	10	90	0	53	38	9	32	19	1.84
1905128--1905312	78	2.3	78	81	7	196	35	9	24	30	1.88
1905151--1905312	78	2.1	79	83	5	204	32	11	26	29	1.91
1906915--1906954	20	2.0	20	85	0	53	40	10	17	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1908472--1908980	49	11.0	46	75	12	300	26	24	18	30	1.98
1908472--1909430	101	10.0	92	73	11	535	25	25	17	31	1.97
1908655--1909474	49	16.6	49	73	9	481	24	25	17	32	1.97
1908473--1908826	88	4.0	88	86	5	473	27	25	18	27	1.98
1908751--1909025	150	1.8	150	81	3	347	24	24	17	33	1.97
1909156--1909430	150	1.8	150	86	3	401	23	24	18	33	1.97
1908740--1909571	403	2.1	403	92	0	1376	23	25	17	33	1.96
1914478--1914505	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
1915452--1915685	101	2.4	98	80	7	265	25	23	16	33	1.96
1915452--1915700	49	5.0	49	82	2	264	25	23	16	34	1.96
1915474--1915792	150	2.1	148	80	4	338	24	23	17	34	1.96
1916622--1916649	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1916603--1916669	33	2.0	33	88	5	100	41	13	14	29	1.85
1922270--1922442	43	4.0	43	89	4	265	35	9	20	33	1.86
1922264--1922449	44	4.2	44	88	3	284	33	10	19	36	1.86
1922275--1922444	89	1.9	87	92	4	288	35	9	21	33	1.85
1923925--1923985	30	2.0	30	100	0	122	45	9	27	16	1.79
1924993--1925374	165	2.3	164	76	8	375	30	11	9	48	1.71
1925935--1925966	13	2.6	12	90	9	55	75	0	25	0	0.81
1927448--1927992	156	3.5	155	80	5	564	24	16	20	38	1.93
1935385--1935410	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1944171--1944222	20	2.7	18	80	13	59	34	13	17	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1944249--1944302	20	2.7	20	85	0	72	35	11	18	35	1.86
1950209--1950242	17	2.1	17	88	5	52	17	0	23	58	1.38
1952209--1952264	22	2.6	21	76	15	53	46	1	30	21	1.62
1955149--1955200	22	2.3	23	93	3	88	59	11	11	17	1.60
1956134--1956184	20	2.5	20	83	0	66	39	13	11	35	1.82
1956792--1961063	28	148.8	28	85	6	4142	22	17	32	26	1.97
1956824--1960298	406	8.6	401	89	4	2610	21	18	32	27	1.97
1959644--1961112	82	17.4	81	85	6	1234	24	15	33	25	1.95
1959644--1961112	137	10.5	135	84	5	1234	24	15	33	25	1.95
1962472--1962514	22	1.9	23	85	4	61	4	11	11	72	1.27
1968638--1968689	22	2.3	23	93	3	88	59	11	11	17	1.60
1969623--1969673	20	2.5	20	83	0	66	39	13	11	35	1.82
1969886--1969926	20	2.0	22	85	9	59	46	14	14	24	1.82
1969949--1970007	19	3.1	19	81	11	66	32	15	16	35	1.90
1972170--1972211	20	2.1	20	100	0	84	40	21	14	23	1.90
1979441--1979519	36	2.2	36	97	0	149	53	10	17	18	1.72
1980253--1980517	34	8.0	34	73	12	194	33	16	15	35	1.90
1985039--1985123	43	2.0	41	95	4	152	36	11	11	40	1.79
1987531--1987557	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1987542--1987598	19	2.9	19	84	5	69	28	17	19	35	1.94
1995581--1995655	36	2.1	36	87	0	105	33	4	30	32	1.76
1996621--1996691	27	2.6	27	95	0	124	21	21	36	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1998816--1998944	52	2.5	52	93	0	222	27	17	17	36	1.93
1998816--1998964	52	2.9	51	88	2	208	29	17	18	34	1.94
1998953--1998977	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1999022--1999105	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
1999030--1999092	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
1999022--1999113	32	2.9	32	98	0	175	35	18	11	33	1.88
1999783--2000426	49	12.8	51	83	6	676	32	16	25	24	1.96
2000142--2000460	49	6.9	43	81	11	296	32	18	25	23	1.97
2000142--2000452	92	3.3	92	90	2	442	33	18	25	22	1.97
2000467--2000563	33	3.0	33	95	1	169	20	17	31	29	1.96
2000563--2000861	34	9.0	34	76	13	257	35	11	32	20	1.88
2000565--2000860	68	4.5	67	87	3	408	35	11	32	20	1.89
2000561--2000859	134	2.3	129	88	5	440	35	11	32	20	1.88
2000771--2000831	28	2.2	27	85	8	79	32	13	32	21	1.91
2000561--2000908	128	2.7	128	85	7	377	36	12	31	20	1.90
2000833--2000928	32	3.1	31	83	5	104	36	15	26	21	1.93
2002146--2002192	20	2.3	21	85	10	62	4	6	14	74	1.17
2004218--2004244	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2004197--2004263	32	2.1	32	91	2	107	26	16	16	40	1.89
2004180--2004264	20	4.7	19	72	20	74	28	16	17	37	1.92
2004180--2004283	52	2.0	53	83	5	131	29	17	17	35	1.93
2010229--2010319	3	30.0	3	88	8	123	64	0	1	34	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2010650--2010690	13	2.9	15	86	13	61	19	21	14	43	1.87
2010994--2011040	23	2.1	22	88	4	67	44	14	27	12	1.82
2011077--2011113	19	1.9	19	88	0	56	56	18	13	10	1.66
2017765--2017790	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2017747--2017810	32	2.0	33	87	3	94	42	14	14	29	1.84
2018888--2018961	21	3.6	20	83	3	85	37	9	18	33	1.84
2018888--2018938	20	2.5	21	90	3	86	39	7	19	33	1.81
2021395--2021597	101	2.0	101	86	7	288	29	22	11	36	1.89
2024137--2024394	137	1.9	137	86	3	367	40	17	14	27	1.88
2025531--2025564	16	2.1	17	88	5	52	61	23	0	14	1.33
2027638--2027693	19	2.9	19	86	2	76	33	12	21	32	1.91
2030129--2030180	20	2.6	21	76	14	56	40	0	23	36	1.55
2030290--2030326	13	2.8	13	87	0	56	37	13	13	35	1.84
2032933--2033538	307	2.0	307	96	0	1106	37	16	11	34	1.86
2036796--2036862	33	2.0	33	82	5	82	37	16	10	35	1.83
2036891--2036945	19	2.9	19	88	0	92	38	14	18	29	1.90
2036930--2036957	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
2036911--2036974	32	2.0	32	87	9	94	37	14	17	31	1.89
2038165--2038372	50	4.2	50	84	3	258	31	19	19	29	1.96
2038165--2038372	100	2.1	100	87	1	301	31	19	19	29	1.96
2042280--2042346	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2042825--2042850	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2042940--2042995	21	2.6	22	94	5	96	37	8	25	28	1.86
2043037--2043173	53	2.6	53	94	1	238	27	16	18	37	1.92
2043161--2043214	20	2.7	21	82	8	76	29	14	16	38	1.89
2043253--2043293	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2044291--2044481	50	3.8	49	86	3	238	32	17	17	31	1.94
2044293--2044481	100	1.9	99	88	1	288	33	17	17	31	1.94
2046551--2046605	28	2.0	28	89	7	85	50	7	0	41	1.30
2048866--2048896	6	5.2	6	92	0	53	0	3	16	80	0.83
2050411--2050445	12	2.9	12	86	0	52	48	34	17	0	1.47
2059901--2059938	16	2.2	18	86	9	53	52	5	5	36	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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