genome.fa.s41.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold41
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2798036

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868952--868985	12	2.7	13	86	9	52	58	0	0	41	0.98
869280--869315	18	2.1	18	89	5	56	38	0	0	61	0.96
871192--871243	22	2.4	21	84	9	68	69	1	0	28	0.99
871426--871474	16	3.0	17	77	17	50	57	0	0	42	0.99
872152--872299	16	9.2	16	70	22	71	39	0	2	57	1.13
872172--872233	22	3.0	21	84	11	74	41	0	3	54	1.16
872249--872320	16	4.6	16	77	5	58	50	0	0	50	1.00
872374--872403	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
872068--872578	233	2.2	236	91	3	830	41	3	4	50	1.41
872482--872553	16	4.6	16	78	14	69	44	0	0	55	0.99
872483--872553	10	7.8	10	72	23	50	43	0	0	56	0.99
872526--872558	15	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
872374--872563	16	11.6	16	66	21	65	42	0	2	54	1.18
875453--875499	21	2.2	21	84	0	58	46	0	12	40	1.42
875466--875505	21	1.9	21	89	0	62	45	0	10	45	1.37
879636--879695	11	5.5	11	71	11	52	0	0	75	25	0.81
880125--880169	18	2.4	19	85	3	56	0	0	77	22	0.76
880090--880166	23	3.3	23	74	7	66	1	0	72	25	0.92
880138--880170	13	2.6	13	90	4	50	0	0	81	18	0.68
880219--880273	26	2.0	28	89	6	87	14	85	0	0	0.60
880219--880273	29	1.9	29	92	3	94	14	85	0	0	0.60
880219--880291	26	2.9	26	78	9	80	19	80	0	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880219--880285	27	2.5	26	83	9	82	17	82	0	0	0.68
880232--880287	23	2.5	22	82	8	76	17	82	0	0	0.68
880228--880290	28	2.3	28	84	10	69	17	82	0	0	0.67
880326--880420	8	11.6	9	76	13	57	17	81	1	0	0.76
880326--880388	19	3.8	17	74	15	60	20	79	0	0	0.73
880327--880420	15	5.8	17	72	26	71	17	81	1	0	0.74
880320--880386	34	2.0	33	85	11	91	20	79	0	0	0.74
880361--880425	1	65.0	1	78	0	58	10	87	1	0	0.61
880315--880428	49	2.3	51	85	10	146	17	81	0	0	0.74
880316--880425	26	4.2	25	77	13	105	16	82	0	0	0.72
880431--880541	24	4.3	25	75	13	100	0	0	28	70	0.94
880682--880768	42	2.0	43	85	10	117	3	0	59	36	1.14
880713--880768	15	3.9	15	77	13	64	3	0	62	33	1.12
880710--880764	27	2.0	26	82	6	65	3	0	63	32	1.12
880833--880871	18	2.2	18	86	4	53	0	5	66	28	1.12
882479--882530	27	2.1	26	82	13	65	50	0	0	50	1.00
883073--883130	23	2.5	23	75	13	57	50	1	0	48	1.11
883371--883413	11	3.8	12	84	9	63	67	0	0	32	0.91
883399--883437	20	2.0	20	90	9	64	53	0	0	46	1.00
883398--883453	20	2.8	20	74	15	62	58	0	0	41	0.98
884392--884439	16	3.1	15	79	11	53	52	0	0	47	1.00
884730--884804	26	2.7	27	80	14	73	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884759--884891	21	6.6	19	73	18	99	49	1	0	48	1.10
884763--884885	6	20.7	6	67	26	50	49	1	0	48	1.10
884781--884883	22	4.4	23	73	21	72	49	1	0	48	1.12
885401--885468	35	1.9	36	84	3	93	42	0	1	55	1.08
885708--885762	18	3.2	18	69	23	55	52	5	0	41	1.24
885671--885766	10	9.6	10	68	21	51	56	3	1	39	1.22
885991--886032	20	2.1	20	91	8	68	61	0	0	38	0.96
890395--890440	15	2.9	16	78	12	51	50	2	0	47	1.13
890398--890482	31	2.7	31	80	10	86	55	2	0	42	1.12
893729--893804	17	4.4	18	73	23	56	50	0	3	46	1.20
893743--893820	32	2.4	34	85	10	108	50	0	1	48	1.09
893743--893848	27	3.4	34	73	21	106	53	0	0	45	1.06
893819--893855	19	1.9	19	88	0	56	64	2	0	32	1.07
896609--896860	131	2.0	124	83	9	312	22	10	11	55	1.65
897484--897585	50	2.0	50	98	0	195	21	22	11	44	1.85
901533--901559	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
901548--901598	27	2.0	24	85	14	68	45	3	0	50	1.20
902240--902272	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
903259--903368	42	2.6	41	77	17	118	51	1	0	46	1.11
908042--908112	33	2.1	33	81	7	79	45	1	1	52	1.18
909061--909091	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
912662--912702	21	2.0	21	95	0	73	46	29	4	19	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
913114--913201	29	3.0	29	75	11	99	51	0	2	46	1.13
916537--916645	50	2.2	48	85	4	155	55	7	31	5	1.50
918098--918126	2	15.0	2	92	7	51	51	0	48	0	1.00
921878--921919	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
922192--922230	16	2.2	19	86	13	57	48	0	0	51	1.00
925084--925125	3	14.3	3	95	5	77	30	0	0	69	0.89
925084--925122	20	2.0	20	100	0	78	30	0	0	69	0.89
926647--926681	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
928518--928579	29	2.1	28	85	11	79	38	0	3	58	1.15
929780--929827	24	2.0	25	87	4	71	54	2	2	41	1.24
931517--931552	17	2.1	18	89	5	56	44	0	0	55	0.99
932861--932893	17	1.9	17	88	11	50	36	0	0	63	0.95
933115--933185	20	3.1	23	72	17	58	43	0	1	54	1.08
933128--933168	20	2.0	21	90	4	66	46	0	2	51	1.14
933147--933206	28	2.1	28	85	11	79	38	0	1	60	1.07
933382--933446	22	2.9	22	83	4	85	55	1	0	43	1.09
933386--933480	22	4.5	22	71	22	71	54	1	1	43	1.14
933384--933545	15	10.7	15	69	20	65	56	1	1	40	1.18
934752--934776	10	2.5	10	100	0	50	28	0	8	64	1.22
935496--935657	84	1.9	84	80	5	184	36	8	6	48	1.61
935712--935774	32	1.9	33	81	9	76	36	1	3	58	1.23
935740--935787	19	2.5	19	80	6	53	31	2	2	64	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
935802--935841	20	1.9	22	90	10	66	25	0	10	65	1.24
935831--935889	22	2.6	21	81	10	64	33	0	0	66	0.92
935808--935870	29	2.1	30	82	8	76	31	0	3	65	1.09
935810--935878	21	3.1	22	76	15	63	33	0	2	63	1.09
936033--936072	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
940269--940353	19	4.3	20	66	28	58	38	1	0	60	1.05
940333--940404	32	2.2	33	90	2	110	47	0	0	52	1.00
940366--940407	17	2.5	17	80	3	50	47	0	0	52	1.00
942044--942098	23	2.3	24	87	9	85	49	10	0	40	1.38
942054--942100	23	2.0	23	100	0	94	46	12	0	40	1.42
946636--946691	22	2.7	21	81	13	62	55	0	0	44	0.99
947533--947648	31	3.5	33	73	16	91	59	0	0	39	1.03
947595--947644	6	8.8	6	75	20	54	62	0	0	38	0.96
947595--947644	11	4.5	11	78	12	57	62	0	0	38	0.96
947519--947657	28	4.9	27	73	17	104	59	1	0	38	1.11
947533--947648	19	5.9	18	72	18	81	59	0	0	39	1.03
947843--947880	17	2.3	17	90	4	60	26	0	0	73	0.83
947841--947880	10	4.3	10	78	18	50	25	0	0	75	0.81
948027--948063	5	7.4	5	93	0	65	0	78	0	21	0.75
948124--948169	17	2.8	17	80	9	60	63	0	0	36	0.95
948310--948374	19	3.6	19	68	16	57	61	0	0	38	0.96
948370--948399	14	2.1	14	93	0	51	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949199--949259	31	2.0	30	83	3	77	57	0	6	36	1.25
949933--949972	19	2.0	20	90	4	64	75	0	7	17	1.03
953195--953236	19	2.4	17	88	8	57	54	4	0	40	1.21
953195--953253	16	3.4	18	81	13	70	52	3	0	44	1.17
953918--953957	17	2.3	18	86	4	55	35	0	12	52	1.39
954085--954163	12	6.1	13	69	22	51	46	0	0	53	1.00
954093--954163	17	4.0	19	69	18	55	47	0	0	52	1.00
954089--954149	19	3.1	19	73	19	61	49	0	0	50	1.00
956120--956173	21	2.5	22	76	14	67	37	0	0	62	0.95
956127--956186	20	3.0	19	78	9	57	40	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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