genome.fa.s41.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold41
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2798036

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747230--747254	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
747317--747341	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
747350--747473	52	2.4	52	94	1	214	35	18	17	28	1.94
759805--759857	17	3.0	17	80	5	61	86	7	5	0	0.69
759804--759859	19	3.1	17	77	10	58	83	10	5	0	0.78
759804--759857	12	4.4	12	81	11	65	85	9	5	0	0.75
760878--762178	55	22.9	55	85	6	1329	26	29	20	24	1.99
761617--761701	26	3.2	26	62	15	64	29	36	18	15	1.92
762273--762364	42	2.2	43	80	9	100	17	28	11	42	1.85
762978--763045	19	3.9	19	74	21	76	36	11	13	38	1.81
762982--763042	32	1.9	32	96	0	113	37	13	13	36	1.83
763085--763110	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
765580--765615	17	2.1	17	94	0	63	22	38	25	13	1.91
765626--765849	52	4.3	52	82	4	227	29	25	12	33	1.92
765476--765748	149	1.8	148	85	5	379	28	24	14	31	1.94
765628--765849	105	2.1	104	82	2	257	29	25	11	33	1.91
765832--765908	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
765783--765987	107	1.9	107	83	5	261	26	28	15	29	1.96
765862--766066	79	2.6	79	82	1	232	24	30	16	28	1.97
772104--772192	46	2.0	46	81	2	108	42	15	7	33	1.76
773492--773538	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
774822--774866	23	2.0	23	82	8	56	40	6	4	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775213--775263	13	4.0	13	80	19	63	54	0	1	43	1.11
775225--775289	26	2.6	25	81	16	64	55	0	1	43	1.09
776392--776448	21	2.6	22	86	2	71	50	0	1	47	1.11
776777--776856	37	2.2	37	95	4	144	28	7	11	52	1.64
777299--777379	16	4.9	17	76	13	80	60	1	1	37	1.13
777309--777375	32	2.2	30	89	7	107	59	1	0	38	1.06
777333--777403	25	2.8	26	76	19	71	54	0	0	45	0.99
777316--777384	32	2.2	32	89	5	104	59	1	0	39	1.06
778093--778140	22	2.3	21	82	13	55	52	4	0	43	1.20
780409--780470	11	5.3	11	75	19	54	70	0	0	29	0.87
780380--780436	20	2.9	21	73	17	59	63	0	3	33	1.12
780410--780477	18	3.8	18	76	18	63	69	0	0	30	0.89
780422--780480	29	2.0	29	83	6	75	67	0	0	32	0.91
780541--780584	19	2.3	19	84	0	52	72	2	0	25	0.96
781185--781214	14	2.1	14	93	0	51	43	0	3	53	1.17
781806--781866	16	3.9	15	75	10	50	57	13	3	26	1.51
781831--781865	16	2.1	16	89	5	52	62	8	2	25	1.38
781967--782009	17	2.5	17	78	17	52	13	23	4	58	1.55
782529--782569	19	2.2	20	78	13	50	56	0	0	43	0.99
782545--782663	29	4.3	28	74	17	90	37	2	1	57	1.22
782540--782629	13	6.8	13	76	12	67	41	0	1	57	1.06
782557--782629	26	3.0	25	80	9	80	36	0	1	61	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783002--783045	12	3.5	12	84	6	52	65	0	0	34	0.93
783627--783668	11	3.8	11	78	12	50	40	0	0	59	0.97
783704--783744	19	2.1	20	90	4	66	31	0	2	65	1.05
783622--783738	28	4.1	27	72	23	89	39	0	1	58	1.08
783717--783814	12	8.2	12	72	8	58	36	1	4	58	1.24
783635--783755	50	2.4	52	81	14	132	39	0	1	58	1.08
784314--784374	20	3.0	20	80	4	59	44	0	0	55	0.99
785513--785546	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
785586--785617	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
787126--787155	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
788378--788415	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
788907--788950	21	2.0	24	86	13	67	52	6	4	36	1.49
791811--791848	20	1.9	20	84	10	51	68	7	5	18	1.34
795765--795953	93	2.0	93	98	0	369	29	14	15	40	1.87
799157--799232	21	3.5	22	79	12	77	55	0	0	44	0.99
799170--799232	21	3.0	21	88	2	92	55	0	0	44	0.99
799377--799429	27	2.0	27	81	7	63	33	1	0	64	1.05
799397--799573	87	2.1	85	90	3	275	41	2	2	53	1.28
799976--800070	16	6.1	16	67	25	53	42	2	3	52	1.29
801672--801731	31	2.0	31	83	9	79	56	3	1	38	1.26
802619--802668	20	2.5	20	83	0	64	48	0	0	52	1.00
802947--802977	16	1.9	16	93	0	53	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803653--803706	26	2.1	26	83	10	67	74	0	1	24	0.92
803653--803705	24	2.2	25	83	10	65	73	0	1	24	0.93
808589--808643	27	2.0	27	85	0	74	52	0	1	45	1.11
809120--809144	10	2.5	10	100	0	50	12	8	12	68	1.40
811740--811811	28	2.4	30	80	17	80	18	6	5	69	1.31
812082--812153	29	2.4	29	86	6	92	18	2	4	75	1.09
812111--812153	22	2.0	22	86	9	61	16	2	4	76	1.05
812253--812293	20	2.0	21	85	9	57	51	4	0	43	1.23
811730--812393	342	1.9	342	92	2	1111	38	4	6	51	1.47
812914--812939	9	2.9	9	100	0	52	23	34	11	30	1.90
815899--815960	3	20.7	3	86	0	70	25	33	6	33	1.82
815899--815957	24	2.5	24	94	0	100	25	33	6	33	1.82
815899--815960	21	3.0	21	82	0	79	25	33	6	33	1.82
815899--815966	27	2.5	27	85	4	93	23	33	7	35	1.83
817860--817903	19	2.6	17	82	17	56	75	0	6	18	1.02
818326--818372	20	2.3	20	81	0	58	38	2	0	59	1.09
819724--819753	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
819751--819926	36	4.9	35	70	17	112	47	1	0	51	1.11
821200--821333	50	2.7	50	81	2	162	34	12	18	34	1.89
822010--822054	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
822894--822922	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
823787--823837	25	2.0	25	81	7	59	52	1	0	45	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831940--831977	6	6.8	6	82	17	55	34	0	0	65	0.93
833280--833324	22	2.0	22	83	8	56	75	2	0	22	0.91
833901--834079	72	2.5	70	78	6	189	31	0	12	55	1.37
834706--834767	26	2.2	29	83	8	85	43	0	1	54	1.09
839072--839125	24	2.2	25	83	6	67	37	1	0	61	1.07
839118--839203	30	2.8	31	82	7	95	39	11	1	47	1.47
839163--839227	30	2.2	30	81	10	71	41	9	0	49	1.35
839490--839534	16	2.8	16	82	0	54	51	11	4	33	1.58
840510--840568	23	2.6	22	74	12	57	49	20	5	25	1.69
841809--841906	30	3.4	28	74	5	88	48	0	3	47	1.17
843027--843083	29	2.0	29	89	0	87	40	3	1	54	1.28
843509--843623	36	3.1	36	66	18	101	41	21	6	30	1.77
843475--843707	75	3.1	75	92	2	380	40	21	6	31	1.78
843760--843786	13	2.1	13	100	0	54	51	14	7	25	1.68
844140--844178	15	2.6	15	91	0	69	12	10	51	25	1.71
846081--846187	49	2.1	49	81	13	121	55	0	0	44	0.99
846108--846173	32	2.0	35	82	8	84	54	0	0	45	0.99
847606--847657	25	2.1	25	100	0	104	34	3	32	28	1.76
853551--853581	16	1.9	16	100	0	62	29	6	19	45	1.75
853797--853864	21	3.2	21	69	22	52	58	4	4	32	1.37
855186--855221	18	2.0	18	89	10	56	52	0	0	47	1.00
856080--856122	20	2.2	20	80	8	54	48	2	0	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856310--856364	28	2.0	28	89	7	85	60	1	5	32	1.30
856310--856371	28	2.2	28	85	8	81	59	1	6	32	1.32
856711--856743	2	17.0	2	87	6	50	51	0	0	48	1.00
859283--859316	16	2.1	16	88	0	50	32	8	2	55	1.45
867314--867358	19	2.4	19	85	7	56	44	2	2	51	1.26
867759--867783	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
867873--867916	19	2.3	19	92	4	70	36	0	2	61	1.09
868017--868065	27	2.0	24	84	15	64	44	0	2	53	1.12
868223--868278	17	3.5	17	79	18	66	33	1	0	64	1.04
868223--868264	14	2.7	15	89	10	59	40	0	0	59	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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