genome.fa.s414.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold414
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2018024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
504--529	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
483--549	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
569--632	19	3.7	18	76	23	75	35	14	12	37	1.83
591--615	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
572--632	32	1.9	32	96	0	113	36	14	13	36	1.85
1483--1549	34	2.0	33	88	2	98	44	11	16	26	1.82
2074--2655	61	9.9	60	85	8	745	24	19	30	25	1.98
2048--2655	115	5.2	117	84	7	774	24	19	29	25	1.98
2098--2655	238	2.4	236	91	2	915	24	19	30	25	1.98
2669--2695	13	2.1	13	100	0	54	22	22	14	40	1.90
3649--3702	12	4.4	13	83	6	60	0	7	7	85	0.75
3623--3689	12	5.3	12	78	7	62	0	11	4	83	0.78
3623--3701	29	2.8	29	78	14	85	0	11	5	83	0.79
3662--3701	17	2.4	17	91	4	64	0	10	2	87	0.63
3622--3698	37	2.0	40	85	7	106	0	11	6	81	0.85
3623--3699	15	5.4	14	74	14	61	0	11	5	83	0.81
9364--9397	17	2.0	17	88	0	50	5	26	17	50	1.69
16239--16410	52	3.3	50	77	11	166	31	12	26	29	1.92
16239--16579	53	6.5	52	69	17	195	31	12	26	29	1.92
16384--16468	27	3.1	27	83	5	109	27	21	29	22	1.99
16175--16579	213	1.9	213	88	3	618	31	13	26	27	1.94
16456--16574	51	2.3	53	85	7	154	33	11	22	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18378--18411	17	2.0	17	88	0	50	0	2	14	82	0.79
18932--18957	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
18911--18977	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
18997--19064	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
19019--19043	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
19000--19062	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
19368--19401	10	3.1	11	91	8	52	0	0	23	76	0.79
19906--19972	34	2.0	33	88	2	98	44	11	16	26	1.82
20095--20174	21	3.8	21	83	6	99	33	16	15	35	1.90
20596--20654	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
20905--20956	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
20905--20962	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
23001--23043	20	2.1	20	82	4	50	11	25	41	20	1.86
23475--23512	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
27423--27467	21	2.1	21	84	8	56	22	22	4	51	1.66
29348--29406	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
29687--29712	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
39482--39552	20	3.6	19	77	7	70	39	16	12	30	1.86
39522--39658	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
39708--39748	21	2.0	21	95	0	73	31	26	7	34	1.84
39812--39836	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
44340--44411	20	3.5	20	79	3	81	34	11	18	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51191--51264	28	2.7	28	80	2	87	25	27	20	27	1.99
51451--51722	32	8.3	32	77	9	230	30	30	15	23	1.95
51451--51727	64	4.2	64	79	6	272	29	30	16	23	1.96
51798--52052	52	4.7	53	74	9	203	23	23	16	36	1.95
51897--52202	61	5.2	60	72	13	215	24	25	13	36	1.92
51842--52105	112	2.4	113	87	4	367	23	25	15	36	1.94
52860--52941	34	2.4	34	93	0	137	39	15	12	32	1.85
52896--52920	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
52989--53043	20	2.7	21	86	11	78	29	14	10	45	1.79
59752--59899	74	2.0	74	93	0	251	37	15	17	29	1.91
75173--75255	42	2.0	41	90	4	132	46	14	13	25	1.80
77845--77886	21	2.0	21	81	9	50	57	2	7	33	1.39
78609--78694	29	2.9	30	81	5	95	39	2	15	43	1.59
78932--78968	14	2.4	16	86	8	51	40	2	8	48	1.47
79235--79291	29	1.9	30	86	10	82	54	3	7	35	1.45
85817--85885	32	2.2	32	79	10	79	49	8	2	39	1.49
89549--89778	58	4.0	57	80	6	259	47	12	9	30	1.73
89577--89778	29	7.0	29	65	14	87	47	12	9	30	1.73
89696--89774	28	2.8	27	70	14	70	51	8	7	31	1.61
89752--89796	18	2.5	18	92	7	74	51	6	8	33	1.59
89548--89777	115	2.0	116	86	2	320	46	12	9	30	1.74
89696--89854	76	2.1	75	86	5	214	49	9	8	32	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90667--90712	7	6.7	7	76	14	51	0	28	0	71	0.86
90666--90719	20	2.8	20	85	2	74	1	29	0	68	1.00
92388--92590	56	3.7	55	79	1	199	21	22	15	39	1.91
98106--98160	19	2.8	20	88	5	85	38	12	16	32	1.86
98146--98172	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
99129--99160	15	2.1	15	94	0	55	28	28	15	28	1.96
119009--119097	15	6.1	14	78	13	92	84	12	3	0	0.75
119024--119106	6	13.8	6	77	16	75	83	14	2	0	0.75
119008--119106	21	4.6	21	86	9	121	82	14	3	0	0.78
119009--119106	36	2.7	35	79	13	110	83	13	3	0	0.76
119009--119097	1	89.0	1	68	0	52	84	12	3	0	0.75
120133--120214	37	2.2	37	97	0	155	26	15	13	43	1.84
120133--120192	18	3.3	18	65	21	52	30	16	10	43	1.81
120580--120900	28	11.3	29	77	9	274	33	27	17	22	1.96
120579--120833	56	4.5	57	84	5	320	32	26	17	24	1.97
120579--120874	112	2.6	113	83	3	364	33	26	17	22	1.96
120922--121114	49	3.9	49	83	5	235	26	24	16	32	1.96
120935--121124	101	1.9	102	87	5	287	25	25	15	32	1.96
121805--121864	20	3.3	20	70	29	71	35	15	10	40	1.80
121818--121874	13	4.8	13	74	24	63	31	15	14	38	1.87
121805--121874	33	2.1	33	100	0	140	34	15	11	38	1.84
128472--128711	97	2.5	96	88	2	363	28	28	12	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142430--142495	8	8.1	8	76	15	64	84	9	1	4	0.81
142430--142493	19	3.2	19	84	6	74	85	7	1	4	0.78
142429--142492	27	2.3	28	91	5	103	84	7	1	6	0.84
143710--144218	28	17.7	28	82	5	534	28	29	17	24	1.97
143712--144218	117	4.4	114	84	3	581	28	29	17	24	1.97
147369--147603	97	2.4	97	90	0	371	29	29	12	28	1.93
150008--150078	20	3.6	20	81	11	85	36	14	16	32	1.89
150007--150059	19	2.7	20	88	2	81	37	15	16	30	1.90
153355--153400	10	4.2	11	79	17	51	17	15	58	8	1.61
153350--153415	13	5.5	13	74	22	63	16	13	57	12	1.65
153350--153417	23	2.9	23	91	2	100	16	13	58	11	1.62
153375--153509	23	5.8	23	75	12	105	11	8	58	20	1.60
153452--153506	24	2.3	24	87	6	76	10	10	60	18	1.59
153929--154039	47	2.3	48	85	1	152	37	14	13	34	1.85
158417--158446	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
160106--160171	21	3.1	20	85	10	78	40	15	10	33	1.81
160117--160191	21	3.7	20	82	7	78	36	13	12	38	1.82
161425--161457	11	2.8	12	86	4	50	15	3	3	78	0.99
166723--166848	61	2.1	61	81	0	144	32	11	28	26	1.92
166799--167176	52	7.3	52	79	3	332	38	16	21	23	1.93
166799--167196	156	2.5	155	76	4	395	37	16	21	23	1.93
167005--167196	104	1.8	104	84	2	260	36	17	21	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167865--167964	52	1.9	52	84	8	132	36	20	24	20	1.95
168209--168288	28	2.9	27	81	5	88	17	16	22	43	1.87
169195--169271	14	5.5	14	76	4	57	6	2	7	83	0.90
170678--170725	24	2.0	24	100	0	96	37	16	12	33	1.86
175430--175496	36	1.9	35	85	11	93	28	25	13	32	1.93
175954--175979	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
175934--175997	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
177863--177887	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
181069--181135	36	1.9	35	85	11	93	28	25	13	32	1.93
181593--181618	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13