genome.fa.s414.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold414
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2018024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  6  of  13  ( 1553 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775748--775796	22	2.4	19	83	12	62	79	0	20	0	0.73
779628--779654	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
780096--780137	20	2.0	21	86	4	59	19	35	28	16	1.93
782178--782248	20	3.6	19	86	7	81	30	14	16	38	1.89
782295--782323	13	2.2	13	100	0	58	34	17	13	34	1.89
782278--782346	33	2.1	33	89	5	104	31	13	20	34	1.91
783094--783299	67	3.1	67	81	2	218	45	14	23	16	1.84
783312--783524	80	2.6	81	81	7	254	42	14	26	16	1.87
783369--783625	41	6.2	41	77	6	200	42	13	26	18	1.87
783386--783626	81	3.0	80	80	10	238	42	13	25	18	1.87
783701--783788	40	2.2	40	82	8	99	46	18	19	15	1.84
785985--786555	155	3.7	153	80	5	549	38	19	16	24	1.93
786772--786828	28	2.0	30	83	13	75	28	1	0	70	0.98
786773--786821	23	2.0	25	88	7	75	28	0	0	71	0.86
795066--795158	31	3.0	30	80	1	96	56	9	6	26	1.55
797566--797624	28	2.1	29	84	9	77	54	5	8	32	1.53
798766--798816	3	17.0	3	95	0	93	31	0	1	66	1.03
798983--799025	19	2.3	19	83	0	50	44	4	0	51	1.22
799808--799865	28	2.0	31	83	10	77	44	1	0	53	1.10
803008--803033	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
807688--807718	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
809522--809566	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811756--811781	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
812678--812732	27	2.0	27	96	0	101	30	1	20	47	1.60
817891--817955	21	3.1	21	71	4	60	43	1	6	49	1.37
817962--818040	40	2.0	39	80	11	90	43	1	1	54	1.16
820467--820513	22	2.1	22	92	0	76	38	4	12	44	1.62
822966--823014	23	2.1	23	100	0	98	16	8	16	59	1.60
825535--825726	50	3.8	50	88	4	280	31	16	21	30	1.95
826782--826820	21	1.9	20	84	5	51	46	7	30	15	1.74
830119--830278	50	3.2	50	85	0	230	32	18	18	30	1.95
832303--832340	10	3.6	11	86	10	53	76	0	0	23	0.79
832301--832340	20	2.0	21	90	5	64	77	0	0	22	0.77
832308--832340	16	2.0	17	94	5	59	78	0	0	21	0.75
835215--835502	154	1.9	156	85	2	411	42	13	7	36	1.72
836713--836930	34	6.4	34	85	2	278	25	7	26	40	1.82
836713--836930	102	2.1	101	91	1	355	25	7	26	40	1.82
837235--837297	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
841362--841580	34	6.5	34	85	2	280	25	7	26	40	1.82
841362--841580	102	2.2	101	91	1	357	25	7	26	40	1.82
844925--845005	40	2.0	40	97	0	153	30	22	22	24	1.99
845399--845437	20	2.1	19	85	9	53	48	10	17	23	1.78
846487--846973	28	17.4	28	83	7	596	21	18	31	28	1.97
847234--847290	26	2.2	26	80	0	60	28	7	24	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858298--858379	28	3.0	27	79	13	87	26	17	31	24	1.97
858364--858531	52	3.3	51	81	2	183	32	11	23	31	1.91
858362--858695	51	6.4	51	71	11	212	32	12	25	30	1.92
858303--858695	211	1.9	211	86	5	571	31	13	26	29	1.94
861146--861170	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
861915--862749	55	15.0	54	86	8	974	22	21	29	26	1.99
861915--862775	171	5.1	169	85	8	1015	23	21	28	26	1.99
861915--862775	226	3.8	226	86	7	1106	23	21	28	26	1.99
863761--863799	20	2.0	20	89	0	60	2	5	5	87	0.75
876190--876271	28	2.9	28	78	7	87	25	18	32	23	1.97
876254--876587	51	6.4	51	70	11	185	32	12	24	30	1.92
876406--876481	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
876195--876587	211	1.9	211	85	3	558	31	13	26	29	1.94
878960--878985	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
878939--879005	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
879025--879092	19	3.9	18	73	23	74	39	14	10	35	1.80
879028--879090	32	2.0	32	93	0	108	38	15	11	34	1.83
887224--887347	20	5.7	20	67	23	81	40	10	16	33	1.82
891372--891428	19	2.9	19	75	15	62	77	0	10	12	1.00
891386--891453	30	2.2	32	84	5	86	75	0	7	17	1.03
899750--899776	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
901404--901440	19	1.9	19	88	0	56	48	10	16	24	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901858--902294	239	1.8	237	82	5	558	34	13	12	38	1.83
904460--904548	28	3.2	27	73	17	76	38	7	4	49	1.52
904897--904936	11	3.5	11	86	6	53	85	5	10	0	0.75
904897--904928	16	2.0	16	93	0	55	87	3	9	0	0.64
905261--905299	14	2.7	14	84	4	51	28	2	7	61	1.37
905567--905803	78	3.0	75	76	7	197	30	14	12	42	1.82
911165--911235	26	2.7	26	86	4	90	54	0	0	45	0.99
912719--912772	28	1.9	28	92	7	92	55	0	0	44	0.99
912738--912771	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
913227--913274	26	1.9	24	83	8	60	29	2	2	66	1.14
913324--913362	21	1.9	20	84	5	51	20	0	2	76	0.90
913576--913626	13	4.0	13	79	5	59	37	0	0	62	0.95
913576--913623	25	1.9	25	86	0	69	33	0	0	66	0.92
914148--914229	38	2.2	36	81	12	87	36	10	12	40	1.78
916613--916638	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
917269--917318	16	3.1	16	70	0	55	32	10	14	44	1.78
917962--917991	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
919125--919172	24	2.0	24	84	8	62	70	0	2	27	0.98
920018--920061	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
920547--920581	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26
920773--921021	129	1.9	129	90	0	390	35	4	6	53	1.47
922360--922396	13	2.7	14	83	8	58	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922366--922406	18	2.3	19	79	12	50	31	0	2	65	1.05
922987--923014	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
923249--923301	16	3.2	16	72	2	52	47	0	0	52	1.00
923248--923327	33	2.5	33	87	2	117	50	1	1	47	1.17
923367--923447	27	3.0	27	78	5	74	44	0	0	55	0.99
924123--924158	13	2.6	14	86	8	56	30	0	0	69	0.89
927046--927122	36	2.1	36	82	2	91	53	9	1	36	1.41
927057--927127	36	2.0	36	86	5	99	53	5	0	40	1.24
928658--928753	35	2.8	34	76	15	90	47	1	1	50	1.15
930640--930666	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
931630--931661	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
932792--932834	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
933197--933225	5	5.8	5	100	0	58	0	17	0	82	0.66
934524--934582	20	2.9	20	87	2	73	28	5	1	64	1.24
934734--934760	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
937149--937192	21	2.1	21	83	8	54	52	2	6	38	1.41
937290--937343	26	2.1	27	82	6	67	50	0	1	48	1.11
937330--937370	13	3.2	13	80	13	50	58	0	0	41	0.98
937306--937379	25	3.1	23	80	16	80	58	0	0	41	0.98
940089--940190	39	2.7	39	84	6	120	44	5	7	42	1.57
940615--940645	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
941552--941589	15	2.4	16	82	13	51	39	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
944442--944490	22	2.2	22	92	0	80	20	2	20	57	1.51
944465--944611	33	4.4	33	79	5	152	25	6	25	42	1.78
944468--944611	67	2.1	67	85	2	191	25	6	25	43	1.78
951418--951484	20	3.7	20	74	25	85	43	14	14	26	1.85
951436--951496	13	5.2	13	77	22	80	40	16	14	27	1.88
951418--951496	33	2.4	33	100	0	158	41	15	15	27	1.87
951559--951583	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
952464--952973	49	10.7	49	84	8	680	30	17	25	25	1.97
952508--952978	92	5.1	92	88	7	657	30	17	26	25	1.97
952973--953092	32	3.7	33	88	5	183	20	18	35	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13