genome.fa.s414.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold414
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2018024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1329374--1329413	15	2.7	15	92	0	62	27	0	15	57	1.38
1329492--1329523	16	2.0	16	93	0	55	21	0	21	56	1.43
1333940--1333992	20	2.7	20	100	0	106	32	11	18	37	1.87
1334071--1334095	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1334052--1334113	32	1.9	33	86	3	90	33	16	12	37	1.87
1334081--1334133	19	2.7	19	76	2	52	35	16	11	35	1.85
1339288--1339317	11	2.7	11	89	0	51	30	6	0	63	1.20
1348868--1348993	66	1.9	66	96	0	234	46	14	6	33	1.70
1354704--1354809	13	8.2	12	71	20	56	77	3	0	17	0.97
1354698--1354783	24	3.7	23	72	17	70	76	3	1	18	0.99
1354696--1354813	37	3.1	37	76	16	107	74	4	0	20	1.03
1354752--1354809	24	2.5	24	86	8	75	79	3	0	17	0.87
1354755--1354796	17	2.5	16	88	11	66	78	2	0	19	0.86
1354721--1354807	11	8.5	10	72	22	58	75	3	1	19	1.00
1360693--1360736	15	2.9	15	79	0	52	79	0	15	4	0.89
1363523--1363619	31	3.1	31	85	5	142	27	23	6	42	1.78
1363609--1363884	93	2.9	93	78	8	308	23	20	13	42	1.88
1363694--1364097	218	1.9	218	84	4	555	23	20	13	42	1.87
1363997--1364193	95	2.1	95	82	1	234	19	20	13	45	1.84
1363759--1364346	313	1.9	314	81	3	718	21	20	13	43	1.87
1364322--1364552	120	1.9	120	80	3	268	22	22	13	40	1.90
1364609--1364742	47	2.9	47	78	2	144	24	17	17	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1364850--1365158	43	7.0	42	71	15	108	19	26	17	36	1.94
1364942--1365047	51	2.1	51	87	5	151	19	27	21	31	1.98
1364993--1365481	43	11.3	43	80	4	430	19	26	16	36	1.94
1365001--1365485	129	3.8	127	79	5	481	20	26	16	36	1.93
1365587--1365775	42	4.4	43	77	4	177	25	31	13	28	1.94
1365587--1365793	85	2.4	84	79	4	227	24	31	13	30	1.93
1365827--1365934	42	2.6	42	75	8	103	17	25	16	39	1.91
1366061--1366163	42	2.5	42	84	6	120	22	29	15	33	1.95
1366546--1366889	85	4.0	85	80	7	349	14	26	17	42	1.87
1366544--1366886	170	2.0	172	81	7	405	14	26	17	41	1.87
1366669--1366872	44	4.8	42	70	9	164	15	25	16	42	1.87
1367477--1367525	8	6.2	8	80	17	50	71	0	2	26	0.97
1367484--1367526	17	2.5	17	81	7	52	72	0	2	25	0.97
1371246--1371293	21	2.4	22	80	16	59	22	22	10	43	1.84
1375794--1376003	20	9.4	20	69	20	123	42	11	16	29	1.84
1375794--1376034	92	2.7	92	92	1	407	42	11	17	28	1.84
1375985--1376045	31	2.0	30	96	3	113	45	9	21	22	1.81
1384886--1384975	20	4.5	20	84	5	103	30	17	12	40	1.86
1387085--1387196	51	2.2	51	82	6	129	32	23	11	33	1.90
1387183--1387256	28	2.6	29	82	6	98	28	31	16	24	1.96
1387349--1387466	51	2.3	51	86	0	164	30	25	11	32	1.92
1387132--1387413	110	2.6	108	80	5	345	29	25	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1387400--1387619	79	2.8	79	85	0	296	27	24	13	34	1.93
1396683--1397290	209	2.9	211	88	1	862	30	12	27	29	1.93
1396742--1397290	52	10.5	52	67	16	251	31	12	26	29	1.92
1397095--1397179	27	3.1	27	80	5	100	27	18	29	24	1.98
1396708--1397230	104	4.9	106	69	14	344	30	12	27	29	1.93
1397167--1397285	51	2.3	53	85	7	154	33	11	22	31	1.90
1399633--1399699	33	2.0	33	85	0	89	43	17	14	23	1.87
1399719--1399786	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1399741--1399765	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1399722--1399784	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1404280--1404327	18	2.7	18	90	3	71	87	2	10	0	0.62
1404281--1404327	8	5.5	8	83	14	58	87	2	10	0	0.63
1405682--1406607	59	15.9	59	87	5	1139	24	21	28	25	1.99
1420023--1420104	28	2.9	28	83	7	96	25	17	32	24	1.96
1420087--1420466	52	7.3	51	71	10	214	30	12	27	29	1.93
1420238--1420313	27	2.8	28	85	2	91	19	19	35	25	1.95
1420013--1420634	211	3.0	209	89	2	908	30	13	27	28	1.94
1420453--1420523	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
1420013--1420575	107	5.3	106	71	12	424	29	13	28	28	1.94
1420088--1420629	52	10.3	53	66	15	171	30	12	26	29	1.93
1423000--1423025	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1422979--1423045	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1427594--1427635	10	4.0	10	85	11	57	85	0	14	0	0.59
1427586--1427632	18	2.7	18	90	3	69	87	2	10	0	0.63
1427586--1427632	8	5.5	8	83	14	58	87	2	10	0	0.63
1428601--1429042	117	3.8	115	78	9	443	25	24	19	30	1.98
1428601--1429048	61	7.6	62	77	10	415	24	24	19	31	1.98
1428601--1429048	178	2.6	177	84	5	545	24	24	19	31	1.98
1429042--1429205	45	3.7	45	81	8	167	20	25	12	41	1.87
1429097--1429205	42	2.5	42	86	2	137	22	22	14	40	1.90
1429208--1429307	41	2.4	41	79	8	114	15	27	12	46	1.80
1429973--1430046	20	3.7	19	85	7	94	27	16	14	41	1.87
1432873--1432981	51	2.2	49	77	12	116	40	11	22	25	1.88
1433068--1433140	28	2.6	28	88	0	101	26	17	28	27	1.98
1432990--1433188	107	1.9	107	82	4	258	32	14	25	28	1.94
1433124--1433240	51	2.3	50	83	2	135	29	11	27	31	1.91
1433175--1433349	79	2.2	79	82	6	212	29	14	28	27	1.96
1432852--1433421	237	2.4	237	88	4	821	33	12	26	27	1.93
1433301--1433372	28	2.6	27	89	8	101	25	19	33	22	1.97
1433222--1433421	107	1.9	107	82	2	258	31	13	28	27	1.94
1435795--1435820	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1436496--1436595	42	2.4	42	80	8	116	42	9	29	20	1.82
1436616--1436716	42	2.4	43	83	6	125	46	14	24	13	1.82
1436738--1437446	61	12.2	59	82	9	717	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1436732--1437445	232	3.1	231	85	6	880	26	20	26	26	1.99
1437366--1437448	26	3.1	26	63	13	69	27	22	25	24	2.00
1438514--1438586	1	73.0	1	72	0	56	2	4	6	86	0.78
1438514--1438586	11	6.8	11	77	12	71	2	4	6	86	0.78
1438541--1438584	19	2.3	19	96	0	79	0	0	11	88	0.51
1451208--1451276	28	2.5	28	83	11	88	27	17	30	24	1.97
1453638--1453693	20	2.8	20	94	0	103	39	10	16	33	1.83
1453731--1453756	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1455630--1455673	15	2.9	15	90	6	63	88	6	0	4	0.62
1456817--1456876	29	2.1	30	84	6	79	31	23	15	30	1.95
1456863--1456944	13	6.3	12	72	18	58	34	10	18	36	1.86
1456964--1457465	30	16.9	29	79	11	387	30	32	17	19	1.95
1458418--1458491	20	3.7	19	76	7	67	33	16	10	39	1.83
1462657--1462696	20	2.0	20	90	9	64	55	5	10	30	1.54
1462707--1462744	20	1.9	20	88	0	58	63	2	10	23	1.39
1465173--1465231	29	2.0	30	86	3	84	32	15	8	44	1.76
1465209--1465241	10	3.4	10	91	8	59	21	9	9	60	1.54
1466226--1466265	9	4.4	9	87	0	62	85	0	0	15	0.61
1466226--1466280	27	2.0	27	89	0	83	80	0	3	16	0.86
1466391--1466415	5	5.0	5	100	0	50	20	20	20	40	1.92
1470467--1470539	16	4.6	16	77	0	83	39	31	1	27	1.65
1470467--1470539	32	2.3	32	87	0	101	39	31	1	27	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1480876--1480909	17	2.0	17	100	0	68	58	11	17	11	1.62
1487227--1487270	21	2.1	21	100	0	88	40	4	4	50	1.43
1493364--1493653	147	2.0	146	81	9	340	43	7	9	39	1.65
1494284--1494338	21	2.6	21	94	0	101	36	10	14	38	1.81
1494529--1494587	18	3.1	18	70	13	55	54	11	1	32	1.47
1495325--1495591	131	2.0	131	92	0	444	38	17	9	33	1.82
1500507--1500577	20	3.5	20	79	7	72	33	8	14	43	1.75
1500742--1501012	144	1.9	143	86	5	386	45	7	8	38	1.64
1503160--1503207	16	3.1	16	77	14	55	75	2	18	4	1.07
1503190--1503222	6	5.5	6	86	13	50	84	0	15	0	0.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13