genome.fa.s414.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold414
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2018024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  5  of  13  ( 1553 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
632852--632954	32	3.2	32	94	0	179	37	18	10	33	1.85
632879--632935	13	3.9	13	72	24	51	35	17	12	35	1.87
632860--632955	19	5.7	19	68	26	81	38	17	10	33	1.84
640000--640094	42	2.3	42	90	0	154	36	20	13	29	1.91
641343--641375	12	2.9	11	91	8	57	36	36	6	21	1.78
642312--642432	62	2.0	62	85	3	163	28	14	15	40	1.87
644851--644917	33	2.0	33	91	0	107	34	31	7	26	1.84
644889--645108	78	2.8	78	84	4	273	26	22	12	38	1.90
649399--649464	24	2.8	24	75	9	71	46	0	6	46	1.27
650482--650563	32	2.8	27	71	18	74	46	0	0	53	1.00
650499--650548	17	3.1	17	70	18	52	50	0	0	50	1.00
650874--650912	19	2.1	18	90	4	60	41	2	0	56	1.13
651453--651482	16	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
652555--652612	24	2.4	24	77	11	73	62	3	1	32	1.22
652642--652699	23	2.5	23	94	0	98	32	1	1	63	1.14
652642--652709	23	3.1	21	86	12	86	35	1	1	61	1.14
654936--654963	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
656308--656340	10	3.3	10	91	8	50	45	0	0	54	0.99
656331--656377	23	2.1	22	84	7	60	42	0	4	53	1.20
656299--656421	61	2.0	60	83	12	153	43	1	1	52	1.20
660231--660266	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
660937--660961	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660961--661011	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
662917--662958	23	1.9	21	85	9	57	57	0	4	38	1.20
663135--663204	19	3.9	19	67	25	53	61	0	1	37	1.05
663137--663232	27	3.3	29	83	14	101	58	0	3	38	1.14
663239--663288	11	4.2	12	76	16	50	58	2	0	40	1.10
663916--663972	16	3.8	15	79	13	55	61	0	0	38	0.96
663948--663980	9	3.9	9	84	15	52	66	0	0	33	0.92
663915--663973	15	3.9	15	74	17	50	62	0	0	37	0.95
664076--664118	17	2.4	19	88	7	63	60	2	0	37	1.10
665528--665569	20	2.1	20	86	0	57	52	0	4	42	1.22
666141--666249	19	5.7	19	69	20	59	41	0	0	57	1.05
666855--666926	36	2.0	36	100	0	144	19	22	11	47	1.80
673639--673670	16	2.0	16	100	0	64	56	12	6	25	1.59
679684--679754	20	3.5	20	84	1	70	38	12	16	32	1.87
687016--687052	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
688882--688914	14	2.3	15	89	5	50	48	12	18	21	1.80
689040--689081	14	2.9	15	79	10	52	50	2	0	47	1.14
689503--689553	20	2.5	21	78	9	61	39	1	0	58	1.09
689568--689631	18	3.7	18	75	25	75	42	0	0	57	0.98
689569--689630	32	1.9	33	93	3	108	41	0	0	58	0.98
689568--689633	17	3.9	18	77	18	79	42	0	0	57	0.98
689573--689672	28	3.4	29	81	12	107	38	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
689573--689670	18	5.5	18	67	20	55	37	0	0	62	0.96
689574--689680	39	2.9	37	85	10	125	37	0	0	61	1.02
690126--690158	15	2.1	16	88	5	50	33	0	0	66	0.92
690322--690381	21	3.0	21	78	11	63	56	0	0	43	0.99
695650--695734	30	2.8	31	78	5	86	23	12	15	48	1.79
702060--702206	79	1.9	79	84	5	199	37	12	21	27	1.90
702218--702336	51	2.3	51	80	5	143	38	10	21	30	1.86
702228--702478	130	1.9	131	86	2	362	40	11	17	30	1.85
702219--702506	131	2.2	131	82	3	375	37	10	21	30	1.87
702401--702608	80	2.6	80	80	3	233	37	8	22	32	1.84
702581--702630	23	2.2	23	82	7	57	62	2	6	30	1.31
705616--706601	61	15.6	61	73	10	624	33	16	22	27	1.95
705729--706037	128	2.4	129	81	4	347	35	14	21	27	1.93
705616--706629	188	5.3	183	76	11	634	33	16	22	27	1.95
705699--706629	127	7.4	126	76	9	693	33	16	22	27	1.95
710107--710233	52	2.4	52	88	0	200	29	18	16	35	1.93
710244--710268	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
710313--710397	32	2.7	32	87	1	127	40	14	11	34	1.82
710433--710474	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
711271--711306	10	3.6	10	88	0	54	0	2	8	88	0.59
713705--714083	79	4.8	78	82	5	417	33	13	24	28	1.93
713962--714190	107	2.1	107	87	4	320	31	15	26	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
714040--714110	28	2.5	28	90	0	106	26	19	29	23	1.98
713883--714267	186	2.1	186	86	2	524	32	13	25	28	1.94
714067--714408	79	4.3	79	77	9	340	32	11	25	30	1.91
714066--714408	158	2.2	157	81	5	390	32	11	25	30	1.91
713804--714344	265	2.0	264	83	4	680	32	12	25	29	1.93
714067--714408	157	2.2	158	81	5	390	32	11	25	30	1.91
716635--716744	50	2.2	50	91	0	175	40	14	17	27	1.88
717304--717578	122	2.2	122	87	1	381	40	13	23	22	1.89
717457--717659	44	4.7	44	71	8	155	40	11	23	23	1.88
717662--718253	62	9.6	62	87	3	732	28	19	27	24	1.99
719179--719255	5	15.4	5	77	12	52	0	11	6	81	0.85
719187--719242	7	7.6	7	86	6	67	0	12	5	82	0.83
719182--719267	24	3.7	23	78	9	77	0	10	8	81	0.88
719226--719271	5	9.0	5	80	4	56	0	4	15	80	0.86
719220--719271	15	3.6	14	80	14	52	0	3	15	80	0.85
726795--726838	15	2.9	15	80	16	54	2	15	0	81	0.78
726800--726837	13	2.8	13	88	11	51	0	18	0	81	0.69
726795--726840	24	1.9	24	82	8	58	2	17	0	80	0.81
727817--727906	29	3.1	29	86	0	126	22	24	25	27	2.00
727947--728126	48	3.8	48	90	0	270	34	17	27	20	1.95
728241--729466	56	20.3	56	79	10	488	21	19	28	30	1.97
728252--728517	84	3.2	83	80	3	291	25	18	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728476--729473	32	32.5	32	83	7	884	20	19	28	31	1.97
728448--729475	96	11.2	96	83	6	999	21	18	28	31	1.97
728252--729472	32	40.6	28	81	8	661	21	18	28	30	1.97
729478--729879	27	14.7	27	86	3	500	30	14	31	23	1.94
729444--729879	109	4.0	109	83	3	541	29	14	31	24	1.95
729485--729886	82	4.9	82	83	3	522	31	14	31	23	1.94
731149--731217	35	1.9	36	82	11	88	7	13	10	69	1.36
741680--741739	25	2.4	25	88	0	93	38	18	15	28	1.91
745908--746109	79	2.6	79	84	1	253	31	13	26	29	1.94
745986--746215	107	2.1	107	84	3	302	31	15	26	26	1.96
746068--746136	28	2.5	28	90	0	111	31	21	24	21	1.98
745803--746294	186	2.7	186	81	6	543	32	13	25	29	1.93
746093--746436	79	4.4	79	86	0	438	32	13	25	28	1.94
748816--748883	20	3.8	20	72	25	78	45	13	14	26	1.82
748834--748865	13	2.5	13	100	0	64	40	15	15	28	1.88
748816--748883	33	2.1	33	97	0	127	45	13	14	26	1.82
758488--758733	77	3.2	73	75	14	219	33	13	23	30	1.92
758665--758767	53	2.0	52	90	7	165	43	8	18	29	1.80
758719--758905	79	2.3	78	83	8	234	37	11	22	27	1.89
758791--759011	81	2.8	78	75	8	196	40	9	21	28	1.85
761462--761515	20	2.6	22	88	8	78	29	14	12	42	1.83
763590--763636	21	2.2	21	77	7	51	29	17	12	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767566--767611	24	1.9	24	95	0	83	26	26	6	41	1.80
767868--767983	24	4.9	24	76	16	75	62	0	0	37	0.96
767897--767983	5	18.8	5	75	21	75	63	0	0	36	0.95
767897--767985	13	6.8	13	78	17	71	62	0	0	37	0.95
767882--767985	25	4.4	24	72	16	74	62	0	0	37	0.95
771974--772325	154	2.3	151	83	3	409	44	17	11	26	1.82
772243--772404	82	2.0	82	90	0	252	43	14	13	28	1.84
774434--775185	167	4.5	164	78	7	635	30	10	9	50	1.68
775592--775632	19	2.2	18	91	4	64	70	4	7	17	1.28
775748--775796	12	4.2	12	72	17	50	79	0	20	0	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13