genome.fa.s414.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold414
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2018024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181573--181636	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
185711--185751	22	1.9	22	85	5	57	70	4	12	12	1.31
189812--190662	28	29.8	28	81	9	458	26	16	29	27	1.97
189792--189948	62	2.5	62	83	4	192	28	15	26	30	1.96
189906--190362	86	5.3	85	77	12	441	24	17	28	29	1.97
189906--190662	109	6.7	113	80	9	530	26	16	29	27	1.97
189807--190329	205	2.6	198	82	11	560	24	17	27	30	1.97
190161--190266	32	3.4	32	85	10	132	21	16	28	33	1.96
190338--190677	27	12.4	27	89	3	466	29	13	32	24	1.94
190253--190685	82	5.2	82	85	5	480	29	14	31	25	1.94
190293--190677	55	7.0	54	85	5	459	29	14	31	24	1.94
190338--190677	55	6.2	54	87	4	466	29	13	32	24	1.94
192004--192050	22	2.2	22	85	7	62	6	10	6	76	1.15
198531--198569	20	2.0	20	89	0	60	0	28	0	71	0.86
198530--198569	17	2.3	18	83	12	57	0	27	0	72	0.85
203379--203404	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
210236--210373	51	2.7	52	85	6	167	42	15	15	27	1.86
210429--210483	20	2.7	20	85	2	74	32	20	9	38	1.84
211201--212257	70	15.2	70	71	14	547	37	14	22	25	1.92
211201--212255	146	7.6	142	72	13	515	37	14	21	25	1.92
211424--211957	201	2.6	203	83	3	642	38	14	20	25	1.91
211861--212320	203	2.3	201	85	3	620	36	14	21	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211987--212604	63	9.6	62	78	9	469	35	15	22	26	1.94
211917--212160	133	1.8	131	79	4	283	36	15	22	25	1.93
212190--212604	124	3.3	123	80	7	458	34	16	22	26	1.95
212190--212604	187	2.2	189	88	2	611	34	16	22	26	1.95
213811--213975	32	5.2	32	78	6	151	28	32	19	20	1.97
213811--213970	62	2.5	63	75	7	155	28	31	19	20	1.97
214091--214258	49	3.2	49	72	18	138	25	29	14	30	1.95
214005--214275	110	2.5	110	88	2	384	24	27	14	33	1.94
215166--215285	51	2.4	50	84	1	150	30	15	10	43	1.80
217900--217924	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
217881--217945	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
220440--220478	20	2.0	20	94	0	69	33	20	7	38	1.81
224960--224993	3	11.3	3	87	0	50	29	32	0	38	1.58
226644--226731	19	4.9	19	78	17	98	37	15	15	30	1.90
226684--226741	13	5.0	13	76	23	67	39	15	15	29	1.88
226665--226741	32	2.4	32	100	0	154	40	15	15	28	1.88
227995--228170	79	2.2	79	82	2	201	32	14	24	28	1.94
228130--228200	28	2.5	28	90	0	106	28	21	28	22	1.99
228156--228363	78	2.7	78	87	3	303	30	15	26	26	1.96
228158--228407	78	3.2	77	81	6	272	31	16	25	27	1.96
228344--228525	51	3.5	51	81	2	211	34	12	24	29	1.91
230948--230999	21	2.6	21	90	6	81	32	15	13	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235829--235902	21	3.6	20	87	3	85	40	12	16	31	1.85
235950--235987	20	1.9	20	88	0	58	34	7	10	47	1.67
238646--238679	14	2.5	14	90	4	52	29	0	5	64	1.17
242717--242790	21	3.6	21	69	14	55	47	12	10	29	1.75
242733--242788	20	2.7	21	75	2	60	42	12	14	30	1.82
242813--242870	20	2.8	20	84	5	71	39	13	15	31	1.86
245276--245380	54	1.9	54	86	0	147	27	23	7	40	1.82
245409--245506	50	2.0	49	82	6	117	27	18	7	46	1.75
245394--245630	126	1.9	126	83	4	307	29	23	8	39	1.83
245519--245634	50	2.3	51	89	1	171	29	25	8	37	1.85
246547--247207	333	2.0	333	85	3	902	28	10	8	52	1.64
246547--247364	166	4.9	167	81	5	829	28	11	7	51	1.65
247843--247895	21	2.4	23	81	12	67	77	0	15	7	0.98
247854--247896	10	4.3	10	83	16	54	79	0	11	9	0.95
248960--249581	160	3.9	160	90	2	883	35	10	12	41	1.77
256246--256848	47	12.9	47	76	8	469	23	19	16	40	1.91
256246--256845	140	4.3	140	79	5	559	23	20	16	40	1.91
257163--257231	20	3.5	19	84	4	75	37	14	18	28	1.91
264366--264391	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
265970--265994	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
270083--270169	36	2.5	36	84	3	115	33	12	20	33	1.90
270083--270185	34	2.9	35	77	9	111	34	10	24	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270081--270231	31	4.6	33	76	13	125	33	11	22	31	1.90
270679--271482	42	19.1	41	66	12	154	18	32	13	35	1.90
270643--271465	85	9.8	85	78	6	665	18	32	14	35	1.91
270699--271231	170	3.1	169	90	2	795	17	33	13	35	1.90
272734--273446	166	4.3	164	83	6	798	28	11	8	51	1.67
272734--273446	332	2.1	329	83	5	882	28	11	8	51	1.67
274084--274135	21	2.5	22	81	15	65	78	0	13	7	0.94
275681--275733	19	2.7	20	88	2	63	30	18	13	37	1.89
275662--275733	20	3.7	19	79	7	74	29	18	13	38	1.89
275779--275808	13	2.3	13	100	0	60	40	16	6	36	1.75
275765--275829	33	2.0	33	87	6	96	40	13	12	33	1.82
279890--279963	20	3.7	20	90	3	114	43	13	16	27	1.85
280577--280848	42	6.6	40	73	14	146	41	12	27	18	1.86
280852--281078	61	3.8	60	81	4	244	26	21	27	24	1.99
282047--282171	1	125.0	1	67	0	61	1	7	8	83	0.88
282061--282170	11	9.9	11	76	6	98	1	5	9	83	0.86
282062--282152	20	4.2	21	75	10	94	2	4	9	83	0.87
282064--282171	42	2.5	42	86	7	148	1	5	9	83	0.88
282052--282171	30	3.9	30	75	17	68	1	6	8	83	0.88
282052--282170	23	5.4	22	75	11	100	1	6	8	83	0.88
285287--285386	52	1.9	53	83	6	132	36	15	16	33	1.89
285353--285407	20	2.8	20	86	5	67	36	12	18	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285429--285480	13	3.5	13	73	26	50	34	19	15	30	1.93
292068--292176	20	5.9	18	76	22	86	42	12	16	28	1.85
292089--292158	33	2.1	33	97	0	131	41	14	17	27	1.87
292069--292175	53	2.0	52	85	10	146	42	13	16	28	1.86
292108--292138	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
292661--292712	25	2.1	25	96	0	95	28	19	13	38	1.89
293681--293737	19	2.9	19	75	14	53	38	10	17	33	1.84
295944--295995	26	2.0	27	84	3	70	23	30	17	28	1.97
299977--300022	20	2.3	20	78	10	51	58	13	21	6	1.57
301133--301237	30	3.5	30	86	2	156	23	28	14	33	1.94
301260--301606	62	5.6	62	81	2	374	24	22	18	35	1.96
302236--302286	20	2.5	20	87	3	66	45	11	13	29	1.79
302234--302307	21	3.6	20	83	3	76	40	13	16	29	1.86
303991--304057	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
304011--304035	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
304098--304122	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
304131--304258	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
307402--307457	19	2.8	20	81	8	69	26	14	17	41	1.88
307759--307824	32	2.0	33	88	2	98	37	12	13	36	1.82
307865--307889	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
313145--313188	21	2.1	21	95	0	79	63	0	15	20	1.31
313145--313201	21	2.7	21	88	0	69	63	0	17	19	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314002--314532	156	3.4	156	84	3	619	36	20	19	22	1.95
318393--318422	3	10.0	3	92	0	51	36	0	33	30	1.58
325746--325874	52	2.5	52	97	0	249	27	18	18	34	1.95
328457--328522	21	3.1	22	74	14	57	43	0	27	28	1.55
328484--328528	21	2.2	21	92	4	74	37	0	35	26	1.57
328490--328529	21	1.9	21	100	0	80	37	0	32	30	1.58
330122--330692	167	3.5	165	79	7	552	49	8	11	29	1.69
331730--331754	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
331710--331774	33	2.0	33	84	6	87	30	15	13	40	1.86
338406--338447	15	2.8	15	88	0	66	30	14	2	52	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13