genome.fa.s488.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold488
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2093548

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1575381--1575667	84	3.3	84	88	4	412	25	26	19	28	1.99
1575157--1575667	87	6.0	87	77	13	488	27	25	18	28	1.98
1575584--1575913	49	6.6	49	75	8	265	23	25	17	33	1.96
1575584--1575912	151	2.2	150	83	3	387	24	25	17	33	1.96
1579496--1579559	33	2.0	32	87	3	92	26	12	21	39	1.89
1579590--1579641	21	2.5	21	81	9	63	28	17	15	38	1.90
1585359--1585403	11	4.0	11	85	2	63	0	8	2	88	0.58
1587241--1587373	58	2.3	57	80	3	149	48	13	11	27	1.76
1590106--1590419	160	2.0	159	85	3	425	39	14	11	34	1.82
1592135--1592593	167	2.8	165	84	5	561	52	10	10	27	1.67
1593518--1593612	42	2.3	42	79	3	102	42	18	23	15	1.89
1593518--1593706	83	2.3	82	76	8	193	41	19	23	15	1.89
1593519--1594077	84	6.6	84	72	6	349	38	17	24	18	1.92
1593886--1594077	42	4.5	42	75	8	149	38	18	23	19	1.94
1594160--1595309	44	26.0	44	69	13	494	38	15	24	21	1.92
1594160--1595284	88	12.7	88	79	6	709	38	15	24	21	1.92
1594309--1594572	136	1.9	135	83	2	332	40	14	22	22	1.90
1594199--1595191	224	4.5	219	77	9	692	38	15	24	21	1.92
1595313--1595502	48	4.0	47	77	4	175	42	16	19	21	1.89
1595324--1595502	95	1.9	95	82	4	227	41	17	19	21	1.90
1595383--1595525	48	3.0	47	80	5	162	43	17	18	20	1.88
1596407--1596546	44	3.2	44	70	8	124	42	17	15	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1596689--1596719	11	2.8	11	100	0	62	6	0	16	77	0.97
1597571--1597601	7	4.4	7	91	0	53	9	12	0	77	0.99
1602893--1602928	13	2.7	13	91	4	54	0	30	2	66	1.06
1603422--1603720	166	1.8	166	85	2	422	46	10	12	30	1.76
1603609--1603993	167	2.3	168	78	7	415	49	10	10	29	1.70
1605636--1605731	31	3.1	31	65	26	85	39	15	9	35	1.80
1605634--1605751	62	1.9	62	94	0	209	37	16	10	35	1.83
1610642--1610686	21	2.1	21	84	8	56	6	11	0	82	0.84
1612570--1613067	140	3.5	142	84	4	596	44	10	10	34	1.73
1614153--1614199	18	2.5	19	82	3	60	12	17	4	65	1.40
1614647--1615106	168	2.8	165	79	7	452	47	6	12	32	1.68
1616594--1616765	81	2.1	81	82	2	202	45	10	20	23	1.81
1617624--1617825	92	2.3	87	81	4	233	27	16	26	29	1.97
1620957--1620999	20	2.3	19	84	8	52	51	11	13	23	1.74
1625508--1625583	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
1625528--1625601	20	3.7	20	80	3	94	32	20	12	35	1.89
1625508--1625601	41	2.3	41	98	0	179	30	19	11	38	1.87
1628472--1628510	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1628791--1628835	20	2.1	22	88	8	67	17	44	28	8	1.79
1630877--1630901	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1630857--1630924	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
1633015--1633082	33	2.1	32	86	2	91	33	14	16	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1635910--1636041	26	5.2	26	61	31	72	49	15	21	13	1.79
1635936--1636015	24	3.2	24	63	30	60	46	16	25	12	1.82
1635899--1636112	50	4.3	50	97	0	401	44	15	25	14	1.84
1637658--1637783	53	2.5	51	82	12	143	28	25	15	30	1.95
1637712--1638010	79	3.8	79	90	1	449	27	24	16	32	1.96
1639461--1640072	140	4.4	140	84	5	721	45	10	9	34	1.72
1639557--1640072	141	3.7	139	87	5	666	45	10	8	35	1.69
1639461--1640072	278	2.2	274	84	6	774	45	10	9	34	1.72
1642883--1642947	33	2.0	33	84	6	87	43	16	12	27	1.84
1647004--1647033	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
1646993--1647033	15	2.7	16	81	11	50	46	17	19	17	1.85
1651662--1651714	20	2.7	20	85	8	72	41	16	13	28	1.86
1653864--1653916	20	2.6	21	84	3	72	39	15	15	30	1.87
1653969--1653994	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1653949--1654016	33	2.1	33	88	2	102	35	17	13	33	1.89
1655581--1655635	23	2.4	22	82	14	67	21	3	0	74	0.97
1657136--1657185	3	16.7	3	95	0	82	36	0	0	64	0.94
1658546--1658619	27	2.7	27	93	0	121	48	33	4	13	1.61
1658972--1659000	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
1659196--1659384	102	1.9	101	86	5	274	33	11	11	43	1.77
1659380--1659454	37	2.0	37	89	0	114	46	8	9	36	1.65
1659422--1659560	69	2.0	67	95	2	251	37	17	7	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1659727--1659755	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1663207--1663372	56	3.0	56	93	0	287	30	12	19	37	1.88
1666951--1667010	19	3.2	18	88	11	93	35	10	18	36	1.84
1667034--1667080	20	2.3	21	73	23	55	34	10	19	36	1.86
1667189--1667238	21	2.4	21	89	0	73	58	14	16	12	1.64
1667491--1667581	32	2.9	31	87	6	123	32	14	20	31	1.93
1671199--1671255	20	2.8	20	81	0	60	38	14	15	31	1.87
1677275--1677395	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
1677275--1677415	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
1677404--1677428	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1677493--1677517	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1678647--1678719	20	3.8	20	75	12	80	39	10	15	34	1.82
1682287--1682773	242	2.0	242	98	0	938	36	17	12	33	1.88
1685226--1685266	16	2.5	17	84	7	50	31	0	2	65	1.05
1685327--1685379	3	17.7	3	96	0	97	32	1	0	66	1.03
1685699--1685770	20	3.6	20	81	7	101	34	13	19	31	1.91
1685699--1685792	40	2.3	41	92	3	154	38	12	18	30	1.88
1685831--1685856	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1689918--1689948	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1691964--1692039	20	3.5	20	75	16	71	26	15	15	42	1.87
1692028--1692065	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1694509--1694581	20	3.6	20	77	3	92	35	15	19	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1694509--1694603	41	2.3	42	92	1	156	38	13	17	29	1.89
1694642--1694667	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1696450--1696562	58	1.9	58	90	0	181	31	15	13	38	1.86
1697439--1697485	25	2.0	23	84	12	60	34	0	2	63	1.06
1697828--1697862	16	2.2	16	89	0	52	54	2	2	40	1.30
1698051--1698095	21	2.1	21	83	0	54	57	0	0	42	0.98
1698172--1698201	5	6.0	5	92	0	51	20	3	60	16	1.50
1698443--1698485	6	7.2	6	100	0	86	0	0	67	32	0.91
1701441--1701470	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1702100--1702173	36	2.1	36	100	0	148	32	0	18	48	1.49
1702160--1702204	2	22.5	2	86	8	65	51	0	2	46	1.13
1707544--1707584	20	1.9	22	85	14	59	36	12	12	39	1.80
1708254--1708291	20	1.9	20	94	0	67	34	10	26	28	1.90
1708328--1708465	51	2.7	51	84	2	179	31	15	10	42	1.81
1710759--1711333	158	3.6	156	82	6	658	28	25	11	34	1.91
1711183--1711234	28	2.0	26	85	11	70	26	40	15	17	1.89
1710759--1711466	79	8.9	79	72	6	409	28	25	11	34	1.90
1712669--1713113	79	5.6	79	80	4	486	32	14	24	28	1.94
1713068--1713141	28	2.6	28	89	0	112	27	20	28	24	1.99
1712992--1713190	107	1.9	107	92	0	335	33	14	24	27	1.94
1713124--1713224	51	2.0	51	90	0	157	36	9	21	31	1.87
1715557--1715740	50	3.7	50	85	0	233	44	13	14	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1715557--1715740	100	1.8	100	86	0	269	44	13	14	27	1.83
1716435--1716866	85	5.1	82	75	11	306	39	12	27	19	1.88
1716432--1716891	45	10.8	43	76	9	365	39	12	27	20	1.89
1716495--1716891	210	1.9	211	84	3	539	38	12	27	21	1.89
1716875--1717711	61	13.4	61	82	5	897	30	18	25	24	1.98
1723746--1723858	51	2.2	52	87	1	156	29	10	30	30	1.90
1723861--1724049	78	2.4	78	82	3	209	32	14	25	27	1.94
1724007--1724077	28	2.5	28	88	0	106	30	18	26	23	1.97
1723936--1724153	107	2.0	106	88	2	321	33	14	24	27	1.94
1726528--1726661	50	2.7	49	87	4	187	42	14	16	26	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14