genome.fa.s488.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold488
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2093548

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1873782--1873845	32	2.0	33	93	3	112	34	17	12	35	1.87
1875985--1876162	79	2.3	79	83	3	207	32	15	26	26	1.95
1876117--1876190	28	2.6	28	82	4	78	29	17	27	25	1.97
1876040--1876238	107	1.9	107	82	2	256	32	15	25	27	1.96
1876300--1876419	51	2.4	51	87	2	161	32	15	25	26	1.95
1876142--1876498	130	2.7	130	86	3	461	31	13	26	28	1.93
1876351--1876558	79	2.6	78	87	3	290	32	13	26	27	1.94
1878913--1879006	20	4.7	20	89	2	127	41	12	14	30	1.84
1879242--1879551	148	2.1	148	87	3	444	47	9	13	30	1.73
1881083--1881149	22	3.1	22	97	2	127	56	0	0	43	0.99
1881066--1881129	29	2.2	30	72	10	71	51	0	0	48	1.00
1881174--1881200	10	2.7	10	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1881196--1881244	21	2.3	22	86	10	66	24	4	2	69	1.17
1881307--1881344	19	2.1	19	85	5	51	50	7	2	39	1.46
1885763--1886551	48	17.0	47	75	13	645	31	17	24	25	1.97
1885865--1885942	39	2.0	39	82	0	93	26	19	23	30	1.98
1885817--1886077	87	3.0	87	90	0	441	27	18	26	27	1.98
1885745--1886492	323	2.3	326	87	4	1039	31	17	25	26	1.97
1885904--1886456	230	2.4	229	84	4	691	30	17	25	26	1.97
1886272--1886557	43	6.3	43	75	13	198	33	17	23	26	1.96
1886317--1886535	97	2.3	97	83	3	277	32	17	23	25	1.97
1886227--1886551	49	6.9	49	79	9	316	32	17	23	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1886470--1886544	22	3.5	21	69	25	59	34	20	20	25	1.96
1886463--1886530	21	3.2	20	68	25	50	35	19	22	23	1.96
1886548--1886780	33	6.9	33	74	15	183	36	13	33	17	1.89
1886752--1888016	95	13.4	94	83	8	1266	31	14	30	24	1.95
1886747--1888016	32	40.3	30	82	8	1274	31	14	30	24	1.94
1889281--1889323	14	3.1	14	83	12	61	0	2	13	83	0.74
1889283--1889312	15	1.9	16	93	6	53	0	0	13	86	0.57
1896991--1897050	28	2.1	28	87	6	86	50	0	0	50	1.00
1898141--1898167	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1898971--1899045	32	2.4	31	76	10	73	18	18	34	28	1.95
1902027--1902120	10	8.6	11	71	14	54	64	0	1	34	1.00
1906899--1907293	202	2.0	201	91	0	646	34	15	16	33	1.91
1914354--1914532	79	2.3	79	86	6	254	29	15	27	27	1.96
1918227--1918303	20	3.8	20	79	6	93	41	11	14	32	1.82
1919135--1919659	32	17.3	32	83	5	498	21	19	29	29	1.97
1919135--1919646	155	3.4	154	84	6	588	21	19	29	30	1.97
1919537--1919676	28	4.8	28	81	10	81	25	20	25	28	1.99
1925698--1925744	23	2.0	23	84	8	60	68	8	12	10	1.40
1929987--1930060	20	3.8	20	81	1	87	39	12	13	35	1.82
1932469--1932498	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
1934451--1935067	61	10.3	62	86	4	715	27	19	26	26	1.99
1948635--1948918	107	2.7	107	86	4	394	30	13	27	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1948508--1948758	79	3.2	79	81	2	288	31	14	25	28	1.95
1948817--1948893	28	2.8	28	88	7	113	28	19	28	23	1.98
1951197--1951331	49	2.7	51	84	2	175	42	14	17	25	1.87
1952191--1952247	13	4.2	13	77	4	51	73	10	0	15	1.09
1954886--1955016	47	2.8	47	84	0	163	34	10	14	40	1.81
1956308--1956336	12	2.5	12	94	5	51	6	13	20	58	1.58
1956966--1957020	17	3.1	17	81	5	65	78	1	16	3	0.98
1958133--1958158	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1960510--1960556	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
1960677--1960715	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1960701--1960779	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
1962794--1962824	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1964619--1964663	22	2.1	21	84	8	56	22	17	4	55	1.60
1965309--1965375	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1965329--1965353	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1965420--1965444	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1965453--1965573	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1970508--1970533	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1973517--1973632	51	2.3	51	84	3	144	32	26	7	32	1.85
1973619--1973688	28	2.5	28	90	0	104	25	27	17	30	1.97
1973564--1973765	107	1.9	107	90	0	323	30	27	12	29	1.93
1973646--1973861	79	2.7	76	80	10	211	30	27	11	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979957--1981537	62	25.6	62	85	3	1909	24	25	19	30	1.98
1981507--1981860	38	8.8	38	70	17	200	18	25	14	40	1.89
1981500--1981855	80	4.4	81	75	12	327	19	26	14	39	1.90
1981824--1982110	62	4.6	61	82	6	337	21	24	20	33	1.97
1981252--1982681	572	2.5	570	91	1	2317	20	25	17	36	1.94
1981824--1982110	124	2.3	124	85	2	380	21	24	20	33	1.97
1982188--1982369	38	4.8	37	73	11	161	17	26	14	41	1.88
1982099--1982398	78	3.8	80	76	13	296	17	26	13	43	1.85
1982188--1982369	37	4.8	38	74	9	156	17	26	14	41	1.88
1982398--1982801	62	6.5	62	90	1	614	22	25	20	32	1.98
1982398--1982799	187	2.2	186	90	2	628	22	24	20	32	1.98
1982883--1983124	37	6.1	38	72	16	170	19	25	14	41	1.88
1982808--1983116	45	7.5	42	72	13	218	20	24	14	41	1.89
1982774--1983092	80	4.0	81	75	11	289	20	24	14	41	1.89
1982883--1983116	38	5.9	38	76	10	186	19	25	14	41	1.89
1983099--1983502	62	6.5	62	91	0	621	24	25	19	30	1.98
1981835--1983771	697	2.8	696	91	1	3053	21	25	17	36	1.95
1983494--1983611	45	2.7	45	71	14	104	22	21	11	44	1.84
1983580--1983683	37	2.8	36	78	7	100	19	25	14	40	1.89
1983471--1983952	41	11.8	41	75	12	324	19	26	14	39	1.90
1983569--1984017	122	3.7	121	78	9	409	19	27	14	38	1.91
1983579--1983928	80	4.3	80	79	14	330	18	27	14	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1983471--1984080	283	2.2	277	78	11	608	20	26	14	38	1.91
1983990--1984080	32	2.7	34	76	6	105	19	25	18	36	1.95
1984452--1984524	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
1984469--1984545	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
1984452--1984545	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
1984584--1984609	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1988671--1988701	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1990782--1990819	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1992659--1992754	48	2.0	48	100	0	192	37	8	29	25	1.85
1993307--1993379	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
1993324--1993400	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
1993307--1993400	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
1993439--1993464	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1994841--1994889	17	2.7	20	75	15	52	77	2	16	4	1.01
1997706--1998158	79	5.7	79	81	0	438	29	21	12	36	1.91
1997706--1998143	158	2.8	157	80	0	489	28	22	13	35	1.92
1999683--1999867	58	3.2	58	82	3	219	27	11	18	42	1.85
1999683--1999892	58	3.6	58	82	4	156	26	11	17	44	1.82
2002921--2002959	20	2.0	20	90	10	62	53	12	2	30	1.52
2003468--2003534	10	5.8	12	78	15	54	73	1	1	23	1.00
2003470--2003550	41	2.0	40	81	11	94	71	2	1	24	1.05
2003470--2003529	5	11.8	5	79	10	68	75	1	1	21	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2004858--2005309	66	7.0	66	76	6	291	39	15	23	22	1.91
2004942--2005445	66	7.8	62	73	8	239	39	14	23	22	1.91
2014921--2014946	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2014901--2014964	33	2.0	32	90	3	101	28	12	20	39	1.89
2015046--2015070	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2015080--2015118	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
2017541--2017576	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
2017776--2017807	16	1.9	17	93	6	57	56	25	0	18	1.42
2022103--2022136	3	11.3	3	93	0	59	29	35	0	35	1.58
2023702--2023753	20	2.7	20	87	3	70	30	11	19	38	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14