genome.fa.s488.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold488
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2093548

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1734345--1734726	154	2.5	155	80	5	416	37	18	18	25	1.94
1736790--1736823	16	2.3	14	90	10	50	23	2	5	67	1.26
1736795--1736850	19	3.1	18	78	16	71	26	1	3	67	1.16
1737866--1738075	65	3.3	63	74	15	189	37	15	18	29	1.91
1738623--1738766	53	2.7	52	81	3	171	29	16	19	34	1.94
1738645--1738769	53	2.4	53	87	2	180	28	14	22	34	1.93
1738570--1738766	105	1.9	106	80	3	236	30	17	18	33	1.94
1740143--1740168	8	3.2	8	100	0	52	23	0	11	65	1.25
1741090--1741415	156	2.1	156	83	3	404	38	20	16	25	1.93
1742659--1742698	20	2.0	20	90	4	64	30	7	15	47	1.72
1742752--1742777	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1742731--1742795	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
1745335--1745373	13	3.0	13	88	0	60	35	12	17	33	1.88
1751443--1751482	20	2.0	20	90	4	64	30	7	15	47	1.72
1751536--1751561	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1751515--1751579	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
1753404--1753817	150	2.7	152	79	10	393	51	7	8	32	1.60
1754924--1755510	43	13.5	44	77	8	444	35	17	26	20	1.95
1754922--1755510	86	6.8	86	78	6	498	35	16	26	20	1.95
1754921--1755510	129	4.5	129	79	7	575	35	16	26	20	1.94
1756327--1756640	161	1.9	163	85	5	429	26	11	7	54	1.63
1758328--1758408	41	2.0	41	90	0	126	34	7	16	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1758449--1758740	151	1.9	152	81	6	351	35	12	12	39	1.81
1770500--1770662	51	3.1	51	85	6	211	49	12	19	18	1.78
1770500--1770662	52	3.1	52	87	2	220	49	12	19	18	1.78
1772073--1772315	127	1.9	128	89	2	382	32	11	12	44	1.77
1773983--1774175	41	4.8	41	75	13	168	42	16	24	17	1.88
1786902--1786953	21	2.5	21	87	9	72	32	15	15	36	1.89
1787671--1787952	155	1.8	154	88	3	433	36	21	19	23	1.95
1794101--1794128	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1798285--1798626	170	2.0	170	98	0	666	35	14	17	32	1.91
1799269--1799694	170	2.5	169	80	7	463	40	14	14	30	1.86
1800711--1800795	36	2.4	35	82	5	91	4	22	5	67	1.32
1801395--1801462	19	3.8	17	75	17	50	26	0	1	72	0.94
1801395--1801475	36	2.3	36	81	12	96	25	0	1	72	0.92
1801428--1801472	19	2.4	18	88	3	63	24	0	0	75	0.80
1801445--1801474	12	2.5	12	94	0	51	20	0	0	80	0.72
1801405--1801472	18	3.7	18	76	7	66	26	0	1	72	0.94
1803643--1803831	78	2.4	79	83	3	229	36	9	22	31	1.86
1804721--1804941	58	3.8	57	77	6	196	47	16	12	23	1.80
1804727--1804941	116	1.9	115	82	7	274	48	16	12	23	1.79
1804917--1805067	58	2.6	58	76	6	162	44	16	12	26	1.83
1805200--1805287	29	3.0	29	71	15	74	47	11	13	27	1.77
1806258--1806310	25	2.1	25	96	0	97	37	22	3	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1807835--1807864	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
1808201--1808254	20	2.7	20	94	0	90	42	9	16	31	1.80
1808312--1808390	31	2.5	31	91	0	131	29	15	15	40	1.87
1808344--1808441	52	1.9	51	91	2	160	29	16	13	40	1.86
1808290--1808441	83	1.9	81	84	2	205	29	13	13	42	1.83
1814111--1814229	51	2.3	52	89	1	186	42	14	14	29	1.85
1819525--1819599	32	2.4	31	86	2	96	44	10	20	25	1.83
1820912--1821609	156	4.5	156	83	2	848	38	19	16	25	1.92
1820912--1821609	311	2.2	311	84	2	891	38	19	16	25	1.92
1822455--1822501	23	2.0	23	95	0	85	48	6	12	31	1.66
1823324--1824058	163	4.5	166	82	8	836	49	6	11	32	1.65
1823324--1824058	327	2.3	318	84	7	896	49	6	11	32	1.65
1827386--1827534	52	2.9	51	87	4	217	30	18	18	32	1.95
1827523--1827547	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1827588--1827654	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1827610--1827634	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1827782--1827846	22	3.1	22	69	13	73	33	6	35	24	1.80
1828588--1828821	43	5.5	42	72	9	161	49	14	19	16	1.80
1828637--1828779	42	3.4	41	76	10	162	48	13	20	16	1.80
1828591--1828873	85	3.3	85	87	2	381	49	15	19	16	1.80
1829027--1829150	41	3.0	41	72	2	115	40	12	28	19	1.87
1829028--1829184	82	1.9	82	84	7	212	42	11	25	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1829218--1829403	81	2.3	80	82	4	196	41	14	26	17	1.88
1829264--1829392	41	3.2	40	71	11	111	41	13	27	18	1.87
1829246--1829403	80	2.0	81	83	6	205	43	13	25	17	1.86
1829519--1829606	36	2.4	36	84	3	106	47	13	15	22	1.81
1829638--1829793	35	4.4	35	78	4	170	44	12	19	24	1.84
1829807--1830191	35	10.7	35	73	12	242	44	12	20	22	1.85
1829653--1829945	152	1.9	153	86	3	412	44	13	18	23	1.85
1829519--1830165	187	3.4	187	82	4	709	44	13	18	23	1.86
1831228--1831376	44	3.4	43	75	5	147	46	14	17	21	1.84
1831598--1831931	110	3.0	107	79	10	341	37	11	16	34	1.85
1831639--1831931	112	2.6	110	80	9	340	37	11	16	34	1.84
1832541--1832589	9	5.8	9	73	22	52	0	12	2	85	0.68
1832542--1832589	10	4.5	10	80	14	60	0	10	2	87	0.62
1832522--1832589	33	2.1	33	83	8	86	2	11	2	82	0.89
1832542--1832592	15	3.5	15	86	7	70	0	11	1	86	0.66
1832921--1832962	18	2.4	17	88	7	66	0	14	0	85	0.59
1832923--1832967	8	5.5	8	82	15	56	0	13	2	84	0.72
1835694--1835718	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1835673--1835736	33	2.0	32	87	3	92	26	15	18	39	1.91
1838255--1838290	13	2.8	13	86	0	54	33	13	16	36	1.89
1838279--1838356	20	3.7	20	73	15	66	38	15	17	28	1.91
1844277--1844302	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1844258--1844320	33	1.9	33	90	3	101	26	14	17	41	1.88
1844873--1844897	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1844856--1844918	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
1847433--1847985	155	3.6	154	80	7	600	36	19	17	26	1.94
1849495--1849845	166	2.1	167	82	6	419	49	8	10	31	1.66
1849820--1849854	9	3.9	9	88	0	52	48	0	2	48	1.16
1850922--1851094	79	2.2	79	84	4	215	33	15	24	26	1.95
1851072--1851155	28	3.0	28	89	3	125	33	11	29	25	1.91
1851137--1851254	51	2.3	51	80	2	148	30	11	27	31	1.91
1851128--1851440	130	2.4	130	83	3	387	33	10	25	29	1.90
1851255--1851383	51	2.6	50	81	8	147	33	11	26	28	1.91
1851318--1851523	79	2.6	78	81	6	245	33	11	25	29	1.91
1851191--1851463	130	2.1	130	87	1	395	32	12	26	29	1.93
1854273--1854393	41	2.9	41	71	9	111	40	11	27	20	1.87
1854274--1854662	42	9.3	40	69	18	122	43	11	25	19	1.85
1854428--1855045	45	13.9	45	78	8	579	39	11	28	20	1.87
1854459--1855045	134	4.4	134	90	1	863	39	11	29	20	1.87
1854430--1855045	89	6.9	88	76	11	486	39	11	28	20	1.87
1855021--1856269	61	20.4	62	86	3	1640	28	19	27	24	1.98
1855029--1856269	182	6.8	184	87	3	1709	28	19	27	24	1.98
1857662--1857723	30	2.1	30	93	0	106	12	24	25	37	1.91
1861941--1862013	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1861959--1862034	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1861941--1862034	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1868173--1868251	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
1868238--1868276	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1870719--1870791	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1870737--1870812	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1870719--1870812	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1870851--1870876	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1873763--1873847	19	4.7	19	76	18	92	37	16	11	34	1.85
1873801--1873825	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14