genome.fa.s488.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold488
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2093548

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145033--145115	41	2.0	40	82	13	98	57	0	2	39	1.12
145957--145990	11	2.9	11	87	12	50	26	0	0	73	0.83
146479--146517	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
146673--146721	19	2.5	19	76	6	53	55	0	0	44	0.99
150800--150825	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
152529--152559	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
153725--153763	20	2.0	20	94	0	69	43	7	15	33	1.75
158508--158561	20	2.6	21	88	2	74	29	14	12	42	1.83
161354--161403	17	2.9	17	87	3	64	26	4	2	68	1.18
162333--162391	21	2.8	21	87	5	75	35	5	27	32	1.79
162354--162397	21	2.1	21	86	0	61	36	6	20	36	1.79
167394--167452	21	2.8	21	80	10	59	37	5	25	32	1.78
167415--167458	21	2.1	21	86	0	61	36	6	20	36	1.79
171360--171494	72	1.9	72	87	3	200	57	9	5	27	1.54
171650--171696	23	2.0	23	100	0	94	29	27	8	34	1.87
173341--173398	26	2.2	27	84	6	75	55	0	0	44	0.99
173362--173405	22	2.0	21	83	12	54	52	0	0	47	1.00
173416--173461	17	2.8	17	83	9	51	41	0	2	56	1.11
174167--174211	15	2.9	16	87	9	67	66	4	2	26	1.22
174684--174713	13	2.3	13	94	0	51	73	0	3	23	0.98
175207--175240	9	3.8	9	85	14	52	41	0	0	58	0.98
175215--175282	20	3.5	20	74	18	63	35	1	0	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175248--175289	20	2.1	20	82	8	50	33	4	0	61	1.17
175228--175302	29	2.6	29	79	10	73	37	2	0	60	1.11
175295--175353	21	2.9	21	76	18	63	57	0	0	42	0.98
175341--175378	20	2.0	20	85	10	53	57	0	0	42	0.98
178045--178253	94	2.2	94	88	1	312	35	14	7	42	1.74
178414--178537	39	3.2	39	75	3	133	41	4	2	51	1.36
178416--178512	38	2.5	37	75	6	95	45	5	1	48	1.31
178737--178851	41	2.9	41	86	2	153	33	15	8	41	1.78
179119--179175	8	7.2	8	75	18	57	45	0	0	54	0.99
179119--179175	15	3.7	15	76	17	53	45	0	0	54	0.99
179109--179164	17	3.3	18	69	19	57	48	0	0	51	1.00
181265--181298	16	2.2	16	89	5	52	73	2	5	17	1.16
185712--185751	20	2.1	19	85	4	53	35	2	7	55	1.42
185924--185961	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
186232--186256	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
187486--187513	13	2.2	13	100	0	56	85	0	0	14	0.59
194510--194557	20	2.4	20	89	0	69	39	10	12	37	1.77
195387--195560	89	2.0	89	88	2	260	34	9	10	45	1.71
196941--197018	40	2.0	39	89	2	120	34	11	12	41	1.80
196941--197017	20	3.8	20	81	6	102	35	11	11	41	1.78
200820--200849	16	1.9	16	93	6	53	63	6	0	30	1.20
209441--209466	12	2.2	12	100	0	52	46	7	0	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210304--210350	22	2.1	22	84	7	60	48	8	10	31	1.68
216356--216388	11	2.8	12	86	9	50	45	3	0	51	1.16
216330--216388	23	2.6	22	82	10	75	47	3	3	45	1.36
231915--231971	6	9.7	6	83	7	55	52	0	0	47	1.00
231923--231968	3	15.7	3	78	13	51	58	0	0	41	0.98
231922--231968	23	2.0	23	88	8	69	57	0	0	42	0.98
232016--232066	23	2.3	22	83	10	59	31	3	1	62	1.24
232429--232458	13	2.2	14	94	5	53	36	0	0	63	0.95
236425--236499	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
236425--236502	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
237413--237466	22	2.5	22	96	3	101	18	11	9	61	1.55
243616--243662	20	2.2	21	85	11	60	74	10	8	6	1.22
244930--247245	28	81.6	28	87	4	2214	26	32	16	23	1.96
245588--247245	917	1.8	922	91	3	2759	28	32	17	22	1.96
247758--247832	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
247758--247835	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
248318--248348	11	2.8	11	100	0	62	61	29	0	9	1.28
248756--248809	22	2.5	22	96	3	101	18	11	9	61	1.55
251517--251541	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
251497--251566	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
251608--251632	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
251641--251761	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258525--258613	25	3.6	23	77	18	81	83	6	10	0	0.82
258525--258607	29	2.9	29	80	18	102	84	6	9	0	0.78
258534--258614	31	2.6	32	80	11	96	82	7	9	0	0.83
259551--259635	30	2.8	31	87	3	118	24	27	17	30	1.97
259612--259984	72	5.4	71	79	13	397	19	32	12	35	1.89
259605--260004	106	3.9	104	80	12	432	19	33	11	35	1.88
259612--259984	71	5.4	70	79	12	382	19	32	12	35	1.89
259788--259880	27	3.2	27	72	16	87	19	37	13	29	1.90
259754--259948	60	3.0	63	80	13	191	19	35	12	32	1.90
259646--259979	166	2.0	170	85	7	459	19	33	12	34	1.89
259986--260155	34	5.2	34	82	13	225	28	37	18	15	1.92
259995--260155	65	2.5	65	97	1	306	29	36	19	14	1.91
260201--260554	43	7.8	43	81	9	375	24	25	18	31	1.98
260150--260563	92	4.5	91	85	8	425	24	25	18	31	1.98
260155--260518	135	2.7	135	92	2	584	24	25	18	31	1.98
260347--260415	22	3.2	22	64	25	56	27	24	17	30	1.97
261530--261554	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
261563--261683	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
265831--265923	47	2.0	47	97	0	177	35	17	21	25	1.95
271921--271946	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
272686--272972	49	5.8	49	72	8	192	32	16	24	26	1.96
272686--272926	101	2.4	101	81	0	275	32	16	24	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272793--272967	43	3.6	49	78	7	164	34	18	22	24	1.96
272989--273348	29	12.6	29	77	8	287	21	17	29	30	1.96
272989--273345	57	6.2	57	82	6	350	22	17	29	30	1.97
273030--273349	29	11.2	28	79	7	324	22	17	29	29	1.97
272989--273349	86	4.2	86	81	3	390	21	17	29	30	1.96
273023--273346	114	2.8	114	84	5	404	22	17	29	30	1.97
273706--273790	37	2.3	37	87	0	125	45	14	14	25	1.82
274812--274864	18	3.0	17	81	13	63	3	5	7	83	0.92
285856--285881	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
285836--285899	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
288427--288463	13	2.9	13	92	4	58	32	13	18	35	1.90
290546--290576	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
294643--294668	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
294623--294686	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
298838--298917	33	2.4	33	82	4	97	40	11	12	36	1.79
298942--298967	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
300617--300682	16	4.0	17	76	21	61	60	0	0	39	0.97
300617--300669	15	3.4	15	75	25	56	62	0	0	37	0.96
304551--304589	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
306830--306864	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
307478--307515	20	1.9	20	88	0	58	68	2	0	28	1.03
307532--307570	18	2.2	18	90	4	62	28	2	0	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310904--310951	18	2.8	17	78	12	53	45	2	2	50	1.25
312039--312066	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
312399--312508	38	2.9	39	86	4	136	49	1	3	45	1.30
312940--313011	35	2.0	37	89	5	112	55	2	0	41	1.14
312936--313013	17	4.3	18	73	16	63	55	2	0	42	1.13
312944--313011	9	7.3	9	72	22	52	54	2	0	42	1.15
313431--313467	11	3.4	11	84	0	56	62	0	0	37	0.96
313431--313473	19	2.1	21	87	12	63	62	0	0	37	0.95
314706--314761	20	2.9	19	81	5	60	44	0	1	53	1.11
314706--314759	18	2.9	18	81	8	63	44	0	1	53	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14