genome.fa.s488.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold488
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2093548

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856368--856400	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
857559--857589	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
858438--858476	2	20.5	2	84	10	55	51	2	0	46	1.14
868377--868401	12	2.1	12	100	0	50	72	8	8	12	1.29
870164--870192	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
871410--871456	23	2.0	23	91	0	76	38	0	0	61	0.96
871808--871859	5	10.4	5	97	0	95	42	0	0	57	0.98
872598--872673	37	2.0	38	97	2	145	38	6	5	50	1.51
874291--874333	15	2.9	15	82	3	52	53	0	2	44	1.13
874302--874362	25	2.4	26	81	8	72	59	0	0	40	0.98
874309--874378	14	4.6	15	73	15	63	60	0	0	40	0.97
874308--874384	18	4.1	18	72	12	66	58	0	0	41	0.98
874944--874977	18	1.9	17	88	5	50	14	8	2	73	1.19
875148--875178	16	2.0	16	93	6	55	41	6	0	51	1.27
875830--875871	12	3.4	12	84	15	59	40	0	0	59	0.97
875850--875905	21	2.8	20	76	12	62	41	0	7	51	1.29
876546--876598	17	3.4	17	70	24	53	41	0	0	58	0.98
876546--876606	30	2.0	30	90	6	97	42	0	0	57	0.98
876546--876592	14	3.2	14	79	14	51	40	0	0	59	0.97
876971--877027	28	2.0	28	83	10	71	43	0	0	56	0.99
876971--877030	27	2.2	28	82	8	70	41	0	0	58	0.98
877500--877528	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877860--877907	23	2.1	23	85	14	64	54	2	0	43	1.12
879541--879592	2	26.0	2	77	14	54	50	0	3	46	1.20
879541--879587	14	3.3	15	82	11	64	48	0	4	46	1.21
881246--881278	10	3.4	10	87	8	50	63	9	3	24	1.38
887655--887703	21	2.3	21	83	13	57	77	8	8	6	1.12
888987--889348	27	13.1	28	79	8	123	23	28	13	34	1.93
889024--889407	27	14.0	28	77	5	327	23	28	14	33	1.94
889024--889404	137	2.8	136	80	4	390	22	28	14	33	1.94
889027--889348	164	2.0	164	83	2	414	22	28	14	34	1.94
889400--890090	58	11.8	57	76	11	326	30	29	16	23	1.96
889406--890102	209	3.4	208	81	6	749	30	29	17	22	1.96
889336--890090	28	25.8	28	77	9	568	30	29	16	23	1.97
889412--890129	115	6.1	116	79	9	617	30	29	17	22	1.97
890078--890127	25	2.0	25	88	0	73	30	28	22	20	1.98
890238--890369	48	2.8	48	92	0	228	18	28	18	34	1.95
890797--890822	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
890779--890843	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
897012--897049	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
903108--903133	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
903090--903154	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
904879--904932	20	2.7	19	80	8	63	79	0	18	1	0.82
904882--904932	10	5.1	10	75	0	57	80	0	17	1	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
905321--905353	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
912143--912170	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
912863--912914	27	2.0	26	85	7	70	46	0	15	38	1.46
916747--916800	26	2.2	26	81	15	69	51	0	0	48	1.00
917147--917194	13	3.8	13	75	24	50	70	2	27	0	0.98
917148--917203	20	2.7	20	83	5	67	73	1	25	0	0.93
917161--917235	26	3.0	25	76	14	75	72	1	25	1	1.01
917172--917204	11	3.2	11	83	16	52	75	0	24	0	0.80
917159--917238	18	4.6	17	73	20	51	71	1	26	1	1.01
917170--917242	25	2.8	26	81	6	87	72	0	24	2	0.98
917737--917806	33	2.2	33	82	10	83	35	4	5	54	1.44
921854--921881	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
923047--923098	16	3.2	16	75	2	50	17	3	21	57	1.55
924507--924536	9	3.3	9	100	0	60	66	10	10	13	1.44
925681--925706	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
926394--926437	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
928242--928267	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
930310--930340	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
932144--932188	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
935123--935192	26	2.7	26	100	0	140	22	37	4	35	1.74
934993--935345	196	1.8	195	98	0	679	29	17	11	41	1.85
936698--936736	17	2.3	17	90	0	60	41	20	2	35	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938398--938499	2	49.0	2	80	7	105	45	5	4	44	1.49
938400--938494	32	2.9	33	81	12	124	45	6	5	43	1.52
941675--941899	114	2.0	114	82	3	274	35	19	15	29	1.93
946066--946132	32	2.1	33	94	2	118	40	11	13	34	1.81
946203--946331	52	2.5	52	96	0	231	36	17	17	27	1.93
952709--952752	23	2.0	22	82	13	54	25	9	11	54	1.65
955187--955238	20	2.7	20	90	3	79	28	11	21	38	1.88
956633--956687	19	2.8	19	89	8	76	29	16	16	38	1.90
958025--958205	79	2.3	79	84	1	220	29	16	29	24	1.96
958160--958236	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
958219--958615	52	7.6	51	73	5	292	32	11	26	29	1.92
958219--958439	51	4.3	51	85	1	235	33	11	25	30	1.91
958422--958498	28	2.8	28	83	0	82	23	19	33	23	1.97
958109--958613	262	1.9	262	95	0	922	31	13	27	28	1.93
960341--960370	10	3.1	10	95	4	53	10	0	36	53	1.35
960989--961014	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
961001--961042	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
961067--961115	19	2.5	20	90	9	84	34	20	12	32	1.90
961225--961265	17	2.5	16	88	7	64	19	0	0	80	0.71
967767--967833	33	2.0	33	85	0	89	25	29	16	28	1.97
968789--968851	33	1.9	33	86	0	90	38	15	14	31	1.88
972756--972827	31	2.3	33	79	13	80	59	4	1	34	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
973160--973214	16	3.7	15	76	13	51	61	3	0	34	1.13
977599--977646	24	2.0	25	95	4	89	58	12	14	14	1.64
981389--981737	190	1.8	190	89	0	545	21	21	15	40	1.90
985110--985140	15	2.1	15	100	0	62	48	6	6	38	1.55
996459--996501	15	2.9	15	78	0	50	60	0	2	37	1.10
997181--997234	20	2.7	20	100	0	108	46	18	11	24	1.81
997315--997340	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
997297--997360	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
998311--998356	16	2.5	18	78	21	51	71	6	0	21	1.08
998756--998833	36	2.3	35	83	12	94	65	2	1	30	1.14
998855--998894	19	2.0	19	85	9	53	2	22	0	75	0.93
999973--1000014	8	5.4	8	81	16	52	0	16	0	83	0.65
999972--1000014	22	2.0	21	90	9	68	0	16	0	83	0.64
1003758--1003783	10	2.6	10	100	0	52	76	0	11	11	1.01
1004335--1004379	19	2.4	19	92	0	72	55	8	8	26	1.60
1007357--1007386	14	2.1	14	93	0	51	60	0	0	40	0.97
1021357--1021386	12	2.6	11	90	10	51	20	0	0	80	0.72
1026883--1026965	35	2.3	35	89	2	121	37	10	6	45	1.64
1027557--1027615	31	1.9	30	96	3	109	57	5	16	20	1.58
1028333--1028376	17	2.6	18	85	7	56	50	4	0	45	1.22
1028942--1029031	47	1.9	47	88	0	135	44	13	8	33	1.75
1030338--1031155	155	5.3	155	79	6	738	38	18	17	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1030338--1031155	311	2.6	305	81	7	845	38	18	17	25	1.93
1031663--1031989	128	2.6	126	82	3	422	41	12	10	35	1.76
1033370--1033394	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1033347--1033414	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
1035916--1035941	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1040590--1040645	19	2.9	19	97	0	103	32	10	16	41	1.82
1040684--1040708	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1047707--1047743	15	2.4	15	90	4	56	86	13	0	0	0.57
1048944--1049315	32	11.7	31	78	10	353	20	31	16	31	1.95
1049068--1049127	27	2.2	27	84	0	75	18	36	15	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14