genome.fa.s488.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold488
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2093548

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723175--723288	16	7.1	16	68	20	60	64	1	0	33	1.04
724876--724981	54	1.9	55	83	5	135	53	5	6	33	1.50
725620--725674	28	2.0	26	83	16	67	54	0	5	40	1.23
725648--725750	47	2.1	49	82	13	124	50	0	5	42	1.33
725749--725797	19	2.6	18	81	9	62	32	0	0	67	0.91
726546--726588	17	2.5	17	76	0	50	62	2	2	32	1.20
727328--727406	21	3.6	22	75	20	76	50	0	1	48	1.08
727328--727375	22	2.2	22	88	7	71	52	0	0	47	1.00
727804--727930	17	6.9	18	66	24	61	57	0	0	42	0.98
727837--727916	23	3.4	23	71	13	65	58	0	0	41	0.98
728283--728359	37	2.0	39	82	9	97	50	0	0	49	1.00
731308--731361	20	2.7	20	82	2	72	37	9	16	37	1.81
731443--731518	32	2.4	32	86	0	107	28	15	15	39	1.89
731503--731557	20	2.8	20	97	0	101	32	10	10	45	1.74
742203--742714	256	2.0	256	98	0	997	23	20	24	31	1.98
745310--745458	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
745447--745471	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
745533--745557	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
745512--745577	32	2.0	33	88	2	98	39	15	12	33	1.84
746388--746599	52	4.2	52	75	14	192	33	16	25	24	1.96
746495--746584	43	2.1	43	89	4	137	31	17	24	26	1.97
746652--747056	58	6.9	58	73	10	293	24	17	28	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746625--746846	88	2.6	87	92	3	367	21	18	27	33	1.96
746768--747050	121	2.4	116	79	5	309	26	16	29	27	1.97
746588--747059	30	16.1	30	78	9	377	25	16	29	29	1.97
748497--748626	1	130.0	1	74	0	71	2	3	10	83	0.85
748498--748626	23	5.9	21	76	17	111	2	3	10	83	0.86
748499--748559	20	3.0	21	88	9	90	1	1	9	86	0.70
748498--748626	29	4.4	28	84	10	129	2	3	10	83	0.86
749231--749368	69	2.0	69	97	0	258	36	20	8	34	1.83
753083--753138	20	2.8	20	100	0	112	37	14	14	33	1.86
753207--753343	51	2.7	51	85	4	179	29	17	11	41	1.85
755679--756268	79	7.5	80	80	7	645	25	24	14	35	1.93
755679--756268	159	3.8	159	83	7	651	25	24	14	35	1.93
761517--761770	128	2.0	125	88	5	377	36	18	11	33	1.86
762471--762503	16	2.0	17	88	5	50	39	9	0	51	1.34
762854--762891	12	3.2	12	86	13	53	47	0	0	52	1.00
762995--763082	23	4.2	20	74	20	65	50	1	0	48	1.08
762994--763081	42	2.1	41	82	14	101	50	1	0	48	1.08
764538--764573	18	2.0	18	94	0	63	22	0	25	52	1.47
767967--767992	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
768611--769169	43	12.1	43	70	16	280	33	16	24	25	1.96
768655--768840	52	3.8	52	72	12	165	35	15	23	25	1.94
768598--769225	95	6.7	95	85	3	768	34	16	24	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768845--769224	52	7.9	49	73	14	211	33	16	25	25	1.96
768939--769253	52	6.4	48	73	16	247	33	16	25	24	1.95
769335--769427	32	2.8	33	80	6	98	32	9	33	24	1.88
769309--769963	99	6.6	99	74	8	318	39	10	27	22	1.87
769411--769710	32	9.1	32	76	10	115	43	11	24	20	1.84
769309--770242	34	28.4	34	73	12	338	38	10	28	22	1.88
769307--770286	67	14.9	67	70	11	557	38	10	28	22	1.88
769772--769826	27	2.0	27	92	0	92	23	12	40	23	1.89
769888--769982	33	2.9	32	79	3	91	44	11	25	18	1.84
769959--770013	27	2.0	28	85	3	76	32	14	30	21	1.93
770035--770278	33	7.4	33	74	9	160	37	11	27	22	1.89
770266--770481	30	7.0	30	75	9	166	32	15	30	21	1.94
770286--770463	31	5.6	32	79	8	161	33	15	29	21	1.94
770286--770463	97	1.9	95	81	9	218	33	15	29	21	1.94
771705--771739	17	2.1	17	100	0	70	0	5	11	82	0.82
779134--779402	32	8.3	32	82	11	214	21	33	14	30	1.94
779134--779281	62	2.4	62	90	3	235	24	32	16	26	1.96
779261--779827	34	17.3	34	76	13	448	20	34	12	32	1.91
779227--779827	61	9.2	67	80	10	435	20	34	12	32	1.91
779597--779806	27	7.1	28	73	17	174	21	35	13	29	1.92
779597--779855	61	4.2	60	85	7	276	22	35	13	28	1.92
779861--780358	49	10.5	49	85	8	663	24	25	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780041--780314	43	6.1	43	82	9	350	25	24	17	31	1.97
779992--780367	92	4.0	92	92	1	599	25	25	17	32	1.97
780268--780421	52	2.9	53	81	4	193	24	24	15	35	1.94
781307--781331	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
781394--781418	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
781407--781555	52	2.9	50	86	6	208	34	18	16	30	1.93
790527--790569	21	2.2	19	87	8	59	53	18	9	18	1.70
792827--792900	8	9.0	8	72	8	51	75	2	1	20	1.00
792972--793014	19	2.3	19	84	8	52	74	2	4	18	1.10
794065--794107	23	1.9	22	85	4	59	79	0	13	6	0.93
798425--799022	166	3.7	163	83	5	701	30	9	8	52	1.63
799665--799711	10	4.4	10	85	15	67	87	0	12	0	0.55
799664--799711	14	3.5	14	86	8	64	87	0	12	0	0.54
800111--800136	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
800145--800174	15	2.0	15	93	0	51	40	6	10	43	1.64
801269--801325	3	18.7	3	96	3	105	66	0	1	31	1.02
801608--802136	155	3.4	153	84	4	566	25	16	18	40	1.91
803745--803861	51	2.3	51	82	2	146	41	11	17	30	1.84
803904--803949	20	2.2	21	92	3	76	36	17	4	41	1.69
805718--805760	21	2.0	21	82	8	52	51	0	18	30	1.47
806598--806709	55	2.0	55	98	0	215	24	14	36	25	1.93
809538--809627	13	6.0	13	71	26	63	33	17	14	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809552--809646	19	5.6	19	72	27	106	34	18	12	33	1.89
809539--809646	32	3.4	32	98	0	207	34	18	13	33	1.90
811919--811968	26	1.9	26	83	0	64	46	14	6	34	1.69
816487--816525	17	2.3	17	100	0	78	28	25	7	38	1.83
816727--816787	32	1.9	32	89	0	95	54	16	9	19	1.70
821017--821149	66	2.0	65	88	7	198	41	14	8	36	1.76
822136--822325	95	2.0	95	97	0	362	44	9	5	40	1.59
823458--823486	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
825715--825754	17	2.4	17	95	0	71	35	7	20	37	1.81
827180--827245	33	2.0	33	90	0	105	10	25	0	63	1.26
833093--833178	22	3.8	23	71	21	67	47	4	3	44	1.40
833131--833186	28	2.1	28	83	12	73	46	7	5	41	1.54
833134--833186	12	4.2	13	75	20	51	45	7	5	41	1.56
837272--837312	20	2.0	21	85	4	57	39	4	9	46	1.58
837653--837696	20	2.1	21	95	4	81	34	13	22	29	1.93
838037--838069	16	2.1	16	100	0	66	36	6	15	42	1.71
838080--838136	16	3.8	16	77	13	66	40	0	3	56	1.17
838273--838404	68	1.9	69	81	7	162	52	3	0	43	1.22
838434--838471	19	2.1	18	90	5	58	55	0	0	44	0.99
838434--838471	9	4.1	9	86	6	58	55	0	0	44	0.99
838854--838903	26	1.9	26	84	8	66	34	0	2	64	1.05
839397--839458	32	1.9	33	90	3	99	43	1	4	50	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840046--840084	19	2.1	19	85	0	51	30	5	2	61	1.31
851373--851398	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
851338--851399	30	2.0	31	84	12	83	61	0	0	38	0.96
851393--851436	23	2.0	22	82	13	54	40	2	0	56	1.11
851422--851500	29	2.8	29	84	7	92	35	1	1	62	1.12
851846--851891	17	2.8	17	78	15	60	56	0	0	43	0.99
851831--851896	22	3.0	22	82	10	66	59	0	0	40	0.98
852693--852767	20	3.8	20	76	0	78	33	13	12	41	1.81
852693--852770	40	2.0	39	84	2	102	33	12	12	41	1.82
853676--853731	22	2.5	23	94	5	105	17	10	8	62	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14