genome.fa.s59.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold59
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3999109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

This is table  14  of  25  ( 2913 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124009--2124068	16	3.9	16	74	22	56	68	0	1	30	0.99
2124038--2124091	16	3.4	16	81	0	54	59	0	0	40	0.98
2125298--2125350	3	18.0	3	92	3	72	28	33	5	32	1.81
2128064--2128118	20	2.7	22	78	10	55	45	0	0	54	0.99
2128077--2128120	22	2.0	22	86	0	61	47	0	0	52	1.00
2128739--2128777	18	2.2	18	86	9	53	33	0	0	66	0.92
2129096--2129128	16	2.1	16	94	0	57	48	0	0	51	1.00
2129101--2129140	17	2.4	16	87	4	53	47	0	0	52	1.00
2129113--2129165	26	2.1	25	85	3	70	41	1	1	54	1.22
2129288--2129333	21	2.2	21	84	7	58	47	0	0	52	1.00
2129572--2129605	11	3.4	10	88	11	52	70	0	0	29	0.87
2129597--2129710	19	6.3	19	67	23	66	58	1	0	39	1.08
2129569--2129664	17	6.1	16	69	17	58	59	1	0	39	1.04
2129586--2129710	34	4.2	30	70	23	93	59	1	0	39	1.07
2129637--2129682	20	2.3	19	85	7	56	60	0	0	39	0.97
2129634--2129710	29	2.7	27	72	21	77	62	1	0	36	1.04
2132951--2133347	196	2.0	199	89	3	606	38	2	8	51	1.44
2133915--2133960	20	2.3	20	85	7	58	58	0	0	41	0.98
2133925--2133968	22	1.9	24	86	9	65	59	0	0	40	0.98
2134315--2134364	25	2.0	25	88	4	73	34	0	2	64	1.05
2140613--2140644	15	2.1	15	94	0	55	59	3	0	37	1.13
2143865--2144029	27	6.3	26	72	7	127	9	35	24	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2152336--2152382	14	3.1	15	84	9	60	46	2	0	51	1.13
2152895--2152947	19	2.8	19	78	16	56	32	3	1	62	1.24
2152931--2152996	24	2.8	22	78	13	60	53	1	0	45	1.09
2152976--2153009	17	2.1	16	89	10	52	47	2	0	50	1.16
2153265--2153305	11	3.5	12	80	12	50	70	0	0	29	0.87
2153261--2153303	19	2.2	19	91	4	68	72	0	0	27	0.85
2153244--2153314	24	2.9	24	79	10	72	61	1	1	35	1.13
2153299--2153359	9	7.1	9	75	16	58	39	0	1	59	1.08
2153888--2153920	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
2154058--2154104	16	2.9	16	90	3	76	57	2	0	40	1.11
2154951--2155001	20	2.5	20	90	0	84	23	0	17	58	1.38
2157192--2157236	23	2.0	23	95	0	81	57	0	0	42	0.98
2160597--2160687	43	2.2	41	77	14	98	49	3	1	46	1.25
2160727--2160759	15	2.3	15	89	5	50	42	3	0	54	1.15
2162642--2162685	15	2.9	15	80	9	54	38	0	0	61	0.96
2162633--2162689	23	2.7	22	82	15	68	40	0	0	59	0.97
2162826--2162869	22	2.0	23	90	4	72	31	0	2	65	1.05
2162826--2162868	12	3.8	12	84	12	54	32	0	2	65	1.06
2162883--2162915	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2163325--2163358	17	2.0	17	88	11	52	32	0	8	58	1.29
2163789--2163849	19	3.1	19	75	13	59	42	0	0	57	0.98
2164140--2164178	21	2.0	21	90	10	64	64	7	0	28	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164173--2164206	15	2.1	17	89	10	54	38	0	0	61	0.96
2164474--2164511	21	1.9	21	89	10	62	50	0	0	50	1.00
2164916--2164955	21	1.9	21	90	10	64	65	0	0	35	0.93
2168492--2168527	15	2.5	14	90	4	54	55	0	0	44	0.99
2168701--2168753	9	5.7	9	78	22	56	60	0	1	37	1.08
2168701--2168765	18	3.6	17	78	19	69	58	1	1	38	1.17
2168740--2168788	17	2.8	18	74	20	50	57	4	4	34	1.37
2169118--2169150	17	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
2169238--2169300	29	2.2	29	82	5	74	38	1	0	60	1.07
2169412--2169438	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2170662--2170703	14	3.2	14	87	9	54	59	0	0	40	0.97
2170664--2170698	18	1.9	18	88	0	52	57	0	0	42	0.99
2170705--2170789	37	2.2	37	80	13	93	41	2	0	56	1.12
2180551--2180593	15	3.2	13	87	9	52	0	9	9	81	0.88
2180735--2180774	21	1.9	21	89	0	62	22	0	2	75	0.93
2181953--2181983	13	2.4	13	94	0	53	45	0	0	54	0.99
2181972--2182004	11	3.1	11	91	8	59	45	0	0	54	0.99
2182073--2182134	15	4.1	15	74	15	65	37	1	1	59	1.17
2187469--2187698	117	2.0	117	93	0	397	23	20	12	43	1.86
2191140--2191199	23	3.2	17	72	28	50	41	0	0	58	0.98
2191188--2191230	17	2.7	15	80	16	50	51	0	0	48	1.00
2192021--2192074	18	3.1	18	82	17	69	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192018--2192073	23	2.5	23	82	11	71	62	0	0	37	0.95
2192020--2192072	16	3.2	16	84	12	63	64	0	0	35	0.94
2197512--2197565	29	1.9	28	85	7	74	46	5	1	46	1.37
2199438--2199492	23	2.4	23	81	6	67	41	0	3	54	1.18
2199459--2199531	15	4.9	15	73	9	51	47	0	2	49	1.15
2199634--2199673	18	2.2	18	86	0	53	55	0	0	45	0.99
2199640--2199699	26	2.3	27	85	8	88	60	0	0	40	0.97
2201829--2201890	24	2.5	25	79	12	74	37	4	0	58	1.20
2207061--2207123	28	2.2	28	97	0	117	41	17	20	20	1.91
2211258--2211328	16	4.4	16	74	12	65	42	0	0	57	0.98
2219209--2219233	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2219486--2219520	18	1.9	18	88	0	52	45	0	2	51	1.16
2220128--2220172	21	2.1	22	84	12	58	55	2	2	40	1.24
2220383--2220424	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2220721--2220763	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2220890--2220929	10	4.0	10	84	12	55	25	0	0	75	0.81
2220885--2220925	20	2.0	21	95	4	75	24	2	0	73	0.96
2222011--2222036	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2222869--2222916	23	2.1	22	84	3	60	35	0	4	60	1.16
2223049--2223134	43	2.0	45	86	4	122	36	6	4	52	1.49
2223562--2223593	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2225737--2225940	101	2.0	101	87	0	291	36	23	8	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2227511--2227593	36	2.4	33	86	6	103	37	15	12	34	1.85
2233196--2233250	2	28.0	2	78	10	60	45	5	1	47	1.36
2236889--2236939	10	5.1	10	76	9	50	39	1	0	58	1.09
2238807--2238860	26	2.1	26	82	6	65	35	14	3	46	1.63
2240730--2240774	20	2.2	20	88	0	63	46	0	11	42	1.39
2241430--2241461	3	10.7	3	93	0	55	34	3	0	62	1.11
2244166--2244259	45	2.1	46	91	2	154	45	8	25	20	1.79
2247826--2247850	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
2248316--2248355	20	2.0	20	85	9	55	60	0	0	40	0.97
2248323--2248353	16	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
2248711--2248770	24	2.5	22	80	15	66	35	1	3	60	1.23
2248759--2248812	19	2.8	19	82	2	63	55	1	0	42	1.10
2248762--2248812	15	3.0	16	80	13	50	56	1	0	41	1.10
2249183--2249222	21	1.9	21	84	0	53	47	0	0	52	1.00
2249238--2249285	17	2.8	17	76	14	53	58	2	0	39	1.10
2249424--2249462	17	2.3	17	100	0	78	38	5	15	41	1.69
2249593--2249653	27	2.1	30	82	14	74	44	0	0	55	0.99
2250378--2250454	15	5.3	15	74	13	63	50	0	0	49	1.00
2250417--2250442	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2250548--2250588	18	2.3	18	87	4	57	31	0	0	68	0.90
2251717--2251776	28	2.3	25	83	13	68	43	3	13	40	1.60
2251979--2252029	18	2.8	18	81	3	66	39	7	13	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256748--2256781	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
2257177--2257290	5	23.0	5	67	18	60	39	0	0	60	0.97
2257160--2257287	41	3.0	41	78	11	114	39	0	0	59	1.03
2257228--2257314	14	5.7	15	74	18	56	42	1	0	56	1.07
2257176--2257314	29	4.8	29	70	22	96	41	0	0	57	1.04
2257702--2257732	13	2.5	12	94	5	53	70	0	0	29	0.87
2258020--2258044	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2258899--2258943	13	3.1	14	84	12	56	60	0	0	40	0.97
2258898--2258957	16	3.7	16	78	13	61	60	0	0	40	0.97
2264626--2264655	14	2.1	15	93	6	53	63	13	0	23	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25