genome.fa.s59.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold59
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3999109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

This is table  16  of  25  ( 2913 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2356523--2356575	19	2.7	20	79	5	63	60	0	0	39	0.97
2356517--2356582	20	3.3	20	74	18	66	59	0	0	40	0.98
2356889--2356926	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2358046--2358075	15	1.9	16	93	6	53	50	0	3	46	1.18
2359536--2359597	24	2.6	24	80	12	74	45	0	0	54	0.99
2359960--2360062	6	17.3	6	71	23	60	52	0	0	46	1.07
2359961--2360053	16	6.0	16	74	14	88	51	0	1	47	1.07
2359960--2360064	46	2.4	41	80	16	122	51	0	0	47	1.07
2359964--2360056	31	3.0	31	78	7	91	51	0	1	47	1.07
2361354--2361383	14	2.1	14	93	0	51	60	3	6	30	1.39
2362397--2362439	17	2.4	18	80	3	61	37	4	11	46	1.61
2362945--2363001	25	2.3	24	76	8	60	31	7	3	57	1.42
2363261--2363298	20	1.9	19	89	5	58	39	0	0	60	0.97
2363785--2363832	16	2.9	17	78	6	55	25	6	0	68	1.12
2363819--2363874	23	2.5	23	79	2	60	23	1	7	67	1.24
2364437--2364471	18	1.9	18	88	0	52	48	0	0	51	1.00
2364725--2364767	14	3.0	14	89	3	59	69	0	23	6	1.12
2364895--2364935	22	1.9	21	85	5	55	24	2	2	70	1.11
2364262--2365048	396	2.0	388	90	4	1226	38	4	10	45	1.60
2365239--2365312	28	2.7	27	74	10	71	47	1	0	51	1.09
2365306--2365344	21	1.9	21	89	5	62	51	0	0	48	1.00
2365639--2365692	10	5.7	10	76	8	51	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365898--2365942	20	2.1	23	88	12	69	33	0	0	66	0.92
2375719--2375764	3	15.3	3	81	0	56	32	6	0	60	1.22
2376810--2376854	21	2.0	23	87	8	67	60	0	2	37	1.09
2377323--2377366	22	2.1	21	87	8	63	45	0	0	54	0.99
2379056--2379080	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2379333--2379371	17	2.2	17	86	9	51	58	0	0	41	0.98
2380131--2380158	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2380302--2380345	23	2.0	23	86	4	63	47	4	2	45	1.35
2381933--2381978	13	3.3	14	85	8	58	52	0	2	45	1.13
2381933--2381978	14	3.3	15	88	8	62	52	0	2	45	1.13
2382019--2382073	28	2.0	28	89	7	85	56	0	1	41	1.10
2382019--2382075	26	2.2	24	84	12	69	56	0	1	42	1.10
2382937--2382975	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2383163--2383213	14	3.4	15	84	13	61	39	0	0	60	0.97
2383170--2383252	34	2.4	35	84	9	116	42	0	1	56	1.07
2383187--2383248	26	2.3	27	81	8	65	40	0	1	58	1.08
2384205--2384272	19	3.6	19	73	13	59	72	0	0	27	0.85
2384237--2384270	7	4.9	7	96	0	59	76	0	0	23	0.79
2384207--2384269	29	2.2	29	83	11	76	74	0	0	25	0.82
2384222--2384270	14	3.3	14	85	8	62	75	0	0	24	0.80
2384205--2384271	7	9.4	7	80	3	53	73	0	0	26	0.84
2384510--2384558	24	1.9	25	88	12	73	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2384444--2384539	31	3.1	31	78	15	108	60	0	0	39	0.97
2385217--2385249	15	2.2	15	94	0	57	57	12	0	30	1.35
2385540--2385586	11	4.4	11	84	10	53	72	0	0	27	0.85
2385538--2385586	23	2.2	23	85	7	66	71	0	0	28	0.86
2385540--2385583	20	2.1	21	88	12	65	72	0	0	27	0.85
2388921--2388958	17	2.2	17	86	9	51	34	2	13	50	1.55
2399093--2399118	12	2.2	12	100	0	52	26	15	23	34	1.94
2399254--2399309	26	2.2	26	96	0	103	41	10	12	35	1.78
2399767--2399823	17	3.2	17	73	14	53	47	1	0	50	1.11
2400404--2400437	17	1.9	18	88	5	52	0	0	11	88	0.52
2404758--2404815	20	2.9	19	70	25	57	25	0	17	56	1.40
2404753--2404838	40	2.2	40	91	0	136	25	1	16	56	1.47
2404818--2404870	16	3.2	16	79	10	61	26	1	13	58	1.45
2404898--2404929	14	2.3	14	94	0	55	40	0	0	59	0.97
2405133--2405163	13	2.4	13	100	0	62	45	6	0	48	1.28
2407393--2407446	27	2.1	26	83	10	67	31	5	0	62	1.18
2408671--2408703	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2408838--2408921	33	2.7	31	77	22	81	46	0	1	52	1.08
2408932--2408966	14	2.4	15	85	4	54	20	0	0	80	0.72
2408905--2408965	23	2.7	24	73	23	60	22	3	0	73	0.97
2410197--2410234	2	20.0	2	89	10	62	47	0	0	52	1.00
2410503--2410531	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410860--2410901	21	2.1	21	87	12	63	50	2	0	47	1.14
2411311--2411351	20	2.0	20	85	0	55	17	2	2	78	0.98
2411388--2411461	15	5.1	15	69	26	61	45	0	1	52	1.09
2411349--2411461	57	1.9	60	83	7	151	46	1	0	50	1.17
2411397--2411480	44	2.0	42	80	4	96	47	1	1	50	1.16
2416288--2416323	19	1.9	19	88	5	56	16	16	8	58	1.61
2417290--2417322	16	2.0	17	94	5	59	48	9	0	42	1.35
2417670--2417714	21	2.1	22	80	12	58	44	0	2	53	1.13
2419666--2419718	25	2.1	25	82	6	63	49	1	1	47	1.23
2424612--2424668	20	2.7	21	84	12	73	63	0	0	36	0.95
2425006--2425054	21	2.4	19	77	12	53	34	4	8	53	1.50
2425009--2425061	22	2.5	20	82	11	61	35	3	7	52	1.48
2432122--2432148	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2438851--2438885	4	8.8	4	93	0	61	74	0	25	0	0.82
2439402--2439439	20	1.9	20	88	0	58	50	2	0	47	1.15
2440249--2440289	20	2.0	20	85	0	55	43	0	0	56	0.99
2443156--2443223	32	2.2	31	84	7	84	54	0	0	45	0.99
2443156--2443223	31	2.2	32	84	7	86	54	0	0	45	0.99
2443215--2443264	17	2.7	19	81	12	68	48	0	0	52	1.00
2444891--2444924	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
2446226--2446255	2	15.0	2	92	0	51	46	50	3	0	1.18
2451262--2451290	4	7.2	4	100	0	58	24	24	0	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458417--2458478	26	2.4	26	81	7	74	46	0	0	53	1.00
2458939--2458968	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
2459396--2459450	27	2.0	27	82	6	67	47	0	3	49	1.19
2459470--2459514	17	2.7	18	76	13	51	44	0	0	55	0.99
2459889--2459918	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2459986--2460016	2	16.0	2	93	6	55	0	51	0	48	1.00
2461106--2461135	16	1.9	15	93	6	51	30	0	3	66	1.07
2461464--2461532	22	3.2	22	70	12	70	33	5	7	53	1.52
2462027--2462086	27	2.3	27	83	13	81	43	0	0	56	0.99
2462420--2462475	16	3.1	18	73	21	55	60	0	0	39	0.97
2462420--2462475	17	3.1	18	80	12	62	60	0	0	39	0.97
2462425--2462487	28	2.2	28	81	13	67	63	0	0	36	0.95
2462433--2462472	18	2.2	19	86	4	55	67	0	0	32	0.91
2463138--2463182	15	3.1	14	81	9	54	64	0	31	4	1.13
2464308--2464333	4	6.5	4	100	0	52	76	23	0	0	0.78
2465616--2465645	15	2.0	15	93	0	51	60	0	23	16	1.36
2467484--2467515	15	2.1	15	100	0	64	12	62	25	0	1.30
2467529--2467566	2	19.0	2	94	0	67	0	47	2	50	1.15
2468237--2468293	25	2.3	26	88	8	84	54	1	0	43	1.10
2468249--2468330	24	3.4	24	75	21	73	53	0	4	41	1.22
2468255--2468324	32	2.2	32	82	5	79	50	0	5	44	1.26
2470945--2470994	20	2.6	20	84	6	68	58	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2470945--2470980	18	2.0	18	94	0	63	52	0	0	47	1.00
2475445--2475527	32	2.7	30	81	9	87	51	2	0	45	1.14
2475434--2475541	47	2.3	45	80	12	119	52	1	0	45	1.11
2476215--2476252	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
2476850--2476993	71	2.0	72	94	1	254	45	12	1	40	1.50
2476978--2477007	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2478553--2478580	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2478692--2478729	20	1.9	19	89	5	58	50	5	0	44	1.24
2485621--2485658	9	4.3	9	83	6	51	10	10	2	76	1.12
2486671--2486842	44	3.9	42	83	11	209	60	5	25	8	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25