genome.fa.s59.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold59
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3999109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2788819--2788975	34	4.6	34	84	0	181	24	7	26	42	1.80
2788812--2788975	68	2.4	68	90	1	249	23	6	27	42	1.79
2789272--2789335	19	3.4	19	84	4	85	31	12	17	39	1.87
2792932--2793013	34	2.4	34	85	0	119	42	30	7	19	1.78
2792989--2793057	22	3.1	22	97	0	129	49	30	8	11	1.69
2797503--2797580	34	2.3	34	76	8	86	42	32	6	19	1.76
2797581--2797709	34	3.8	34	91	0	204	23	5	28	42	1.76
2803224--2803259	17	2.1	17	89	0	54	83	0	16	0	0.65
2803624--2803662	2	19.5	2	94	0	69	46	0	2	51	1.14
2809691--2809771	36	2.3	35	81	10	85	71	9	13	4	1.28
2810024--2810049	13	2.0	13	100	0	52	84	15	0	0	0.62
2811101--2812056	27	34.9	27	90	2	1410	23	33	14	29	1.93
2811101--2812056	55	17.5	54	90	2	1419	23	33	14	29	1.93
2811101--2812056	82	11.6	81	91	2	1410	23	33	14	29	1.93
2812042--2812516	32	14.8	32	94	0	772	31	33	18	15	1.93
2813764--2813798	12	2.7	13	91	8	54	85	0	14	0	0.59
2819457--2819487	12	2.5	13	94	5	55	45	0	0	54	0.99
2819518--2819577	5	10.8	5	74	25	50	43	0	0	56	0.99
2819525--2819575	14	3.4	15	77	22	54	43	0	0	56	0.99
2823508--2823546	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2824034--2824073	13	3.3	12	90	10	64	35	10	0	55	1.34
2826365--2826412	22	2.2	22	81	7	53	52	12	2	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2826451--2826489	20	1.9	21	84	5	53	56	0	2	41	1.13
2826632--2826669	18	2.3	16	83	16	51	52	0	0	47	1.00
2826648--2826700	23	2.3	23	90	3	81	50	1	0	47	1.12
2826632--2826700	23	3.4	21	80	18	76	50	1	0	47	1.09
2827365--2827404	17	2.4	18	80	16	50	45	0	0	55	0.99
2827365--2827433	34	2.1	32	84	13	86	46	0	0	53	1.00
2830157--2830194	18	2.1	18	100	0	76	44	10	13	31	1.77
2834821--2834848	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2841106--2841162	2	28.5	2	100	0	114	0	50	0	49	1.00
2841759--2841807	8	6.5	8	77	13	50	65	0	0	34	0.93
2841745--2841816	31	2.5	28	80	13	83	65	0	0	34	0.93
2844067--2844100	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
2844289--2844347	15	3.9	15	75	4	57	52	3	1	42	1.28
2846366--2846405	19	2.2	18	86	4	53	32	2	0	65	1.06
2846649--2846712	19	3.3	19	74	12	60	45	0	0	54	0.99
2846666--2846733	21	3.4	20	74	20	52	41	1	0	57	1.08
2846764--2846819	26	2.3	25	85	11	73	53	0	0	46	1.00
2847595--2847643	2	25.5	2	83	8	66	42	0	2	55	1.11
2847595--2847645	15	3.5	15	91	2	77	43	0	1	54	1.11
2848453--2848489	13	2.8	13	88	11	58	62	0	0	37	0.96
2849759--2849856	35	2.7	35	77	14	94	43	1	1	54	1.14
2850079--2850110	16	2.0	16	93	0	55	34	0	9	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2852750--2852818	30	2.3	30	82	2	86	59	8	5	26	1.50
2853348--2853440	48	1.9	48	91	0	150	41	6	11	39	1.67
2855277--2855302	12	2.2	12	100	0	52	88	0	11	0	0.52
2859439--2859503	27	2.4	27	89	5	96	29	4	15	50	1.64
2862081--2862126	21	2.1	22	84	4	58	30	17	30	21	1.96
2864724--2864762	19	2.1	19	85	9	53	0	7	23	69	1.14
2864947--2865010	12	5.1	14	71	17	52	65	0	0	34	0.93
2864947--2865000	24	2.1	26	90	10	85	68	0	0	31	0.90
2865339--2865381	11	3.9	11	87	0	59	67	0	0	32	0.91
2865335--2865382	17	2.9	16	82	17	55	66	0	0	33	0.92
2865323--2865382	28	2.2	29	85	8	81	65	0	0	35	0.93
2866747--2866789	2	21.5	2	85	0	59	48	4	44	2	1.36
2871246--2871284	20	1.9	21	84	5	53	28	0	2	69	1.02
2871240--2871297	29	2.0	30	86	10	84	29	0	3	67	1.07
2871846--2871892	15	3.4	14	80	16	53	65	0	0	34	0.93
2872121--2872186	21	3.0	22	77	8	71	51	0	0	48	1.00
2872778--2872864	17	5.0	17	70	16	63	41	0	0	58	0.98
2872785--2872845	33	1.9	31	87	12	88	45	0	0	54	1.00
2872823--2872870	21	2.3	21	83	13	64	41	0	0	58	0.98
2873549--2873601	23	2.4	21	77	20	54	49	0	0	50	1.00
2874236--2874279	22	2.0	22	86	8	63	56	6	0	36	1.26
2875183--2875277	17	5.2	17	72	23	61	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2875180--2875283	37	2.8	37	75	20	101	47	0	0	52	1.00
2875213--2875255	22	2.0	23	86	9	63	51	0	0	48	1.00
2875231--2875273	13	3.1	14	86	6	52	46	0	0	53	1.00
2875231--2875283	15	3.7	14	82	10	54	47	0	0	52	1.00
2877429--2877469	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2880461--2880497	15	2.5	15	95	0	65	72	2	0	24	0.97
2882519--2882615	49	2.0	49	89	0	149	32	21	13	31	1.92
2888491--2888546	26	2.2	26	93	0	94	53	3	26	16	1.59
2896450--2896514	24	2.5	28	73	19	77	38	0	4	56	1.20
2896492--2896556	24	2.7	23	68	15	60	38	1	1	58	1.17
2896452--2896554	51	2.0	51	81	3	118	36	0	3	58	1.23
2897827--2897859	17	1.9	17	88	11	50	36	0	0	63	0.95
2897849--2897902	27	2.1	26	86	10	76	50	0	1	48	1.11
2900117--2900146	6	4.8	6	92	8	51	0	16	0	83	0.65
2900112--2900146	12	2.8	13	86	8	54	0	17	0	82	0.66
2904728--2904755	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
2906853--2906908	28	2.0	28	92	0	94	39	17	17	25	1.92
2909257--2909291	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2912232--2912296	23	2.8	24	80	13	75	44	1	0	53	1.09
2912241--2912296	22	2.5	23	82	11	71	41	1	0	57	1.09
2916583--2916643	32	1.9	32	93	3	106	49	21	3	26	1.65
2918278--2918317	20	2.0	20	90	4	64	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2918262--2918331	28	2.5	28	80	13	90	42	0	0	57	0.99
2918478--2918536	23	2.6	23	79	15	68	30	0	3	66	1.08
2918467--2918533	11	5.9	11	74	19	57	28	0	5	65	1.16
2918876--2918911	2	18.0	2	88	0	54	55	0	0	44	0.99
2919012--2919102	46	2.0	45	81	14	107	45	0	0	54	0.99
2920842--2920909	29	2.5	25	81	15	73	41	0	1	57	1.08
2920925--2920954	14	2.1	15	93	6	53	73	0	0	26	0.84
2920991--2921027	19	1.9	19	88	0	56	59	8	0	32	1.27
2921986--2922031	23	1.9	25	86	8	69	54	2	0	43	1.12
2921979--2922050	33	2.2	32	78	11	74	55	1	0	43	1.08
2921996--2922054	7	8.3	7	75	16	50	55	1	0	42	1.09
2922146--2922178	16	2.1	16	88	11	50	75	0	0	24	0.80
2923288--2923324	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
2928294--2928333	21	1.9	21	94	0	71	52	0	0	47	1.00
2931814--2931844	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2932854--2932923	28	2.4	29	77	15	74	50	4	0	45	1.21
2933686--2933759	23	3.3	22	77	9	69	54	1	0	44	1.08
2936477--2936518	18	2.4	18	96	4	77	19	9	21	50	1.75
2941379--2941428	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
2946600--2946659	31	2.0	30	83	9	77	48	1	5	45	1.34
2948802--2948826	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
2950437--2950462	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2957648--2957678	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2958600--2958658	10	6.1	10	74	20	54	50	0	0	49	1.00
2958596--2958662	30	2.2	31	86	5	93	52	0	0	47	1.00
2958598--2958653	18	3.0	18	75	14	60	53	0	0	46	1.00
2958890--2958929	21	1.9	21	85	10	55	55	2	0	42	1.13
2959447--2959497	21	2.4	21	78	18	61	29	0	3	66	1.09
2959886--2960021	11	13.0	11	68	23	64	58	1	0	39	1.07
2959878--2960019	34	4.2	32	70	18	108	59	1	0	38	1.06
2959866--2959953	46	1.9	45	84	6	115	62	2	0	35	1.08
2959921--2960031	20	5.6	19	67	26	61	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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