genome.fa.s59.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold59
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3999109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2487097--2487174	11	7.1	11	73	5	50	30	0	3	65	1.10
2487105--2487174	28	2.6	27	82	11	88	31	0	2	65	1.07
2487538--2487584	24	2.0	24	100	0	94	17	12	19	51	1.77
2487770--2487810	16	2.6	15	88	7	55	34	0	0	65	0.93
2490238--2490271	8	4.1	8	85	7	50	58	0	2	38	1.13
2490323--2490364	18	2.3	19	83	4	50	61	4	0	33	1.17
2490436--2490480	14	3.2	14	84	9	56	46	0	0	53	1.00
2491481--2491533	21	2.5	21	75	0	52	47	1	5	45	1.37
2493005--2493053	20	2.5	20	83	9	66	51	4	0	44	1.20
2493005--2493053	19	2.6	18	83	9	62	51	4	0	44	1.20
2496447--2496522	27	2.8	28	86	6	102	31	5	13	50	1.63
2498264--2498306	23	1.9	22	90	4	68	44	6	0	48	1.29
2501989--2502018	7	4.1	7	95	4	51	46	0	0	53	1.00
2502097--2502133	19	2.1	19	90	10	60	59	0	0	40	0.97
2502137--2502183	10	4.5	10	83	5	58	31	2	0	65	1.04
2502137--2502183	20	2.2	21	85	7	69	31	2	0	65	1.04
2502184--2502214	16	1.9	16	93	0	53	41	9	6	41	1.63
2503983--2504053	23	3.0	24	72	12	65	59	1	0	39	1.06
2503973--2504030	25	2.3	25	80	11	66	58	0	0	41	0.98
2504336--2504375	16	2.5	17	84	12	57	32	7	7	52	1.58
2504798--2504868	30	2.4	29	83	6	88	67	0	0	32	0.91
2505432--2505467	18	1.9	18	88	5	54	44	2	2	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505505--2505569	23	2.7	23	81	11	60	56	0	0	43	0.99
2506051--2506138	31	2.8	32	82	6	117	55	0	0	44	0.99
2506106--2506163	25	2.4	24	82	8	64	51	0	0	48	1.00
2506231--2506309	31	2.6	29	78	11	77	41	0	1	56	1.07
2506295--2506321	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2506354--2506386	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
2506588--2506634	3	15.7	3	90	0	76	63	0	4	31	1.13
2506749--2506799	21	2.4	21	76	0	66	47	3	0	49	1.20
2506909--2506986	27	2.8	27	74	16	79	35	1	1	61	1.12
2507831--2507878	21	2.3	22	79	17	57	50	0	0	50	1.00
2508182--2508245	15	4.4	14	69	20	51	65	0	1	32	1.02
2508184--2508246	14	4.4	14	76	9	56	65	0	1	33	1.03
2508232--2508343	35	3.2	35	78	5	118	56	0	3	39	1.23
2509029--2509105	29	2.7	28	84	10	93	44	0	1	54	1.08
2509728--2509768	21	2.0	21	85	4	57	53	0	2	43	1.13
2513936--2514035	50	2.0	50	98	0	191	32	11	10	47	1.72
2514912--2514988	36	2.2	35	95	2	136	20	24	15	38	1.92
2516836--2516886	22	2.3	23	87	9	72	50	1	0	47	1.12
2517173--2517218	16	3.1	16	78	9	53	63	0	0	36	0.95
2517417--2517487	17	3.9	17	77	15	63	43	1	0	54	1.08
2517546--2517593	21	2.5	20	86	10	64	52	0	12	35	1.40
2517556--2517596	21	2.0	21	95	0	73	51	0	17	31	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2518295--2518354	23	2.6	24	82	12	72	66	5	0	28	1.12
2519322--2519478	84	1.9	83	81	4	190	52	5	6	36	1.49
2519454--2519532	11	7.5	11	75	13	76	63	2	1	32	1.16
2519434--2519572	28	4.7	29	71	20	92	62	1	2	33	1.19
2520055--2520079	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2520053--2520088	15	2.4	16	86	13	58	77	5	0	16	0.94
2523702--2523772	35	2.0	35	94	0	124	26	25	7	40	1.81
2525099--2525225	37	3.5	36	73	19	113	58	4	7	29	1.47
2529245--2529269	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2532482--2532538	12	4.9	12	73	14	57	49	0	1	49	1.11
2532473--2532534	25	2.4	27	83	5	83	46	0	1	51	1.10
2538910--2538947	20	2.0	20	89	5	60	50	0	2	47	1.15
2539289--2539330	15	2.8	16	78	7	52	47	0	0	52	1.00
2539289--2539349	30	2.0	30	81	12	72	49	1	1	47	1.21
2539784--2539831	21	2.3	20	83	13	62	47	0	0	52	1.00
2540497--2540531	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
2541614--2541688	34	2.2	35	83	7	91	49	1	0	49	1.09
2543405--2543454	22	2.3	22	79	6	57	46	0	0	54	1.00
2546303--2546403	20	4.9	20	69	19	66	41	0	1	55	1.18
2546362--2546410	18	2.7	19	81	9	57	36	0	0	63	0.95
2546347--2546414	21	3.4	19	76	13	66	35	1	0	63	1.04
2547664--2547709	16	3.0	16	84	6	51	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2549232--2549265	16	2.1	16	88	5	50	29	8	20	41	1.82
2551367--2551396	12	2.6	12	94	5	53	26	0	0	73	0.84
2551455--2551517	29	2.1	31	85	5	85	31	0	1	66	1.01
2552406--2552439	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2554449--2554665	105	2.1	105	96	0	398	28	15	16	40	1.88
2555405--2555429	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2556077--2556101	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2556685--2556754	21	3.5	20	78	18	65	41	0	0	58	0.98
2558052--2558099	24	2.0	24	84	8	62	66	0	4	29	1.10
2558331--2558378	11	4.5	10	82	12	51	35	0	4	60	1.16
2558575--2558632	26	2.3	24	80	11	62	48	1	0	50	1.11
2559334--2559380	13	3.4	13	81	16	58	61	2	0	36	1.08
2559334--2559392	29	2.0	29	90	0	91	55	1	0	42	1.09
2560275--2560315	20	2.0	20	95	0	73	34	14	0	51	1.43
2563174--2563230	24	2.4	24	77	14	64	42	0	1	56	1.10
2563301--2563333	15	2.2	15	94	0	57	60	0	0	39	0.97
2563323--2563350	12	2.3	12	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2563286--2563361	35	2.2	34	86	9	100	61	1	0	36	1.04
2564540--2564575	19	1.9	18	88	5	54	50	0	2	47	1.15
2566539--2566596	24	2.5	22	73	15	53	50	3	0	46	1.18
2567031--2567077	2	23.0	2	95	4	85	48	0	2	48	1.13
2570920--2570961	7	6.0	7	86	8	59	38	2	2	57	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2571291--2571452	15	10.9	15	64	27	53	47	0	1	51	1.08
2571355--2571420	27	2.5	27	80	7	82	45	0	1	53	1.09
2571407--2571451	19	2.3	20	88	7	67	48	0	0	51	1.00
2572227--2572272	24	1.9	24	86	0	65	43	6	6	43	1.56
2574150--2574178	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2577140--2577173	14	2.5	13	81	9	50	41	2	2	52	1.31
2579010--2579056	16	2.7	17	81	12	60	34	0	0	65	0.93
2579557--2579592	19	1.9	18	88	5	54	30	2	2	63	1.22
2579785--2579824	19	2.2	18	95	4	71	65	0	0	35	0.93
2581281--2581318	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2582125--2582451	165	2.0	162	95	3	584	46	6	4	42	1.50
2582703--2583104	199	2.0	198	87	6	571	40	10	12	36	1.79
2583933--2584152	34	6.5	33	79	9	237	40	25	7	25	1.82
2583935--2584152	68	3.2	67	83	3	267	40	25	7	26	1.82
2583933--2584152	102	2.2	101	88	1	341	40	25	7	25	1.82
2584345--2584386	19	2.1	21	86	8	61	59	14	7	19	1.57
2585152--2585181	14	2.1	15	93	6	53	46	10	3	40	1.54
2598014--2598095	5	15.0	5	71	16	56	36	0	4	58	1.20
2598014--2598095	11	7.5	10	76	14	56	36	0	4	58	1.20
2598214--2598258	22	2.2	21	85	14	60	62	2	2	33	1.20
2600043--2600190	32	4.4	36	74	13	106	62	1	0	36	1.04
2600111--2600150	20	2.0	20	85	0	53	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2602297--2602343	22	2.1	22	100	0	94	63	4	14	17	1.45
2602297--2602357	22	2.8	22	90	5	79	63	4	16	14	1.46
2606972--2607076	38	2.7	40	75	8	99	32	6	26	34	1.83
2607157--2607202	20	2.3	21	81	11	60	30	10	17	41	1.84
2607166--2607207	20	2.3	18	80	15	50	30	7	16	45	1.74
2613162--2613206	17	2.6	18	76	20	51	42	2	0	55	1.12
2614594--2614640	13	3.7	13	80	11	53	61	0	2	36	1.08
2614746--2614798	27	2.0	27	85	7	74	33	1	1	62	1.17
2615219--2615305	45	2.0	43	81	4	102	49	0	2	48	1.13
2615454--2615493	14	2.9	14	88	3	55	37	0	0	62	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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