genome.fa.s65.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold65
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3097370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2152774--2153012	119	2.0	121	87	4	349	43	3	3	50	1.35
2156695--2156722	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2158054--2158080	14	1.9	14	100	0	54	44	0	18	37	1.50
2159391--2159428	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
2160370--2160428	32	1.9	31	89	3	84	59	0	1	38	1.08
2160528--2160572	13	3.4	13	78	6	54	64	0	0	35	0.94
2161105--2161140	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
2161942--2162035	14	6.6	14	67	18	50	34	2	0	63	1.06
2161925--2161972	20	2.5	20	87	9	66	35	0	0	64	0.94
2162372--2162435	18	3.5	18	79	8	76	57	26	4	10	1.52
2162359--2162401	6	7.0	6	81	2	50	65	16	2	16	1.38
2162595--2162632	5	7.4	5	94	5	67	18	0	0	81	0.69
2162595--2162632	16	2.4	16	95	4	69	18	0	0	81	0.69
2163484--2163516	17	1.9	17	93	0	57	30	3	6	60	1.36
2163519--2163598	29	2.8	30	68	14	69	58	2	0	38	1.11
2171741--2171776	17	2.1	18	89	5	56	47	0	0	52	1.00
2171742--2171792	19	2.7	18	80	11	57	49	0	0	50	1.00
2171766--2171814	14	3.7	14	84	10	68	51	0	0	48	1.00
2172020--2172044	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
2173254--2173291	19	2.1	19	85	9	53	47	0	2	50	1.15
2173350--2173394	18	2.4	19	85	7	56	44	2	2	51	1.26
2174052--2174091	6	6.7	6	97	0	71	0	37	12	50	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2180231--2180274	18	2.4	18	88	0	61	50	9	20	20	1.75
2181310--2181335	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
2184466--2184516	25	2.0	26	84	3	68	60	19	1	17	1.45
2184971--2185005	12	2.9	12	91	0	52	2	25	5	65	1.28
2185470--2185525	19	2.9	19	78	0	67	42	1	3	51	1.29
2185581--2185610	14	2.2	14	94	5	53	36	0	0	63	0.95
2186332--2186382	24	2.1	24	85	7	68	35	1	0	62	1.06
2186918--2186989	33	2.2	32	82	9	83	66	0	0	33	0.92
2187163--2187187	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
2186409--2187309	472	1.9	476	92	3	1537	46	8	6	38	1.61
2194458--2194485	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
2196089--2196114	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2196497--2196543	21	2.4	20	79	10	53	68	0	0	31	0.90
2196509--2196558	22	2.3	21	86	3	64	58	2	4	36	1.29
2196790--2196884	29	3.4	28	71	19	74	35	3	1	60	1.20
2196789--2196850	12	5.2	11	74	16	52	32	3	0	64	1.09
2196792--2196862	37	1.9	37	83	11	92	35	2	0	61	1.10
2197126--2197169	18	2.3	20	88	7	65	20	0	2	77	0.88
2197129--2197179	24	2.1	24	85	3	66	19	0	5	74	1.02
2197901--2197932	13	2.5	13	89	0	55	34	0	0	65	0.93
2199292--2199326	8	4.4	8	96	0	61	42	0	8	48	1.33
2201028--2201053	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206418--2206468	26	2.0	26	88	7	77	60	0	0	39	0.97
2206636--2206681	22	2.0	22	84	12	58	36	0	0	63	0.95
2208929--2208965	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2209136--2209184	2	24.5	2	91	0	80	48	0	0	51	1.00
2209538--2209571	7	4.7	7	89	7	50	52	0	0	47	1.00
2209539--2209584	15	3.0	15	81	12	58	52	0	0	47	1.00
2210210--2210253	18	2.4	19	79	20	58	47	0	0	52	1.00
2211471--2211729	130	2.0	129	89	2	394	50	5	5	39	1.47
2215198--2215228	2	15.0	2	93	6	53	48	3	48	0	1.17
2215745--2215783	20	2.0	20	90	10	62	46	0	0	53	1.00
2215948--2215992	20	2.2	20	84	11	56	42	0	8	48	1.34
2218554--2218615	5	11.8	5	73	10	52	58	1	0	40	1.08
2218560--2218618	22	2.7	22	81	2	66	59	1	0	38	1.08
2220117--2221619	216	7.1	214	83	6	1628	28	14	25	31	1.94
2220422--2221450	215	5.0	193	79	11	664	27	14	25	31	1.95
2220675--2221619	215	4.4	215	83	4	1126	28	13	26	31	1.94
2223990--2224027	10	3.9	10	89	3	51	50	0	5	44	1.24
2223991--2224038	20	2.4	20	86	6	62	50	2	2	45	1.25
2232157--2232209	26	2.0	28	85	7	74	47	0	1	50	1.12
2233267--2233329	14	4.9	14	81	13	57	55	0	0	44	0.99
2233269--2233413	13	11.5	13	68	20	78	53	0	0	46	1.00
2233269--2233431	19	9.1	18	70	19	74	55	0	0	44	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233286--2233330	24	1.9	23	90	4	72	57	0	0	42	0.98
2233274--2233329	12	4.5	12	82	8	60	55	0	0	44	0.99
2233388--2233431	5	9.4	5	77	22	51	61	2	0	36	1.09
2233391--2233432	13	3.1	14	80	12	52	64	2	0	33	1.07
2233593--2233647	10	5.6	10	78	4	67	40	3	1	54	1.28
2237355--2237398	6	7.2	6	80	14	54	84	15	0	0	0.63
2237355--2237406	24	2.2	24	83	13	63	82	15	1	0	0.75
2237357--2237406	19	2.5	20	84	9	68	84	14	2	0	0.72
2243413--2243475	26	2.5	25	79	5	74	42	0	0	57	0.99
2243412--2243493	41	2.0	42	86	11	116	42	0	0	57	0.98
2244683--2244737	17	3.2	17	73	17	51	65	1	0	32	1.03
2245444--2245480	11	3.4	11	88	0	56	27	0	0	72	0.84
2246244--2246454	99	2.1	99	83	6	259	46	6	1	44	1.40
2246790--2246831	21	2.0	20	86	4	57	78	2	0	19	0.86
2252836--2252885	3	17.0	3	91	4	84	64	0	34	2	1.05
2257429--2257469	2	22.5	2	81	18	54	56	0	0	43	0.99
2257429--2257470	10	4.1	11	88	11	63	57	0	0	42	0.99
2257909--2258348	219	2.0	220	97	0	828	44	11	3	40	1.59
2258316--2258358	2	22.0	2	85	4	61	51	0	2	46	1.13
2258299--2258402	52	2.0	52	94	0	181	43	7	6	42	1.59
2258080--2258632	274	2.0	272	96	1	1027	43	10	4	40	1.60
2258607--2258637	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259888--2259916	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2260240--2260265	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2260566--2260624	27	2.3	27	82	5	77	37	1	10	50	1.46
2263276--2263312	17	2.2	17	90	0	56	54	0	0	45	1.00
2263316--2263350	18	1.9	18	94	0	61	51	0	0	48	1.00
2270141--2270195	2	27.5	2	100	0	110	0	49	0	50	1.00
2271456--2271503	20	2.6	18	78	15	53	60	0	2	37	1.09
2271631--2271680	25	2.0	25	84	7	66	32	4	2	62	1.25
2274898--2274972	29	2.7	29	84	13	88	41	2	2	53	1.29
2275022--2275105	29	2.9	29	75	10	91	54	3	3	38	1.35
2276347--2276386	21	1.9	21	94	0	71	50	2	0	47	1.14
2276908--2276950	18	2.3	18	80	8	50	25	2	2	69	1.12
2277125--2277168	22	2.0	23	86	13	65	40	11	2	45	1.53
2278490--2278548	19	3.0	20	73	14	52	44	0	0	55	0.99
2278503--2278568	20	3.7	20	64	29	58	43	0	0	56	0.99
2278499--2278575	32	2.4	32	82	10	102	44	1	0	54	1.08
2286847--2286875	13	2.2	13	100	0	58	27	6	17	48	1.72
2290325--2290376	19	2.7	19	82	11	61	57	0	1	40	1.10
2292909--2292959	18	2.9	17	77	13	50	52	1	1	43	1.23
2293674--2293708	17	2.1	17	94	0	61	54	0	0	45	0.99
2294119--2294192	28	2.7	27	74	15	71	51	0	0	48	1.00
2294529--2294655	9	13.4	10	66	20	51	64	3	1	30	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2294631--2294658	8	3.5	8	100	0	56	78	0	0	21	0.75
2294589--2294651	18	3.5	18	72	12	58	69	0	1	28	0.97
2295965--2296001	10	3.5	10	86	13	56	62	0	0	37	0.96
2295969--2296004	12	3.1	12	96	4	65	61	0	0	38	0.96
2296053--2296096	23	1.9	23	85	0	61	6	13	2	77	1.07
2296490--2296544	30	2.0	29	82	13	71	45	0	0	54	0.99
2296506--2296556	22	2.4	21	87	9	68	43	0	0	56	0.99
2298337--2298455	43	2.8	42	74	16	102	41	1	3	53	1.27
2304335--2304395	21	2.8	22	70	22	65	45	0	0	54	1.00
2304569--2304606	20	1.9	20	94	0	67	50	5	5	39	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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