genome.fa.s65.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold65
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3097370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2308801--2308839	6	6.5	6	82	11	53	61	0	0	38	0.96
2308801--2308839	13	3.2	12	85	7	53	61	0	0	38	0.96
2311570--2311631	32	2.0	31	84	9	81	46	3	0	50	1.17
2312172--2312205	18	1.9	17	88	5	50	47	2	5	44	1.42
2313098--2313170	26	2.9	25	80	11	71	57	0	1	41	1.07
2313107--2313168	16	3.6	17	82	14	74	54	0	1	43	1.09
2313109--2313179	8	8.5	8	77	16	56	54	0	1	43	1.08
2313123--2313185	34	1.9	34	87	6	94	53	0	0	46	1.00
2313638--2313662	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2314240--2314277	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2314413--2314456	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13
2314741--2314765	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2314760--2314800	21	2.0	21	90	0	64	43	0	0	56	0.99
2317394--2317447	24	2.2	25	83	3	65	48	3	3	44	1.38
2318737--2318762	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
2318810--2318836	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2323016--2323058	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2327488--2327570	7	12.3	7	69	16	50	50	0	3	45	1.19
2327499--2327570	20	3.5	20	74	12	65	48	0	4	47	1.21
2332297--2332430	66	2.0	66	97	0	250	41	7	26	25	1.81
2334369--2334436	23	3.1	21	84	14	84	39	0	1	58	1.07
2334489--2334522	14	2.4	14	90	0	50	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2334498--2334522	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2341388--2341433	23	2.0	23	83	12	58	50	0	0	50	1.00
2341708--2341767	31	1.9	32	86	3	86	48	1	0	50	1.11
2342325--2342367	20	2.2	20	95	0	77	20	9	30	39	1.84
2344921--2344960	19	2.1	19	85	0	53	35	0	0	65	0.93
2346493--2346528	18	2.0	18	88	0	54	69	8	2	19	1.27
2348322--2348374	6	9.5	6	82	13	53	33	0	0	66	0.92
2348398--2348422	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2348517--2348565	19	2.6	19	84	9	64	59	0	0	40	0.98
2351759--2351858	31	3.2	31	70	16	80	47	0	1	52	1.07
2351983--2352010	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
2352631--2352682	21	2.5	20	72	9	52	42	7	3	46	1.51
2352867--2352925	32	1.9	30	86	13	84	49	11	0	38	1.40
2353772--2353825	27	2.0	27	92	0	90	57	16	9	16	1.64
2354812--2354864	21	2.4	21	84	12	63	66	0	3	30	1.10
2356850--2356895	20	2.3	20	81	7	58	52	2	2	43	1.25
2357520--2357550	14	2.2	14	94	0	53	54	0	3	41	1.16
2358804--2358839	17	2.1	17	89	5	54	66	8	0	25	1.19
2359459--2359499	20	2.0	20	85	0	55	60	7	0	31	1.24
2359716--2359743	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2359774--2359851	35	2.3	33	84	4	93	58	3	0	37	1.16
2360267--2360295	13	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2360274--2360331	26	2.3	26	75	3	64	65	1	0	32	1.03
2360389--2360418	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2360770--2360831	26	2.4	25	84	10	72	64	0	0	35	0.94
2360804--2360857	18	3.2	18	73	26	64	55	0	0	44	0.99
2362322--2362502	90	2.0	90	93	2	310	29	27	7	35	1.84
2364017--2364547	267	2.0	266	91	1	850	19	32	17	30	1.95
2364433--2364832	205	1.9	206	91	1	660	23	26	17	33	1.96
2367117--2367162	19	2.5	19	85	3	67	52	0	0	47	1.00
2368102--2368158	28	2.0	29	89	3	89	42	8	1	47	1.45
2371724--2371805	38	2.1	40	86	4	114	41	14	9	34	1.79
2372202--2372241	21	2.0	21	90	5	64	42	0	5	52	1.23
2372751--2372792	15	2.6	16	74	11	50	40	0	0	59	0.97
2378805--2378840	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2379107--2379159	25	2.1	25	85	0	70	60	0	1	37	1.08
2379705--2379807	36	2.9	37	72	16	101	38	0	0	61	0.96
2379720--2379772	20	2.6	20	85	8	63	43	0	0	56	0.99
2384766--2384810	24	1.9	23	90	4	72	31	33	8	26	1.87
2385897--2385980	34	2.5	35	82	9	102	44	17	13	25	1.85
2389514--2389544	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2389863--2389887	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2389991--2390041	22	2.3	22	82	0	57	31	13	1	52	1.51
2404208--2404244	14	2.6	15	87	8	51	56	10	0	32	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2407594--2407631	16	2.3	16	90	4	58	47	2	0	50	1.15
2407734--2407773	20	2.0	21	85	5	55	57	2	0	40	1.12
2408248--2408286	20	2.0	20	94	0	69	38	0	2	58	1.12
2408557--2408596	19	2.1	19	85	4	53	35	0	7	57	1.27
2410270--2410311	19	2.2	19	87	8	59	33	0	0	66	0.92
2410624--2410663	20	2.2	18	86	13	55	52	0	0	47	1.00
2411280--2411367	14	6.4	14	70	16	60	56	2	0	40	1.11
2413998--2414035	13	3.2	12	82	10	51	57	0	2	39	1.12
2414674--2414725	6	8.5	6	81	8	52	75	0	1	23	0.91
2414673--2414725	25	2.0	25	85	7	70	73	0	1	24	0.93
2414693--2414722	10	3.1	10	95	4	53	73	0	0	26	0.84
2415177--2415217	5	8.6	5	86	5	50	60	2	0	36	1.10
2415439--2415507	13	6.0	12	70	25	51	63	0	0	36	0.94
2415449--2415492	5	9.6	5	76	18	51	59	0	0	40	0.98
2415449--2415491	9	4.8	9	81	18	54	58	0	0	41	0.98
2415439--2415504	22	3.0	21	84	8	87	62	0	0	37	0.96
2417577--2417629	20	2.5	22	87	6	74	71	0	0	28	0.86
2417582--2417633	3	18.3	3	78	21	51	71	0	0	28	0.87
2417583--2417633	25	1.9	28	84	11	72	72	0	0	27	0.85
2418074--2418124	16	3.3	16	75	10	52	41	0	0	58	0.98
2425506--2425530	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
2426568--2426615	24	2.0	24	95	0	87	29	27	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2427492--2427520	14	2.1	14	93	6	51	48	0	0	51	1.00
2428360--2428414	19	2.8	20	83	8	69	67	0	0	32	0.91
2428356--2428422	30	2.3	29	82	10	84	61	0	0	38	0.96
2429053--2429090	16	2.3	17	83	16	53	63	2	0	34	1.09
2429129--2429185	20	2.8	21	79	12	66	42	1	1	54	1.21
2431352--2431393	2	20.5	2	95	4	75	47	0	2	50	1.14
2432215--2432268	23	2.3	23	87	9	74	59	0	0	40	0.98
2432207--2432265	19	2.8	20	76	16	66	57	0	1	40	1.09
2432207--2432273	19	3.6	19	72	10	57	55	0	2	41	1.15
2432207--2432323	43	2.8	43	82	11	120	51	0	2	45	1.21
2432293--2432337	9	5.1	9	81	2	56	44	2	0	53	1.13
2432410--2432447	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2433419--2433466	15	2.9	17	79	17	57	45	0	0	54	0.99
2433419--2433466	17	3.1	15	75	13	53	45	0	0	54	0.99
2433728--2433765	20	1.9	20	89	10	60	63	0	0	36	0.95
2436678--2436740	15	4.0	16	76	15	60	57	0	0	42	0.99
2436665--2436737	23	3.4	22	75	25	75	58	0	0	41	0.98
2436691--2436737	22	2.1	22	84	11	60	57	0	0	42	0.98
2437951--2437983	16	2.1	16	94	0	57	0	9	0	90	0.44
2442400--2442470	32	2.2	33	82	10	92	36	1	2	59	1.21
2442483--2442508	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2442787--2442823	16	2.2	17	90	4	58	27	2	8	62	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2442978--2443048	17	4.0	17	74	16	63	45	1	4	49	1.30
2443010--2443057	20	2.4	19	82	6	60	45	4	0	50	1.21
2443012--2443069	30	1.9	30	86	10	82	46	3	0	50	1.18
2445715--2445781	13	4.9	13	71	10	53	31	0	0	68	0.90
2445720--2445756	19	1.9	19	88	0	56	27	0	0	72	0.84
2445700--2445781	40	2.0	42	83	4	105	35	0	0	64	0.94
2445728--2445790	26	2.5	26	82	14	71	34	0	0	65	0.93
2445728--2445796	32	2.2	32	82	10	79	36	0	0	63	0.94
2447697--2447760	31	2.1	31	96	0	119	42	17	12	28	1.85
2451622--2451657	15	2.3	15	90	4	54	50	2	2	44	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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