genome.fa.s65.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold65
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3097370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2710297--2710374	1	78.0	1	79	0	66	0	6	6	87	0.68
2715101--2715133	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
2715332--2715368	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
2715815--2715860	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
2715991--2716034	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2725870--2725939	35	2.0	35	91	0	113	37	24	5	32	1.79
2727387--2727423	18	1.9	19	89	10	58	10	59	8	21	1.56
2727786--2727841	16	3.4	16	75	9	60	57	1	0	41	1.09
2728973--2729015	18	2.4	18	81	11	52	18	0	4	76	0.95
2730199--2730224	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2731132--2731173	3	14.3	3	95	5	77	69	0	0	30	0.89
2737694--2737730	1	37.0	1	88	0	56	0	5	0	94	0.30
2741559--2741603	21	2.0	23	87	8	67	26	11	0	62	1.29
2742568--2742593	13	2.0	13	100	0	52	69	0	30	0	0.89
2742568--2742615	17	2.8	17	83	0	60	70	2	25	2	1.09
2742757--2742815	11	4.8	12	71	17	50	28	1	1	67	1.10
2742757--2742822	23	2.7	23	78	17	71	27	1	4	66	1.20
2743096--2743124	12	2.3	13	94	5	51	31	0	68	0	0.89
2743239--2743385	8	17.6	8	66	22	56	29	0	2	67	1.05
2743302--2743361	18	3.3	19	86	13	90	35	0	0	65	0.93
2743260--2743405	50	3.0	49	79	10	140	33	0	1	64	1.07
2743603--2743632	16	1.9	15	93	6	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2743921--2743962	16	2.4	18	81	18	54	50	0	2	47	1.14
2744402--2744445	22	2.2	19	84	12	52	81	2	9	6	0.94
2746624--2746664	4	10.0	4	85	15	57	73	2	0	24	0.96
2746624--2746664	14	3.3	12	84	15	57	73	2	0	24	0.96
2746631--2746667	18	2.1	18	100	0	74	64	5	0	29	1.15
2751436--2751486	15	3.7	15	75	19	58	50	0	0	49	1.00
2751440--2751506	25	2.6	26	83	11	84	52	0	0	47	1.00
2751884--2752245	194	1.9	191	83	4	476	39	4	9	46	1.57
2752291--2752340	14	3.4	14	76	15	55	36	0	0	64	0.94
2752929--2752987	21	2.8	21	75	7	66	35	0	1	62	1.05
2754179--2754235	21	2.7	20	77	2	51	42	5	0	52	1.24
2755710--2755931	34	6.5	33	84	3	264	27	7	24	41	1.81
2755710--2755929	102	2.2	101	86	5	300	27	7	24	41	1.81
2760337--2760555	34	6.5	34	84	2	271	26	7	25	40	1.82
2760337--2760555	102	2.2	101	89	1	330	26	7	25	40	1.82
2761048--2761089	20	2.0	21	90	4	68	45	0	0	54	0.99
2761049--2761108	6	9.7	6	75	7	57	45	0	1	53	1.10
2761049--2761108	18	3.2	18	83	4	66	45	0	1	53	1.10
2766131--2766190	30	2.0	30	100	0	120	20	3	46	30	1.66
2772857--2772912	27	2.1	27	100	0	112	37	21	12	28	1.90
2778053--2778106	15	3.6	15	78	16	67	37	1	0	61	1.07
2790462--2790781	168	1.9	165	88	4	482	42	9	10	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2791598--2791636	14	2.7	14	84	4	51	0	15	2	82	0.79
2792213--2792747	167	3.2	165	86	4	724	49	8	11	30	1.67
2793988--2794050	10	6.0	10	74	22	58	50	0	0	49	1.00
2793961--2794033	22	3.4	22	72	10	71	49	0	1	49	1.09
2793993--2794057	31	2.1	32	85	8	89	52	0	0	47	1.00
2796553--2796612	31	2.0	31	87	9	88	41	3	10	45	1.54
2797945--2797982	12	3.3	12	82	10	53	55	5	0	39	1.23
2798170--2798216	19	2.6	18	84	15	62	46	0	0	53	1.00
2798192--2798217	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2798873--2798961	12	7.6	12	69	17	53	65	2	0	32	1.05
2799016--2799105	20	4.3	20	73	20	60	1	32	1	65	1.07
2799693--2799739	20	2.6	17	83	10	58	25	0	0	74	0.82
2806756--2806839	41	2.0	41	90	0	132	47	15	2	34	1.58
2817954--2818007	16	3.3	16	70	14	56	48	0	0	51	1.00
2817955--2818015	23	2.6	22	78	14	61	49	0	0	50	1.00
2817937--2818033	12	8.2	12	72	21	64	43	1	0	55	1.06
2818020--2818072	19	2.9	18	83	10	72	32	0	0	67	0.91
2818020--2818072	18	2.9	19	86	13	76	32	0	0	67	0.91
2818604--2818676	25	2.7	26	79	14	69	39	1	2	56	1.22
2818630--2818689	21	2.8	20	74	18	59	45	1	1	51	1.21
2818848--2818909	30	2.1	30	81	6	72	43	0	1	54	1.09
2820795--2820841	24	2.0	23	83	8	58	27	4	6	61	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2821585--2821618	15	2.3	15	90	5	52	35	5	0	58	1.22
2823994--2824031	20	2.0	20	84	5	51	78	7	2	10	1.04
2824784--2824826	21	2.0	21	86	0	59	62	2	0	34	1.08
2831609--2831674	23	3.1	22	71	22	68	48	3	0	48	1.17
2831591--2831667	32	2.5	31	79	12	86	51	3	0	44	1.19
2831643--2831690	18	2.6	18	74	12	53	37	4	0	58	1.18
2832406--2832479	36	2.1	35	82	12	89	47	0	0	52	1.00
2833271--2833298	6	4.7	6	100	0	56	32	0	67	0	0.91
2839361--2839398	14	2.6	15	80	19	53	39	0	0	60	0.97
2839375--2839424	22	2.3	21	80	10	55	34	0	0	66	0.92
2839778--2839915	61	2.3	60	85	2	186	39	2	9	48	1.48
2839953--2840070	62	1.9	62	84	3	157	38	7	6	47	1.59
2841210--2842100	471	1.9	458	80	9	1014	44	5	5	44	1.52
2843935--2843968	17	1.9	18	88	5	52	11	20	23	44	1.84
2847946--2847986	20	2.0	21	90	4	66	39	0	2	58	1.11
2847937--2847987	21	2.4	21	80	6	59	41	0	1	56	1.10
2848579--2848606	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
2851150--2851201	20	2.5	21	78	18	63	48	0	0	51	1.00
2851372--2851422	17	3.1	17	83	13	63	62	0	0	37	0.95
2851378--2851432	15	3.6	15	80	9	58	63	0	0	36	0.95
2852377--2852446	27	2.6	27	80	8	72	61	2	1	34	1.20
2853151--2853185	17	2.1	17	88	0	52	77	0	2	20	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2853393--2853454	21	2.7	23	72	20	58	46	0	0	53	1.00
2853396--2853437	13	3.2	13	80	12	50	40	0	0	59	0.97
2853397--2853472	21	3.7	21	68	28	56	46	0	0	53	1.00
2853393--2853469	22	3.5	22	78	15	72	49	0	0	50	1.00
2853397--2853464	12	6.0	12	76	19	58	47	0	0	52	1.00
2854073--2854118	6	7.8	6	76	13	51	67	2	2	28	1.14
2854166--2854227	17	3.9	15	77	12	63	54	1	3	40	1.26
2854483--2854526	22	2.0	22	81	4	52	63	9	2	25	1.35
2854847--2854871	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2855517--2855546	16	1.9	16	93	6	53	50	3	0	46	1.18
2856011--2856046	17	2.1	17	89	0	54	38	0	0	61	0.96
2856743--2856782	2	20.5	2	87	5	55	45	0	2	52	1.14
2857302--2857440	6	22.8	6	84	8	156	50	12	0	37	1.40
2857302--2857446	26	5.7	26	83	6	136	50	12	0	37	1.40
2858979--2859031	18	3.2	18	70	29	62	54	5	0	39	1.24
2859182--2859312	69	1.9	66	84	9	174	60	5	3	30	1.37
2859291--2859327	20	2.0	20	89	10	60	51	0	0	48	1.00
2859948--2860011	29	2.1	29	85	8	83	45	10	0	43	1.39
2860847--2860886	14	2.8	13	82	17	53	72	0	0	27	0.85
2861212--2861245	18	1.9	17	88	5	50	32	0	8	58	1.29
2862166--2862242	23	3.2	22	75	24	68	48	0	0	51	1.00
2862215--2862254	17	2.4	17	91	4	64	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2866456--2866486	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
2871635--2871659	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
2872217--2872260	3	14.3	3	95	4	79	65	0	0	34	0.93
2872432--2872469	20	1.9	20	84	10	51	60	0	0	39	0.97
2874383--2874426	20	2.2	19	84	8	52	50	4	9	36	1.55
2882277--2882336	30	2.0	30	83	6	77	36	0	0	63	0.95
2882377--2882436	18	3.3	18	76	17	70	41	0	0	58	0.98
2883366--2883542	20	9.0	20	68	16	75	47	0	0	51	1.09
2883466--2883564	41	2.5	38	76	11	101	53	1	0	45	1.07
2885630--2885731	47	2.1	48	94	1	179	16	17	24	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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