genome.fa.s65.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold65
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3097370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2457872--2457909	16	2.4	16	90	0	58	65	0	0	34	0.93
2460639--2460722	34	2.5	35	82	9	102	44	17	13	25	1.85
2464247--2464280	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2464288--2464328	21	1.9	21	85	5	55	53	0	4	41	1.22
2464723--2464773	22	2.3	22	82	0	57	31	13	1	52	1.51
2478923--2478959	14	2.6	15	87	8	51	56	10	0	32	1.34
2482307--2482339	15	2.1	16	88	5	50	45	3	0	51	1.16
2482445--2482484	20	2.0	21	85	5	55	57	2	0	40	1.12
2482959--2482997	20	2.0	20	94	0	69	38	0	2	58	1.12
2483268--2483307	19	2.1	19	85	4	53	35	0	7	57	1.27
2484982--2485023	19	2.2	19	87	8	59	33	0	0	66	0.92
2485336--2485375	20	2.2	18	86	13	55	52	0	0	47	1.00
2485992--2486079	14	6.4	14	70	16	60	56	2	0	40	1.11
2488707--2488744	13	3.2	12	82	10	51	57	0	2	39	1.12
2489383--2489434	6	8.5	6	81	8	52	75	0	1	23	0.91
2489382--2489434	25	2.0	25	85	7	70	73	0	1	24	0.93
2489402--2489431	10	3.1	10	95	4	53	73	0	0	26	0.84
2489886--2489926	5	8.6	5	86	5	50	60	2	0	36	1.10
2490148--2490216	13	6.0	12	70	25	51	63	0	0	36	0.94
2490158--2490201	5	9.6	5	76	18	51	59	0	0	40	0.98
2490158--2490200	9	4.8	9	81	18	54	58	0	0	41	0.98
2490148--2490213	22	3.0	21	84	8	87	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2491110--2491157	17	2.8	18	75	12	55	70	0	0	29	0.87
2491111--2491149	14	3.0	13	88	7	53	74	0	0	25	0.82
2491110--2491153	19	2.4	19	81	14	56	70	0	0	29	0.88
2491434--2491485	3	18.7	3	77	18	51	65	0	1	32	1.04
2491430--2491493	30	2.2	29	88	2	92	68	0	3	28	1.04
2491622--2491672	16	3.3	16	75	10	52	41	0	0	58	0.98
2491735--2491775	18	2.3	18	86	0	55	65	0	0	34	0.93
2498708--2498746	17	2.2	17	86	9	51	58	2	0	38	1.12
2500674--2500715	16	2.6	17	88	7	61	73	0	0	26	0.83
2500675--2500740	24	2.7	24	79	9	62	66	0	0	33	0.92
2500691--2500740	16	3.1	17	88	5	68	64	0	0	36	0.94
2501754--2501782	14	2.1	14	93	6	51	48	0	0	51	1.00
2502626--2502674	6	8.7	6	75	20	52	67	0	0	32	0.91
2503083--2503152	33	2.1	34	81	2	79	38	8	2	50	1.48
2503321--2503358	16	2.3	17	83	16	53	63	2	0	34	1.09
2503407--2503456	20	2.4	20	80	6	55	44	2	2	52	1.24
2505623--2505664	2	20.5	2	90	4	66	45	0	2	52	1.13
2505748--2505773	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2506498--2506551	23	2.3	23	87	9	74	59	0	0	40	0.98
2506490--2506548	19	2.8	20	76	16	66	57	0	1	40	1.09
2506490--2506556	19	3.6	19	72	10	57	55	0	2	41	1.15
2506490--2506606	43	2.8	43	82	11	120	51	0	2	45	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2506576--2506620	9	5.1	9	81	2	56	44	2	0	53	1.13
2507144--2507208	20	3.6	19	67	26	52	58	3	0	38	1.14
2507526--2507587	22	3.0	21	80	15	58	61	0	3	35	1.12
2507686--2507733	15	2.9	17	79	17	57	45	0	0	54	0.99
2507686--2507733	17	3.1	15	75	13	53	45	0	0	54	0.99
2507995--2508032	20	1.9	20	89	10	60	63	0	0	36	0.95
2510354--2510474	59	2.1	59	98	0	233	51	8	11	28	1.67
2516691--2516761	32	2.2	33	82	10	92	36	1	2	59	1.21
2517078--2517114	16	2.2	17	90	4	58	27	2	8	62	1.37
2517270--2517340	17	4.0	17	74	16	63	45	1	4	49	1.30
2517302--2517349	20	2.4	19	82	6	60	45	4	0	50	1.21
2517304--2517361	30	1.9	30	86	10	82	46	3	0	50	1.18
2520006--2520077	33	2.2	32	82	7	92	36	0	0	63	0.94
2520017--2520069	26	2.2	26	83	16	69	33	0	0	66	0.92
2520006--2520077	32	2.2	33	82	7	94	36	0	0	63	0.94
2525874--2525915	20	2.1	20	86	0	57	52	7	0	40	1.29
2525888--2525925	15	2.4	16	91	8	60	50	0	0	50	1.00
2531349--2531378	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
2531884--2531946	23	2.7	23	78	9	67	36	0	0	63	0.95
2531942--2531986	17	2.8	16	77	16	56	51	0	4	44	1.21
2532003--2532036	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
2539285--2539324	21	1.9	21	90	10	64	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2540751--2540788	13	3.0	13	80	3	51	55	0	0	44	0.99
2541223--2541247	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2546700--2546770	31	2.3	31	80	11	74	53	1	0	45	1.09
2547901--2547962	21	2.9	20	75	17	54	51	0	1	46	1.10
2548055--2548124	35	2.0	35	83	8	90	41	2	1	54	1.24
2548246--2548292	21	2.2	21	96	0	85	38	2	0	59	1.09
2549194--2549227	17	2.1	17	88	5	52	41	2	0	55	1.15
2549608--2549659	25	2.0	27	85	10	74	57	1	0	40	1.10
2549721--2549761	20	2.1	20	90	4	66	29	4	2	63	1.28
2549809--2549887	30	2.6	29	74	18	72	37	2	0	59	1.11
2549844--2549888	24	1.9	24	82	13	58	42	2	0	55	1.12
2549832--2549908	30	2.5	32	82	12	83	44	5	0	50	1.24
2551069--2551107	18	2.2	17	86	4	51	64	5	0	30	1.15
2551887--2551937	23	2.2	24	85	3	68	54	0	0	45	0.99
2552752--2552802	7	7.3	7	84	6	68	66	0	1	31	1.03
2552766--2552818	20	2.7	21	86	13	69	66	0	1	32	1.03
2552787--2552893	17	6.4	17	68	23	50	60	0	0	38	1.03
2552832--2552901	17	4.1	17	79	7	79	61	1	0	37	1.05
2555799--2555836	18	2.1	18	90	9	60	36	2	5	55	1.37
2555956--2556002	7	7.0	7	77	18	55	70	0	2	27	0.99
2555956--2556002	13	3.5	13	81	18	53	70	0	2	27	0.99
2555956--2556002	20	2.3	20	85	7	69	70	0	2	27	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2556025--2556079	28	2.0	28	92	7	94	41	3	0	54	1.18
2559028--2559069	21	2.0	22	90	9	70	50	4	0	45	1.23
2559888--2559964	19	3.9	20	71	18	63	35	1	1	62	1.12
2559942--2559994	15	3.3	17	80	15	60	43	0	0	56	0.99
2560393--2560518	65	1.9	66	82	10	161	53	0	0	46	1.00
2560456--2560527	20	3.5	20	67	16	58	55	0	0	44	0.99
2560401--2560492	26	3.5	26	74	17	66	52	0	0	47	1.00
2560410--2560492	31	3.0	27	81	11	73	50	0	0	49	1.00
2560441--2560619	40	4.7	39	70	21	121	53	0	1	44	1.15
2560444--2560717	114	2.5	110	87	7	378	53	1	2	43	1.20
2561034--2561384	120	2.9	119	81	9	387	43	2	2	51	1.30
2561086--2561433	115	3.0	116	78	15	310	43	2	2	51	1.29
2561702--2561740	21	1.9	21	89	5	62	46	5	0	48	1.24
2561719--2561769	16	3.2	16	73	15	52	47	3	1	47	1.32
2561707--2561753	21	2.3	21	82	10	53	48	6	0	44	1.28
2562861--2562904	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
2565526--2565558	14	2.4	14	90	10	50	60	3	0	36	1.12
2570265--2570382	28	4.0	28	68	23	73	42	0	0	56	1.05
2570282--2570324	22	1.9	23	85	4	61	44	2	0	53	1.13
2573402--2573487	34	2.5	34	84	7	102	41	12	3	41	1.60
2573478--2573549	11	6.7	11	76	17	62	62	1	1	34	1.13
2573499--2573556	29	2.1	29	87	6	84	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2573499--2573555	18	2.8	19	82	17	62	68	0	0	31	0.90
2573629--2573664	18	2.0	18	94	0	63	61	2	5	30	1.33
2574286--2574328	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
2574490--2574544	18	3.4	17	70	25	55	56	0	0	43	0.99
2575054--2575097	18	2.4	18	84	0	61	38	2	0	59	1.10
2596359--2596388	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
2596638--2596684	18	2.6	19	86	6	62	36	0	0	63	0.94
2597606--2597650	18	2.4	19	82	14	58	40	0	8	51	1.33
2598288--2598327	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2598382--2598426	3	14.3	3	82	17	56	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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