genome.fa.s65.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold65
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3097370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  6  of  17  ( 1956 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1297152--1297179	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1297597--1297626	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
1297814--1297885	27	2.7	27	79	12	85	48	0	0	51	1.00
1306978--1307091	56	2.0	56	94	0	201	36	18	20	24	1.94
1308418--1308442	11	2.3	11	100	0	50	16	8	24	52	1.70
1312782--1312810	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
1313576--1313610	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
1314104--1314372	139	1.9	139	93	3	452	25	18	19	36	1.94
1315529--1315560	12	2.7	12	95	0	55	40	59	0	0	0.97
1321881--1321926	22	2.1	22	84	8	58	13	8	23	54	1.66
1332796--1332961	86	1.9	86	98	0	323	49	8	9	32	1.66
1335482--1335515	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
1335948--1336000	6	8.8	6	82	0	52	50	15	0	33	1.44
1335932--1335988	2	28.0	2	75	3	51	45	8	1	43	1.45
1336546--1336610	20	3.2	19	77	18	60	60	0	3	36	1.13
1340591--1340628	3	12.7	3	94	0	67	31	2	0	65	1.06
1340872--1340946	5	15.4	5	73	15	50	69	1	0	29	0.97
1340872--1340939	21	3.4	20	84	9	86	70	1	0	27	0.96
1341595--1341637	6	7.2	6	91	0	50	51	0	0	48	1.00
1341658--1341718	23	2.5	24	75	17	63	27	4	0	67	1.11
1342228--1342288	28	2.2	28	85	5	79	49	3	0	47	1.18
1354802--1354882	41	2.0	41	100	0	162	32	19	11	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1356106--1356135	14	2.1	14	93	0	51	83	3	13	0	0.77
1363689--1363722	2	17.0	2	87	0	50	47	5	0	47	1.26
1366606--1366630	6	4.2	6	100	0	50	36	32	16	16	1.90
1371580--1371735	54	2.9	54	93	4	257	35	16	7	41	1.75
1375423--1375464	21	2.0	21	85	0	57	69	0	0	30	0.89
1377061--1377090	15	2.0	15	93	0	51	36	0	26	36	1.57
1383507--1383555	24	2.0	25	84	4	64	53	0	2	44	1.12
1383974--1384074	29	3.5	29	75	10	98	51	0	3	43	1.27
1388725--1388763	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
1391371--1391417	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
1395458--1395488	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1397260--1397320	14	4.4	14	82	13	81	57	0	0	42	0.98
1397259--1397315	29	2.0	29	92	0	96	56	0	0	43	0.99
1401051--1401116	34	2.0	33	82	14	82	50	0	0	50	1.00
1401043--1401108	17	3.9	17	71	16	57	46	0	0	53	1.00
1410414--1410438	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
1414021--1414131	15	7.9	14	70	9	73	41	4	8	45	1.54
1414057--1414145	45	2.0	43	85	8	117	40	7	6	44	1.60
1414223--1414265	14	3.0	14	75	3	50	37	9	9	44	1.69
1414216--1414277	29	2.2	29	88	2	90	37	9	11	41	1.74
1414818--1414866	24	2.0	24	81	14	57	24	10	0	65	1.23
1415653--1415697	2	22.5	2	100	0	90	51	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1422956--1422988	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
1425090--1425123	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
1426007--1426046	21	2.0	21	85	5	55	45	0	0	55	0.99
1426084--1426114	15	2.0	16	93	6	55	67	0	0	32	0.91
1426366--1426420	3	18.3	3	96	0	101	34	1	0	63	1.05
1427233--1427286	20	2.7	20	88	0	81	37	12	11	38	1.79
1427668--1427714	24	2.0	25	87	8	71	57	0	0	42	0.98
1433000--1433049	3	16.3	3	83	4	64	60	0	2	38	1.09
1441439--1441530	45	2.1	45	91	2	150	27	15	11	45	1.81
1441606--1441644	4	9.8	4	94	0	51	25	7	23	43	1.80
1441648--1441684	4	9.8	4	82	11	51	48	24	2	24	1.64
1441648--1441684	14	2.8	14	84	8	51	48	24	2	24	1.64
1448782--1448821	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
1449443--1449468	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1449992--1450071	39	2.1	39	92	0	133	21	22	23	32	1.98
1453087--1453121	5	7.2	5	96	3	63	80	0	0	20	0.72
1453730--1453832	49	2.1	52	84	10	137	43	4	5	45	1.49
1454174--1454216	17	2.6	16	82	13	52	11	11	0	76	1.02
1454532--1454560	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1456285--1456314	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
1457177--1457212	18	2.0	18	88	0	54	36	41	8	13	1.75
1457342--1457396	25	2.2	25	87	6	76	45	10	16	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1459837--1459878	10	4.6	9	82	11	50	83	0	14	2	0.75
1459854--1459894	17	2.4	17	88	8	57	82	0	17	0	0.66
1459861--1459885	12	2.1	12	100	0	50	84	0	16	0	0.63
1459932--1459982	16	3.3	15	73	26	52	35	0	1	62	1.06
1460282--1460329	4	11.8	4	78	12	53	72	0	25	2	0.95
1460281--1460340	29	2.1	27	90	6	93	75	0	23	1	0.90
1460733--1460766	15	2.4	14	90	5	50	76	0	23	0	0.79
1461322--1461355	15	2.2	16	89	5	52	73	0	26	0	0.83
1461880--1461920	17	2.5	17	84	7	59	43	0	0	56	0.99
1462289--1462322	12	2.8	12	86	13	52	67	0	0	32	0.91
1465552--1465655	42	2.5	40	72	16	95	58	0	2	38	1.13
1466559--1466631	18	3.6	19	71	26	53	52	1	1	45	1.18
1466599--1466641	16	2.5	16	85	11	50	53	0	0	46	1.00
1466870--1466906	2	18.5	2	88	0	56	43	0	0	56	0.99
1466950--1467000	23	2.1	23	82	7	57	49	0	0	50	1.00
1468153--1468190	20	2.0	20	85	10	53	15	5	2	76	1.08
1468451--1468492	21	2.0	22	90	9	70	45	0	0	54	0.99
1468452--1468503	20	2.5	20	84	9	61	46	0	0	53	1.00
1469974--1470045	31	2.4	31	86	9	103	41	2	1	54	1.23
1470005--1470075	18	3.9	18	78	7	63	38	0	1	60	1.06
1470004--1470078	37	2.0	39	84	5	100	37	0	1	61	1.05
1470017--1470076	20	3.2	20	80	15	74	35	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1470019--1470073	26	2.1	27	86	10	78	38	0	0	61	0.96
1473952--1474030	28	2.8	28	94	0	140	22	10	16	50	1.75
1474022--1474091	24	2.7	27	78	17	85	24	4	22	48	1.68
1478578--1478660	28	3.0	28	96	0	148	20	10	19	49	1.78
1478665--1478710	24	1.9	24	95	0	83	19	6	28	45	1.75
1479036--1479181	73	2.0	73	90	0	229	49	7	8	34	1.61
1480602--1480637	13	2.8	13	86	0	54	52	0	0	47	1.00
1480610--1480662	19	2.6	21	82	11	65	52	0	0	47	1.00
1481807--1481836	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
1482036--1482068	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1482109--1482150	20	2.1	20	86	0	57	45	21	9	23	1.81
1483876--1483921	24	2.0	23	86	4	65	41	0	2	56	1.11
1483543--1484270	365	2.0	362	90	1	1145	34	12	11	41	1.79
1484333--1484408	37	2.1	37	82	5	91	35	0	5	59	1.20
1484366--1484404	20	1.9	20	89	5	60	35	0	2	61	1.10
1485004--1485051	19	2.5	19	86	6	62	54	0	0	45	0.99
1484999--1485059	19	3.4	19	75	20	60	50	0	0	49	1.00
1486376--1486462	37	2.3	37	75	14	88	41	1	0	57	1.06
1486493--1486530	18	2.1	19	85	5	51	68	2	0	28	1.03
1486489--1486556	23	2.8	24	78	19	79	64	1	0	33	1.02
1487193--1487240	25	1.9	25	86	0	69	41	0	2	56	1.11
1487275--1487321	11	4.3	11	78	7	51	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1487249--1487318	28	2.5	26	84	13	79	67	1	0	31	1.00
1487804--1487841	19	2.0	20	85	10	53	60	0	0	39	0.97
1488045--1488194	74	2.0	74	92	0	246	37	7	3	52	1.46
1488290--1488330	16	2.4	19	76	23	54	56	4	0	39	1.21
1489371--1489412	20	2.1	20	95	0	75	50	21	7	21	1.72
1490799--1490846	23	2.0	23	84	8	60	43	0	2	54	1.12
1491220--1491297	31	2.5	31	82	12	97	42	1	2	53	1.22
1491217--1491329	19	6.7	18	69	19	68	39	0	1	57	1.15
1491291--1491350	26	2.3	26	85	0	75	35	3	0	61	1.12
1492511--1492543	3	11.3	3	93	6	59	69	0	30	0	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17