genome.fa.s3032.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3915534

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1603--1744	35	3.9	38	73	12	95	42	11	13	31	1.80
1542--1833	18	16.3	17	70	15	157	43	11	12	32	1.79
2265--2303	17	2.2	18	86	4	53	0	20	0	79	0.73
2446--2502	22	2.8	20	77	15	53	5	12	19	63	1.47
2458--2507	22	2.2	23	89	3	75	4	14	22	60	1.51
2591--2645	7	8.0	7	79	4	58	0	21	0	78	0.76
2592--2652	10	5.9	10	80	19	72	0	21	0	78	0.75
3229--3338	30	3.7	29	78	9	107	39	2	22	35	1.69
3229--3337	29	3.7	28	78	8	101	39	2	22	34	1.69
3677--5043	73	18.5	73	95	2	2334	35	21	17	25	1.95
5375--5464	1	90.0	1	75	0	72	2	3	7	86	0.75
5376--5463	18	4.9	17	84	13	90	2	3	7	86	0.76
5366--5464	37	2.7	36	85	6	119	2	5	7	85	0.79
5397--5464	26	2.5	28	90	4	104	1	1	8	88	0.65
18117--18353	18	13.2	17	71	14	111	46	11	13	29	1.77
18518--18554	19	1.9	20	88	5	58	40	10	13	35	1.80
18846--18874	14	2.0	15	93	6	51	0	17	0	82	0.66
19029--19078	22	2.2	23	82	3	57	4	14	22	60	1.51
19163--19235	12	6.5	11	77	17	71	0	21	0	78	0.76
19163--19223	10	5.9	10	83	12	79	0	19	0	80	0.72
19163--19235	23	3.3	22	85	11	96	0	21	0	78	0.76
19163--19235	20	3.7	20	87	3	94	0	21	0	78	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19786--19841	29	1.9	29	85	7	78	46	5	17	30	1.71
19808--19944	59	2.3	58	76	8	143	36	4	25	33	1.76
19816--19944	29	4.4	29	83	4	143	37	3	24	34	1.72
19810--19944	58	2.3	60	79	5	159	36	4	25	33	1.76
24293--24729	89	4.9	89	84	1	554	28	24	23	23	2.00
24337--24474	44	3.1	44	68	17	122	28	28	24	18	1.98
24721--25012	132	2.2	132	92	0	476	30	18	25	25	1.98
26933--27029	3	30.3	3	79	17	81	31	5	3	59	1.35
32211--32253	20	2.2	20	86	0	59	53	23	13	9	1.69
34099--34339	119	2.0	120	99	0	475	53	6	1	37	1.37
38499--38524	11	2.4	11	100	0	52	30	0	0	69	0.89
40720--40766	22	2.1	22	92	7	78	55	8	10	25	1.62
41787--41861	35	2.2	32	81	6	87	41	2	0	56	1.13
46976--47048	36	2.0	36	94	5	121	52	5	10	30	1.59
50348--50391	23	1.9	23	81	9	54	54	9	2	34	1.44
50456--50502	21	2.2	21	84	0	58	36	40	0	23	1.55
51159--51548	114	3.4	114	91	1	615	31	27	19	21	1.97
51465--51632	84	2.0	84	96	0	309	34	27	20	16	1.95
51665--51830	84	2.0	84	93	2	289	36	26	19	18	1.94
51351--52027	198	3.4	198	92	0	1113	32	25	19	21	1.97
51859--52363	84	6.0	84	92	0	794	34	28	19	17	1.95
56593--56646	25	2.2	25	100	0	108	29	16	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61102--61135	11	3.0	11	91	4	50	0	23	0	76	0.79
64962--65070	44	2.5	44	80	4	112	32	20	20	27	1.97
65093--65398	44	7.0	44	92	1	427	28	19	25	26	1.99
66546--66603	3	19.3	3	85	7	82	29	1	1	67	1.11
66546--66613	24	2.8	24	82	14	86	29	1	2	66	1.15
68531--68563	13	2.4	14	90	5	50	45	18	3	33	1.65
76402--76844	218	2.0	219	86	3	608	37	19	12	30	1.89
91929--91995	35	1.9	35	93	0	116	38	14	11	34	1.84
98342--98375	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
100958--100983	9	2.9	9	100	0	52	23	23	0	53	1.46
103085--103109	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
105402--105459	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
105415--105472	19	2.8	20	87	10	73	41	17	5	36	1.72
105778--105894	45	2.7	44	79	2	137	25	22	19	32	1.97
105915--106242	44	7.5	44	73	12	241	29	20	20	29	1.98
105775--106258	217	2.2	217	89	3	733	28	21	19	31	1.97
106258--106444	100	1.9	100	89	2	295	27	21	20	30	1.98
106283--106457	50	3.5	50	66	3	136	26	23	20	30	1.98
106707--106828	44	2.8	44	84	9	169	27	26	18	27	1.98
106828--107579	88	8.5	88	90	0	1128	21	23	27	27	1.99
106866--107172	44	7.0	43	61	8	116	21	24	26	27	1.99
107301--107444	44	3.3	44	63	11	105	23	24	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109572--109632	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
113314--113351	13	2.8	14	80	19	53	65	5	5	23	1.34
117584--117635	21	2.5	20	75	6	50	42	1	1	53	1.23
117589--117633	21	2.1	21	83	0	54	35	2	2	60	1.22
118794--118853	24	2.5	24	71	26	56	33	8	3	55	1.47
127603--127829	91	2.6	89	80	8	275	37	20	8	33	1.84
132044--132097	23	2.3	23	100	0	108	16	3	51	27	1.61
132415--132440	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
135701--135868	85	2.0	84	90	1	264	26	19	25	28	1.99
139506--139531	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
143717--143951	113	2.1	114	98	1	454	39	3	11	45	1.56
145341--145394	10	5.7	9	80	10	63	37	0	0	62	0.95
145335--145392	28	2.0	29	83	9	75	37	1	0	60	1.07
145342--145396	19	2.9	18	81	7	65	40	0	0	60	0.97
146390--146558	63	2.7	63	81	5	198	28	20	26	25	1.99
146411--146583	63	2.7	63	80	1	195	26	20	28	24	1.99
158464--158525	30	2.1	30	90	0	97	56	12	4	25	1.56
165185--165230	21	2.2	21	84	7	58	39	19	34	6	1.78
167076--167111	3	12.0	3	93	0	63	69	0	0	30	0.89
168508--168574	34	1.9	35	84	3	91	32	7	11	47	1.68
169664--169734	35	2.0	37	88	5	110	53	15	2	28	1.56
169704--169771	27	2.5	28	80	7	77	54	19	4	22	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172113--172169	28	2.0	28	96	0	105	45	19	12	22	1.83
173579--173628	18	2.7	18	93	3	82	46	8	28	18	1.77
183159--183202	19	2.2	20	80	4	54	29	15	2	52	1.55
186634--186819	50	3.8	49	80	5	187	23	26	21	27	1.99
189270--189317	17	2.6	19	83	9	64	27	6	2	64	1.28
189864--189896	12	2.8	12	95	4	59	63	0	6	30	1.18
190783--190821	18	2.2	18	95	0	69	58	10	2	28	1.44
196816--196882	22	3.0	22	76	8	73	28	1	26	43	1.64
200195--200265	35	2.0	35	97	0	133	30	18	11	39	1.86
200248--200295	17	2.7	18	90	3	71	31	35	10	22	1.88
200245--200295	9	5.8	9	88	4	77	33	33	9	23	1.88
201288--201335	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
201810--201849	16	2.5	16	91	0	71	20	5	37	37	1.74
206328--206370	10	4.3	10	78	0	50	44	0	9	46	1.35
206441--206472	9	3.7	9	91	8	57	87	0	0	12	0.54
206538--206572	3	11.3	3	87	6	52	65	0	2	31	1.07
207442--207481	21	1.9	21	94	0	71	12	25	50	12	1.75
207963--208207	44	5.7	42	76	9	194	26	22	22	28	1.99
208512--209124	88	7.0	88	91	1	960	27	26	19	25	1.99
210353--210391	15	2.8	14	88	7	53	12	17	0	69	1.19
210357--210402	22	2.0	23	83	8	58	13	17	2	67	1.33
213109--213155	19	2.5	20	82	6	62	42	10	19	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214873--214926	26	2.0	27	82	3	65	53	1	9	35	1.44
215070--215122	22	2.5	20	77	17	54	62	5	1	30	1.29
215744--215794	26	2.0	26	96	0	93	35	13	9	41	1.78
215738--215820	45	1.9	42	85	11	114	36	10	13	39	1.79
221161--221188	10	2.8	10	100	0	56	92	0	7	0	0.37
222786--223485	88	8.0	88	87	2	872	26	22	25	25	2.00
222855--223439	44	13.3	43	67	11	303	26	23	25	24	2.00
223422--223810	44	8.8	44	85	4	482	30	14	24	30	1.95
224439--224495	30	1.9	30	85	0	78	45	17	24	12	1.83
227541--227631	43	2.1	43	83	2	112	36	8	12	42	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13