genome.fa.s3032.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3915534

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2043216--2043250	14	2.4	15	85	9	54	25	5	14	54	1.62
2046550--2047075	268	2.0	268	95	0	946	24	17	19	39	1.92
2052953--2052990	17	2.2	17	86	9	51	36	28	5	28	1.79
2054748--2054795	15	3.1	15	77	11	51	54	0	10	35	1.35
2055514--2055553	16	2.5	17	88	8	57	17	2	17	62	1.44
2056230--2056261	16	2.0	16	93	0	55	40	18	12	28	1.87
2059846--2059890	22	2.0	22	87	8	65	28	0	20	51	1.48
2061025--2061053	15	1.9	15	100	0	58	68	6	10	13	1.37
2077060--2077247	51	3.7	50	80	6	209	30	27	14	26	1.95
2078766--2078812	25	1.9	24	82	4	58	53	10	17	19	1.72
2096270--2096340	12	5.9	12	71	12	56	9	15	4	70	1.30
2097352--2097383	12	2.7	12	100	0	64	12	6	6	75	1.19
2098579--2098623	20	2.2	20	85	14	58	53	13	4	28	1.59
2100294--2100332	19	2.1	19	85	4	53	38	15	15	30	1.88
2100355--2100410	23	2.4	23	96	0	103	26	50	3	19	1.64
2105840--2106184	173	2.0	172	97	0	654	37	14	14	33	1.87
2107627--2107660	15	2.1	16	89	10	52	55	5	0	38	1.24
2117094--2117174	31	2.6	31	94	0	126	28	9	17	44	1.80
2117161--2117192	14	2.3	14	100	0	64	28	12	21	37	1.90
2117130--2117223	45	2.1	45	97	0	179	29	10	18	41	1.84
2117175--2117593	31	13.6	31	88	2	540	30	9	16	43	1.80
2117099--2117254	76	2.1	76	95	0	276	29	9	17	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117175--2117593	92	4.5	93	85	1	522	30	9	16	43	1.80
2117175--2117593	123	3.4	123	85	2	554	30	9	16	43	1.80
2122813--2122859	12	4.0	12	77	5	51	4	23	0	72	1.02
2122819--2122854	16	2.2	16	90	5	54	5	22	0	72	1.05
2126869--2126987	27	4.4	27	85	6	170	34	16	14	34	1.89
2127270--2127344	34	2.3	31	86	9	96	30	21	24	24	1.99
2133538--2133567	15	2.0	15	93	0	51	66	10	6	16	1.41
2145786--2146217	124	3.5	124	92	1	625	28	18	22	29	1.98
2147044--2148298	644	1.9	644	97	0	2366	31	18	21	28	1.97
2149974--2150112	22	6.2	22	72	20	110	21	0	36	41	1.53
2149981--2150046	27	2.4	28	84	5	89	21	0	36	42	1.53
2149981--2150074	41	2.3	42	79	7	120	20	0	37	42	1.52
2150018--2150080	27	2.3	28	81	13	78	19	0	39	41	1.51
2149996--2150080	41	2.1	41	91	4	136	20	0	38	41	1.52
2150306--2150346	21	2.0	21	85	9	57	4	19	41	34	1.73
2151315--2151352	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
2152245--2152282	10	3.8	10	89	10	60	68	0	0	31	0.90
2152339--2152384	12	3.9	12	81	13	60	39	0	32	28	1.57
2152280--2152381	51	2.0	53	82	7	129	44	0	27	27	1.61
2157137--2157166	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2159054--2159638	291	2.0	292	99	0	1154	39	9	9	41	1.70
2174601--2174679	39	2.1	38	85	2	104	34	10	21	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2178695--2178783	23	3.8	23	78	7	99	44	35	2	16	1.61
2179006--2179175	6	28.2	6	93	3	288	83	14	0	1	0.74
2179001--2179172	1	172.0	1	67	0	92	83	13	0	1	0.76
2190525--2190846	51	6.4	50	78	8	314	29	25	14	30	1.95
2190519--2190848	102	3.3	102	85	3	407	29	25	14	30	1.95
2196894--2196945	21	2.7	18	80	11	59	32	9	32	25	1.88
2200663--2201082	42	9.9	42	94	2	716	33	23	20	22	1.97
2201400--2201446	21	2.2	21	84	0	67	2	44	19	34	1.62
2207728--2208078	9	39.8	9	68	22	187	33	1	18	45	1.61
2207727--2207812	42	2.0	42	84	6	111	34	2	19	43	1.64
2207750--2207893	62	2.3	62	81	12	172	34	1	18	45	1.58
2207807--2207922	37	2.9	42	70	20	111	32	0	18	47	1.55
2207727--2208020	36	8.3	36	74	16	217	34	2	18	45	1.62
2207712--2207987	55	5.0	54	74	18	216	33	2	18	46	1.61
2207841--2208075	44	4.9	46	71	23	153	33	2	17	46	1.60
2207878--2208078	62	3.3	61	73	15	182	33	1	17	46	1.59
2209074--2209158	31	2.7	32	89	5	120	43	23	15	17	1.87
2209857--2209956	20	5.0	20	95	0	182	42	5	43	10	1.60
2209856--2209956	40	2.5	40	100	0	202	42	4	42	9	1.59
2212252--2212463	113	1.9	114	82	3	266	28	22	16	32	1.96
2215512--2215541	16	1.9	15	93	6	51	53	6	6	33	1.53
2216592--2216677	27	3.2	27	65	21	72	45	13	1	39	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216540--2216796	127	2.0	129	98	1	500	44	9	2	43	1.49
2224879--2225028	27	5.6	27	81	1	86	25	33	21	20	1.97
2226895--2226930	18	2.0	18	88	0	54	41	13	8	36	1.75
2240248--2240298	12	4.2	12	75	9	59	64	1	33	0	1.05
2240229--2240277	21	2.4	21	86	3	64	71	0	28	0	0.86
2240245--2240294	24	2.1	24	85	7	66	66	2	32	0	1.03
2240230--2240298	36	1.9	36	90	0	111	66	1	31	0	1.00
2240230--2240316	36	2.4	36	84	1	102	64	3	31	1	1.17
2240825--2240874	26	1.9	26	84	8	66	36	20	4	40	1.71
2241068--2241127	28	2.1	28	81	0	66	30	16	1	51	1.54
2241936--2242695	378	2.0	379	99	0	1513	41	10	12	35	1.77
2243411--2243435	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
2244460--2244507	19	2.4	21	93	6	82	33	4	0	62	1.14
2275218--2275281	34	1.9	33	90	3	101	26	25	18	29	1.98
2275840--2275877	20	2.0	20	89	5	60	18	39	21	21	1.93
2283944--2283977	18	1.9	17	88	5	50	17	32	0	50	1.47
2285076--2285100	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2295434--2295488	29	1.9	28	96	3	101	32	3	3	60	1.32
2295440--2295485	14	3.1	16	71	28	55	34	4	2	58	1.30
2295435--2295495	29	2.1	28	87	3	86	32	3	8	55	1.45
2297522--2297769	50	4.9	50	78	9	234	27	20	27	24	1.99
2297521--2297769	106	2.4	101	81	9	281	28	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2307498--2307609	55	2.0	55	98	0	215	25	4	27	42	1.74
2308572--2308625	24	2.2	24	83	0	63	50	3	7	38	1.48
2308586--2308634	24	2.0	24	88	0	71	55	0	6	38	1.25
2310162--2310214	22	2.4	22	90	3	79	28	9	16	45	1.79
2310538--2310593	18	3.1	18	77	10	60	32	0	19	48	1.49
2311310--2311350	12	3.2	13	83	12	50	31	21	2	43	1.66
2337182--2337419	50	4.7	50	80	4	210	27	22	28	21	1.99
2347834--2348081	50	4.8	50	84	5	284	25	20	29	23	1.99
2353684--2353930	50	4.8	50	85	3	289	26	21	29	23	1.99
2353850--2353969	49	2.4	49	80	5	136	31	20	23	25	1.98
2360125--2360301	51	3.5	50	79	4	203	24	16	27	31	1.97
2368038--2368069	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
2369341--2369365	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
2369720--2369793	17	4.5	17	70	21	59	41	4	1	52	1.28
2369703--2369796	48	2.0	48	87	4	136	41	3	2	53	1.29
2369824--2369882	28	2.1	29	83	3	75	50	1	5	42	1.34
2379169--2379244	37	2.1	36	83	11	93	40	2	2	53	1.28
2384420--2384540	61	2.0	63	83	6	158	51	5	17	25	1.67
2387952--2388009	20	2.9	20	78	0	71	37	1	0	60	1.07
2387993--2388043	21	2.4	20	79	20	59	27	0	3	68	1.07
2387995--2388044	22	2.3	22	83	16	68	26	0	4	70	1.05
2388864--2388964	50	2.0	50	100	0	202	48	13	11	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2390442--2390466	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2390634--2390674	21	1.9	22	90	5	66	26	2	9	60	1.40
2395303--2395356	22	2.3	23	87	9	74	62	0	1	35	1.06
2395308--2395356	24	2.1	24	85	11	66	67	0	2	30	1.02
2397423--2397786	168	2.2	169	87	4	522	33	12	14	39	1.83
2405533--2405568	18	2.0	18	100	0	72	44	11	16	27	1.82
2406575--2406613	20	2.0	20	84	0	51	58	2	0	38	1.12
2406571--2406616	24	1.9	24	82	8	58	60	2	0	36	1.09
2408699--2408726	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
2416459--2416624	70	2.4	70	76	4	156	30	19	22	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13