genome.fa.s3032.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3915534

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  6  of  13  ( 1467 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1408443--1408645	33	5.6	33	71	19	163	34	27	18	20	1.95
1408362--1408649	75	3.8	75	89	0	432	34	26	17	22	1.95
1412168--1412223	20	2.8	21	78	5	62	46	10	8	33	1.70
1423810--1423847	16	2.4	16	86	0	58	31	23	2	42	1.68
1427101--1427188	43	2.0	43	89	4	133	38	17	14	29	1.89
1428267--1428317	27	1.9	26	84	11	68	33	0	1	64	1.05
1428657--1428703	11	4.3	11	76	10	51	19	0	8	72	1.10
1428697--1428730	14	2.3	15	90	5	52	20	2	8	67	1.31
1435425--1435479	23	2.4	23	81	6	67	1	34	0	63	1.05
1435418--1435479	27	2.3	26	78	13	63	1	32	0	66	1.02
1436388--1436519	51	2.6	51	91	0	210	31	15	14	38	1.88
1447127--1447155	14	2.1	14	93	6	51	51	6	0	41	1.28
1447939--1448025	43	2.0	43	97	0	165	26	10	39	24	1.87
1454189--1454305	39	3.0	38	80	5	126	43	11	8	35	1.72
1456162--1456217	18	2.9	19	82	10	69	10	19	1	67	1.29
1457139--1457168	13	2.3	13	94	0	51	30	10	0	60	1.30
1474602--1475155	115	4.8	112	74	9	436	32	18	23	26	1.97
1474619--1475156	230	2.3	230	77	4	575	32	18	22	26	1.97
1475221--1475259	21	1.9	20	89	5	60	20	0	35	43	1.52
1475250--1475304	14	3.8	15	76	4	51	25	0	25	49	1.51
1480950--1481340	42	9.2	43	80	2	218	29	21	19	28	1.98
1481059--1481251	42	4.6	43	87	6	252	33	23	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1481059--1481293	127	1.9	127	83	3	312	31	23	20	25	1.98
1481059--1481251	85	2.3	84	88	4	273	33	23	19	23	1.97
1481948--1481977	15	2.1	14	93	6	51	36	0	36	26	1.57
1485954--1486000	22	2.0	24	92	8	80	55	8	0	36	1.31
1486373--1486414	14	2.9	15	82	10	52	2	35	0	61	1.09
1486369--1486414	22	2.0	23	87	4	67	2	36	0	60	1.09
1486848--1486921	36	2.1	35	85	10	96	50	8	1	40	1.41
1487344--1487393	17	2.9	17	93	0	91	44	6	26	24	1.76
1488551--1488640	44	2.0	44	91	0	144	41	23	11	24	1.87
1490129--1490280	76	2.0	75	84	3	198	23	27	19	29	1.98
1494421--1494500	31	2.7	29	81	7	90	22	15	10	52	1.71
1495660--1495695	19	1.9	19	88	5	56	11	25	16	47	1.79
1506300--1506491	40	4.8	40	85	8	221	60	0	3	35	1.12
1506300--1506492	39	4.8	39	85	9	212	60	0	3	36	1.12
1506909--1506935	8	3.4	8	100	0	54	59	0	0	40	0.98
1507524--1507567	16	2.8	16	75	0	52	61	4	2	31	1.28
1508003--1508098	35	2.8	34	70	16	90	35	6	19	38	1.77
1510704--1510759	26	2.2	26	100	0	112	35	14	0	50	1.43
1520195--1520478	142	2.0	142	99	0	559	35	16	6	41	1.74
1521069--1521098	16	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
1531976--1532188	32	6.7	32	74	5	144	37	23	20	19	1.94
1531976--1532188	64	3.3	63	75	5	196	37	23	20	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1531973--1532188	96	2.2	96	76	9	233	37	22	19	19	1.94
1532357--1532462	24	4.4	24	84	0	113	47	23	5	23	1.73
1532500--1532653	81	1.9	81	81	2	184	23	17	20	38	1.93
1532488--1532653	27	6.1	27	70	10	115	22	19	19	38	1.93
1539240--1539295	18	3.1	18	82	7	60	57	5	0	37	1.22
1539239--1539326	19	4.3	20	72	18	65	56	3	1	38	1.23
1539269--1539319	24	2.0	26	85	7	70	49	1	1	47	1.24
1541731--1541839	40	2.6	42	88	5	150	27	24	19	28	1.98
1541767--1542263	44	11.6	43	76	12	243	29	25	18	26	1.98
1541643--1541927	88	3.3	88	71	12	255	25	23	20	30	1.99
1542076--1542297	34	5.7	34	74	22	156	29	26	19	23	1.98
1541948--1542312	164	2.2	164	94	1	635	30	26	18	24	1.98
1549036--1549069	12	2.8	12	86	0	50	32	0	14	52	1.42
1549262--1549303	22	1.9	22	90	0	66	47	2	11	38	1.53
1549408--1549459	3	17.3	3	95	0	95	67	1	0	30	1.02
1550593--1550626	17	2.0	17	100	0	68	35	11	17	35	1.87
1551054--1551120	30	2.3	30	82	12	77	56	10	4	28	1.52
1558455--1558506	7	7.3	7	81	18	63	69	0	15	15	1.20
1558457--1558497	8	5.5	8	88	11	61	75	0	12	12	1.05
1558458--1558488	13	2.3	13	94	5	53	74	0	12	12	1.08
1558455--1558506	21	2.4	21	93	3	86	69	0	15	15	1.20
1559733--1560553	129	6.4	129	91	0	1243	32	19	23	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1559734--1560553	257	3.2	257	90	1	1259	32	19	22	25	1.97
1559733--1560553	386	2.1	386	90	0	1286	32	19	23	24	1.97
1560475--1560747	132	2.1	132	87	2	388	28	20	20	30	1.98
1560513--1560820	132	2.3	132	81	3	352	30	20	22	27	1.98
1579434--1579503	22	3.4	22	84	11	78	51	20	0	28	1.47
1579460--1579532	31	2.4	31	90	0	110	54	19	0	26	1.44
1579475--1579545	31	2.3	31	90	0	106	56	14	1	28	1.47
1581641--1581671	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
1581725--1581761	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
1581959--1581998	20	2.0	20	100	0	80	25	30	0	45	1.54
1581996--1582052	30	1.9	29	85	3	78	19	31	0	49	1.49
1582484--1582510	5	5.4	5	100	0	54	18	18	18	44	1.87
1582833--1582996	81	2.0	81	90	4	260	30	21	26	21	1.98
1583658--1583713	2	28.0	2	82	7	60	50	1	3	44	1.29
1583665--1583719	27	2.1	26	89	3	83	52	1	5	40	1.35
1586076--1586141	29	2.4	27	79	5	69	30	1	7	60	1.33
1586320--1586375	15	3.7	15	85	4	67	64	1	0	33	1.04
1586328--1586376	16	3.1	16	91	2	73	63	2	0	34	1.06
1586332--1586387	15	3.6	16	80	7	62	66	1	0	32	1.03
1586882--1586956	10	7.3	10	73	10	53	42	0	5	52	1.24
1586880--1586937	21	2.8	21	76	7	64	43	0	6	50	1.29
1589426--1589524	27	3.7	27	91	5	148	38	14	20	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1601227--1601439	27	7.9	27	72	4	135	38	18	18	23	1.93
1601241--1601440	54	3.7	54	79	7	167	38	18	19	24	1.93
1601402--1601464	26	2.4	26	84	5	74	34	19	22	23	1.96
1601477--1601566	24	3.8	24	77	11	85	24	7	22	45	1.78
1601695--1601851	32	4.9	32	81	4	156	19	19	22	38	1.93
1601700--1601851	64	2.4	64	82	0	178	19	20	22	38	1.94
1601796--1601861	32	2.1	32	85	2	89	24	21	18	36	1.95
1604588--1604866	27	10.4	27	77	3	231	36	20	20	22	1.95
1604588--1604866	81	3.5	80	80	4	276	36	20	20	22	1.95
1604885--1604931	24	2.0	24	86	0	67	27	8	23	40	1.83
1604917--1604983	11	5.7	11	70	13	53	14	10	23	50	1.74
1604915--1604993	24	3.3	24	96	0	140	17	11	22	48	1.79
1604928--1604969	13	3.4	13	74	12	52	19	11	19	50	1.78
1605165--1605320	32	4.9	32	80	0	179	21	19	19	39	1.93
1605336--1605389	22	2.5	22	75	6	56	20	22	12	44	1.85
1606148--1606187	17	2.4	17	86	0	53	40	5	20	35	1.74
1610051--1610095	20	2.2	20	85	14	58	28	4	13	53	1.59
1612762--1612791	14	2.1	14	100	0	60	53	13	6	26	1.64
1630773--1630806	18	1.9	18	94	5	61	29	0	2	67	1.05
1640747--1640781	16	2.1	17	89	5	54	11	51	0	37	1.38
1647551--1647588	20	1.9	20	89	10	60	34	0	5	60	1.19
1651605--1651640	16	2.2	17	90	5	56	11	52	0	36	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1661209--1661278	16	4.4	16	80	7	79	35	17	1	45	1.57
1662249--1662282	15	2.3	15	89	0	50	0	11	5	82	0.83
1677246--1677283	20	1.9	20	88	0	58	52	7	5	34	1.53
1679404--1679436	5	6.8	5	89	6	50	36	3	0	60	1.12
1685167--1685231	14	4.4	14	75	16	60	3	21	3	72	1.12
1686270--1686365	49	2.0	49	100	0	192	20	12	27	39	1.89
1688120--1688175	18	3.1	17	77	10	58	41	0	5	53	1.24
1688148--1688231	44	1.9	44	97	0	159	36	10	4	47	1.59
1688538--1688759	41	5.4	41	86	1	309	20	25	25	29	1.99
1688538--1688760	123	1.8	123	89	2	349	20	25	25	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13