genome.fa.s3032.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3915534

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2718068--2718178	40	2.8	40	92	0	186	18	22	25	33	1.97
2722363--2722445	33	2.5	33	92	3	132	22	3	21	51	1.63
2735458--2735532	37	2.0	38	97	2	143	14	8	21	56	1.64
2738158--2738200	19	2.2	20	88	8	63	44	9	2	44	1.49
2738271--2738510	120	2.0	120	92	0	399	34	17	10	38	1.83
2743260--2743452	97	2.0	98	97	1	370	24	22	32	20	1.98
2744673--2744721	18	2.5	19	80	12	55	28	18	10	42	1.83
2745115--2745154	17	2.3	18	86	4	55	65	12	7	15	1.47
2746338--2746369	16	2.0	16	100	0	64	62	12	12	12	1.55
2747778--2747825	21	2.3	22	85	10	73	58	8	16	16	1.61
2756223--2756251	13	2.1	14	93	6	51	62	6	0	31	1.22
2762043--2762069	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
2765036--2765075	15	2.6	16	80	4	55	35	2	20	42	1.65
2770585--2770609	12	2.1	12	100	0	50	32	16	24	28	1.96
2771977--2772023	17	2.8	17	81	12	60	80	4	4	10	0.98
2771970--2772023	17	3.3	15	80	17	54	77	5	3	12	1.07
2774880--2774961	24	3.2	24	70	12	65	60	2	6	30	1.33
2774930--2775013	8	10.6	7	71	25	53	65	1	4	28	1.20
2774936--2774984	17	2.8	17	84	9	64	63	0	4	32	1.13
2774892--2774995	25	4.0	25	75	18	81	60	1	5	31	1.31
2774933--2774995	17	3.8	16	74	14	56	65	1	4	28	1.22
2776905--2776938	16	2.3	15	90	10	52	41	0	2	55	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2777606--2777640	18	2.0	18	94	5	63	65	0	0	34	0.93
2783828--2783862	5	7.0	5	87	12	54	80	0	0	20	0.72
2795475--2795529	25	2.2	25	96	0	101	10	30	10	47	1.73
2798545--2798583	18	2.4	16	87	12	53	35	0	0	64	0.94
2798545--2798579	18	2.0	17	94	5	61	34	0	0	65	0.93
2798928--2798954	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
2804372--2804408	15	2.5	15	95	0	65	29	18	16	35	1.93
2806501--2806540	19	2.0	20	86	13	57	45	7	10	37	1.66
2813494--2813584	39	2.4	39	94	1	157	49	12	9	28	1.72
2828931--2829033	51	2.0	51	98	0	197	45	16	13	24	1.83
2831831--2831910	38	2.1	38	95	0	142	36	8	18	36	1.82
2853556--2853925	155	2.4	155	100	0	740	26	14	14	44	1.83
2853982--2854046	16	4.1	16	91	0	112	21	35	4	38	1.74
2855673--2855811	38	3.7	38	83	1	181	14	17	28	39	1.89
2858789--2858867	29	2.7	29	82	2	95	29	13	18	37	1.90
2866249--2866414	43	3.9	43	81	2	192	25	29	19	25	1.99
2866249--2866414	86	1.9	85	84	3	217	25	29	19	25	1.99
2867341--2867371	14	2.2	14	94	0	53	48	9	6	35	1.62
2874597--2874636	12	3.2	12	92	3	62	20	7	2	70	1.24
2874597--2874629	13	2.5	13	100	0	66	18	6	0	75	1.00
2880817--2880866	14	3.6	14	80	0	55	46	34	0	20	1.51
2880988--2881108	41	3.0	41	80	2	118	29	26	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2889729--2889928	100	2.0	100	97	0	373	38	11	17	33	1.85
2890352--2890630	152	1.8	153	95	0	497	39	11	16	32	1.84
2890378--2890681	152	2.0	148	83	7	362	39	11	17	32	1.85
2895610--2895686	23	3.4	22	81	13	86	44	3	1	50	1.28
2899137--2899163	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2902486--2902595	54	2.0	54	98	0	211	30	21	6	41	1.78
2902825--2903044	45	4.9	45	86	1	282	33	23	16	26	1.96
2904226--2904289	20	3.2	20	84	0	92	45	23	23	7	1.79
2904207--2904326	20	5.9	20	78	2	80	46	17	25	10	1.80
2904228--2904303	40	1.9	40	88	0	116	43	21	27	7	1.80
2912362--2912407	19	2.4	19	82	10	58	47	13	2	36	1.54
2913204--2913271	33	2.0	34	83	8	86	11	1	45	41	1.50
2913218--2913297	22	3.7	21	78	9	81	12	1	47	38	1.49
2915269--2915657	135	2.9	135	82	1	465	25	24	16	33	1.96
2915258--2915677	203	2.1	204	87	2	603	25	24	16	33	1.95
2915252--2915677	68	6.3	68	81	2	453	25	24	15	34	1.95
2916779--2916826	22	2.1	24	88	7	73	16	25	22	35	1.95
2925157--2925330	68	2.6	67	81	9	201	23	22	16	37	1.94
2947726--2947769	15	2.9	16	86	13	74	34	0	0	65	0.93
2948855--2948894	15	2.9	13	82	13	53	62	0	0	37	0.95
2949066--2949105	15	2.9	13	82	13	53	62	0	0	37	0.95
2953400--2953684	139	2.1	138	91	2	464	45	5	8	39	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2953660--2953807	75	2.0	75	90	0	233	30	14	10	45	1.77
2954896--2954988	31	3.0	31	83	7	118	19	23	19	37	1.94
2958719--2958751	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
2964699--2964741	19	2.3	19	88	8	61	32	9	0	58	1.30
2966121--2966275	76	2.0	76	90	2	240	26	21	7	43	1.79
2966590--2966744	80	1.9	80	90	0	247	29	22	23	24	1.99
2966592--2966756	40	4.1	40	86	0	222	30	21	21	26	1.98
2966796--2966905	40	2.8	40	90	0	175	30	22	20	25	1.98
2967050--2967110	21	3.0	20	72	11	52	18	0	32	49	1.48
2967213--2967250	14	2.8	14	88	4	51	26	0	28	44	1.54
2967281--2967331	14	3.6	14	75	0	57	19	0	39	41	1.52
2967303--2967355	21	2.5	20	79	11	54	18	0	41	39	1.51
2970188--2970214	14	1.9	14	100	0	54	37	7	7	48	1.59
2972117--2972325	83	2.5	83	80	6	219	25	15	25	33	1.95
2972107--2972333	43	5.4	43	78	8	236	26	15	24	33	1.95
2973823--2973853	4	8.0	4	92	7	55	51	0	0	48	1.00
2986952--2987048	41	2.3	41	82	1	104	30	27	17	23	1.97
2997615--2997810	41	4.8	41	78	9	204	34	16	27	21	1.95
2997615--2997810	82	2.4	82	84	5	245	34	16	27	21	1.95
2997722--2997787	20	3.2	20	68	4	60	34	21	30	13	1.92
3001199--3001366	41	4.1	41	84	4	223	36	16	29	18	1.92
3001243--3001310	21	3.3	21	66	12	59	30	16	33	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3001836--3002951	559	2.0	559	100	0	2232	36	16	10	36	1.82
3009192--3009247	26	2.2	26	96	0	103	32	16	10	41	1.82
3018890--3018925	18	1.9	19	94	5	65	44	0	19	36	1.51
3024553--3024652	4	25.0	4	97	0	191	25	1	25	49	1.57
3024692--3024732	9	4.9	9	80	14	52	48	0	14	36	1.44
3024692--3024732	16	2.5	17	88	4	57	48	0	14	36	1.44
3030505--3030545	21	2.0	21	85	0	55	41	17	14	26	1.88
3032696--3032762	33	2.0	33	94	0	116	41	4	28	25	1.74
3040190--3040214	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
3051272--3051363	43	2.1	43	95	0	166	22	15	27	34	1.94
3051272--3051384	43	2.6	43	90	4	156	24	15	24	34	1.95
3059150--3059201	25	2.0	26	82	10	63	5	15	11	67	1.40
3062533--3062800	51	5.3	50	74	8	220	30	14	25	29	1.95
3062533--3062750	102	2.1	102	91	0	346	29	13	26	29	1.94
3066648--3066685	19	2.0	19	94	0	67	50	0	0	50	1.00
3067924--3067996	25	2.9	24	78	8	65	28	21	21	27	1.99
3067942--3068008	25	2.7	25	76	17	68	29	25	22	22	1.99
3074651--3074992	50	6.9	50	83	1	312	27	22	29	21	1.99
3074652--3074935	150	1.9	150	81	2	347	26	22	30	20	1.98
3075653--3075907	114	2.2	114	91	1	422	24	22	27	25	2.00
3075807--3075980	73	2.4	73	87	1	242	25	24	23	27	2.00
3075880--3076097	114	1.9	114	93	0	373	22	23	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3075693--3076100	187	2.2	187	90	1	649	25	23	25	26	2.00
3076345--3076374	15	2.0	15	93	0	51	20	0	43	36	1.52
3076395--3076438	23	1.9	23	86	9	63	15	0	45	38	1.47
3076669--3076750	22	3.8	22	77	7	71	25	0	35	39	1.56
3077225--3077468	103	2.3	105	87	3	350	50	12	12	25	1.75
3077377--3077652	137	2.0	136	85	3	367	45	13	14	26	1.82
3077747--3078116	152	2.4	151	85	1	490	45	12	14	27	1.81
3078007--3078208	104	1.9	104	88	4	307	50	10	10	28	1.70
3079169--3079194	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
3081309--3081393	43	2.0	43	88	0	125	35	7	10	47	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13