genome.fa.s3032.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3915534

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2416840--2416970	67	2.0	67	85	0	181	37	20	15	26	1.92
2433472--2433629	84	1.9	84	84	5	216	36	4	14	44	1.66
2433478--2433664	84	2.3	83	79	10	213	37	3	14	43	1.64
2438206--2438240	13	2.7	13	90	0	52	31	25	17	25	1.97
2440169--2440389	30	7.4	29	71	10	117	23	25	12	38	1.90
2440166--2440389	60	3.8	60	77	5	231	23	25	12	37	1.90
2440277--2440333	29	2.0	29	92	0	96	15	24	15	43	1.86
2440169--2440391	89	2.5	88	76	7	234	23	25	13	38	1.90
2452629--2452768	40	3.5	40	83	2	156	24	29	14	32	1.94
2452631--2452780	80	1.9	80	80	5	178	23	29	14	33	1.93
2453571--2453597	12	2.2	12	100	0	54	29	33	22	14	1.94
2458220--2458555	51	6.6	51	78	7	317	29	15	25	28	1.96
2458220--2458555	102	3.3	102	85	6	416	29	15	25	28	1.96
2458754--2458813	12	4.9	12	72	9	50	40	3	20	36	1.69
2465031--2465083	6	8.5	6	86	13	72	81	1	1	15	0.87
2466696--2466749	28	1.9	28	96	0	99	25	22	24	27	2.00
2466860--2466929	26	2.7	26	84	6	90	37	21	25	15	1.93
2467110--2467386	27	10.3	27	79	2	261	15	19	21	43	1.87
2467109--2467386	109	2.6	107	84	5	328	15	19	21	43	1.88
2467109--2467386	82	3.4	82	80	5	262	15	19	21	43	1.88
2473950--2473999	25	2.0	25	84	0	64	24	22	4	50	1.66
2480859--2481053	61	3.2	61	82	0	237	28	24	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480883--2481054	32	5.6	32	70	14	128	27	25	15	31	1.95
2485069--2485107	20	2.0	20	89	0	60	23	20	12	43	1.86
2485051--2485120	20	3.5	20	80	0	59	25	24	11	38	1.89
2500259--2500399	40	3.5	40	88	0	210	25	19	22	32	1.97
2501751--2501888	41	3.4	41	84	4	181	38	17	27	16	1.91
2502776--2502814	20	2.0	20	100	0	78	25	17	10	46	1.80
2504940--2505007	30	2.3	30	82	7	86	41	17	10	30	1.83
2504921--2505091	91	1.9	90	85	4	236	42	15	11	30	1.82
2513630--2513659	16	1.9	15	93	6	51	73	0	6	20	1.05
2514460--2514492	14	2.3	15	89	5	50	24	3	0	72	0.98
2516607--2516728	50	2.5	48	75	15	115	31	2	1	63	1.17
2516653--2516692	16	2.4	17	88	12	57	37	0	0	62	0.95
2516669--2516745	36	2.0	41	85	12	110	33	1	0	64	1.01
2516718--2516770	26	2.0	26	81	0	61	30	1	7	60	1.35
2517578--2517943	42	8.4	42	78	12	299	31	20	21	25	1.98
2517663--2517766	55	1.9	53	84	7	138	30	20	22	26	1.98
2517735--2517930	42	4.6	42	91	0	302	34	19	20	25	1.96
2523098--2523138	6	6.8	6	94	0	73	17	17	51	14	1.77
2524420--2524468	25	2.0	25	88	8	73	55	8	0	36	1.30
2524509--2524856	113	3.1	111	81	6	412	27	22	18	30	1.98
2524825--2525311	114	4.3	113	80	6	536	24	22	19	32	1.97
2524825--2525311	227	2.1	227	84	2	638	24	22	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2525982--2526043	24	2.6	24	89	0	88	32	27	4	35	1.78
2527682--2527905	43	5.2	43	89	3	326	32	29	17	19	1.95
2529817--2529842	11	2.4	11	100	0	52	69	0	15	15	1.20
2530778--2530808	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
2534550--2534663	14	8.1	14	71	13	83	35	42	0	21	1.53
2534550--2534675	21	6.0	21	68	13	89	36	41	0	22	1.54
2534562--2534675	35	3.3	33	84	9	122	36	41	0	21	1.54
2534658--2534692	15	2.4	14	86	9	52	40	37	0	22	1.55
2535075--2535351	41	6.8	41	85	2	360	31	31	18	18	1.95
2535407--2535539	40	3.3	40	83	4	144	22	24	20	33	1.97
2537937--2537985	22	2.3	22	80	16	59	22	10	10	57	1.62
2540258--2540358	45	2.3	45	83	8	118	43	18	16	20	1.88
2543087--2543135	25	2.0	25	87	0	71	34	14	18	32	1.91
2552803--2552925	25	4.9	25	88	7	169	21	24	25	29	1.99
2552803--2552940	50	2.8	50	86	6	156	21	23	25	29	1.99
2556109--2556163	21	2.4	24	76	11	62	58	1	1	38	1.20
2558637--2558682	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
2566955--2567037	23	3.7	23	77	7	82	39	21	6	32	1.78
2566968--2567165	46	4.3	47	71	10	167	40	21	4	33	1.74
2566970--2567050	23	3.5	23	75	9	76	39	20	4	34	1.75
2567875--2568051	7	24.9	7	71	14	85	45	32	1	21	1.59
2567947--2567994	15	3.3	15	88	5	71	47	33	0	18	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2567875--2568051	21	8.3	21	72	15	94	45	32	1	21	1.59
2567852--2568054	14	14.2	14	73	11	108	43	33	0	21	1.60
2568262--2568362	47	2.3	42	79	17	123	46	3	4	44	1.43
2568274--2568366	47	2.0	48	95	2	170	48	4	5	41	1.45
2568484--2568608	40	3.1	40	84	2	135	28	22	16	32	1.96
2571544--2571581	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
2574502--2574595	19	4.9	19	85	0	107	17	22	28	31	1.96
2576604--2576689	44	2.0	44	90	0	136	47	3	10	38	1.55
2576679--2576722	6	7.2	6	87	12	63	50	2	0	47	1.13
2576913--2576980	25	2.7	25	90	6	102	39	5	7	47	1.56
2577349--2577437	44	2.0	44	91	0	142	47	3	8	40	1.52
2578346--2578455	55	2.0	55	96	0	202	39	10	12	38	1.77
2582884--2582989	55	1.9	55	94	0	185	39	7	12	40	1.71
2582886--2582973	29	3.1	29	63	21	78	37	7	13	40	1.74
2589690--2589780	29	3.2	29	73	14	89	29	13	28	28	1.94
2589662--2589751	28	3.2	28	74	14	94	31	10	26	32	1.89
2589643--2589821	57	3.1	57	84	4	218	28	11	27	32	1.91
2593933--2594010	42	1.9	41	89	5	122	38	19	12	29	1.89
2595659--2595687	12	2.3	13	94	5	51	0	13	0	86	0.58
2595884--2596163	154	1.8	154	91	2	465	42	5	9	43	1.59
2597078--2597139	27	2.3	27	94	0	106	35	11	8	45	1.70
2601651--2601725	32	2.3	32	81	4	80	18	26	13	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2603342--2603538	108	1.8	109	84	4	272	26	25	17	30	1.97
2603342--2603566	108	2.1	108	81	6	258	27	24	17	31	1.97
2609134--2609161	13	2.2	13	100	0	56	53	14	0	32	1.41
2609482--2609548	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
2614275--2614317	22	2.0	22	81	9	52	16	25	23	34	1.95
2616114--2616393	68	4.1	68	80	0	310	38	17	22	21	1.93
2618074--2618144	35	2.0	35	88	0	106	29	28	9	32	1.89
2618173--2618226	22	2.5	22	90	0	81	25	25	29	18	1.98
2623189--2623259	35	2.0	35	86	0	97	29	26	9	33	1.89
2627741--2628097	68	5.3	67	76	6	292	36	19	20	23	1.95
2627741--2628089	136	2.6	134	77	6	375	37	18	20	23	1.94
2630916--2630978	21	3.0	21	75	15	58	28	17	23	30	1.97
2638482--2638514	16	1.9	18	88	11	52	36	3	0	60	1.12
2638511--2638573	23	3.0	21	80	19	69	44	7	0	47	1.32
2639142--2639182	21	2.0	21	85	0	55	26	0	60	12	1.31
2639238--2639266	15	1.9	15	100	0	58	27	0	65	6	1.18
2663389--2663498	45	2.5	45	87	1	150	51	16	19	12	1.75
2664157--2664210	27	2.0	27	82	13	67	44	5	42	7	1.55
2666303--2666350	19	2.6	19	81	15	64	58	6	0	35	1.23
2669858--2669905	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
2670780--2670819	19	2.1	19	90	0	62	32	32	10	25	1.89
2672783--2672962	55	3.3	55	81	7	181	24	30	1	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2673335--2673370	19	1.9	19	88	5	56	47	8	11	33	1.69
2678055--2678106	25	2.0	26	82	10	63	42	13	5	38	1.68
2679241--2679306	23	2.9	23	86	0	87	43	24	15	16	1.86
2680963--2681029	25	2.7	25	81	2	73	23	25	14	35	1.94
2680973--2681085	25	4.6	25	77	9	81	23	23	20	33	1.97
2681440--2681492	25	2.1	25	100	0	106	32	20	11	35	1.88
2691217--2691254	16	2.3	17	86	4	51	65	5	2	26	1.27
2692927--2692997	21	3.4	21	80	1	72	38	19	8	33	1.82
2693710--2693792	41	2.0	41	86	4	114	27	32	16	22	1.96
2704822--2704981	43	3.7	43	80	5	180	32	27	19	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13