genome.fa.s3032.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3915534

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  4  of  13  ( 1467 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813671--813702	14	2.3	14	94	0	55	75	9	0	15	1.05
813671--813710	14	2.9	14	88	0	53	75	7	0	17	1.03
814577--814623	7	6.4	7	83	16	60	68	2	14	14	1.31
814577--814623	15	3.2	15	90	3	69	68	2	14	14	1.31
815808--816185	44	8.6	45	68	16	170	33	18	19	28	1.96
815808--816180	175	2.1	175	94	0	647	32	18	19	28	1.96
816178--816895	100	7.2	100	90	1	1091	28	24	23	23	1.99
817486--817510	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
818314--818348	18	1.9	18	88	11	54	31	0	5	62	1.18
818486--818511	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
818517--818644	40	3.2	39	77	7	116	35	21	18	24	1.95
818688--818928	41	5.9	41	85	1	313	20	23	26	29	1.99
818692--818928	123	1.9	123	87	1	350	21	22	25	30	1.99
820363--820629	148	1.8	148	84	6	371	42	11	11	35	1.76
825164--825250	43	2.0	43	86	4	122	34	11	10	43	1.75
832026--832101	38	2.0	38	100	0	152	42	10	21	26	1.85
836380--836416	3	12.7	3	94	5	67	29	0	0	70	0.88
862249--862320	21	3.1	22	75	21	76	25	22	18	34	1.96
862248--862324	24	3.2	24	71	20	79	24	24	16	33	1.96
863025--863049	13	1.9	13	100	0	50	24	8	24	44	1.80
871240--871273	6	5.7	6	100	0	68	32	14	0	52	1.42
871457--871493	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874649--874687	15	2.6	16	88	8	55	0	28	0	71	0.86
874790--874825	18	2.0	18	88	0	54	22	38	22	16	1.93
874911--874952	21	2.0	21	95	0	75	9	21	16	52	1.72
874851--875114	105	2.5	105	90	3	413	12	26	14	46	1.80
875100--875152	18	2.9	18	80	5	63	9	18	11	60	1.57
876035--876076	19	2.2	19	83	8	50	26	0	2	71	0.98
876046--876093	24	2.0	24	91	0	78	33	0	2	64	1.05
876334--876397	24	2.6	24	82	9	67	70	0	28	1	0.97
876349--876397	14	3.8	14	74	17	52	71	0	28	0	0.86
876349--876393	17	2.6	17	76	13	56	71	0	28	0	0.87
876612--877346	105	7.0	105	97	0	1368	28	0	16	55	1.41
879343--879460	33	3.6	33	75	4	114	18	45	9	26	1.79
879333--879460	65	2.0	66	83	7	163	19	46	9	25	1.80
879635--879789	75	2.1	75	87	2	231	25	6	14	54	1.63
893541--893593	17	3.3	17	74	15	67	26	11	5	56	1.56
893530--893593	31	2.1	31	100	0	128	25	12	6	56	1.59
893530--893577	14	3.2	14	72	16	51	22	12	8	56	1.63
894322--894448	65	1.9	66	82	3	157	36	9	5	48	1.59
897015--897153	60	2.3	60	93	0	233	29	15	23	30	1.96
903268--903302	17	2.0	18	88	5	54	20	8	11	60	1.57
907627--907653	12	2.2	12	100	0	54	66	7	7	18	1.40
908811--909562	77	9.8	77	79	4	633	41	15	18	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908913--909559	37	16.9	37	71	8	238	41	16	18	23	1.89
908811--909562	154	4.9	154	79	5	727	41	15	18	23	1.89
908811--909561	231	3.3	229	78	4	697	41	15	18	23	1.89
912466--912490	13	1.9	13	100	0	50	20	32	0	48	1.50
912803--912852	25	2.0	25	84	0	64	38	0	34	28	1.57
916378--916428	23	2.2	23	96	0	93	37	0	11	50	1.39
916387--916428	13	3.5	13	75	18	54	38	0	11	50	1.40
924980--925029	16	3.1	16	94	0	91	24	10	14	52	1.71
924796--925193	210	1.9	210	98	0	769	31	11	20	37	1.87
926914--926980	31	2.2	29	84	10	82	37	10	17	34	1.85
949508--949556	18	2.5	20	83	9	66	46	8	2	42	1.45
952529--952564	9	4.0	9	96	0	63	33	8	11	47	1.69
955717--955746	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
958809--958846	19	2.0	20	84	5	51	36	0	15	47	1.46
966279--966425	76	1.9	76	90	0	231	19	11	25	43	1.85
969865--969928	11	5.7	10	75	20	56	75	3	18	3	1.08
969852--969930	37	2.2	36	80	10	90	74	3	16	5	1.14
969869--969940	17	4.1	18	78	16	62	73	2	19	4	1.12
971425--971488	11	5.7	10	75	20	56	75	3	18	3	1.08
971412--971490	37	2.2	36	80	10	90	74	3	16	5	1.14
971429--971500	17	4.1	18	78	16	62	73	2	19	4	1.12
972328--972462	41	3.4	40	76	7	150	25	17	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
974989--975143	43	3.7	42	79	11	183	21	18	29	30	1.97
978474--978502	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
978862--978892	12	2.6	12	94	0	53	70	3	25	0	1.02
979571--979612	12	3.6	12	77	6	50	38	2	19	40	1.64
979571--979623	23	2.3	23	83	0	61	45	1	16	35	1.59
987203--987232	2	15.5	2	93	6	53	0	46	0	53	1.00
990620--990652	17	1.9	17	88	11	50	0	15	6	78	0.93
993528--993563	15	2.4	15	90	9	56	2	11	0	86	0.68
997112--997169	29	2.0	29	86	3	82	43	22	1	32	1.64
1008476--1008503	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
1008446--1008587	68	2.1	66	93	2	239	45	9	4	40	1.57
1008576--1008628	23	2.3	23	83	3	63	43	3	1	50	1.30
1009569--1009847	135	2.0	139	88	6	417	28	13	7	50	1.68
1020436--1020477	1	42.0	1	100	0	84	0	0	0	100	0.00
1021685--1021747	24	2.7	24	80	7	67	49	11	19	20	1.78
1023007--1023039	16	2.0	17	88	5	50	51	0	9	39	1.34
1024476--1024500	13	1.9	13	100	0	50	48	16	12	24	1.79
1032685--1032738	26	2.0	27	85	7	74	33	0	3	62	1.12
1034438--1034518	31	2.6	31	94	1	137	23	29	9	37	1.87
1034516--1034602	28	3.1	28	86	3	113	14	26	22	35	1.94
1038104--1038195	35	2.6	35	76	6	105	29	28	18	23	1.98
1039078--1039116	19	2.1	19	100	0	78	38	0	15	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1040452--1040521	31	2.3	31	80	9	72	38	4	15	41	1.67
1050416--1050494	21	3.8	21	90	5	115	29	3	2	64	1.24
1050433--1050497	3	21.3	3	93	3	112	32	1	1	64	1.12
1051572--1051611	21	1.9	21	90	10	64	30	15	2	52	1.55
1051650--1051887	106	2.2	106	91	1	379	31	16	17	34	1.93
1052834--1052910	29	2.8	29	79	11	83	77	0	22	0	0.76
1052845--1052900	19	2.8	20	82	17	73	76	0	23	0	0.78
1052837--1052908	22	3.0	25	78	14	78	76	0	23	0	0.79
1054176--1054429	129	2.0	129	87	0	364	27	18	25	27	1.98
1054659--1054909	129	1.9	131	89	2	389	30	23	21	25	1.99
1054662--1054918	44	5.9	44	75	11	226	30	22	21	25	1.99
1056343--1056551	103	2.0	104	99	0	411	21	16	8	54	1.68
1056537--1056571	3	11.3	3	93	6	61	31	0	2	65	1.07
1056885--1056924	21	1.9	21	90	10	64	30	15	2	52	1.55
1056963--1057377	106	3.9	107	87	3	604	29	16	18	36	1.92
1056963--1057377	216	1.9	212	88	2	616	29	16	18	36	1.92
1067668--1067718	22	2.3	22	75	0	57	33	3	7	54	1.47
1070025--1070162	43	3.5	40	74	18	137	34	26	17	21	1.96
1070068--1070297	33	6.6	33	68	23	141	34	26	18	20	1.96
1069988--1070198	75	2.8	76	91	0	334	31	27	19	21	1.97
1070174--1070224	27	1.9	27	92	4	86	31	31	21	15	1.95
1070099--1070326	102	2.2	103	89	3	354	33	27	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1070276--1070350	27	2.9	26	90	5	109	34	32	17	16	1.92
1072492--1072711	26	8.5	26	82	2	235	20	16	26	36	1.94
1072472--1072686	78	2.8	78	84	1	270	21	17	26	34	1.95
1076735--1076858	2	63.0	2	94	3	207	47	0	52	0	1.00
1086102--1086228	59	2.1	59	82	1	146	54	14	7	24	1.64
1086116--1086228	59	1.9	60	87	1	165	53	14	7	24	1.65
1086176--1086733	84	6.7	84	80	8	475	43	12	12	31	1.80
1086182--1086733	166	3.3	167	80	9	513	43	12	12	31	1.80
1086681--1087080	79	4.8	86	81	7	343	39	13	15	31	1.86
1089267--1089309	17	2.5	17	88	3	59	53	4	6	34	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13