genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397263.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_86.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8461613

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1986577--1986677	31	3.4	30	81	11	120	40	0	0	59	0.97
1986875--1986922	25	1.9	25	83	8	62	52	0	0	47	1.00
1988812--1988854	21	2.0	21	100	0	86	44	9	41	4	1.57
1992835--1992900	30	2.2	29	86	5	87	16	12	56	15	1.68
1992864--1992942	42	1.9	40	82	5	95	16	11	56	15	1.66
1992958--1993024	32	2.1	32	91	0	107	19	13	52	14	1.75
1999938--2000025	39	2.3	39	86	7	117	46	17	19	17	1.84
2011251--2011291	21	2.0	21	85	0	55	58	0	4	36	1.20
2011249--2011304	25	2.2	24	78	12	60	57	1	3	37	1.27
2019365--2019390	12	2.2	12	100	0	52	42	0	50	7	1.31
2021893--2021930	18	2.1	18	90	0	58	50	5	10	34	1.59
2023518--2023604	29	3.0	28	78	6	93	41	2	1	55	1.20
2023713--2023749	18	1.9	19	89	10	58	48	0	0	51	1.00
2030318--2030344	13	2.1	13	100	0	54	18	0	0	81	0.69
2030874--2030928	16	3.1	19	80	15	55	47	0	0	52	1.00
2030898--2030932	15	2.2	16	95	5	63	54	0	0	45	0.99
2030948--2030984	16	2.4	16	86	4	58	37	0	0	62	0.96
2030982--2031026	15	2.9	16	83	12	58	44	4	2	48	1.35
2039781--2039841	31	2.0	31	86	0	86	57	3	1	37	1.25
2052386--2052429	16	2.8	16	86	6	54	34	4	0	61	1.16
2053628--2053693	13	4.7	14	77	11	64	50	1	0	48	1.10
2053746--2053821	36	2.1	37	85	7	102	35	0	3	60	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2053823--2053938	24	4.5	26	72	17	91	68	0	0	30	1.02
2053823--2053934	26	4.4	26	73	11	97	68	0	0	29	1.01
2053813--2053941	48	2.7	47	84	5	154	65	0	0	32	1.03
2053902--2053959	13	4.4	13	78	4	71	70	1	0	27	0.97
2065471--2065605	71	1.9	71	84	3	182	49	0	11	38	1.44
2065648--2065708	19	3.1	19	72	25	54	42	0	1	55	1.09
2065637--2065748	39	2.8	41	75	16	108	38	0	2	58	1.12
2066175--2066297	64	1.9	66	88	3	187	46	24	7	21	1.77
2066539--2066572	6	5.5	6	86	6	50	11	0	2	85	0.71
2066539--2066575	19	1.9	19	89	10	58	13	0	2	83	0.74
2066539--2066575	13	2.9	13	84	15	51	13	0	2	83	0.74
2067809--2067843	17	2.1	17	89	5	54	0	14	2	82	0.77
2070464--2070515	25	2.1	25	82	7	61	28	7	9	53	1.61
2070682--2070722	18	2.3	18	86	0	55	24	4	2	68	1.22
2071924--2071962	20	1.9	21	84	5	53	53	0	0	46	1.00
2087190--2087243	14	3.8	14	83	11	65	0	12	9	77	0.98
2092843--2092887	23	2.0	23	86	8	65	62	0	0	37	0.96
2105245--2105316	29	2.5	30	75	6	76	31	0	1	66	1.00
2107721--2107761	2	20.5	2	94	0	73	0	46	2	51	1.14
2115839--2115875	17	2.1	18	90	5	58	64	0	0	35	0.94
2138055--2138080	6	4.3	6	100	0	52	0	19	46	34	1.50
2141236--2141264	14	2.1	14	100	0	58	44	6	13	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2142759--2142790	15	2.1	15	100	0	64	59	12	0	28	1.34
2152293--2152327	13	2.8	13	91	4	54	48	8	11	31	1.69
2162921--2162950	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2166922--2166977	29	1.9	29	82	7	69	17	19	23	39	1.92
2167436--2167502	31	2.1	32	86	8	93	68	4	1	25	1.17
2180267--2180306	18	2.2	18	86	0	53	30	20	32	17	1.95
2189208--2189289	43	1.9	43	92	0	137	21	20	10	46	1.81
2196635--2196680	22	2.1	22	92	4	76	65	8	26	0	1.21
2200852--2200915	32	2.0	33	84	3	85	20	26	21	31	1.98
2201204--2201250	21	2.2	22	85	7	62	4	23	0	72	1.02
2205053--2205148	29	3.3	30	85	7	126	59	3	2	35	1.25
2208230--2208278	21	2.3	21	82	6	64	57	4	0	38	1.18
2222542--2222567	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2234493--2234537	23	2.0	23	95	0	81	28	13	17	40	1.88
2238582--2239432	228	3.7	227	83	1	837	20	24	24	29	1.99
2238825--2239477	228	2.9	228	84	0	840	18	24	27	30	1.98
2245441--2245474	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
2254730--2254769	19	2.0	20	85	4	55	62	0	5	32	1.17
2261883--2261926	2	22.0	2	80	0	52	47	6	2	43	1.42
2266656--2266683	12	2.3	12	100	0	56	85	14	0	0	0.59
2267382--2267407	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2274079--2274105	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2285429--2285468	19	2.0	20	85	4	55	32	0	5	62	1.17
2292602--2292675	22	3.4	21	80	12	78	41	5	0	52	1.24
2292615--2292686	22	3.3	21	78	18	76	41	5	0	52	1.24
2293147--2293177	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2295570--2295668	51	1.9	51	100	0	198	22	16	29	32	1.95
2303935--2303975	16	2.4	19	76	23	54	65	0	2	31	1.05
2308719--2308768	25	2.0	25	84	7	66	42	4	2	52	1.31
2308752--2308783	16	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2310886--2310927	21	2.0	20	86	4	57	42	7	2	47	1.43
2312532--2312575	21	2.2	20	84	15	56	36	2	0	61	1.09
2312529--2312576	20	2.5	19	77	12	53	39	2	0	58	1.10
2312536--2312583	23	2.2	23	78	10	57	41	2	0	56	1.11
2313571--2313600	10	3.0	10	95	0	51	50	3	10	36	1.53
2314001--2314030	7	4.3	7	100	0	60	40	0	0	60	0.97
2314034--2314066	12	2.5	13	90	9	50	48	0	0	51	1.00
2314122--2314150	9	3.2	9	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2314216--2314269	24	2.3	22	82	14	72	29	0	1	68	1.00
2314216--2314289	10	7.8	9	74	15	60	27	1	1	70	1.04
2314400--2314433	15	2.3	15	90	10	52	38	0	0	61	0.96
2318277--2318322	2	23.0	2	79	16	51	50	6	0	43	1.28
2319107--2319142	18	1.9	19	88	5	56	41	2	0	55	1.14
2319104--2319151	19	2.5	19	83	6	62	41	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319659--2319702	21	2.1	21	83	8	54	36	0	0	63	0.95
2320133--2320162	10	2.9	10	95	5	51	50	6	10	33	1.62
2320204--2320412	108	1.9	107	81	4	251	47	5	11	35	1.64
2320653--2320706	21	2.5	22	84	6	65	29	1	0	68	1.00
2325107--2325162	28	2.0	28	89	6	87	64	0	1	33	1.04
2325097--2325161	28	2.6	25	74	23	64	60	0	3	36	1.13
2340802--2340831	16	1.9	15	93	6	51	60	10	0	30	1.30
2344123--2344382	122	2.1	121	79	5	301	36	8	9	46	1.66
2345613--2345649	18	2.1	18	89	0	56	45	0	0	54	1.00
2349574--2349727	13	12.1	13	66	24	55	66	1	1	31	1.08
2349575--2349729	7	22.1	7	67	20	67	65	1	1	31	1.08
2349578--2349670	33	2.8	31	78	12	96	66	1	2	30	1.10
2349571--2349723	28	5.4	28	70	15	91	66	1	1	31	1.08
2349806--2349864	23	2.6	22	81	7	75	38	0	0	61	0.96
2350271--2350319	25	2.0	25	84	8	64	32	2	6	59	1.34
2350678--2350706	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
2361901--2361936	17	2.3	15	90	9	54	2	11	2	83	0.86
2361912--2361963	22	2.4	21	80	3	59	13	5	5	75	1.18
2365708--2365763	26	2.1	28	83	6	71	60	1	33	3	1.24
2383291--2383335	20	2.2	20	100	0	90	42	11	20	26	1.85
2395753--2395778	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2399423--2399528	53	2.0	53	86	0	149	42	16	14	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412120--2412154	6	5.8	6	89	0	52	31	22	34	11	1.90
2428606--2428632	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2431160--2431197	14	2.6	14	84	15	51	2	0	13	84	0.73
2433101--2433210	58	1.9	58	100	0	220	40	21	7	30	1.81
2442184--2442219	18	1.9	18	88	5	54	38	0	2	58	1.13
2442192--2442232	16	2.6	16	84	0	55	34	0	4	60	1.18
2445079--2445127	19	2.3	22	76	20	59	20	24	2	53	1.56
2445193--2445270	39	2.0	39	100	0	156	33	15	10	41	1.81
2445440--2445561	52	2.3	54	85	4	167	44	12	15	27	1.82
2445646--2445712	33	2.0	33	100	0	134	40	8	8	41	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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