genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397263.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_86.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8461613

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8061847--8061872	10	2.6	10	100	0	52	30	7	11	50	1.67
8073468--8073561	29	3.3	28	80	5	109	43	5	10	40	1.62
8073471--8073572	29	3.5	28	82	6	87	40	3	10	45	1.58
8091063--8091126	25	2.6	25	89	0	92	34	21	7	35	1.83
8095696--8095759	25	2.6	25	92	0	101	32	23	7	35	1.84
8097243--8097385	54	2.6	54	89	0	214	31	11	21	35	1.89
8104939--8104981	16	2.7	16	82	7	52	44	2	2	51	1.27
8104917--8105014	43	2.3	42	83	11	119	40	3	2	54	1.28
8105352--8105383	17	1.9	17	93	6	57	71	0	3	25	1.00
8106073--8106107	18	2.0	17	88	5	52	20	0	2	77	0.90
8109406--8109439	16	2.1	17	88	5	52	64	5	2	26	1.30
8119841--8119886	21	2.2	21	84	7	58	71	8	15	4	1.26
8125667--8125707	21	1.9	22	90	5	66	14	19	19	46	1.84
8138276--8138395	58	2.1	57	90	1	186	35	18	10	35	1.84
8147360--8147463	34	3.1	34	95	0	181	25	11	21	42	1.86
8148881--8148999	35	3.5	35	79	6	145	34	12	21	31	1.91
8148865--8148992	67	1.9	66	88	4	195	31	13	21	34	1.91
8151537--8151589	24	2.2	23	78	15	54	33	9	24	32	1.87
8157855--8157896	20	2.0	21	90	4	68	64	9	0	26	1.24
8160061--8160193	66	2.0	66	92	0	221	28	14	24	32	1.94
8161344--8161389	21	2.2	21	85	14	69	63	8	0	28	1.24
8161347--8161392	20	2.3	21	92	7	78	63	10	0	26	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8164022--8164092	34	2.1	34	86	0	97	26	26	15	30	1.96
8165855--8166103	69	3.6	69	76	6	234	27	17	18	36	1.94
8172944--8172970	13	2.1	13	100	0	54	44	0	37	18	1.50
8184147--8184276	32	4.0	33	73	10	108	25	26	12	36	1.91
8186055--8186188	70	1.9	70	83	6	173	24	12	20	42	1.87
8198727--8198761	17	1.9	17	88	11	52	65	2	0	31	1.07
8198898--8198933	13	2.6	14	91	4	56	77	5	2	13	1.05
8205513--8205563	20	2.5	20	78	6	50	29	15	17	37	1.91
8209404--8209429	8	3.2	8	100	0	52	57	0	0	42	0.98
8211686--8211724	20	2.0	19	85	5	51	66	2	0	30	1.05
8215505--8215566	24	2.6	24	80	12	65	19	4	1	74	1.09
8215493--8215566	27	2.7	27	83	8	87	17	5	1	75	1.06
8222762--8222936	90	1.9	90	79	4	192	46	12	9	31	1.73
8227560--8227592	18	1.9	18	88	11	52	15	6	12	66	1.42
8254972--8255303	29	11.2	29	70	13	203	38	11	15	35	1.82
8254972--8255308	57	5.7	56	75	14	252	38	10	15	35	1.82
8255027--8255207	67	2.8	67	80	11	177	38	11	16	34	1.83
8254992--8255183	96	2.0	96	83	4	244	37	10	16	35	1.83
8255101--8255269	86	2.0	85	83	4	214	40	11	14	34	1.81
8260174--8260447	57	4.8	58	78	4	290	37	9	11	41	1.74
8260174--8260447	29	9.6	29	79	4	272	37	9	11	41	1.74
8260199--8260358	85	1.9	86	85	3	225	36	8	13	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8260174--8260447	114	2.4	115	83	4	349	37	9	11	41	1.74
8265199--8265327	62	2.1	62	88	0	186	25	3	24	45	1.70
8267361--8267422	22	2.7	22	77	5	61	62	19	6	11	1.49
8272685--8272831	35	4.2	35	74	8	118	36	5	12	46	1.64
8272678--8272828	71	2.1	71	86	4	207	35	5	12	46	1.65
8276306--8276348	11	3.8	11	90	3	59	0	44	16	39	1.48
8287991--8288223	68	3.4	68	78	4	238	36	21	8	34	1.84
8297952--8297999	21	2.4	19	80	13	51	66	6	0	27	1.15
8305201--8305292	35	2.6	36	75	5	96	32	10	23	32	1.90
8328962--8328991	11	2.7	11	89	0	51	56	0	0	43	0.99
8335232--8335280	25	2.0	25	83	0	62	24	20	34	20	1.96
8340154--8340236	35	2.4	35	77	4	87	34	24	10	30	1.89
8344554--8344620	35	1.9	35	93	0	116	31	28	13	26	1.94
8344561--8344633	35	2.1	35	89	0	110	34	28	10	26	1.90
8349275--8349310	7	5.1	7	86	0	54	30	47	0	22	1.52
8349266--8349310	14	3.2	14	96	0	81	28	51	0	20	1.48
8352511--8352566	25	2.2	25	84	6	69	28	19	25	26	1.99
8356726--8356753	8	3.5	8	100	0	56	50	14	0	35	1.43
8365125--8365290	78	2.1	78	88	4	255	39	6	12	41	1.68
8365691--8365731	19	2.2	19	90	0	64	48	0	2	48	1.14
8368269--8368431	73	2.2	74	93	1	274	38	15	20	25	1.92
8368327--8368502	95	1.9	95	83	0	235	34	15	22	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8370006--8370046	18	2.4	17	80	8	55	70	4	24	0	1.06
8375613--8375823	73	2.9	73	81	4	255	36	15	20	27	1.93
8377709--8377743	18	1.9	18	88	11	54	54	2	11	31	1.51
8384706--8384856	35	4.4	34	75	8	128	32	7	14	45	1.74
8384706--8384855	71	2.2	68	84	6	185	32	8	14	45	1.74
8385235--8396302	170	65.3	169	74	8	6507	38	13	13	33	1.84
8388916--8388966	20	2.5	20	96	0	93	50	7	3	37	1.50
8399256--8399308	21	2.4	23	75	12	58	24	11	5	58	1.54
8400164--8417064	171	99.5	169	74	9	9608	39	13	13	33	1.83
8401194--8401606	169	2.4	169	81	8	434	41	11	12	34	1.79
8415236--8415289	20	2.7	20	91	8	83	22	22	12	42	1.87
8416922--8417214	150	2.0	151	84	4	387	38	13	13	34	1.84
8416936--8417237	149	2.0	150	80	5	344	39	13	13	33	1.83
8417592--8422059	170	26.5	167	71	10	1891	38	13	13	34	1.84
8418475--8426481	170	47.2	168	70	11	2452	38	13	13	34	1.83
8417101--8426645	340	28.2	338	71	10	4257	38	13	13	34	1.83
8422582--8422870	154	1.9	154	83	4	377	42	12	12	32	1.80
8422740--8426311	333	10.6	331	73	9	1562	38	12	13	35	1.83
8424523--8425163	169	3.8	161	75	12	408	40	12	12	35	1.80
8428057--8431135	171	18.2	169	76	7	2169	34	13	13	38	1.84
8428059--8431141	340	9.1	336	75	8	2150	34	13	13	38	1.84
8431151--8431475	169	1.9	168	85	1	445	36	12	14	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8431341--8431625	141	2.0	141	84	4	369	36	13	12	37	1.83
8431172--8431796	312	2.0	311	84	3	810	37	12	13	36	1.83
8431482--8431803	171	1.9	171	82	6	411	39	12	12	35	1.81
8432099--8432419	170	1.9	161	80	4	290	36	13	14	33	1.84
8432269--8433903	171	9.6	169	75	8	1077	37	13	13	34	1.83
8432072--8433903	171	10.7	170	74	7	1064	37	13	13	34	1.83
8432072--8433903	342	5.4	339	74	6	1328	37	13	13	34	1.83
8434669--8435421	171	4.4	170	76	6	661	40	11	12	34	1.80
8434758--8435404	342	1.9	339	80	5	741	39	12	13	34	1.83
8435725--8444494	171	51.0	170	69	8	2525	36	12	13	34	1.82
8435725--8449900	341	41.5	337	72	9	5176	37	12	13	34	1.83
8438155--8449900	341	34.5	339	74	7	6700	37	12	13	34	1.83
8444342--8444643	150	2.0	151	87	3	430	36	13	12	37	1.83
8444493--8448607	170	24.1	169	76	6	3138	38	12	13	35	1.84
8448685--8449900	171	7.2	170	79	5	1095	38	13	13	35	1.84
8450001--8450505	170	3.0	170	79	4	538	39	10	13	36	1.80
8450682--8460281	170	56.4	168	71	10	3623	36	14	13	35	1.84
8450682--8454606	171	23.0	168	78	6	3178	38	12	13	35	1.83
8450682--8454606	341	11.5	339	79	5	3358	38	12	13	35	1.83
8454707--8454736	15	2.0	15	100	0	60	46	20	0	33	1.51
8454954--8454985	15	2.1	15	94	0	55	9	31	9	50	1.66
8454925--8455013	46	1.9	46	84	8	119	7	42	4	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8454970--8455105	31	4.4	32	77	5	127	8	42	3	44	1.53
8455034--8455226	77	2.5	77	80	6	205	8	40	6	44	1.59
8455632--8460274	341	13.6	338	77	5	3687	37	12	13	34	1.84
8460617--8461204	171	3.5	170	76	5	535	40	11	12	34	1.78
8460617--8461297	341	2.0	342	79	3	746	39	10	12	35	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18

The End!