genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397263.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_86.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8461613

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7611704--7611740	13	2.8	13	91	4	56	21	0	2	75	0.92
7611656--7611811	62	2.5	63	86	5	201	34	0	3	61	1.17
7614266--7614339	36	2.1	36	94	0	130	21	25	21	31	1.98
7615161--7615320	52	3.1	52	65	20	127	39	12	20	27	1.89
7615130--7615380	102	2.5	102	86	1	342	41	13	17	27	1.88
7620234--7620328	29	3.3	29	77	5	95	44	11	28	15	1.82
7633619--7633669	26	2.0	26	96	0	93	41	21	9	27	1.84
7642545--7642601	26	2.2	26	84	9	71	63	10	1	24	1.36
7651882--7651939	21	2.8	21	94	0	98	36	12	20	31	1.89
7652590--7652811	80	2.8	80	81	5	227	35	20	8	35	1.83
7652624--7652836	80	2.7	79	78	7	223	36	21	7	34	1.83
7658653--7658700	20	2.4	21	79	10	64	39	12	18	29	1.88
7674702--7674742	20	2.1	20	86	4	57	24	9	19	46	1.80
7677465--7677503	17	2.3	17	91	8	62	35	17	30	15	1.91
7682500--7682529	15	2.0	15	100	0	60	53	26	6	13	1.64
7685599--7685771	73	2.4	74	84	1	206	38	16	21	23	1.92
7699937--7699972	18	1.9	19	88	5	56	41	2	0	55	1.14
7716433--7716684	49	5.1	48	80	6	213	27	9	25	36	1.88
7716434--7716716	98	2.9	98	79	6	288	27	10	26	36	1.88
7721713--7722014	49	6.2	49	81	1	270	27	11	23	37	1.90
7721713--7722014	98	3.1	97	81	3	329	27	11	23	37	1.90
7723126--7723160	12	3.0	12	91	4	54	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7729803--7729879	38	2.0	38	97	0	145	29	19	7	42	1.79
7733522--7733592	36	2.0	36	100	0	142	25	5	18	50	1.68
7743936--7744171	63	3.7	63	91	0	346	22	26	13	38	1.91
7743980--7744150	27	5.7	27	66	22	72	22	28	11	38	1.89
7744435--7744530	23	4.3	22	77	5	77	30	11	20	37	1.88
7745199--7745258	21	2.9	22	78	9	72	35	16	23	25	1.95
7748653--7748846	76	2.6	76	78	1	201	26	15	25	31	1.96
7752715--7752779	23	2.8	23	81	9	71	26	33	9	30	1.88
7753275--7753322	21	2.2	22	82	10	64	39	8	4	47	1.53
7762295--7762351	21	2.7	21	83	0	69	29	17	17	35	1.93
7765171--7765213	5	8.2	5	85	10	59	20	20	0	58	1.40
7767436--7767468	17	1.9	17	100	0	66	24	15	18	42	1.88
7767438--7767477	17	2.4	17	91	0	62	27	12	20	40	1.88
7767537--7767592	21	2.8	20	78	5	58	62	3	1	32	1.23
7770295--7770323	10	2.9	10	100	0	58	31	27	10	31	1.90
7772343--7772377	17	2.1	17	89	5	54	40	2	28	28	1.71
7773575--7773760	71	2.7	70	85	5	225	44	14	6	34	1.71
7773577--7773760	36	5.2	36	83	3	234	43	14	6	35	1.72
7778323--7778398	36	2.2	35	92	4	127	19	26	11	42	1.86
7778958--7779338	189	2.0	190	91	0	611	32	14	17	35	1.90
7782329--7782499	36	4.9	36	83	4	199	43	12	7	36	1.70
7782329--7782499	71	2.4	71	84	4	206	43	12	7	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7791504--7791559	25	2.2	25	83	0	67	26	23	17	32	1.97
7793049--7793088	21	2.0	21	85	5	55	2	35	0	62	1.09
7803261--7803298	18	2.1	18	95	0	67	42	0	31	26	1.56
7809525--7809714	35	5.4	35	75	3	166	40	7	10	41	1.67
7809525--7809723	106	1.9	105	86	1	281	41	7	10	40	1.67
7812324--7812389	32	2.1	32	94	2	116	48	6	10	34	1.62
7826128--7826299	52	3.5	51	68	18	146	50	24	3	21	1.64
7826175--7826321	44	3.2	44	66	20	118	51	22	4	21	1.64
7826128--7826321	96	2.0	96	92	0	325	51	23	3	21	1.64
7831318--7831346	14	2.0	15	93	6	51	34	10	0	55	1.34
7839450--7839532	21	3.9	21	78	10	71	0	38	1	60	1.05
7844448--7844503	24	2.4	24	81	3	69	35	19	8	35	1.83
7844935--7844986	17	3.1	17	82	0	68	40	9	13	36	1.77
7853422--7853505	29	3.0	27	86	6	114	35	10	22	30	1.88
7853422--7853523	29	3.5	28	85	5	89	35	12	23	28	1.92
7853492--7853568	34	2.3	34	76	0	91	24	15	29	29	1.96
7859003--7859034	16	1.9	17	93	6	57	75	6	6	12	1.19
7864157--7864284	36	3.5	36	75	6	123	46	12	8	32	1.72
7870598--7870634	17	2.2	17	100	0	74	48	16	16	18	1.81
7870727--7870774	20	2.5	19	80	12	53	31	4	12	52	1.58
7871081--7871114	13	2.6	13	95	0	59	26	17	32	23	1.97
7892561--7892606	21	2.1	22	84	4	58	28	15	17	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7893079--7893348	74	3.7	73	86	4	346	41	17	19	22	1.90
7898052--7898249	68	2.9	67	85	4	272	30	11	21	36	1.88
7898052--7898220	32	5.1	32	66	16	101	29	11	20	39	1.87
7903645--7903685	21	2.0	21	85	0	55	31	31	7	29	1.85
7906427--7906602	73	2.4	73	83	4	219	43	15	16	24	1.87
7907008--7907139	67	2.0	68	89	1	203	30	9	20	40	1.83
7907008--7907161	68	2.3	67	85	3	184	27	9	20	42	1.82
7908706--7908769	21	3.2	20	65	17	53	40	12	20	26	1.88
7910023--7910075	22	2.5	21	77	17	56	47	15	18	18	1.83
7911862--7911986	39	3.3	39	89	4	184	36	22	14	27	1.93
7911934--7912054	37	3.3	36	72	18	97	35	18	12	33	1.88
7913193--7913248	25	2.2	25	84	6	69	25	33	17	23	1.96
7915506--7915571	30	2.2	30	81	7	73	28	25	1	43	1.63
7915520--7915586	30	2.2	29	84	10	82	25	29	1	43	1.64
7922093--7922225	37	3.5	37	80	2	131	35	26	11	27	1.90
7928594--7928643	9	5.7	9	78	19	52	30	2	2	66	1.14
7928846--7928900	19	2.9	18	84	15	67	74	7	3	14	1.17
7929008--7929157	59	2.6	58	82	2	156	39	12	8	40	1.73
7929167--7929389	112	2.0	112	81	3	261	35	17	13	32	1.90
7930376--7930410	15	2.3	15	90	0	52	17	0	0	82	0.66
7935131--7935170	19	2.2	19	86	4	55	50	0	5	45	1.23
7939580--7939640	20	3.0	20	69	9	52	29	14	21	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7970962--7971023	6	9.8	6	75	16	54	74	3	17	4	1.13
7970962--7971023	19	3.3	18	76	17	63	74	3	17	4	1.13
7971268--7971332	21	3.0	21	77	11	60	64	0	33	1	1.03
7979551--7979764	73	2.9	73	82	5	254	25	20	16	36	1.94
7980152--7980194	20	2.3	18	84	15	52	44	2	4	48	1.36
7981692--7981891	53	3.9	53	81	3	187	32	13	18	35	1.90
7981752--7981915	49	3.3	49	82	6	177	34	14	18	33	1.90
7984307--7984370	27	2.3	29	84	15	82	28	1	10	59	1.40
7988420--7988631	73	2.9	72	87	2	307	26	21	15	35	1.94
8006845--8006883	21	1.9	20	84	5	51	43	7	0	48	1.31
8009520--8009684	78	2.1	78	82	9	203	35	21	15	26	1.94
8009520--8009684	38	4.2	38	84	9	192	35	21	15	26	1.94
8015037--8016028	241	4.0	253	88	4	1323	34	13	16	35	1.87
8015037--8016028	494	2.0	491	85	5	1316	34	13	16	35	1.87
8017189--8017216	12	2.3	12	100	0	56	0	57	0	42	0.99
8021625--8021724	32	3.1	33	79	16	95	42	0	1	57	1.05
8022547--8022626	21	3.7	21	83	6	90	27	12	17	42	1.85
8022600--8022651	24	2.2	24	85	0	68	28	5	13	51	1.64
8026460--8026711	31	8.6	31	77	11	244	36	17	13	32	1.89
8026477--8026581	24	4.1	24	80	15	129	39	11	13	36	1.81
8026472--8026672	55	3.5	55	89	4	285	36	15	13	33	1.87
8027410--8027534	44	2.7	47	83	3	157	28	28	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8027586--8027637	23	2.3	23	82	0	59	25	34	13	26	1.93
8027618--8027670	21	2.4	23	75	12	65	22	35	16	24	1.95
8032107--8032150	21	2.0	22	91	4	72	61	6	0	31	1.22
8034095--8034214	28	4.3	28	81	4	111	50	6	20	23	1.71
8034498--8034619	28	4.4	28	79	6	115	48	6	19	25	1.73
8034008--8034802	405	2.0	404	84	2	1042	41	8	20	29	1.82
8037211--8037296	29	3.0	29	91	0	127	37	4	24	33	1.76
8039151--8039197	22	2.1	23	84	4	60	34	4	10	51	1.56
8050727--8050886	29	5.5	28	75	7	122	40	7	11	41	1.69
8060681--8060722	19	2.2	19	87	8	59	54	2	0	42	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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