genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397264.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_130.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8132550

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979867--1979910	21	2.1	21	83	8	54	63	0	2	34	1.07
1984857--1984903	23	2.0	25	87	8	71	42	12	12	31	1.81
1985936--1986025	45	2.0	45	91	0	144	25	12	23	38	1.89
1998005--1998032	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
1999950--2000046	48	2.0	48	100	0	194	26	14	22	36	1.93
2002473--2002776	147	2.1	147	96	0	572	35	18	11	34	1.87
2002854--2002887	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2004359--2004390	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
2013011--2013127	58	2.0	58	91	0	189	48	21	14	15	1.80
2015508--2015588	40	2.0	40	85	0	108	24	23	8	43	1.82
2020202--2020237	17	2.1	18	89	5	56	55	0	0	44	0.99
2023033--2023062	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2023446--2023491	15	3.2	15	80	17	53	69	4	0	26	1.07
2027204--2027279	23	3.3	23	74	16	70	52	0	0	47	1.00
2027188--2027279	46	2.0	45	81	10	107	52	0	0	47	1.00
2033087--2033111	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
2039705--2040467	153	5.0	153	84	4	428	25	34	14	25	1.94
2039784--2041019	305	4.1	304	73	12	1078	26	34	13	25	1.93
2039785--2040492	153	4.6	153	87	2	953	26	33	13	25	1.94
2040409--2040558	66	2.3	66	91	0	237	28	34	14	22	1.94
2040628--2040777	66	2.3	66	88	0	210	30	34	12	23	1.91
2040245--2040931	219	3.1	218	92	0	1097	26	34	13	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2040694--2041018	154	2.1	153	91	0	524	27	34	13	24	1.93
2042437--2042516	35	2.2	36	86	2	117	46	7	10	36	1.66
2052449--2052500	26	2.0	26	92	0	86	30	11	17	40	1.85
2059859--2059896	3	12.7	3	94	0	67	31	0	0	68	0.90
2060069--2060112	21	2.0	22	82	4	54	47	0	0	52	1.00
2069792--2069830	19	2.1	19	90	0	60	23	10	20	46	1.81
2102020--2102053	12	2.8	12	95	0	59	41	8	0	50	1.34
2109936--2109974	5	8.0	5	94	2	62	64	0	15	20	1.30
2131897--2131923	7	3.9	7	100	0	54	0	14	0	85	0.61
2132132--2132173	21	2.0	21	86	4	59	47	0	2	50	1.14
2133661--2133731	29	2.4	29	85	0	88	59	2	4	33	1.31
2133683--2133749	29	2.3	29	82	5	73	62	2	2	31	1.25
2157222--2157306	20	4.4	19	78	14	61	69	0	1	29	0.96
2157219--2157411	40	4.6	40	71	14	140	67	1	1	30	1.07
2157275--2157383	55	2.0	55	80	10	125	68	1	1	27	1.10
2157336--2157420	33	2.5	33	86	5	109	70	0	1	28	0.95
2157373--2157819	106	4.0	113	91	7	738	63	0	2	33	1.12
2157597--2157740	32	4.1	34	70	20	88	64	0	1	34	1.02
2157580--2157815	59	3.9	63	70	22	177	63	0	2	34	1.06
2157371--2157758	48	8.8	46	69	22	165	63	0	2	33	1.11
2157456--2157749	14	21.0	14	68	20	79	64	0	1	32	1.08
2157969--2158022	15	3.6	15	82	0	63	31	24	9	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167321--2167455	67	2.0	67	81	2	155	48	9	5	36	1.58
2171657--2171903	134	1.9	130	86	5	352	37	5	8	48	1.56
2177485--2177550	29	2.3	29	79	7	73	40	3	1	54	1.25
2179330--2179385	12	4.8	12	82	4	60	50	1	0	48	1.11
2184179--2184209	14	2.2	14	100	0	62	77	0	0	22	0.77
2187267--2187341	36	2.1	36	94	0	132	44	20	13	22	1.86
2202306--2202387	28	2.9	28	80	3	94	29	12	9	48	1.72
2202301--2202394	28	3.4	27	78	4	91	28	10	9	51	1.68
2220292--2220319	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2225785--2225939	48	3.2	48	82	0	166	22	50	1	25	1.59
2227337--2227409	36	2.0	35	84	10	94	34	47	1	16	1.55
2227360--2227605	72	3.4	72	70	15	211	34	45	4	15	1.65
2227447--2227542	36	2.7	36	78	0	102	30	46	2	20	1.62
2228371--2228404	17	2.0	17	88	0	50	2	14	0	82	0.79
2235669--2235718	26	2.1	22	85	14	64	40	0	0	60	0.97
2244741--2244978	33	7.2	33	85	3	264	28	31	18	20	1.96
2245740--2245808	17	3.9	18	81	5	70	15	0	60	23	1.35
2245765--2245808	11	3.9	11	82	5	52	13	0	68	18	1.22
2245740--2245808	23	3.0	23	80	2	75	15	0	60	23	1.35
2245740--2245808	6	11.8	6	89	6	70	15	0	60	23	1.35
2254127--2254169	21	2.0	21	90	0	68	46	18	11	23	1.82
2254366--2254431	29	2.2	30	89	7	100	51	4	1	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259391--2259425	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
2265986--2266043	25	2.4	25	77	16	68	60	0	0	39	0.97
2265997--2266039	11	3.9	11	85	8	61	55	0	0	44	0.99
2266109--2266149	21	1.9	22	85	5	57	53	7	0	39	1.29
2295756--2295786	15	2.0	16	93	6	55	35	0	6	58	1.24
2301628--2301678	22	2.3	22	80	19	61	37	7	0	54	1.29
2301359--2301814	214	2.1	214	82	8	552	41	6	4	48	1.48
2302507--2302773	141	1.9	141	96	0	498	25	15	26	32	1.96
2305878--2305909	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2313940--2313965	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2316681--2316754	37	2.0	37	87	7	107	20	8	21	50	1.74
2318289--2318319	6	5.2	6	96	0	53	19	48	19	12	1.81
2332460--2332498	6	6.8	6	94	5	64	84	0	0	15	0.62
2332460--2332498	16	2.3	16	91	8	60	84	0	0	15	0.62
2334263--2334344	38	2.0	41	84	9	107	37	0	1	60	1.04
2334287--2334321	15	2.4	14	86	9	52	31	0	0	68	0.90
2334297--2334335	17	2.3	18	82	13	55	33	0	0	66	0.92
2334290--2334359	31	2.2	33	78	14	85	35	0	0	64	0.94
2337703--2337730	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
2337866--2337922	25	2.3	25	100	0	114	31	17	17	33	1.93
2338035--2338064	15	2.0	15	93	0	51	33	10	20	36	1.86
2349492--2349521	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2354225--2354287	25	2.6	24	73	14	67	66	0	0	33	0.92
2355220--2355256	14	2.6	14	86	4	56	32	0	8	59	1.27
2355416--2355488	30	2.4	32	80	15	91	31	6	5	56	1.49
2368444--2368488	16	2.8	16	83	13	56	48	0	0	51	1.00
2388149--2388196	21	2.3	21	96	0	87	27	16	14	41	1.87
2389965--2390043	29	2.8	29	82	3	90	41	8	10	39	1.70
2390089--2390160	24	2.9	23	82	12	72	31	13	11	43	1.80
2390117--2390162	24	1.9	24	91	8	76	34	15	10	39	1.82
2390132--2390239	56	1.9	56	86	3	155	34	12	10	43	1.76
2390378--2390403	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2391329--2391518	72	2.6	73	96	0	346	20	30	4	45	1.70
2400982--2401059	3	26.0	3	92	0	93	24	0	8	66	1.20
2405085--2405119	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2414958--2415080	63	2.0	63	91	0	201	37	17	13	31	1.88
2421762--2421788	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
2433594--2433692	46	2.1	48	90	3	157	38	20	8	33	1.82
2442384--2442413	10	2.9	10	95	5	51	40	10	43	6	1.64
2458926--2458960	2	17.5	2	93	0	61	54	45	0	0	0.99
2459737--2459771	13	2.8	13	91	4	54	51	11	0	37	1.38
2461213--2461247	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
2463370--2463403	14	2.4	14	85	0	50	50	0	5	44	1.26
2463411--2463474	22	2.7	23	71	7	58	54	0	4	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476596--2476640	18	2.5	18	100	0	90	44	11	28	15	1.81
2481941--2481978	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
2489878--2490226	174	2.0	174	83	2	441	27	16	20	36	1.93
2493719--2493765	20	2.3	21	75	20	55	68	0	4	27	1.08
2495874--2495916	22	1.9	22	85	4	59	32	4	2	60	1.30
2501448--2501594	20	7.3	20	71	19	101	42	1	1	55	1.17
2501469--2501594	41	3.0	41	83	10	150	42	1	1	53	1.19
2501774--2501809	18	1.9	19	88	5	56	41	5	5	47	1.50
2503711--2503779	33	2.1	34	83	8	88	33	14	26	26	1.94
2503947--2504018	15	4.8	15	89	0	90	11	38	30	19	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14