genome.fa.s1129.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002237_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21326069

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2004462--2004571	44	2.5	44	77	1	112	22	17	29	30	1.97
2005750--2005792	8	5.1	8	82	2	50	67	0	2	30	1.03
2007085--2007134	23	2.2	22	85	3	64	46	0	0	54	1.00
2007217--2007293	34	2.2	36	81	6	86	54	2	0	42	1.14
2007302--2007349	23	2.1	23	88	7	71	52	0	2	45	1.12
2007344--2007388	24	1.9	23	86	4	63	46	0	2	51	1.13
2009948--2010160	81	2.6	81	88	2	313	22	10	21	46	1.82
2010107--2010231	65	1.9	66	86	4	182	23	9	19	48	1.78
2016486--2016710	43	5.3	42	82	6	204	28	21	23	26	1.99
2016515--2016710	43	4.6	43	84	5	227	26	21	24	27	2.00
2016486--2016710	85	2.6	86	81	4	231	28	21	23	26	1.99
2016906--2016965	21	2.8	21	82	2	75	56	18	5	20	1.59
2020524--2020679	31	5.0	31	92	1	242	38	23	17	20	1.93
2022985--2023326	41	8.3	41	76	5	269	33	16	19	30	1.94
2022985--2023334	42	8.5	42	76	6	243	34	16	19	30	1.94
2023380--2023483	42	2.5	41	71	10	95	32	22	16	28	1.95
2024376--2024440	27	2.3	27	84	5	76	29	3	9	58	1.44
2029424--2029476	23	2.3	23	90	6	81	45	11	30	13	1.78
2034536--2034611	24	3.2	24	63	20	59	38	2	7	51	1.45
2034536--2034622	26	3.5	25	67	19	65	39	2	8	50	1.44
2039098--2039147	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2041521--2041554	2	17.0	2	87	0	50	44	5	0	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2043171--2043224	26	2.0	28	85	10	76	29	0	3	66	1.09
2052612--2052733	52	2.4	53	68	10	117	56	10	0	31	1.39
2052830--2052882	15	3.4	16	76	12	56	62	0	0	37	0.96
2052816--2052862	25	1.9	24	87	12	69	61	0	0	38	0.96
2052816--2052882	30	2.3	27	85	10	80	62	0	0	37	0.95
2052879--2052914	14	2.6	14	86	0	54	61	2	0	36	1.11
2052899--2052939	21	2.0	21	90	0	64	60	9	0	29	1.28
2054057--2054114	22	2.6	22	88	0	89	22	44	15	17	1.86
2054537--2054587	20	2.5	20	90	0	75	13	13	21	50	1.76
2054551--2054595	20	2.2	20	84	0	63	15	13	17	53	1.73
2054906--2054999	42	2.2	42	84	3	127	24	38	17	20	1.93
2054877--2054978	21	4.9	21	73	4	89	21	36	18	23	1.95
2054930--2054999	21	3.3	20	70	7	59	24	37	18	20	1.94
2056526--2056603	20	3.9	20	84	0	93	43	25	16	14	1.85
2056642--2056730	20	4.4	20	92	0	151	26	21	21	30	1.98
2056657--2056752	40	2.6	36	83	9	106	26	19	19	34	1.96
2056923--2056958	18	1.9	18	88	5	54	16	2	25	55	1.55
2058990--2059026	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
2059921--2059958	17	2.2	17	90	0	58	28	5	31	34	1.80
2060106--2060212	20	5.3	20	72	10	74	26	17	23	32	1.97
2060227--2060272	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
2060238--2060274	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2060880--2060936	9	6.1	9	79	6	60	36	3	1	57	1.26
2060880--2060930	3	16.7	3	76	11	50	37	1	1	58	1.20
2064499--2064583	32	2.7	32	79	3	91	21	14	8	56	1.64
2065268--2065293	13	2.0	13	100	0	52	38	23	30	7	1.83
2065874--2065942	20	3.5	20	84	7	95	17	21	27	33	1.96
2065856--2065943	40	2.4	37	78	14	92	17	22	25	35	1.95
2065929--2065972	20	2.2	20	91	0	70	13	11	22	52	1.72
2066456--2066570	21	5.5	21	68	4	70	22	36	18	22	1.95
2066448--2066570	42	2.9	42	75	7	124	21	36	17	23	1.95
2068042--2068080	20	2.0	20	94	0	69	46	25	20	7	1.77
2068125--2068273	20	7.8	20	80	8	166	28	18	19	33	1.96
2068074--2068273	94	2.1	94	84	2	251	27	19	20	34	1.96
2068441--2068479	12	3.2	12	85	0	51	15	0	28	56	1.40
2068444--2068478	18	1.9	18	94	0	61	17	0	25	57	1.40
2070260--2070894	316	2.0	316	98	0	1225	28	23	12	35	1.91
2080133--2080169	19	2.1	18	90	10	58	5	16	0	78	0.93
2083195--2083223	15	1.9	15	100	0	58	13	48	13	24	1.79
2088792--2088860	14	4.9	14	76	3	75	23	28	20	27	1.99
2088792--2088860	29	2.4	28	87	2	93	23	28	20	27	1.99
2091012--2091050	19	2.1	19	85	9	53	30	0	5	64	1.15
2095361--2095400	5	7.6	5	83	10	53	75	0	0	25	0.81
2095361--2095438	13	5.7	13	73	14	50	69	0	2	28	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2095477--2095528	27	2.0	26	84	3	68	63	0	3	32	1.12
2095777--2095815	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
2099144--2099247	5	20.8	5	97	0	181	43	20	16	20	1.88
2099280--2099308	10	3.0	10	95	5	51	37	0	10	51	1.36
2100130--2100166	14	2.5	15	87	12	51	18	5	13	62	1.50
2107169--2107244	21	3.6	21	69	5	64	27	11	21	39	1.88
2114246--2114328	21	4.0	21	76	6	78	21	13	21	43	1.87
2114298--2114386	21	4.1	21	74	16	74	25	13	23	37	1.92
2114384--2114439	23	2.5	22	74	5	58	17	17	19	44	1.87
2114850--2115027	90	2.0	90	95	0	320	37	11	6	45	1.65
2121207--2121237	12	2.6	12	94	0	53	70	3	3	22	1.16
2122360--2122449	38	2.4	38	98	0	171	66	2	11	20	1.33
2124967--2125356	138	2.8	135	83	5	449	37	13	16	32	1.88
2127353--2127405	18	2.9	18	91	0	79	0	37	13	49	1.42
2127353--2127421	18	3.8	17	83	7	66	0	39	13	47	1.42
2128521--2128594	12	6.5	11	75	10	60	72	1	2	22	1.04
2128578--2128637	29	2.1	29	84	9	79	51	10	0	38	1.35
2128621--2128729	21	4.9	21	73	20	87	42	10	0	47	1.37
2128615--2128739	21	5.6	21	73	20	85	44	8	0	46	1.34
2128628--2128706	27	3.1	27	74	20	98	39	10	0	50	1.36
2128609--2128729	48	2.7	44	82	12	172	43	9	0	47	1.35
2132545--2133382	417	2.0	417	96	0	1534	33	14	14	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140958--2140992	6	5.7	6	86	6	52	62	0	20	17	1.32
2140957--2141010	19	2.8	19	91	5	83	59	1	24	14	1.46
2146170--2146204	6	5.7	6	86	6	52	62	0	20	17	1.32
2146169--2146222	19	2.8	19	91	5	83	59	1	24	14	1.46
2153645--2153680	19	1.9	19	88	5	56	38	16	22	22	1.93
2154097--2154507	44	9.3	44	87	0	552	43	11	21	23	1.85
2156171--2156237	32	2.1	31	81	13	75	41	28	8	20	1.83
2156420--2156454	15	2.3	15	95	0	61	40	37	14	8	1.76
2158460--2158517	25	2.3	25	100	0	116	43	6	17	32	1.75
2158511--2158548	19	2.1	19	85	5	51	47	23	7	21	1.77
2159330--2159371	21	2.0	21	100	0	84	19	38	28	14	1.90
2159417--2159485	20	3.4	19	78	21	70	20	40	23	15	1.91
2159420--2159485	21	3.2	21	81	10	66	19	42	24	13	1.87
2165311--2165380	33	2.1	33	89	0	104	22	30	14	32	1.94
2165792--2165828	19	1.9	19	94	0	65	18	21	21	37	1.94
2165849--2165890	22	1.9	22	95	0	75	23	21	26	28	1.99
2169251--2169292	22	1.9	22	95	0	75	23	21	26	28	1.99
2171610--2171659	22	2.3	21	83	13	66	44	4	28	24	1.72
2178145--2179764	541	3.0	540	93	2	2744	38	19	13	29	1.89
2183853--2183896	22	2.0	22	83	16	56	27	4	15	52	1.63
2184064--2184107	22	2.0	22	100	0	88	45	22	9	22	1.80
2188548--2188648	50	2.0	50	92	0	166	28	14	23	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188765--2188883	50	2.4	50	80	2	141	16	34	26	22	1.95
2189719--2189805	35	2.5	34	80	12	97	55	9	8	27	1.60
2190019--2190081	6	11.5	6	71	19	57	17	34	15	31	1.92
2190019--2190081	21	3.0	21	92	0	108	17	34	15	31	1.92
2191927--2192148	111	2.0	111	95	0	399	44	11	8	35	1.71
2192416--2192549	50	2.7	48	77	9	142	22	28	32	16	1.95
2193311--2193352	21	2.0	21	100	0	84	23	23	19	33	1.97
2203010--2203066	31	1.9	30	89	10	91	54	3	10	31	1.51
2205059--2205132	20	3.7	21	77	12	66	39	12	17	31	1.86
2205739--2205773	14	2.5	14	90	0	52	42	5	2	48	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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