genome.fa.s1129.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002237_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21326069

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205809--2205855	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
2219192--2219228	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2219377--2219431	13	4.1	13	79	6	56	12	3	3	80	0.98
2219252--2219405	76	2.1	76	88	4	233	24	7	0	68	1.14
2223671--2223716	2	23.0	2	90	0	74	50	4	0	45	1.21
2228899--2228948	23	2.2	23	92	0	82	18	22	28	32	1.97
2229001--2229077	17	4.6	17	79	3	68	48	0	1	50	1.09
2229198--2229276	39	2.0	39	85	0	104	31	13	22	31	1.93
2229273--2229379	42	2.6	42	80	1	117	26	19	21	32	1.97
2229734--2229885	36	4.2	36	74	9	130	31	18	12	37	1.88
2229935--2230047	31	3.5	31	68	21	86	30	20	11	37	1.88
2229833--2230205	68	5.5	68	87	4	461	31	20	11	36	1.88
2229833--2230211	139	2.8	135	85	4	469	30	20	11	37	1.88
2230173--2230259	36	2.4	35	73	3	84	31	21	11	35	1.89
2230173--2230354	78	2.4	74	83	7	208	29	21	10	37	1.88
2230562--2230815	91	2.8	91	91	1	402	37	15	22	24	1.93
2230913--2231071	42	3.5	42	72	18	147	31	27	16	24	1.97
2230840--2231113	96	2.9	95	90	1	415	29	27	14	28	1.96
2233626--2233675	22	2.3	20	83	10	55	26	0	4	70	1.05
2233616--2233675	21	2.8	21	80	9	68	23	1	3	71	1.10
2233623--2233682	21	2.9	22	80	11	65	25	0	3	71	1.01
2234967--2235008	22	1.9	22	85	0	57	28	14	11	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2242241--2242312	36	2.0	36	94	0	126	29	25	22	23	1.99
2244901--2245037	72	1.9	72	95	0	247	27	12	18	40	1.87
2265136--2265211	39	1.9	39	92	5	127	34	13	7	44	1.72
2269395--2269419	12	2.1	12	100	0	50	84	8	0	8	0.79
2274508--2274576	35	2.0	35	100	0	138	37	17	5	39	1.74
2287026--2287145	45	2.7	45	93	0	195	30	17	13	39	1.88
2291867--2291915	19	2.7	18	79	17	57	55	8	4	32	1.48
2292315--2292397	21	3.8	21	74	16	62	16	24	37	21	1.94
2292337--2292398	22	2.8	22	82	9	72	19	24	35	20	1.96
2300108--2300267	71	2.2	71	85	2	203	25	18	24	31	1.98
2300680--2300705	12	2.2	12	100	0	52	19	15	34	30	1.93
2303934--2303982	22	2.1	24	88	11	75	18	8	14	59	1.59
2305214--2305294	31	2.6	31	82	3	110	39	8	11	40	1.71
2308898--2308931	7	4.9	7	100	0	68	44	29	11	14	1.81
2309512--2309555	14	3.1	14	87	6	54	52	0	38	9	1.33
2326116--2326309	101	1.9	102	81	3	239	25	17	25	30	1.97
2326153--2326337	101	1.8	101	79	4	212	27	19	23	29	1.98
2328632--2328660	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
2329285--2329340	21	2.7	21	81	8	69	23	25	17	33	1.96
2329324--2329380	20	2.8	20	86	0	87	35	17	21	26	1.95
2329555--2329616	22	3.0	22	70	18	60	25	37	16	20	1.93
2329978--2330024	20	2.3	20	85	0	58	21	17	23	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329992--2330046	20	2.8	20	91	0	83	10	16	23	49	1.77
2330011--2330054	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
2331930--2332093	20	8.5	20	84	8	223	39	20	20	20	1.93
2331933--2332131	54	3.6	54	82	8	238	39	19	22	19	1.92
2331930--2332131	40	5.4	40	77	12	214	39	19	21	19	1.92
2332140--2332247	20	5.3	20	91	2	162	22	19	20	37	1.94
2332140--2332247	41	2.7	40	91	1	162	22	19	20	37	1.94
2332221--2332317	33	2.9	34	81	3	133	12	18	22	46	1.82
2332800--2332841	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
2332794--2332896	21	4.9	20	67	12	55	21	33	20	25	1.97
2334261--2334296	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2334398--2334493	33	2.9	34	85	3	122	41	20	22	14	1.89
2334503--2334683	20	9.8	19	76	14	112	16	21	18	43	1.88
2334544--2334608	19	3.4	19	97	0	121	18	20	13	47	1.82
2334601--2334700	40	2.8	34	73	24	96	16	22	23	39	1.92
2337114--2337167	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2337114--2337181	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2338029--2338111	20	4.1	20	82	3	112	21	20	19	38	1.93
2338113--2338157	21	2.1	21	83	0	54	37	17	24	20	1.93
2338607--2338633	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2338902--2338988	2	43.5	2	100	0	174	49	0	0	50	1.00
2339495--2339542	23	2.1	23	92	0	78	37	16	2	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2342541--2342592	27	1.9	27	92	0	86	19	36	9	34	1.84
2350006--2350060	23	2.4	23	90	0	92	41	21	10	25	1.86
2351464--2351562	27	3.6	27	87	4	137	47	30	0	22	1.51
2351491--2351579	14	6.4	14	75	12	58	47	32	0	20	1.50
2351491--2351579	21	4.3	21	73	8	74	47	32	0	20	1.50
2351841--2351881	14	3.1	14	76	20	52	41	0	4	53	1.22
2352212--2352406	96	2.0	96	92	2	320	43	5	13	37	1.67
2356367--2356413	24	1.9	24	86	4	67	46	6	2	44	1.40
2359888--2360084	36	5.5	35	89	4	279	19	26	25	28	1.98
2370145--2370273	41	3.1	40	75	15	129	53	0	0	45	1.05
2371209--2371280	7	10.6	7	83	5	94	43	37	0	19	1.51
2371213--2371280	27	2.5	28	92	4	113	45	35	0	19	1.50
2371212--2371283	34	2.1	35	89	2	110	45	33	0	20	1.52
2371209--2371278	20	3.5	20	84	7	88	44	37	0	18	1.50
2372107--2372171	27	2.4	27	97	0	121	50	7	18	23	1.72
2374736--2374778	18	2.4	18	92	0	77	16	51	20	11	1.75
2374785--2374916	29	4.6	29	93	0	219	23	9	22	44	1.81
2374815--2374939	58	2.2	58	82	0	142	23	8	22	46	1.78
2380887--2381128	125	1.9	125	86	1	342	25	26	14	33	1.94
2384524--2384674	72	2.1	72	93	0	257	23	26	13	37	1.91
2385770--2385908	45	3.0	47	81	5	176	35	20	14	29	1.92
2388787--2388826	12	3.2	12	83	13	53	57	22	0	20	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388787--2388824	14	2.9	14	92	7	62	60	23	0	15	1.35
2391051--2391089	20	1.9	20	89	5	60	7	25	41	25	1.82
2391071--2391132	20	2.9	21	83	7	72	16	25	33	24	1.95
2398492--2398527	16	2.2	16	90	0	54	5	30	25	38	1.78
2399510--2399541	3	10.7	3	93	0	55	37	0	0	62	0.95
2399510--2399545	12	3.0	12	95	0	63	38	0	0	61	0.96
2399960--2400121	30	5.4	30	86	4	202	16	12	10	60	1.58
2399960--2400123	59	2.8	60	84	4	215	17	12	10	60	1.58
2402479--2402544	27	2.3	29	82	12	75	21	18	10	50	1.77
2403783--2403887	15	7.7	12	70	23	50	78	5	15	0	0.99
2403787--2403887	28	3.6	28	79	10	93	78	5	14	0	0.99
2403786--2403896	30	3.8	28	76	22	95	78	5	15	0	0.98
2403791--2403871	17	4.9	17	71	19	73	75	6	17	1	1.07
2403781--2403895	28	3.9	28	77	15	85	77	5	16	0	1.00
2405023--2405126	36	2.8	37	81	10	122	33	16	8	41	1.79
2405216--2405284	30	2.3	29	83	14	79	36	18	11	33	1.87
2405159--2405348	97	2.0	97	85	4	258	27	20	12	38	1.89
2405238--2405417	67	2.7	66	82	6	213	27	22	11	39	1.87
2405416--2405797	131	2.9	131	81	3	392	26	31	16	25	1.97
2406550--2406608	28	2.1	28	84	9	77	52	5	27	15	1.63
2411790--2411849	2	30.5	2	96	3	113	51	0	0	48	1.00
2412134--2412186	27	2.0	27	100	0	106	20	18	30	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412834--2413526	226	3.1	226	91	0	1064	39	13	15	31	1.87
2412717--2413433	108	6.3	115	73	11	463	38	13	16	31	1.87
2413150--2413569	108	3.8	109	74	11	361	38	13	15	32	1.86
2415945--2417141	451	2.7	449	89	2	1798	31	13	13	40	1.84
2417440--2417486	18	2.7	18	86	3	60	48	12	2	36	1.53
2436722--2436802	22	3.8	21	76	15	76	24	32	23	19	1.98
2441832--2441856	13	1.9	13	100	0	50	40	20	0	40	1.52
2443149--2443240	32	2.9	33	73	19	88	48	9	3	38	1.52
2445694--2445749	26	2.2	26	96	0	103	26	19	17	35	1.94
2447019--2447064	24	1.9	24	100	0	92	26	8	45	19	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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