genome.fa.s1129.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002237_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21326069

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2781859--2782157	133	2.2	133	85	5	417	37	12	20	29	1.89
2781859--2782154	66	4.4	67	87	2	402	37	12	19	29	1.89
2782177--2782320	72	2.0	74	81	8	170	38	11	13	36	1.80
2783845--2783918	2	37.5	2	94	2	132	50	1	0	48	1.09
2784626--2784664	18	2.2	18	100	0	78	33	5	0	61	1.18
2787209--2787320	51	2.2	51	82	6	138	57	8	13	21	1.62
2789244--2789297	21	2.6	21	81	0	54	37	9	20	33	1.84
2789418--2789463	20	2.3	20	88	7	67	23	13	23	39	1.90
2789418--2789474	20	2.8	21	84	7	55	26	17	21	35	1.95
2789512--2789551	21	1.9	21	84	0	53	32	12	20	35	1.90
2794123--2794174	20	2.6	20	78	6	61	34	21	19	25	1.96
2803484--2803524	20	2.1	19	86	9	55	24	17	19	39	1.92
2803549--2803584	12	3.0	12	100	0	72	41	0	16	41	1.48
2825217--2825274	29	2.0	29	86	6	82	44	1	0	53	1.10
2825361--2825419	29	2.1	27	84	6	73	40	1	1	55	1.20
2825461--2825485	13	1.9	13	100	0	50	48	16	16	20	1.82
2825521--2825576	28	2.0	29	82	10	71	28	16	16	39	1.89
2827379--2827449	22	3.2	21	84	7	79	45	9	1	43	1.46
2827811--2827903	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
2827811--2827903	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
2827830--2827964	41	3.3	41	82	6	132	37	21	21	19	1.94
2827892--2828006	20	5.7	20	82	6	115	31	26	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2827889--2828026	41	3.4	41	79	6	154	34	24	17	23	1.96
2828194--2828237	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2828500--2828559	20	3.0	20	82	0	66	20	18	20	41	1.90
2829878--2829922	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2830404--2830470	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2830459--2830514	14	3.7	14	78	17	67	50	23	16	10	1.76
2830443--2830533	32	2.8	33	94	3	166	48	20	17	13	1.81
2830550--2830607	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
2830545--2830623	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
2830564--2830681	20	6.4	19	77	11	95	13	19	24	42	1.87
2830545--2830681	39	3.9	37	78	10	105	12	18	24	43	1.85
2832532--2832567	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2832684--2832770	19	4.8	19	89	10	139	47	17	21	13	1.82
2832655--2832770	33	3.4	33	84	11	151	43	19	22	13	1.86
2832789--2832826	20	1.9	20	94	0	67	15	21	23	39	1.92
2833863--2833916	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
2834091--2834115	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2836401--2836531	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
2836401--2836527	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
2836402--2836534	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
2836527--2836568	19	2.2	19	86	0	57	16	16	23	42	1.88
2836536--2836602	19	3.8	19	71	18	72	11	20	20	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2836708--2836741	14	2.4	14	95	0	59	44	23	0	32	1.54
2838096--2838162	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2838096--2838218	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
2840228--2840278	20	2.5	20	78	9	59	41	21	23	13	1.89
2840269--2840305	14	2.6	14	95	0	65	40	24	24	10	1.87
2840245--2840338	47	2.0	48	87	6	138	38	24	24	12	1.90
2840329--2840418	19	4.7	19	95	2	162	45	22	21	11	1.82
2840329--2840418	39	2.3	38	96	1	162	45	22	21	11	1.82
2840414--2840458	19	2.4	19	88	0	72	6	15	24	53	1.66
2841012--2841064	20	2.7	20	90	0	79	28	20	26	24	1.99
2841073--2841126	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
2841017--2841147	61	2.1	61	80	2	147	22	19	24	32	1.97
2841197--2841237	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
2845338--2845414	40	1.9	40	94	0	136	40	7	12	38	1.73
2848336--2848386	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
2849097--2849127	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2849283--2849374	39	2.4	38	83	3	103	46	3	11	38	1.57
2849303--2849388	39	2.2	40	81	10	106	50	2	11	36	1.52
2849789--2849855	31	2.2	31	86	10	93	52	10	5	31	1.60
2851565--2851655	4	21.8	4	74	12	67	27	5	2	64	1.27
2851570--2851617	18	2.5	19	86	6	62	22	6	4	66	1.32
2853751--2853816	23	2.9	23	72	4	62	21	24	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2853885--2853964	3	25.7	3	78	12	81	37	2	1	58	1.19
2853876--2853962	9	10.2	8	77	16	70	37	2	2	57	1.24
2855243--2855297	27	2.2	24	81	15	60	47	9	5	38	1.58
2858212--2858253	21	2.0	22	85	4	59	23	19	4	52	1.65
2861923--2861999	3	24.7	3	79	12	84	37	1	0	61	1.05
2870023--2870055	15	2.1	16	88	5	50	30	18	24	27	1.98
2870788--2870856	23	3.0	23	84	0	102	15	21	26	36	1.94
2873021--2873079	28	2.1	27	93	3	100	25	15	3	55	1.55
2878332--2878379	21	2.4	21	93	6	82	35	10	4	50	1.56
2879453--2879502	19	2.6	19	84	9	57	32	2	12	54	1.49
2879472--2879514	19	2.2	19	87	8	59	39	2	9	48	1.48
2884172--2884205	13	2.7	13	86	4	52	44	5	5	44	1.52
2888387--2888435	12	4.1	12	89	0	80	24	28	18	28	1.98
2900122--2900164	21	2.0	21	82	8	52	25	20	18	34	1.96
2909724--2909768	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2911548--2911708	18	8.9	18	80	8	193	24	31	21	23	1.98
2911546--2911708	36	4.5	36	96	0	299	23	30	20	24	1.99
2918278--2918334	2	29.0	2	96	3	107	49	0	0	50	1.00
2920682--2920715	17	2.0	17	100	0	68	41	0	11	47	1.40
2920701--2920952	39	6.6	40	88	7	334	46	2	6	44	1.42
2920709--2920952	76	3.2	78	90	4	374	47	2	6	43	1.42
2922326--2922373	20	2.3	21	89	7	71	20	4	0	75	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2922340--2922378	18	2.3	18	86	8	55	20	2	0	76	0.90
2924658--2924703	24	1.9	24	81	0	56	36	23	19	19	1.95
2928195--2928604	85	4.8	85	92	0	658	34	21	19	25	1.96
2929226--2929516	39	8.2	38	72	23	181	47	2	8	42	1.46
2929258--2929322	26	2.4	28	87	10	107	49	0	9	41	1.35
2929226--2929359	65	2.1	65	89	0	205	50	1	8	39	1.43
2929265--2929335	26	2.7	26	86	4	72	52	0	8	39	1.32
2929362--2929424	28	2.4	27	87	12	87	42	4	9	42	1.58
2929389--2929511	40	3.3	37	79	13	135	44	2	7	45	1.44
2929389--2929522	37	3.6	37	79	13	150	44	2	6	47	1.42
2929514--2929583	16	3.9	17	77	17	63	27	1	1	70	1.05
2929516--2929587	28	2.5	29	80	17	87	26	1	1	70	1.03
2929511--2929578	17	3.9	17	74	12	59	29	1	1	67	1.08
2929517--2929587	14	4.7	15	75	20	60	26	1	1	70	1.04
2938195--2938227	17	2.0	17	88	5	50	51	3	0	45	1.16
2938193--2938246	25	2.1	26	83	16	69	55	3	0	40	1.17
2939559--2939613	20	2.8	20	88	5	76	14	25	29	30	1.95
2939560--2939613	10	5.4	9	77	18	54	12	25	29	31	1.93
2939579--2939632	19	2.8	20	80	11	58	16	24	27	31	1.96
2939661--2939698	17	2.2	17	90	0	58	21	42	23	13	1.88
2940317--2940349	13	2.5	13	100	0	66	39	9	12	39	1.74
2943263--2943300	9	4.4	9	83	12	53	28	0	2	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2943263--2943293	16	1.9	16	100	0	62	25	0	0	74	0.82
2947806--2947844	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
2947999--2948036	20	1.9	20	88	0	58	10	26	36	26	1.89
2949433--2949597	77	2.1	77	96	1	303	36	18	10	33	1.86
2954961--2955464	22	22.6	22	87	4	681	38	0	12	48	1.44
2954961--2955464	44	11.3	44	89	4	760	38	0	12	48	1.44
2954961--2955464	66	7.5	66	88	4	760	38	0	12	48	1.44
2955165--2955225	30	2.0	30	96	0	113	42	0	8	49	1.32
2955488--2955546	31	1.9	31	92	0	100	44	6	3	45	1.47
2955900--2955982	28	2.9	27	76	13	69	43	10	1	44	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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