genome.fa.s1129.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002237_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21326069

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   

This is table  39  of  89  ( 10573 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8537223--8537266	6	7.2	6	82	12	54	77	2	4	15	1.04
8553608--8553760	75	2.0	75	100	0	306	43	10	7	37	1.68
8555654--8555691	17	2.3	17	86	4	51	52	26	2	18	1.58
8557573--8557627	23	2.4	23	93	3	94	25	29	23	21	1.99
8558463--8558494	16	2.0	16	93	0	55	37	18	9	34	1.83
8561395--8561434	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
8563431--8563490	26	2.5	23	89	10	86	13	21	48	16	1.80
8563431--8563483	26	2.0	26	100	0	106	11	22	50	15	1.75
8564257--8564431	95	1.8	95	91	4	291	25	26	16	32	1.96
8573534--8573574	19	2.2	19	100	0	82	29	19	12	39	1.88
8573980--8574021	21	2.0	22	90	4	68	33	16	23	26	1.96
8577169--8577245	29	2.6	30	80	10	95	55	10	12	20	1.66
8579255--8579319	31	2.1	31	86	8	89	33	13	16	35	1.89
8579455--8579495	20	2.0	20	85	0	55	48	12	14	24	1.78
8582872--8582915	13	3.3	13	79	17	54	54	13	18	13	1.71
8585562--8585632	30	2.4	31	88	6	103	60	9	11	18	1.57
8585831--8585859	15	2.0	15	93	6	51	75	13	0	10	1.04
8587129--8587258	3	43.7	3	74	11	108	57	1	4	36	1.29
8587125--8587248	53	2.3	52	90	6	187	58	1	4	35	1.26
8608364--8608476	26	4.1	27	74	13	90	74	1	15	7	1.13
8609051--8609156	40	2.6	40	73	10	97	34	30	14	20	1.92
8608984--8609365	133	2.8	136	80	7	427	30	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8609683--8609750	3	22.7	3	89	0	73	30	7	1	60	1.33
8611031--8611094	28	2.3	28	100	0	128	15	3	21	59	1.50
8624395--8624437	15	2.9	15	96	0	77	20	27	25	25	1.99
8631298--8631366	29	2.4	30	73	22	74	30	20	8	40	1.82
8635702--8635802	49	2.1	49	81	7	116	31	19	11	36	1.88
8636031--8636634	55	10.9	54	87	5	782	35	17	10	35	1.85
8636037--8636632	274	2.1	279	88	4	868	35	17	10	36	1.84
8637151--8637197	20	2.5	19	86	6	60	27	23	12	36	1.91
8641926--8641955	6	5.0	6	95	0	51	16	16	20	46	1.84
8648130--8648236	42	2.6	41	81	1	124	25	23	22	28	1.99
8648130--8648253	42	3.0	42	75	5	117	26	22	22	28	1.99
8648013--8648414	214	1.9	214	92	0	669	34	15	17	32	1.91
8648438--8648462	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
8648450--8648533	42	2.0	42	95	0	150	26	20	22	30	1.98
8649034--8649243	53	3.9	53	84	1	251	30	21	26	21	1.99
8650363--8650395	2	17.0	2	87	6	50	54	0	0	45	0.99
8655830--8656198	55	6.8	55	81	6	401	34	17	10	36	1.84
8655829--8656198	162	2.3	163	89	3	564	34	17	10	36	1.85
8670056--8670087	13	2.5	13	94	0	55	34	9	12	43	1.75
8673224--8673274	23	2.2	23	100	0	102	21	25	23	29	1.99
8678910--8678972	23	2.9	22	68	15	58	26	20	19	33	1.96
8678892--8678984	44	2.1	44	86	4	125	25	19	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8680480--8680525	23	2.0	23	95	0	83	36	13	15	34	1.86
8681783--8681809	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8684536--8684614	21	3.7	21	76	6	86	20	17	27	34	1.95
8684552--8684626	23	3.3	23	75	7	91	20	14	26	38	1.91
8684528--8684621	44	2.1	44	94	0	161	21	17	25	36	1.94
8684827--8684870	18	2.4	18	80	0	52	47	2	18	31	1.61
8687107--8687181	21	3.6	21	85	1	98	30	17	21	30	1.96
8688230--8688320	32	2.8	32	80	9	105	31	9	18	39	1.84
8691194--8691223	14	2.1	14	93	0	51	23	6	16	53	1.66
8695169--8695247	13	6.2	13	68	8	54	46	2	18	31	1.63
8695180--8695265	19	4.6	19	80	2	93	47	2	18	31	1.61
8695164--8695248	45	1.9	43	83	9	109	45	3	20	30	1.67
8695225--8695263	18	2.2	18	90	0	60	48	2	17	30	1.61
8698449--8698502	20	2.8	20	82	2	74	31	12	16	38	1.87
8698570--8698614	21	2.2	21	84	4	56	20	8	20	51	1.73
8698897--8698979	31	2.7	30	77	14	89	36	15	6	42	1.72
8703218--8703272	17	3.4	17	85	9	62	47	0	7	45	1.30
8703230--8703276	15	2.9	16	90	6	69	46	0	6	46	1.28
8705487--8705569	22	3.8	22	76	12	80	25	19	21	33	1.97
8706226--8706288	28	2.2	29	94	5	119	22	4	26	46	1.72
8706734--8706783	20	2.5	20	80	9	57	30	16	26	28	1.96
8706856--8706908	20	2.7	20	100	0	106	30	24	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8707679--8707718	20	2.0	21	95	5	73	32	22	20	25	1.98
8709589--8709625	19	1.9	19	88	0	56	40	8	16	35	1.78
8715133--8715211	26	3.0	26	98	0	149	32	7	6	53	1.55
8717889--8717960	36	2.0	36	97	0	135	26	23	19	30	1.98
8718475--8718511	2	18.5	2	88	0	56	0	56	0	43	0.99
8718473--8718563	16	5.4	16	79	7	83	0	68	1	30	0.97
8718459--8718561	4	26.0	4	83	13	70	0	71	0	27	0.92
8719647--8719780	39	3.4	39	76	8	128	33	20	23	23	1.97
8720622--8720711	27	3.3	27	74	13	78	31	14	15	38	1.87
8721552--8721590	19	2.1	18	85	4	51	30	17	23	28	1.97
8723251--8723320	22	3.3	22	65	15	56	34	11	25	28	1.91
8723678--8723786	55	2.0	55	85	3	148	38	7	17	36	1.78
8723944--8724052	57	1.9	57	92	0	182	35	11	21	31	1.89
8723998--8724889	81	11.0	81	87	0	1295	35	11	20	32	1.89
8723998--8724889	161	5.5	162	90	0	1313	35	11	20	32	1.89
8723998--8724889	242	3.7	243	90	0	1349	35	11	20	32	1.89
8730976--8731035	23	2.7	23	82	10	72	25	16	18	40	1.91
8731026--8731072	20	2.3	20	100	0	94	40	21	14	23	1.90
8732559--8732606	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
8734309--8734386	34	2.3	34	100	0	156	42	16	16	24	1.88
8734829--8734940	55	2.0	55	87	0	161	37	8	17	35	1.82
8735068--8735377	81	3.8	81	94	0	539	35	11	22	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8735326--8735429	52	2.0	52	96	0	190	30	12	25	30	1.93
8735245--8735510	133	2.0	133	93	0	451	33	12	22	31	1.92
8735388--8735590	81	2.5	79	84	6	271	34	11	21	32	1.89
8735161--8735590	214	2.0	214	89	1	666	33	11	22	31	1.90
8741643--8741676	6	5.7	6	96	0	59	61	2	17	17	1.46
8742221--8743206	427	2.3	426	90	1	1573	34	9	21	34	1.85
8744280--8744368	31	2.9	30	75	15	85	43	4	17	33	1.70
8745344--8745392	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
8748214--8748254	16	2.5	16	84	4	55	41	0	2	56	1.13
8751376--8751451	40	1.9	40	88	0	116	19	9	18	52	1.72
8759418--8759778	185	2.0	176	93	4	614	26	14	12	46	1.80
8759816--8759865	24	2.1	24	81	7	57	30	16	2	52	1.55
8760454--8762336	698	2.7	695	90	2	2967	35	13	10	39	1.80
8762367--8762401	3	12.0	3	87	6	54	28	0	0	71	0.86
8762370--8762400	15	2.1	15	100	0	62	25	0	0	74	0.82
8767129--8767710	290	2.0	290	92	0	968	39	14	22	23	1.91
8769623--8769699	22	3.4	22	84	10	77	71	1	23	3	1.10
8769637--8769729	15	6.4	14	74	15	66	74	0	21	4	0.99
8769645--8769721	6	13.2	6	74	15	54	75	0	22	2	0.93
8769667--8769710	3	14.3	3	80	4	52	72	0	27	0	0.85
8769590--8769730	56	2.5	57	79	11	148	74	0	18	6	1.07
8769647--8769722	8	9.7	7	78	16	62	76	0	21	2	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8769653--8769732	9	9.5	8	78	5	61	76	0	20	3	0.94
8774205--8774250	2	24.0	2	91	8	78	50	0	0	50	1.00
8775628--8775659	14	2.1	16	88	11	50	34	6	34	25	1.81
8775747--8775779	15	2.2	15	94	0	57	39	3	27	30	1.72
8776334--8776390	29	2.0	29	96	0	105	22	17	24	35	1.95
8778559--8778587	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8786154--8786179	12	2.2	12	100	0	52	15	23	7	53	1.67
8792852--8792912	21	3.2	21	61	29	55	21	16	24	37	1.93
8792847--8792970	35	3.6	35	96	1	223	22	18	22	36	1.95
8797507--8797549	20	2.2	20	87	8	61	37	18	11	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89