genome.fa.s1129.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002237_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21326069

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21043737--21043977	6	42.8	6	75	12	109	27	48	22	0	1.56
21044050--21045019	4	242.0	4	88	0	626	35	49	13	1	1.51
21045624--21045680	21	2.7	21	100	0	114	24	10	36	28	1.88
21048210--21048276	29	2.3	29	87	5	91	55	17	1	25	1.51
21048221--21048271	15	3.5	15	74	15	52	56	19	0	23	1.42
21050243--21050319	22	3.6	21	81	13	95	27	24	29	18	1.98
21053944--21053985	21	2.0	21	86	9	59	26	7	7	59	1.50
21057655--21058008	49	7.3	49	73	9	269	35	12	22	29	1.91
21057655--21058027	97	3.8	97	82	4	432	35	13	22	28	1.92
21057655--21058007	195	1.8	194	84	5	480	35	12	22	28	1.91
21065444--21065496	15	3.3	15	82	14	70	18	0	9	71	1.12
21074355--21074709	49	7.3	49	81	5	371	34	13	23	29	1.92
21074367--21074709	97	3.5	97	89	2	501	34	13	23	29	1.93
21074350--21074709	146	2.5	145	77	6	386	34	13	23	29	1.92
21075796--21075838	17	2.5	18	81	11	54	44	0	0	55	0.99
21077679--21077717	18	2.2	18	95	0	69	28	10	0	61	1.28
21077674--21077727	18	2.6	22	63	25	53	22	7	3	66	1.33
21080495--21080556	18	3.4	18	100	0	124	41	6	4	46	1.51
21088461--21088582	45	2.7	45	88	1	181	36	19	18	25	1.94
21090031--21090090	22	2.7	22	87	5	77	18	38	26	16	1.92
21093103--21093160	20	2.9	20	84	5	82	22	32	29	15	1.95
21093358--21093397	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21096149--21096206	20	2.9	20	84	5	82	22	32	29	15	1.95
21096405--21096444	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
21099198--21099245	20	2.4	20	85	0	78	25	29	33	12	1.92
21099454--21099493	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
21099708--21099777	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
21102246--21102302	20	2.8	20	81	5	71	22	29	29	17	1.97
21103801--21103842	17	2.5	17	88	7	59	50	9	9	30	1.67
21110281--21110342	22	3.0	20	72	11	61	40	12	19	27	1.88
21110413--21110471	21	2.8	21	87	5	84	44	15	10	30	1.79
21110710--21110786	38	2.0	38	100	0	154	33	15	12	37	1.86
21111123--21111179	26	2.3	26	81	6	73	42	19	7	31	1.78
21111150--21111246	49	2.0	49	86	8	135	38	22	7	31	1.82
21111186--21111246	24	2.5	24	75	2	68	37	21	8	32	1.83
21111324--21111371	23	2.1	23	100	0	96	20	20	4	54	1.61
21118670--21118907	75	3.2	75	85	4	304	42	18	7	31	1.80
21120913--21120989	19	3.9	19	76	6	73	35	14	15	35	1.88
21120913--21120989	40	1.9	40	86	5	111	35	14	15	35	1.88
21127464--21127488	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21127633--21127697	13	5.0	13	81	7	69	33	16	21	27	1.95
21127633--21127697	26	2.5	26	82	5	87	33	16	21	27	1.95
21128028--21128090	26	2.5	26	92	5	103	22	14	26	36	1.92
21129475--21129522	18	2.7	18	90	0	78	39	8	14	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21130114--21130153	19	2.0	20	85	9	55	62	2	0	35	1.09
21131338--21131372	17	2.1	17	88	0	52	34	2	2	60	1.26
21133125--21133150	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
21134562--21134773	110	1.9	110	97	0	397	41	12	15	30	1.84
21147036--21147088	5	10.4	5	82	11	63	73	3	3	18	1.14
21147147--21147191	14	3.3	13	78	9	54	73	0	4	22	1.01
21147148--21147192	18	2.5	17	89	10	63	75	0	4	20	0.97
21149131--21149757	200	3.1	196	79	5	609	27	18	18	34	1.95
21151450--21151482	17	1.9	17	100	0	66	42	12	12	33	1.79
21151396--21151536	71	2.0	71	90	0	219	41	15	12	31	1.84
21151470--21151645	54	3.3	54	90	0	273	42	17	13	27	1.86
21152219--21152277	16	3.6	16	72	20	59	37	0	13	49	1.43
21152212--21152278	33	2.0	34	94	2	118	38	0	13	47	1.43
21152246--21152359	45	2.6	45	85	4	151	43	0	9	45	1.42
21160487--21160548	27	2.3	25	83	10	70	72	3	4	19	1.17
21160595--21160625	13	2.3	14	94	5	55	70	0	6	22	1.09
21161658--21161731	3	23.0	3	74	17	51	60	4	4	31	1.34
21164176--21164200	12	2.1	12	100	0	50	68	0	16	16	1.22
21169405--21169508	45	2.3	44	87	8	140	27	24	9	38	1.86
21182573--21182613	20	2.0	20	85	0	55	41	0	0	58	0.98
21194687--21194736	20	2.5	20	80	9	57	34	26	22	18	1.96
21197764--21197818	26	2.1	26	96	0	101	34	9	27	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21197937--21197967	5	6.4	5	92	7	55	38	22	0	38	1.54
21198316--21198365	20	2.5	20	80	9	57	34	24	22	20	1.97
21205413--21205474	23	2.7	23	90	2	90	22	30	25	20	1.98
21205413--21205495	23	3.8	22	78	15	82	24	30	24	21	1.99
21207068--21207106	18	2.2	18	85	0	51	38	30	23	7	1.83
21211053--21211095	22	2.0	22	100	0	86	39	9	23	27	1.85
21212087--21212151	20	3.0	23	73	17	75	26	26	18	29	1.98
21212087--21212167	42	1.9	41	80	14	94	25	24	18	30	1.98
21214738--21214841	45	2.3	46	86	1	156	37	9	21	31	1.86
21216634--21216670	19	1.9	20	88	5	58	35	13	18	32	1.90
21220032--21220594	267	2.1	265	87	5	805	27	11	20	40	1.87
21220984--21221030	18	2.7	18	90	3	69	27	29	8	34	1.87
21221860--21221908	20	2.5	20	89	0	80	28	30	14	26	1.95
21227679--21227743	32	2.0	32	100	0	130	33	15	23	27	1.95
21234081--21234180	28	3.4	28	73	9	83	37	12	12	39	1.79
21234272--21234367	28	3.3	28	80	15	115	35	13	13	37	1.84
21256404--21256466	25	2.5	25	90	10	94	42	12	11	33	1.78
21263277--21263323	21	2.2	21	92	0	76	36	4	36	23	1.75
21265316--21265362	21	2.2	21	96	0	85	23	27	10	38	1.88
21271835--21271888	26	2.1	26	82	0	63	51	7	1	38	1.41
21290737--21290782	18	2.6	18	96	0	83	54	6	4	34	1.46
21292702--21292781	38	2.1	39	90	2	126	31	16	21	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21293447--21293476	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21294930--21294989	25	2.3	27	80	19	81	21	11	3	63	1.42
21294938--21294989	25	2.1	25	92	7	88	21	9	3	65	1.38
21297197--21297254	9	5.9	9	74	18	53	13	1	3	81	0.91
21297203--21297255	21	2.5	22	76	11	58	15	1	3	79	0.96
21297241--21297296	24	2.3	25	81	3	60	16	7	5	71	1.27
21297241--21297296	25	2.3	24	81	9	60	16	7	5	71	1.27
21299841--21300084	95	2.7	93	85	9	321	29	18	19	31	1.96
21301433--21301900	36	13.7	35	74	16	378	25	19	13	42	1.87
21301433--21301738	65	4.5	72	71	16	229	25	19	13	42	1.87
21301641--21301694	27	2.1	26	82	6	65	16	20	12	50	1.78
21301503--21301968	165	2.7	169	85	6	597	25	19	13	42	1.86
21301963--21302052	35	2.6	35	87	0	135	41	15	10	33	1.81
21302395--21302443	3	16.0	3	87	12	57	32	0	0	67	0.91
21303157--21303206	12	4.1	12	78	17	50	16	2	2	80	0.91
21303159--21303190	17	1.9	17	93	6	57	18	3	0	78	0.89
21308392--21308640	66	3.8	68	80	12	270	30	12	14	42	1.82
21308397--21308642	132	1.9	132	83	10	324	29	12	14	43	1.82
21308621--21308721	30	3.4	29	86	8	141	34	16	10	37	1.84
21308936--21309095	83	1.9	83	90	0	257	25	35	16	22	1.94
21308936--21309083	40	3.6	40	73	12	129	25	35	16	22	1.95
21308935--21309118	83	2.2	83	85	4	246	26	33	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21312132--21312211	35	2.5	32	79	18	94	27	10	2	60	1.42
21312175--21312225	25	2.1	25	92	3	86	21	11	3	62	1.45
21312135--21312245	60	1.9	57	82	12	136	27	11	3	57	1.50
21313869--21313900	15	2.0	17	88	11	50	50	6	12	31	1.65
21315358--21315464	31	3.4	31	82	8	110	46	3	8	41	1.52
21315772--21315827	14	4.3	14	78	17	57	8	10	23	57	1.61
21315779--21315848	24	2.9	24	84	0	95	11	8	18	61	1.54
21315797--21315828	14	2.3	14	100	0	64	6	6	21	65	1.38
21316573--21316647	10	7.7	10	69	21	61	10	10	20	58	1.60
21316579--21316643	16	4.1	16	87	0	103	9	10	21	58	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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