genome.fa.s1129.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002237_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21326069

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19360307--19360436	47	2.8	47	94	2	228	36	6	23	33	1.81
19360264--19360436	94	1.9	89	84	5	229	38	7	23	31	1.82
19360813--19360837	12	2.1	12	100	0	50	28	16	24	32	1.96
19364243--19364360	63	1.9	62	91	1	191	38	11	8	41	1.71
19365307--19365524	29	7.6	29	88	6	277	33	5	20	39	1.77
19365312--19365524	57	3.7	58	87	8	280	33	6	19	40	1.77
19372560--19372591	13	2.5	13	100	0	64	15	43	21	18	1.87
19372599--19372812	29	7.4	29	86	5	276	32	5	21	41	1.75
19374264--19374341	33	2.4	33	84	0	93	39	17	3	38	1.68
19374688--19374729	14	2.9	14	82	17	50	69	0	4	26	1.08
19375063--19375363	123	2.4	125	84	7	396	34	14	14	36	1.87
19375833--19376050	93	2.4	91	89	3	312	37	11	22	27	1.90
19378025--19378186	54	3.0	54	90	0	252	30	11	19	38	1.87
19378853--19379392	54	10.0	54	87	4	766	32	12	16	38	1.85
19378852--19379392	271	2.0	271	88	4	806	32	12	16	38	1.86
19384807--19385428	54	11.3	54	84	7	781	33	10	16	39	1.83
19385055--19385186	68	1.9	68	85	0	183	40	8	11	40	1.71
19385001--19385232	122	1.9	119	86	6	333	37	9	13	39	1.78
19385121--19385520	108	3.7	108	82	4	427	35	11	14	38	1.83
19385150--19385520	162	2.3	160	83	2	431	33	12	15	38	1.85
19385164--19385520	54	6.6	53	83	4	272	34	12	15	37	1.85
19386511--19386564	18	2.9	18	97	2	99	33	12	11	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19386857--19387224	190	1.9	192	97	2	697	39	22	4	33	1.73
19392011--19392054	16	2.8	16	93	6	72	29	6	25	38	1.81
19395830--19396058	54	4.2	54	87	0	305	33	19	16	31	1.93
19398723--19398761	20	1.9	21	89	5	62	23	5	15	56	1.59
19400088--19400192	53	2.0	53	88	3	158	27	14	20	38	1.91
19412915--19413003	44	2.0	44	84	0	115	31	22	8	37	1.85
19413250--19413392	27	5.9	25	72	18	97	45	0	6	46	1.35
19413257--19413392	23	5.7	23	73	19	95	46	0	6	46	1.34
19413267--19413331	19	3.3	19	81	14	69	46	0	7	46	1.31
19413282--19413395	55	2.2	54	82	14	143	45	0	6	47	1.33
19415301--19415495	96	2.0	98	96	2	367	32	16	25	25	1.96
19415488--19415567	36	2.2	36	100	0	160	33	30	12	23	1.92
19431941--19432083	70	2.1	69	98	1	277	52	6	2	37	1.43
19432232--19432269	13	3.0	13	88	3	60	60	0	0	39	0.97
19433141--19433182	15	2.9	14	89	7	57	0	21	2	76	0.90
19433141--19433182	20	2.1	20	86	8	59	0	21	2	76	0.90
19433712--19433774	3	21.0	3	90	6	101	65	0	3	31	1.09
19434146--19434207	17	3.4	17	72	20	61	19	24	9	46	1.79
19434146--19434244	39	2.5	39	88	4	137	20	24	10	45	1.81
19434030--19434360	152	2.2	152	93	2	558	25	21	13	39	1.90
19434298--19434362	20	3.2	20	65	16	53	15	26	7	50	1.70
19434185--19434472	113	2.6	113	89	2	420	26	20	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19434411--19434472	17	3.4	17	72	20	61	19	24	9	46	1.79
19434411--19434509	40	2.5	40	88	4	139	20	25	10	44	1.82
19434298--19434626	152	2.2	152	88	2	482	24	21	13	40	1.89
19434033--19434734	265	2.6	265	94	2	1196	26	20	14	38	1.90
19434450--19434876	113	3.8	113	93	2	707	27	20	14	37	1.91
19435612--19436580	83	11.7	83	94	1	1473	36	22	13	27	1.92
19437731--19437756	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
19470177--19470305	18	7.2	18	79	15	119	59	1	3	35	1.22
19470180--19470294	3	37.3	3	78	11	117	60	0	3	35	1.20
19470175--19470306	15	7.8	16	79	13	101	59	1	3	35	1.22
19470585--19470667	43	2.0	42	85	2	112	38	21	18	21	1.93
19470538--19471268	248	2.9	248	92	1	1187	36	16	15	31	1.90
19477395--19477574	45	4.1	44	93	3	301	30	20	7	41	1.81
19493710--19493750	21	2.0	21	90	0	64	46	19	9	24	1.80
19516215--19516245	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
19516230--19516292	24	2.6	25	87	7	85	49	0	7	42	1.32
19516230--19516351	26	5.0	23	81	9	111	47	0	7	44	1.36
19516259--19516351	22	4.0	22	80	8	87	48	1	6	44	1.35
19519847--19520010	44	3.7	44	87	0	229	42	11	21	24	1.86
19520437--19520893	226	2.0	227	98	0	889	37	9	14	38	1.79
19527042--19527088	18	2.6	18	93	0	76	14	19	46	19	1.84
19527043--19527094	18	2.9	18	88	0	59	15	19	44	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19531023--19531330	44	7.0	44	86	2	388	41	10	23	25	1.86
19531023--19531330	132	2.3	131	89	1	465	41	10	23	25	1.86
19539828--19539886	25	2.4	25	97	0	109	25	16	30	27	1.97
19546650--19546828	90	2.0	90	100	0	358	32	20	16	30	1.95
19555015--19555492	238	2.0	238	99	0	947	32	21	17	28	1.96
19557424--19557465	19	2.4	19	84	11	54	30	0	7	61	1.22
19557535--19557694	48	3.3	48	81	7	189	31	13	25	28	1.94
19557529--19557708	97	1.8	98	83	5	240	35	13	23	27	1.93
19559728--19560077	179	2.0	180	87	4	519	30	21	8	39	1.82
19559728--19560077	45	7.8	45	88	3	492	30	21	8	39	1.82
19565389--19565763	45	8.4	45	82	5	222	31	18	9	40	1.82
19565412--19565761	90	3.9	90	85	4	447	30	18	10	40	1.83
19565412--19565801	135	2.9	134	84	2	487	30	19	10	39	1.85
19565781--19565865	34	2.5	34	98	0	161	29	21	9	40	1.84
19566473--19566623	34	4.3	34	74	14	162	31	19	15	33	1.93
19566451--19566589	73	1.9	73	100	0	278	29	22	16	31	1.96
19566548--19566605	18	3.3	18	66	9	57	37	15	13	32	1.87
19568891--19568923	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
19571185--19571537	45	7.8	45	86	2	467	29	19	9	41	1.83
19571186--19571578	135	2.9	135	85	2	475	29	19	9	40	1.84
19572104--19572308	95	2.2	93	78	7	198	27	25	15	30	1.96
19572277--19572327	20	2.5	20	100	0	102	25	29	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19576074--19576154	40	2.0	40	97	0	153	28	7	18	45	1.76
19576812--19576870	30	1.9	31	86	3	84	33	5	20	40	1.74
19582572--19582615	18	2.4	18	80	0	52	15	11	15	56	1.66
19591190--19591216	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
19591322--19591375	20	2.7	20	100	0	108	24	25	20	29	1.99
19592567--19592609	17	2.5	17	88	0	59	46	4	13	34	1.65
19592582--19592628	18	2.7	18	83	12	62	42	8	12	36	1.74
19592811--19592870	30	2.0	31	87	6	88	36	6	16	40	1.75
19592950--19592991	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
19593021--19593060	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
19593276--19593345	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
19597350--19597437	41	2.1	41	81	4	106	25	9	10	55	1.62
19597366--19597444	41	1.9	41	87	7	115	24	8	15	51	1.71
19597687--19597759	8	9.2	8	72	14	53	53	1	0	45	1.09
19597658--19597721	22	2.9	23	84	6	71	46	3	0	50	1.17
19597711--19597761	23	2.2	23	89	6	77	52	1	0	45	1.12
19597655--19597752	31	3.1	32	79	11	103	51	3	0	45	1.16
19597770--19597873	54	1.9	53	81	11	122	48	1	1	48	1.24
19597801--19597875	27	2.8	28	74	13	77	44	2	2	50	1.30
19597901--19597945	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
19598044--19598096	28	1.9	28	85	11	74	52	0	0	47	1.00
19598237--19598334	29	3.1	32	81	11	96	37	15	5	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19598277--19598331	14	3.8	14	78	7	65	32	18	3	45	1.67
19603854--19603882	15	2.0	15	93	6	51	34	10	6	48	1.64
19607352--19607388	2	18.5	2	94	0	56	5	43	0	51	1.24
19609787--19609835	22	2.2	22	100	0	98	40	16	12	30	1.85
19612083--19612107	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
19612235--19612424	95	2.0	97	89	5	298	30	17	20	31	1.96
19617190--19617235	20	2.3	20	85	10	60	36	28	0	34	1.58
19618389--19618449	30	2.0	30	84	6	79	32	19	9	37	1.85
19618630--19618661	16	1.9	17	93	6	57	56	18	6	18	1.62
19618762--19618830	2	34.5	2	100	0	138	50	0	0	49	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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