genome.fa.s1129.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002237_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21326069

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8059292--8059333	17	2.4	18	92	4	68	73	0	4	21	1.01
8059292--8059340	21	2.5	19	84	12	64	73	0	6	20	1.04
8059920--8060095	69	2.6	68	80	9	202	54	12	1	31	1.45
8059955--8060016	19	3.2	19	74	4	52	54	12	0	32	1.38
8059920--8060095	64	2.7	63	80	9	183	54	12	1	31	1.45
8062054--8062105	24	2.2	24	85	0	68	38	3	13	44	1.62
8066840--8066911	3	23.3	3	94	5	126	68	0	31	0	0.90
8067007--8067133	3	41.7	3	84	9	159	65	1	29	3	1.20
8067229--8067272	3	14.7	3	100	0	88	65	0	34	0	0.93
8067101--8067367	139	1.9	139	97	0	507	41	13	22	22	1.89
8067783--8067807	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8068698--8068731	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
8074520--8074582	24	2.6	24	84	0	90	26	19	17	36	1.94
8081218--8081244	14	1.9	14	100	0	54	40	29	14	14	1.86
8082044--8082173	51	2.5	51	88	0	206	32	19	17	30	1.95
8083244--8083275	15	2.1	15	100	0	64	28	9	18	43	1.81
8083805--8083861	25	2.3	25	96	0	105	12	14	29	43	1.81
8085215--8085336	64	1.9	63	86	5	174	55	12	0	31	1.37
8085250--8085388	19	7.2	19	67	21	58	56	11	0	31	1.35
8085270--8085412	76	1.9	75	85	5	198	57	11	0	30	1.39
8086977--8087008	16	2.0	16	100	0	64	6	18	12	62	1.50
8092605--8092645	17	2.3	18	91	4	66	73	0	4	21	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8093232--8093353	64	1.9	63	86	5	174	54	13	0	31	1.39
8093267--8093328	19	3.2	19	74	4	52	54	12	0	32	1.38
8093334--8093395	32	1.9	33	84	12	85	62	8	1	27	1.32
8095369--8095420	24	2.2	24	85	0	68	38	3	13	44	1.62
8100155--8100228	3	24.3	3	97	2	139	67	0	32	0	0.91
8100321--8100429	3	35.7	3	83	10	132	64	1	29	4	1.24
8100347--8100447	50	2.0	50	98	0	193	61	3	24	9	1.45
8100193--8100598	204	2.0	201	96	2	751	48	10	24	16	1.77
8100525--8100580	3	18.7	3	100	0	112	66	0	33	0	0.92
8100397--8100675	151	1.8	151	99	0	549	42	13	23	20	1.88
8101088--8101116	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8102007--8102040	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
8107826--8107888	24	2.6	24	84	0	90	26	19	17	36	1.94
8112289--8112351	24	2.6	24	79	0	72	30	17	15	36	1.91
8114526--8114585	10	6.4	10	78	18	58	20	26	26	26	1.99
8114677--8114716	21	1.9	21	84	0	53	40	2	0	57	1.12
8114743--8115072	38	8.6	36	73	15	236	45	4	6	43	1.50
8114731--8115072	37	8.9	37	74	12	233	45	4	7	42	1.52
8114908--8114932	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
8114731--8115030	75	3.8	80	77	11	232	45	4	6	43	1.50
8114838--8115076	118	2.0	117	81	8	272	46	4	6	42	1.50
8118716--8118748	17	1.9	17	93	0	57	6	12	9	72	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8119362--8119407	19	2.4	19	96	0	83	10	13	10	65	1.48
8122729--8123509	165	4.7	165	87	3	896	29	24	21	24	1.99
8122729--8123528	249	3.2	246	82	6	870	29	24	21	24	1.99
8124205--8124533	38	8.6	37	77	10	277	45	4	6	43	1.50
8124193--8124533	37	8.9	37	75	11	240	45	4	7	42	1.52
8124370--8124394	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
8124193--8124544	117	3.0	114	72	14	283	45	4	6	43	1.51
8124919--8124949	12	2.6	12	100	0	62	25	12	38	22	1.90
8128749--8128812	24	2.7	24	90	0	83	28	21	15	34	1.94
8132920--8132994	23	3.2	23	75	16	73	26	16	18	38	1.91
8133724--8133750	14	1.9	14	100	0	54	22	3	0	74	0.98
8135365--8135416	24	2.2	24	82	0	59	38	5	13	42	1.68
8140995--8141354	90	4.0	90	86	1	470	20	23	25	31	1.98
8140995--8141352	179	2.0	182	84	1	479	20	23	25	31	1.98
8145060--8145114	26	2.1	26	100	0	110	21	20	23	34	1.97
8147586--8147612	13	2.1	13	100	0	54	29	0	0	70	0.88
8148071--8148112	15	2.6	16	82	17	52	33	4	0	61	1.17
8150838--8150910	29	2.5	29	90	0	110	20	24	23	31	1.98
8151881--8151930	26	1.9	27	92	8	86	44	20	16	20	1.87
8163520--8163565	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
8168100--8168464	82	4.4	81	85	3	419	38	22	18	21	1.94
8168147--8168448	164	1.8	164	89	2	473	39	22	16	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8169937--8170125	94	2.0	94	80	4	211	35	14	21	28	1.93
8170483--8170566	42	2.0	42	88	0	123	32	19	21	27	1.97
8170525--8170718	54	3.6	54	89	0	298	27	18	21	32	1.97
8176112--8176296	94	2.0	95	84	3	248	32	18	23	25	1.97
8176503--8176544	6	7.0	6	84	15	52	16	0	0	83	0.65
8176504--8176545	7	5.7	7	83	10	57	14	0	0	85	0.59
8194667--8194713	25	1.9	24	86	4	67	80	2	14	2	0.89
8194660--8194721	15	4.2	14	78	13	63	79	1	16	3	0.95
8194660--8194711	5	10.4	5	80	14	54	78	1	17	1	0.93
8195617--8196190	123	4.7	123	86	2	770	39	16	19	24	1.92
8195877--8195940	17	3.2	20	63	20	53	43	9	21	25	1.82
8196564--8196611	14	3.1	15	80	11	53	18	2	0	79	0.84
8198802--8199100	54	5.5	54	92	0	463	27	17	21	33	1.95
8198832--8199131	162	1.9	162	85	2	406	28	16	21	33	1.95
8200620--8200653	16	2.2	15	89	5	50	2	23	0	73	0.97
8205354--8205391	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8205478--8205640	85	1.9	84	81	7	195	29	19	19	31	1.96
8205621--8205684	13	4.9	13	86	0	92	31	17	21	29	1.96
8205622--8205684	26	2.4	26	100	0	126	31	15	22	30	1.95
8206774--8206811	18	2.1	18	100	0	76	34	0	15	50	1.45
8206909--8206948	21	2.0	20	85	5	53	47	22	7	22	1.76
8208354--8208400	18	2.6	18	80	10	60	57	8	0	34	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8208498--8208536	3	13.0	3	88	0	60	35	2	0	61	1.10
8214525--8214576	26	2.0	26	100	0	104	19	19	30	30	1.96
8215193--8215251	3	18.7	3	83	10	73	67	0	3	28	1.06
8215301--8215325	12	2.1	12	100	0	50	48	16	12	24	1.79
8215607--8215664	31	1.9	30	86	10	82	56	1	1	39	1.19
8219223--8219308	38	2.3	38	93	0	145	25	13	13	46	1.81
8221031--8221101	32	2.2	33	87	5	99	26	45	11	16	1.82
8221301--8221358	25	2.3	25	100	0	116	18	10	10	60	1.57
8226002--8226041	16	2.5	16	87	0	62	80	2	15	2	0.93
8226044--8226073	13	2.2	13	94	5	51	70	0	26	3	1.03
8226649--8227175	92	5.7	92	84	3	619	28	23	17	30	1.97
8226649--8227129	183	2.6	183	83	3	606	28	23	17	29	1.97
8230406--8230580	2	94.5	2	66	26	75	44	0	5	50	1.24
8230406--8230540	22	5.9	24	71	20	94	42	0	4	52	1.21
8230408--8230540	5	26.6	5	68	23	68	42	0	4	52	1.21
8230406--8230573	27	6.9	25	70	21	110	43	0	5	51	1.24
8246779--8246812	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
8257914--8257951	19	2.0	20	89	5	60	23	13	18	44	1.85
8269873--8269972	38	2.6	37	84	7	139	27	26	18	29	1.98
8272585--8272632	21	2.3	21	89	10	73	27	20	27	25	1.99
8274070--8274114	20	2.2	20	88	7	65	73	2	2	22	1.05
8278476--8278604	59	2.2	60	81	8	147	41	3	23	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8280169--8280309	60	2.3	60	83	4	160	33	18	3	44	1.67
8280205--8280405	60	3.3	60	80	0	204	31	24	6	37	1.81
8280571--8280726	60	2.6	60	76	2	170	43	5	20	30	1.73
8282507--8282887	53	7.0	53	81	7	408	36	12	23	27	1.91
8282509--8282828	53	5.9	53	83	6	410	37	12	23	26	1.91
8282449--8282887	113	4.0	113	86	5	567	37	12	22	28	1.90
8282620--8282887	52	5.0	52	84	5	304	36	12	24	26	1.91
8282694--8282778	26	3.2	26	68	18	68	40	9	25	24	1.85
8284412--8284469	20	2.9	20	92	0	89	32	17	24	25	1.96
8285029--8285098	21	3.2	21	72	9	68	44	5	21	28	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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