genome.fa.s1129.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002237_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21326069

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447297--2447409	4	28.2	4	90	0	109	0	61	0	38	0.96
2447587--2447624	21	1.9	20	89	10	60	39	31	10	18	1.85
2447654--2447695	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
2448007--2448062	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92
2448376--2448457	29	2.8	29	88	0	110	20	39	25	14	1.91
2448523--2448566	23	1.9	23	95	0	79	25	20	27	27	1.99
2448987--2449046	28	2.1	30	93	6	106	30	0	13	56	1.37
2449337--2449381	21	2.2	21	84	4	56	35	0	8	55	1.31
2465287--2465323	12	2.8	13	88	12	58	64	0	21	13	1.27
2465287--2465363	23	3.3	22	74	17	57	70	0	22	7	1.13
2466527--2467310	111	7.1	111	94	0	1277	29	23	16	29	1.97
2466527--2467310	220	3.5	222	93	1	1286	29	23	16	29	1.97
2466527--2467310	331	2.4	330	92	2	1266	29	23	16	29	1.97
2470499--2471474	60	16.2	60	77	13	554	40	1	12	45	1.53
2470499--2470639	21	7.0	21	63	19	68	40	0	14	45	1.45
2470672--2470698	10	2.7	10	100	0	54	40	0	18	40	1.51
2470698--2470767	25	3.1	22	79	16	63	38	0	11	50	1.39
2470719--2470766	14	3.6	14	81	16	66	35	0	16	47	1.47
2470719--2470767	25	2.0	25	95	0	89	36	0	16	46	1.47
2470876--2470969	21	4.6	20	70	16	61	40	0	10	48	1.38
2471006--2471112	14	7.7	14	68	24	57	40	0	13	46	1.43
2471017--2471043	10	2.7	10	100	0	54	40	0	18	40	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2471043--2471112	25	3.1	22	79	16	63	38	0	11	50	1.39
2470744--2471408	320	2.1	320	84	5	862	40	2	11	44	1.56
2470495--2471417	345	2.8	332	92	4	1494	40	2	12	45	1.53
2471164--2471236	25	3.0	24	68	16	62	45	0	8	46	1.33
2471231--2471393	35	5.2	34	61	27	92	41	0	12	46	1.41
2471217--2471403	39	4.7	39	65	18	91	40	0	12	46	1.42
2471220--2471365	21	7.2	20	63	18	61	41	0	13	45	1.44
2471326--2471490	25	7.0	25	69	20	90	40	0	13	46	1.43
2471386--2471489	14	7.6	14	72	21	69	39	0	14	46	1.45
2471397--2471423	10	2.7	10	100	0	54	40	0	18	40	1.51
2473699--2473729	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
2473916--2474037	40	3.1	40	76	13	135	45	13	0	40	1.49
2474048--2474088	22	1.9	21	85	5	55	53	19	0	26	1.45
2474141--2474178	17	2.2	18	85	4	51	60	2	0	36	1.11
2474543--2474625	29	2.9	29	87	0	103	15	24	39	20	1.91
2474579--2474685	32	3.4	31	86	8	130	12	15	46	25	1.81
2475049--2475076	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
2485920--2485963	22	2.0	22	100	0	88	27	27	22	22	1.99
2493043--2493118	40	1.9	40	86	5	109	52	0	3	43	1.19
2493118--2493248	39	3.4	38	83	7	142	45	10	2	41	1.51
2493218--2493270	8	7.1	8	71	16	51	47	9	3	39	1.54
2493223--2493262	14	2.9	14	92	0	62	45	7	5	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493237--2493282	22	2.1	22	91	0	74	47	8	4	39	1.54
2493386--2493434	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
2493538--2493681	11	12.1	11	64	27	55	45	9	4	40	1.59
2493605--2493689	36	2.4	36	90	4	127	44	8	5	41	1.58
2493644--2493689	22	2.1	22	91	0	74	47	8	4	39	1.54
2493417--2494183	379	2.0	369	88	5	1121	45	8	7	39	1.61
2493917--2493977	11	5.0	11	71	21	50	44	6	4	44	1.51
2493957--2493988	14	2.3	14	94	0	55	43	9	0	46	1.35
2493963--2494058	36	2.7	36	83	8	124	45	12	3	38	1.58
2494013--2494058	22	2.1	22	87	0	65	47	10	4	36	1.58
2494571--2494618	22	2.2	22	88	0	69	43	10	2	43	1.50
2494593--2494632	14	2.9	14	88	0	53	42	7	5	45	1.54
2494569--2494638	36	1.9	36	94	5	124	42	10	4	42	1.57
2497670--2497701	6	5.3	6	92	0	55	78	3	0	18	0.89
2497671--2497712	12	3.6	12	90	3	59	76	4	0	19	0.96
2499274--2499368	30	3.1	30	75	11	93	53	2	6	37	1.38
2501733--2501793	31	2.0	31	90	0	95	34	6	4	54	1.48
2502495--2502536	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2504162--2504186	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2512872--2513031	80	2.0	80	86	2	223	35	17	19	27	1.94
2516803--2517191	185	2.1	184	91	1	629	45	9	3	41	1.53
2520025--2520078	20	2.9	17	75	17	54	42	11	18	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2520035--2520083	20	2.4	21	83	13	66	46	8	18	26	1.76
2520847--2520903	23	2.6	24	81	15	70	29	19	21	29	1.97
2523200--2523245	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2533840--2534041	38	4.9	39	68	21	110	42	0	2	53	1.20
2533840--2534062	64	3.5	63	93	3	383	42	0	2	54	1.21
2534057--2534118	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
2534551--2534609	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
2541120--2541188	32	2.2	32	86	0	93	39	1	31	27	1.66
2548149--2548275	66	1.9	65	82	1	155	36	22	21	19	1.95
2548838--2548898	21	2.9	21	83	9	79	26	24	24	24	2.00
2548840--2548898	22	2.8	21	87	5	82	25	25	25	23	2.00
2549686--2549724	16	2.5	15	84	12	51	20	17	38	23	1.93
2550446--2550480	13	2.6	14	90	4	54	54	5	0	40	1.24
2550878--2550929	24	2.2	23	83	10	61	42	1	3	51	1.31
2552431--2552511	35	2.3	34	89	6	126	39	32	3	24	1.73
2556160--2556193	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2557198--2557683	183	2.7	183	89	1	688	44	12	14	28	1.82
2557522--2557811	155	1.8	157	85	6	406	45	13	13	27	1.81
2565302--2565362	11	5.7	11	72	14	56	57	1	1	39	1.18
2565853--2565898	7	6.6	7	82	0	56	50	30	0	19	1.48
2565852--2565891	21	1.9	21	89	0	62	52	27	0	20	1.46
2567771--2571509	200	18.7	200	88	0	5238	38	12	15	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2569002--2569049	20	2.5	19	80	6	62	43	8	16	31	1.78
2569012--2569055	20	2.2	20	83	0	52	47	4	13	34	1.63
2571812--2571858	15	2.9	16	70	17	51	31	36	4	27	1.76
2571812--2571867	18	3.3	17	72	22	55	26	35	5	32	1.79
2574407--2574459	24	2.2	24	89	0	79	37	1	13	47	1.54
2576102--2576147	21	2.2	20	81	7	56	23	13	13	50	1.76
2576282--2576330	21	2.3	21	85	3	62	28	8	10	53	1.63
2576292--2576337	21	2.2	20	81	7	56	26	13	13	47	1.78
2576069--2576415	190	1.8	190	94	0	613	38	12	14	35	1.84
2578292--2578325	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2581006--2581037	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2588235--2588310	22	3.8	20	78	16	68	23	19	31	25	1.98
2591911--2591935	13	1.9	13	100	0	50	32	12	0	56	1.36
2593342--2593390	16	3.0	16	77	14	55	10	2	26	61	1.39
2598706--2598762	24	2.4	24	100	0	114	45	3	0	50	1.18
2602526--2602565	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2606373--2606412	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2613903--2613951	21	2.3	22	79	10	57	67	6	4	22	1.30
2615015--2615076	23	2.7	24	80	7	74	32	19	29	19	1.96
2614980--2615076	46	2.1	46	83	7	117	34	20	23	21	1.97
2615159--2615208	16	3.1	17	80	16	70	44	20	8	28	1.79
2615191--2615301	45	2.5	45	84	0	132	36	20	9	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2617574--2617636	24	2.7	23	81	18	69	60	0	1	38	1.07
2617573--2617628	14	4.1	14	76	17	55	62	0	1	35	1.06
2617572--2617620	7	7.1	7	74	21	50	65	0	2	32	1.04
2617572--2617636	34	2.0	34	88	8	100	61	0	1	36	1.05
2617673--2617732	15	4.1	15	91	2	95	43	6	5	45	1.52
2617793--2617845	20	2.4	24	87	12	78	39	9	3	47	1.54
2617942--2617988	22	2.1	22	92	7	78	51	4	8	36	1.52
2619413--2619716	35	8.6	35	74	2	214	22	21	17	38	1.93
2619412--2619546	71	1.9	72	86	4	193	23	24	16	35	1.95
2619413--2619716	105	2.9	105	88	2	421	22	21	17	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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