genome.fa.s1129.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002237_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21326069

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2619811--2619852	20	2.1	20	86	0	57	40	16	19	23	1.91
2622080--2622426	174	2.0	174	91	0	559	25	20	16	37	1.93
2625321--2625367	21	2.2	22	81	11	53	53	2	6	38	1.39
2625586--2625632	21	2.2	22	81	11	53	53	2	6	38	1.39
2625199--2625725	265	2.0	265	100	0	1054	48	6	5	40	1.51
2627551--2627643	33	2.8	33	96	0	168	41	18	12	26	1.86
2627796--2627925	21	6.6	21	68	13	96	24	24	26	24	2.00
2627788--2627902	38	3.0	38	93	0	194	25	21	27	25	1.99
2632865--2632932	31	2.3	30	84	5	84	33	7	23	35	1.83
2634031--2634095	33	2.0	33	90	0	103	40	13	18	27	1.89
2634246--2634348	38	2.7	38	87	0	134	27	20	25	27	1.99
2639396--2639610	107	2.0	107	99	0	421	36	15	9	38	1.81
2644478--2644524	15	3.1	15	87	0	67	10	65	14	8	1.45
2647652--2647722	21	3.4	21	70	3	72	21	18	25	35	1.95
2647649--2647731	41	2.0	41	92	0	139	22	18	21	37	1.94
2647717--2647772	22	2.5	22	76	0	67	16	17	23	42	1.88
2648386--2648626	6	40.2	6	97	0	446	0	16	34	48	1.47
2648740--2648855	22	5.4	22	74	12	107	37	26	18	17	1.93
2648784--2648923	20	6.8	20	70	12	95	38	24	20	16	1.92
2648804--2648899	21	4.6	21	69	14	72	34	27	19	18	1.96
2648759--2648896	63	2.2	63	96	0	249	36	26	18	18	1.94
2660247--2660290	21	2.1	21	91	0	70	27	25	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2665634--2665678	17	2.6	17	82	13	56	24	0	2	73	0.95
2667081--2667216	29	4.7	29	81	6	143	36	5	22	36	1.76
2667081--2667201	58	2.1	58	85	3	163	38	4	23	33	1.76
2674516--2674620	29	3.7	29	83	10	144	35	5	23	35	1.79
2676737--2676765	6	5.0	6	91	8	51	17	31	34	17	1.93
2678237--2678282	24	1.9	24	86	0	65	34	19	23	21	1.96
2678267--2678374	23	4.7	23	79	4	112	33	24	22	20	1.97
2678267--2678365	46	2.2	45	83	5	128	32	24	22	21	1.98
2686736--2686766	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2690058--2690087	11	2.6	12	94	5	53	26	0	0	73	0.84
2690786--2690834	24	2.1	23	84	3	62	53	0	2	44	1.12
2692994--2693018	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
2695277--2695329	21	2.5	22	71	6	63	20	20	18	39	1.92
2695324--2695435	20	5.6	20	94	2	172	37	16	19	25	1.93
2695344--2695470	40	3.2	40	87	4	159	33	18	19	28	1.96
2695320--2695470	20	7.6	20	90	3	130	34	18	19	27	1.95
2695323--2695457	60	2.2	60	83	5	166	34	17	19	28	1.94
2696292--2696345	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2696535--2696571	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
2698608--2698642	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
2698601--2698629	12	2.5	12	94	5	51	55	20	6	17	1.65
2698702--2698971	140	1.9	140	96	0	495	29	13	15	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2698942--2699166	20	11.9	20	74	12	179	34	22	17	25	1.96
2698970--2699071	34	2.7	38	84	11	124	34	24	16	24	1.95
2699024--2699178	74	2.1	74	87	4	224	35	22	18	23	1.95
2698949--2699166	94	2.3	95	84	4	273	33	23	17	25	1.96
2699075--2699199	34	3.5	34	71	14	108	37	21	16	24	1.93
2699205--2699262	20	2.9	20	84	0	80	12	17	25	44	1.83
2701420--2701504	20	4.3	20	89	2	120	41	25	16	16	1.89
2701431--2701509	20	4.0	20	89	0	122	40	24	17	17	1.91
2704134--2704215	42	2.0	41	85	2	110	21	19	36	21	1.95
2704198--2704256	18	3.2	18	90	9	84	23	20	33	22	1.97
2704748--2704833	20	4.4	20	89	2	122	43	26	15	15	1.86
2704759--2704834	20	3.8	20	91	0	125	43	25	15	15	1.86
2705052--2705099	18	2.8	17	90	6	71	43	6	18	31	1.75
2706838--2706927	20	4.6	20	84	1	92	45	22	16	15	1.85
2706838--2706944	20	5.5	19	85	5	90	45	21	16	15	1.85
2707545--2707645	40	2.5	40	88	0	148	27	22	25	23	2.00
2707554--2707645	20	4.6	20	84	0	130	25	21	27	26	2.00
2707637--2707684	20	2.4	20	73	13	53	27	22	16	33	1.96
2707550--2707684	60	2.2	61	78	10	152	25	22	23	28	2.00
2707677--2707706	15	2.0	15	93	0	51	43	13	23	20	1.86
2708641--2708686	6	8.4	5	86	9	56	19	34	23	21	1.96
2708643--2708686	17	2.6	17	100	0	88	18	36	22	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2708643--2708687	11	4.0	12	86	11	51	17	35	24	22	1.95
2711244--2711282	19	2.1	19	95	0	69	28	5	17	48	1.68
2713463--2713512	23	2.2	23	92	0	82	38	8	22	32	1.83
2713426--2713589	87	1.9	87	94	0	292	42	12	13	32	1.81
2713606--2714198	204	2.9	198	84	5	735	30	16	14	38	1.89
2717468--2717505	17	2.3	17	90	4	60	39	18	5	36	1.73
2719766--2719855	30	3.0	29	75	4	90	33	17	6	42	1.76
2722615--2722652	8	4.8	8	90	0	58	42	21	7	28	1.81
2722900--2722962	18	3.0	22	73	22	71	33	28	22	15	1.95
2728268--2728300	18	1.9	18	88	11	52	24	30	3	42	1.70
2734742--2734766	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2735266--2735312	20	2.4	20	82	10	53	29	17	2	51	1.57
2736133--2736176	18	2.4	18	92	0	70	36	15	0	47	1.46
2736394--2736514	21	5.8	21	84	0	161	36	25	16	21	1.94
2736401--2736514	42	2.7	42	88	0	183	38	24	15	21	1.92
2737141--2737177	16	2.3	16	90	0	56	40	18	10	29	1.85
2737627--2737705	41	1.9	39	82	12	97	30	24	12	32	1.92
2745865--2745918	27	2.0	27	92	0	90	29	7	22	40	1.81
2749657--2749732	36	2.1	36	82	0	89	52	17	10	19	1.73
2749746--2749830	40	2.1	40	93	0	143	37	14	8	40	1.75
2749746--2749849	40	2.6	39	83	7	138	40	13	7	38	1.73
2751032--2751120	9	9.4	9	75	7	63	78	3	2	15	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2751031--2751129	14	7.4	13	72	18	71	78	3	3	15	0.99
2751015--2751084	24	2.9	23	78	15	70	80	2	1	15	0.91
2751042--2751111	32	2.2	32	85	10	90	77	4	0	18	0.93
2751030--2751128	37	2.6	38	79	6	112	77	3	3	16	1.01
2751047--2751123	5	16.0	5	79	12	81	76	3	1	18	1.01
2751147--2751189	16	2.8	15	82	6	59	83	11	2	2	0.83
2751147--2751201	17	3.4	16	85	11	69	81	9	3	5	0.95
2751368--2751406	11	3.2	12	82	13	53	76	2	7	12	1.09
2751464--2751521	29	2.0	29	83	12	75	56	5	13	24	1.57
2765675--2765813	51	2.7	51	81	6	131	76	6	3	13	1.12
2765672--2765899	5	45.4	5	72	17	118	75	5	3	15	1.13
2765790--2765855	19	3.5	19	74	10	64	80	6	4	9	1.02
2765785--2765903	12	9.4	12	69	20	50	75	5	4	15	1.13
2765890--2765931	16	2.6	16	88	3	57	71	0	9	19	1.13
2765964--2765997	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2768552--2768749	75	2.6	75	93	0	333	34	22	16	26	1.95
2773505--2773533	11	2.7	11	94	5	51	68	6	6	17	1.34
2773777--2773823	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
2775111--2775156	22	2.1	22	100	0	92	26	21	15	36	1.93
2777081--2777328	66	3.8	65	83	5	304	39	13	22	24	1.90
2777183--2777292	30	3.5	30	68	22	80	37	11	24	26	1.90
2777081--2777328	132	1.9	132	87	5	367	39	13	22	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2778052--2778115	22	3.0	22	79	6	69	23	17	25	34	1.96
2778113--2778173	22	2.8	22	84	0	95	26	18	27	27	1.98
2778078--2778149	35	2.1	35	92	2	119	26	13	30	29	1.94
2778388--2778446	22	2.9	21	80	16	79	47	10	10	32	1.71
2778387--2778446	18	3.1	18	84	13	75	46	10	10	33	1.71
2778387--2778456	19	3.6	18	83	12	68	48	8	11	31	1.69
2781559--2781590	16	2.0	16	100	0	64	18	18	18	43	1.88
2781588--2781719	22	5.9	22	71	7	86	25	15	28	31	1.95
2781641--2781674	12	2.8	12	90	0	50	23	2	41	32	1.69
2781944--2782062	36	3.5	36	67	25	103	35	12	23	28	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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